1 |
Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
DOI
ScienceOn
|
2 |
Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
DOI
ScienceOn
|
3 |
Best, R. B.; Zhu, X.; Shim, J.; Lopes, P. E. M.; Mittal, J.; Feig, M.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3257.
DOI
|
4 |
Li, D. W.; Bruschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1773.
DOI
|
5 |
Piana, S.; Laio, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4553.
DOI
|
6 |
Laio, A.; Parrinello, M. P. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12562.
DOI
|
7 |
Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116.
DOI
|
8 |
Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786.
DOI
|
9 |
Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101.
DOI
ScienceOn
|
10 |
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
DOI
|
11 |
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
DOI
ScienceOn
|
12 |
Nerenberg, P. S.; Head-Gordon, T. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1220.
DOI
|
13 |
Li, D. W.; Bruschweiler, R. Angew Chem. Int. Edit. 2010, 49, 6778.
DOI
ScienceOn
|
14 |
Mittal, J.; Best, R. B. Biophys. J. 2010, 99, L26.
DOI
|
15 |
Beauchamp, K. A.; Lin, Y. S.; Das, R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1409.
DOI
|
16 |
Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603.
DOI
ScienceOn
|
17 |
Pietrucci, F.; Laio, A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2197.
DOI
|
18 |
Pronk, S.; Pall, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.; Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29, 845.
DOI
|
19 |
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
DOI
|
20 |
Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517.
DOI
|
21 |
Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Biophys. J. 2011, 100, L47.
DOI
|
22 |
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712.
DOI
ScienceOn
|
23 |
Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950.
|
24 |
Best, R. B.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9004.
DOI
|
25 |
Nymeyer, H.; Garcia, A. E. P. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 13934.
DOI
ScienceOn
|
26 |
Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. P. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 2782.
DOI
ScienceOn
|
27 |
Kim, E.; Jang, S.; Pak, Y. J. Chem. Phys. 2009, 131, 195102.
DOI
|
28 |
Sorin, E. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2472.
DOI
|
29 |
Best, R. B.; Mittal, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 14916.
DOI
|
30 |
Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Science 1997, 278, 82.
DOI
|
31 |
Feng, J. W. A.; Kao, J.; Marshall, G. R. Biophys. J. 2009, 97, 2803.
DOI
|
32 |
Sarisky, C. A.; Mayo, S. L. Journal of Molecular Biology 2001, 307, 1411.
DOI
|
33 |
Li, W. F.; Zhang, J.; Wang, W. Proteins 2007, 67, 338.
DOI
ScienceOn
|
34 |
Lei, H. X.; Wang, Z. X.; Wu, C.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2009, 131, 165105.
DOI
|
35 |
Kim, E.; Jang, S.; Pak, Y. J. Chem. Phys. 2007, 127, 145104.
DOI
|
36 |
Wu, C.; Shea, J. E. Plos. Comput. Biol. 2010, 6, e1000998.
DOI
|
37 |
Gallicchio, E.; Paris, K.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2544.
DOI
|
38 |
Lee, I. H.; Kim, S. Y.; Lee, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 6916.
DOI
ScienceOn
|
39 |
Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; Mcleavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. Acm. 2008, 51, 91.
|
40 |
Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961.
DOI
|
41 |
Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
DOI
ScienceOn
|