Browse > Article
http://dx.doi.org/10.6564/JKMRS.2018.22.1.010

Practical Guide to NMR-based Metabolomics - II : Metabolite Identification & Quantification  

Jung, Young-Sang (Chong Kun Dang Research Institute, Chong Kun Dang Pharmaceutical Corp.)
Publication Information
Journal of the Korean Magnetic Resonance Society / v.22, no.1, 2018 , pp. 10-17 More about this Journal
Abstract
Metabolite identification and quantification are one of the foremost important issues in metabolomics. In NMR based metabolomics, mainly one-dimensional proton NMR spectra of biofluids, such as urine and serum are measured. However, it is not always easy to identify and quantify metabolites in one-dimensional proton NMR spectra. This article introduces useful public metabolite databases, metabolic profiling software, and articles.
Keywords
NMR; identification; quantification; metabolite; metabolic profiling; metabolomics;
Citations & Related Records
Times Cited By KSCI : 2  (Citation Analysis)
연도 인용수 순위
1 D. S. Wishart, D. Tzur, C. Knox, R. Eisner, A. C. Guo, N. Young, D. Cheng, K. Jewell, D. Arndt, S. Sawhney, C. Fung, L. Nikolai, M. Lewis, M. Coutouly, I. Forsythe, P. Tang, S. Shrivastava, K. Jeroncic, P. Stothard, G. Amegbey, D. Block, D. D. Hau, J. Wagner, J. Miniaci, M. Clements, M. Gebremedhin, N. Guo, Y. Zhang, G. E. Duggan, G. D. MacInnis, A. M. Weljie, R. Dowlatabadi, F. Bamforth, D. Clive, R. Greiner, L. Li, T. Marrie, B. D. Sykes, H. J. Vogel, and L. Querengesser, Nucleic Acids Res. 35, D521 (2007)   DOI
2 D. S. Wishart, C. Knox, A. C. Guo, R. Eisner, N. Young, B. Gautam, D. D. Hau, N. Psychogios, E. Dong, S. Bouatra, R. Mandal, I. Sinelnikov, J. Xia, L. Jia, J. A. Cruz, E. Lim, C. A. Sobsey, S. Shrivastava, P. Huang, P. Liu, L. Fang, J. Peng, R. Fradette, D. Cheng, D. Tzur, M. Clements, A. Lewis, A. De Souza, A. Zuniga, M. Dawe, Y. Xiong, D. Clive, R. Greiner, A. Nazyrova, R. Shaykhutdinov, L. Li, H. J. Vogel, and I. Forsythe, Nucleic Acids Res. 37, D603 (2009)   DOI
3 N. Psychogios, D. D. Hau, J. Peng, A. C. Guo, R. Mandal, S. Bouatra, I. Sinelnikov, R. Krishnamurthy, R. Eisner, B. Gautam, N. Young, J. Xia, C. Knox, E. Dong, P. Huang, Z. Hollander, T. L. Pedersen, S. R. Smith, F. Bamforth, R. Greiner, B. McManus, J. W. Newman, T. Goodfriend, and D. S. Wishart, PLoS One 6, e16957 (2011)   DOI
4 D. S. Wishart, T. Jewison, A. C. Guo, M. Wilson, C. Knox, Y. Liu, Y. Djoumbou, R. Mandal, F. Aziat, E. Dong, S. Bouatra, I. Sinelnikov, D. Arndt, J. Xia, P. Liu, F. Yallou, T. Bjorndahl, R. Perez-Pineiro, R. Eisner, F. Allen, V. Neveu, R. Greiner, and A. Scalbert, Nucleic Acids Res. 41, D801 (2012)   DOI
5 S. Bouatra, F. Aziat, R. Mandal, A. C. Guo, M. R. Wilson, C. Knox, T. C. Bjorndahl, R. Krishnamurthy, F. Saleem, P. Liu, Z. T. Dame, J. Poelzer, J. Huynh, F. S. Yallou, N. Psychogios, E. Dong, R. Bogumil, C. Roehring, and D. S. Wishart, PLoS One 8, e73076 (2013)
6 S. Akoka, L. Barantin, and M. Trierweiler, Anal. Chem. 71, 2554 (1999)
7 N. Michel and S. Akoka, J. Magn. Reson. 168, 118 (2004)   DOI
8 P.-L. Ding, L.-Q. Chen, Y. Lu, and Y.-G. Li, J. Pharm. Biomed. Anal. 60, 44 (2012)
9 S. Lee, J. Kor. Magn. Reson. Soc. 20, 87 (2016)   DOI
10 M. J. Albers, T. N. Butler, I. Rahwa, N. Bao, K. R. Keshari, M. G. Swanson, and J. Kurhanewicz, Magn. Reson. Med. 61, 525 (2009)   DOI
11 S. Heinzer-Schweizer, N. De Zanche, M. Pavan, G. Mens, U. Sturzenegger, A. Henning, and P. Boesiger, NMR Biomed. 23, 406 (2010)
12 M. C. Martinez-Bisbal, D. Monleon, O. Assemat, M. Piotto, J. Piquer, J. L. Llacer, and B. Celda, NMR Biomed. 22, 199 (2009)   DOI
13 E. L. Ulrich, H. Akutsu, J. F. Doreleijers, Y. Harano, Y. E. Ioannidis, J. Lin, M. Livny, S. Mading, D. Maziuk, Z. Miller, E. Nakatani, C. F. Schulte, D. E. Tolmie, R. Kent Wenger, H. Yao, and J. L. Markley, Nucleic Acids Res. 36, D402 (2007)   DOI
14 Y.-S. Jung, J.-S. Hyeon, and G.-S. Hwang, Anal. Chim. Acta 934, 194 (2016)   DOI
15 V. Molinier, B. Fenet, J. Fitremann, A. Bouchu, and Y. Queneau, Carbohydr. Res. 341, 1890 (2006)   DOI
16 R. S. Hong, K. H. Hwang, S. Kim, H. E. Cho, H. J. Lee, J. T. Hong, and D. C. Moon, J. Kor. Magn. Reson. Soc. 17, 98 (2013)   DOI
17 C. Ludwig, J. M. Easton, A. Lodi, S. Tiziani, S. E. Manzoor, A. D. Southam, J. J. Byrne, L. M. Bishop, S. He, T. N. Arvanitis, U. L. Gunther, and M. R. Viant, Metabolomics 8, 8 (2012)   DOI
18 Q. Cui, I. A. Lewis, A. D. Hegeman, M. E. Anderson, J. Li, C. F. Schulte, W. M. Westler, H. R. Eghbalnia, M. R. Sussman, and J. L. Markley, Nat. Biotechnol. 26, 162 (2008)   DOI
19 Metabolomics Database of Linkoping (MDL) (2005) Available at: https://liu.se/hu/mdl/main.
20 NMRShiftDB Available at: https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/portal/media-type/html/user/anon/page/default.psml/js_pane/P-Home;jsessionid=49142EA2A833064513B3C1830FC7CDE6.
21 SDBSWeb (National Institute of Advanced Industrial Science and Technology) Available at: http//sdbs.db.aist.go.jp.
22 J. K. Nicholson, P. J. D. Foxall, M. Spraul, R. D. Farrant, and J. C. Lindon, Anal. Chem. 67, 793 (1995)   DOI
23 C. A. Daykin, P. J. D. Foxall, S. C. Connor, J. C. Lindon, and J. K. Nicholson, Anal. Biochem. 304, 220 (2002)   DOI
24 D. Misra and U. Bajpai, Bull. Chem. Soc. Ethiop. 23, (2009)
25 A. R. Fernie, R. N. Trethewey, A. J. Krotzky, and L. Willmitzer, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5, 763 (2004)   DOI
26 S. Tiziani, A.-H. Emwas, A. Lodi, C. Ludwig, C. M. Bunce, M. R. Viant, and U. L. Gunther, Anal. Biochem. 377, 16 (2008)   DOI
27 Q. He, X. Kong, G. Wu, P. Ren, H. Tang, F. Hao, R. Huang, T. Li, B. Tan, P. Li, Z. Tang, Y. Yin, and Y. Wu, Amino Acids 37, 199 (2009)   DOI
28 D. A. MacIntyre, B. Jimenez, E. J. Lewintre, C. R. Martin, H. Schafer, C. G. Ballesteros, J. R. Mayans, M. Spraul, J. Garcia-Conde, and A. Pineda-Lucena, Leukemia 24, 788 (2010)   DOI
29 N. K. Srivastava, S. Pradhan, B. Mittal, and G. A. N. Gowda, NMR Biomed. 23, 13 (2010)   DOI
30 M. Trabi, M. D. Keller, and N. N. Jonsson, Metabolomics 9, 1041 (2013)   DOI
31 Y. Simon-Manso, M. S. Lowenthal, L. E. Kilpatrick, M. L. Sampson, K. H. Telu, P. A. Rudnick, W. G. Mallard, D. W. Bearden, T. B. Schock, D. V. Tchekhovskoi, N. Blonder, X. Yan, Y. Liang, Y. Zheng, W. E. Wallace, P. Neta, K. W. Phinney, A. T. Remaley, and S. E. Stein, Anal. Chem. 85, 11725 (2013)   DOI
32 E. Holmes, P. J. Foxall, M. Spraul, R. D. Farrant, J. K. Nicholson, and J. C. Lindon, J. Pharm. Biomed. Anal. 15, 1647 (1997)   DOI
33 H. C. Keun, O. Beckonert, J. L. Griffin, C. Richter, D. Moskau, J. C. Lindon, and J. K. Nicholson, Anal. Chem. 74, 4588 (2002)   DOI
34 U. F. H. Engelke, Clin. Chem. 50, 58 (2004)   DOI
35 T. De Meyer, D. Sinnaeve, B. Van Gasse, E.-R. Rietzschel, M. L. De Buyzere, M. R. Langlois, S. Bekaert, J. C. Martins, and W. Van Criekinge, Anal. Bioanal. Chem. 398, 1781 (2010)   DOI
36 D. M. Jacobs, L. Spiesser, M. Garnier, N. de Roo, F. van Dorsten, B. Hollebrands, E. van Velzen, R. Draijer, and J. van Duynhoven, Anal. Bioanal. Chem. 404, 2349 (2012)
37 K. Choi, J. S. Park, H. S. Kim, Y. H. Choi, J. H. Jeon, and J. Lee, J. Kor. Magn. Reson. Soc. 21, 119 (2017)
38 H.-E. Kim, Y. H. Choi, K.-H. Choi, J. S. Park, H. S. Kim, J. H. Jeon, M. S. Heu, D.-S. Shin, and J.-H. Lee, J. Kor. Magn. Reson. Soc. 16, 91 (2012)
39 Y. Zhang, W. Li, J. Sun, R. Zhang, B. Wu, X. Zhang, and S. Cheng, Ecotoxicology 20, 1065 (2011)   DOI
40 Z. Gao, X. Liu, S. Yu, Q. Zhang, Q. Chen, Q. Wu, J. Liu, B. Sun, L. Fang, J. Lin, B.-M. Zhu, X. Yan, and F. Liang, Evid.-Based Complement. Altern. Med. 2014, 1 (2014)
41 P.-R. Wang, J.-S. Wang, M.-H. Yang, and L.-Y. Kong, J. Pharm. Biomed. Anal. 88, 106 (2014)   DOI
42 A. Wijeyesekera, C. Selman, R. H. Barton, E. Holmes, J. K. Nicholson, and D. J. Withers, J. Proteome Res. 11, 2224 (2012)   DOI
43 R. Schicho, A. Nazyrova, R. Shaykhutdinov, G. Duggan, H. J. Vogel, and M. Storr, J. Proteome Res. 9, 6265 (2010)   DOI
44 L. E. Romick-Rosendale, A. M. Goodpaster, P. J. Hanwright, N. B. Patel, E. T. Wheeler, D. L. Chona, and M. A. Kennedy, Magn. Reson. Chem. 47, S36 (2009)   DOI
45 Y. I. Shurubor, U. Paolucci, B. F. Krasnikov, W. R. Matson, and B. S. Kristal, Metabolomics 1, 75 (2005)   DOI
46 J. Hao, M. Liebeke, W. Astle, M. De Iorio, J. G. Bundy, and T. M. D. Ebbels, Nat. Protoc. 9, 1416 (2014)   DOI
47 Y. Wang, J. Utzinger, J. Saric, J. V. Li, J. Burckhardt, S. Dirnhofer, J. K. Nicholson, B. H. Singer, R. Brun, and E. Holmes, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 6127 (2008)   DOI
48 C. Chen, D. J. Brenner, and T. R. Brown, Radiat. Res. 175, 622 (2011)   DOI
49 J. Hao, W. Astle, M. De Iorio, and T. M. D. Ebbels, Bioinformatics 28, 2088 (2012)   DOI
50 S. Ravanbakhsh, P. Liu, T. C. Bjorndahl, R. Mandal, J. R. Grant, M. Wilson, R. Eisner, I. Sinelnikov, X. Hu, C. Luchinat, R. Greiner, and D. S. Wishart, PLoS One 10, e0132873 (2015)   DOI
51 S. Ravanbakhsh, P. Liu, T. C. Bjordahl, R. Mandal, J. R. Grant, M. Wilson, R. Eisner, I. Sinelnikov, X. Hu, C. Luchinat, R. Greiner, and D. S. Wishart, PLoS One 10, e0124219 (2015)   DOI
52 Z. Gan, I. Hung, X. Wang, J. Paulino, G. Wu, I. M. Litvak, P. L. Gor'kov, W. W. Brey, P. Lendi, J. L. Schiano, M. D. Bird, I. R. Dixon, J. Toth, G. S. Boebinger, and T. A. Cross, J. Magn. Reson. 284, 125 (2017)   DOI
53 A. Abragam and M. Goldman, Rep. Prog. Phys. 41, 395 (1978)   DOI
54 A. Bornet, M. Maucourt, C. Deborde, D. Jacob, J. Milani, B. Vuichoud, X. Ji, J. N. Dumez, A. Moing, G. Bodenhausen, S. Jannin, and P. Giraudeau, Anal. Chem. 88, 6179 (2016)   DOI
55 J.-B. Peng, H.-M. Jia, T. Xu, Y.-T. Liu, H.-W. Zhang, L.-L. Yu, D.-Y. Cai, and Z.-M. Zou, Process Biochem. 46, 2240 (2011)   DOI