Concerted Asynchronous Proton Transfer in H-Bonding Relay Model: An Implication of Green Fluorescent Protein |
Kang, Baotao
(Department of Chemistry, Sungkyunkwan University)
Karthikeyan, S. (Department of Chemistry, Sungkyunkwan University) Jang, Du-Jeon (Department of Chemistry, Seoul National University) Kim, Heeyoung (Supercomputing Center, Korea Institute of Science and Technology Information) Lee, Jin Yong (Department of Chemistry, Sungkyunkwan University) |
1 | Arnaut, L. G.; Formosinho, S. J. J. Photochem. Photobiol. A: Chem. 1993, 75, 1-20. DOI ScienceOn |
2 | Formosinho, S. J.; Arnaut, L. G. J. Photochem. Photobiol. A: Chem. 1993, 75, 21-48. DOI ScienceOn |
3 | Schowen, K. B.; Limbach, H. H.; Denisov, G. S.; Schowen, R. L. Bba-Bioenergetics 2000, 1458, 43-62. DOI ScienceOn |
4 | Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-781. DOI ScienceOn |
5 | Martynov, V. I.; Pakhomov, A. A. Chem. Biol. 2008, 15, 755-764. DOI ScienceOn |
6 | Zimmer, M. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2823-2832. DOI ScienceOn |
7 | Morise, H.; Shimomura, O.; Johnson, F. H.; Winant, J. Biochemistry-Us 1974, 13, 2656-2662. DOI ScienceOn |
8 | Ward, W. W.; Bokman, S. H. Biochemistry-Us 1982, 21, 4535-4540. DOI ScienceOn |
9 | Heim, R.; Prasher, D. C.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 12501-12504. DOI ScienceOn |
10 | Weber, W.; Helms, V.; McCammon, J. A.; Langhoff, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 6177-6182. DOI |
11 | Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 8362-8367. DOI ScienceOn |
12 | Brejc, K.; Sixma, T. K.; Kitts, P. A.; Kain, S. R.; Tsien, R. Y.; Ormo, M.; Remington, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 2306-2311. DOI ScienceOn |
13 | Warren, A.; Zimmer, M. J. Mol. Graph. Model 2001, 19, 297-303. DOI ScienceOn |
14 | Lill, M. A.; Helms, V. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 2778-2781. DOI ScienceOn |
15 | Vendrell, O.; Gelabert, R.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3564-3574. DOI ScienceOn |
16 | Wang, S.; Smith, S. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 452-458. DOI ScienceOn |
17 | Dewar, M. J. S. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 209-219. DOI ScienceOn |
18 | Li, X.; Chung, L. W.; Mizuno, H.; Miyawaki, A.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1114-1126. DOI ScienceOn |
19 | Ai, H.; Bu, Y.; Li, P.; Yan, S. H. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134307. DOI ScienceOn |
20 | Qin, Y.; Wheeler, R. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 1689-1698. DOI ScienceOn |
21 | Kang, B.; Ko, K. C.; Park, S. Y.; Jang, D. J.; Lee, J. Y. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6332-6339. DOI ScienceOn |
22 | Lossau, H.; Kummer, A.; Heinecke, R.; PollingerDammer, F.; Kompa, C.; Bieser, G.; Jonsson, T.; Silva, C. M.; Yang, M. M.; Youvan, D. C.; MichelBeyerle, M. E. Chem. Phys. 1996, 213, 1-16. DOI ScienceOn |
23 | Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Keith, T.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cio lowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision B.01, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010. |
24 | Cubitt, A. B.; Heim, R.; Adams, S. R.; Boyd, A. E.; Gross, L. A.; Tsien, R. Y. Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 448-455. DOI ScienceOn |
25 | Kummer, A. D.; Wiehler, J.; Rehaber, H.; Kompa, C.; Steipe, B.; Michel-Beyerle, M. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4791-4798. DOI ScienceOn |
26 | Winkler, K.; Lindner, J. R.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Vohringer, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1072-1081. DOI ScienceOn |
27 | McAnaney, T. B.; Park, E. S.; Hanson, G. T.; Remington, S. J.; Boxer, S. G. Biochemistry-Us 2002, 41, 15489-15494. DOI ScienceOn |
28 | Lesser, M. P.; Bou-Abdallah, F.; Chasteen, N. D. Bba-Gen Subjects 2006, 1760, 1690-1695. DOI ScienceOn |
29 | Wang, S. F.; Smith, S. C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5084-5093. DOI ScienceOn |
30 | Ong, W. J. H.; Alvarez, S.; Leroux, I. E.; Shahid, R. S.; Samma, A. A.; Peshkepija, P.; Morgan, A. L.; Mulcahy, S.; Zimmer, M. Mol. Biosyst. 2011, 7, 984-992. DOI ScienceOn |
31 | Leiderman, P.; Huppert, D.; Agmon, N. Biophys. J. 2006, 90, 1009-1018. DOI ScienceOn |
32 | Polyakov, I. V.; Grigorenko, B. L.; Epifanovsky, E. M.; Krylov, A. I.; Nemukhin, A. V. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2377-2387. DOI ScienceOn |
33 | Stoner-Ma, D.; Jaye, A. A.; Ronayne, K. L.; Nappa, J.; Meech, S. R.; Tonge, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1227-1235. DOI ScienceOn |
34 | Schafer, L. V.; Groenhof, G.; Boggio-Pasqua, M.; Robb, M. A.; Grubmuller, H. Plos. Comput. Biol. 2008, 4. |
35 | Shinobu, A.; Palm, G. J.; Schierbeek, A. J.; Agmon, N. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11093-11102. DOI ScienceOn |
36 | Brakemann, T.; Stiel, A. C.; Weber, G.; Andresen, M.; Testa, I.; Grotjohann, T.; Leutenegger, M.; Plessmann, U.; Urlaub, H.; Eggeling, C.; Wahl, M. C.; Hell, S. W.; Jakobs, S. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 942-U132. DOI ScienceOn |
![]() |