1 |
Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
DOI
ScienceOn
|
2 |
Roux, B. Comp. Phys. Comm. 1995, 91, 275.
DOI
|
3 |
In Free Energy Calculations; Chipot, C., Pohorille, A., Eds.; Springer: Berlin, 2007.
|
4 |
Tuckerman, M. E. Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation; Oxford University Press: Oxford, 2010.
|
5 |
Roux, B.; Karplus, M. Biophys. J. 1991, 59, 961
DOI
|
6 |
Grossfield, A. version 2.0.4, http://membrane.urmc.rochester.edu/content/wham 2010.
|
7 |
Leung, K.; Rempe, S. B.; Lorenz, C. D. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 095504.
DOI
|
8 |
Chang, R.; Violi, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5073.
DOI
|
9 |
Song, C.; Corry, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7642.
DOI
|
10 |
Sanchez-Quesada, J.; Isler, M. P.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10004.
DOI
|
11 |
Motesharei, K.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11306
DOI
|
12 |
Kim, H. S.; Hartgerink, J. D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4417
DOI
|
13 |
Fernadez-Lopez, S.; Kim, H. S.; Choi, E. C.; Delgado, M.; Granja, J. R.; Khasanov, A.; Kraehenbuehl, K.; Long, G.; Weinberger, D. A.; Wilcoxen, K. M.; Ghadiri, M. R. Nature 2001, 412, 452.
DOI
|
14 |
Sánchez-Quesada, J.; Ghadiri, M. R.; Bayley, H.; Braha, O. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11757.
|
15 |
Engels, M.; Bashford, D.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9151
DOI
|
16 |
Asthagiri, D.; Bashford, D. Biophys. J. 2002, 82, 1176
DOI
|
17 |
Tarek, M.; Maigret, B.; Chipot, C. Biophys. J. 2003, 85, 2287.
DOI
|
18 |
Khurana, E.; Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. 2006, page ASAP.
|
19 |
Hwang, H.; Schatz, G. C.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26448.
DOI
|
20 |
Dehez, F.; Tarek, M.; Chipot, C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10633.
DOI
|
21 |
MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; III, W. E. R.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
DOI
|
22 |
Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
DOI
|
23 |
Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
DOI
|
24 |
Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comp. Chem. 2005, 26, 1781.
DOI
|
25 |
Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 3rd ed.; John Wiley & Sons, Inc.: 2004; Vol. 1.
|
26 |
Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 117.
DOI
|
27 |
MacKinnon, R. Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 4265.
DOI
|
28 |
Hille, B. Ionic Channels of Excitable Membranes, 3rd ed.; Sinauer Associates, Inc.: Sunderland, Massachusettes, 2001.
|
29 |
Roux, B. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4856
DOI
|
30 |
Zhang, D.; Gullingsrud, J.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3019
DOI
|
31 |
Lee, J.; Im, W. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 018103.
DOI
|
32 |
Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Milligan, R. A.; McRee, D. E.; Khazanovich, N. Nature 1993, 366, 324.
DOI
|
33 |
Ghadiri, M. R.; Granja, J. R.; Buehler, L. K. Nature 1994, 369, 301.
DOI
|
34 |
Ghadiri, M. R.; Kobayashi, K.; Granja, J. R.; Chadha, R. K.; McRee, D. E. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1995, 34, 93.
DOI
|