A Comprehensive Identification of Synaptic Vesicle Proteins in Rat Brains by cRPLC/MS-MS and 2DE/MALDI-TOF-MS |
Lee, Won-Kyu
(Division of Life Sciences, Korea Institute of Science and Technology)
Kim, Hye-Jung (Division of Life Sciences, Korea Institute of Science and Technology) Min, Hye-Ki (Department of Chemistry, Korea University) Kang, Un-Beom (Division of Life Sciences, Korea Institute of Science and Technology) Lee, Cheol-Ju (Division of Life Sciences, Korea Institute of Science and Technology) Lee, Sang-Won (Department of Chemistry, Korea University) Kim, Ick-Young (Laboratory of Cellular and Molecular Biochemistry, School of Life Sciences and Biotechnology, Korea University) Lee, Seung-Taek (Department of Biochemistry, College of Science, Yonsei University) Kwon, Oh-Seung (Division of Life Sciences, Korea Institute of Science and Technology) Yu, Yeon-Gyu (Department of Chemistry, Kookmin University) |
1 | Stahl, B.; Chou, J. H.; Li, C.; Sudhof, T. C.; Jahn, R. EMBO J. 1996, 15, 1799-1809 |
2 | Wang, Y.; Okamoto, M.; Schmitz, F.; Hofmann, K.; Sudhof, T. C. Nature 1997, 388, 593-598 DOI ScienceOn |
3 | Christoforidis, S.; McBride, H. M.; Burgoyne, R. D.; Zerial, M. Nature 1999, 397, 621-625 DOI ScienceOn |
4 | Schimmoller, F.; Simon, I.; Pfeffer, S. R. J. Biol. Chem. 1998, 273, 22161-22164 DOI ScienceOn |
5 | Echard, A.; Jollivet, F.; Martinez, O.; Lacapere, J. J.; Rousselet, A.; Janoueix-Lerosey, I.; Goud, B. Science 1998, 279, 580-585 DOI ScienceOn |
6 | Cao, X.; Ballew, N.; Barlowe, C. EMBO J. 1998, 17, 2156-2165 DOI ScienceOn |
7 | Shirataki, H.; Kaibuchi, K.; Sakoda, T.; Kishida, S.; Yamaguchi, T.; Wada, K.; Miyazaki, M.; Takai, Y. Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 2061-2068 DOI |
8 | Tsugita, A.; Kawakami, T.; Uchida, T.; Sakai, T.; Kamo, M.; Matsui, T.; Watanabe, Y.; Morimasa, T.; Hosokawa, K.; Toda, T. Electrophoresis 2000, 21, 1853-1871 DOI ScienceOn |
9 | Simonsen, A.; Lippe, R.; Christoforidis, S.; Gaullier, J. M.; Brech, A.; Callaghan, J.; Toh, B. H.; Murphy, C.; Zerial, M.; Stenmark, H. Nature 1998, 394, 494-498 DOI ScienceOn |
10 | Ziv, N. E.; Garner, C. C. Nat. Rev. Neurosci. 2004, 5, 385-399 DOI ScienceOn |
11 | Nelson, D. S.; Alvarez, C.; Gao, Y. S.; Garcia-Mata, R.; Fialkowski, E.; Sztul, E. J. Cell Biol. 1998, 143, 319-331 DOI ScienceOn |
12 | Morel, N. Biol. Cell 2003, 95, 453-457 DOI ScienceOn |
13 | Mulholland, J.; Wesp, A.; Riezman, H.; Botstein, D. Mol. Biol. Cell 1997, 8, 1481-1499 |
14 | Gonzalez, L. Jr.; Scheller, R. H. Cell 1999, 96, 755-758 DOI ScienceOn |
15 | Gournier, H.; Stenmark, H.; Rybin, V.; Lippe, R.; Zerial, M. EMBO J. 1998, 17, 1930-1940 DOI ScienceOn |
16 | Hsu, S. C.; Hazuka, C. D.; Roth, R.; Foletti, D. L.; Heuser, J.; Scheller, R. H. Neuron 1998, 20, 1111-1122 DOI ScienceOn |
17 | Finger, F. P.; Hughes, T. E.; Novick, P. Cell 1998, 92, 559-571 DOI ScienceOn |
18 | Novick, P.; Zerial, M. Curr. Opin. Cell Biol. 1997, 9, 496-504 DOI ScienceOn |
19 | Ray, G. S.; Lee, J. R.; Nwokeji, K.; Mills, L. R.; Goldenring, J. R. Lab. Invest. 1997, 77, 503-511 |
20 | Heuser, J. E. J. Physiol. 1974, 239, 106-108 |
21 | Heuser, J. E. Trends in Neurosciences 1978, 1, 80-82 DOI ScienceOn |
22 | Bennett, M. K.; Garcia-Arraras, J. E.; Elferink, L. A.; Peterson, K.; Fleming, A. M.; Hazuka, C. D.; Scheller, R. H. Cell 1993, 74, 863-873 |
23 | Risinger, C.; Larhammar, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 10598-10602 DOI ScienceOn |
24 | Jahn, R.; Sudhof, T. C. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 863-911 DOI ScienceOn |
25 | Beranova-Giorgianni, S.; Giorgianni, F.; Desiderio, D. M. Proteomics 2002, 2, 534-452 DOI ScienceOn |
26 | Gauss, C.; Kalkum, M.; Lowe, M.; Lehrach, H.; Klose, J. Electrophoresis 1999, 20, 575-600 DOI ScienceOn |
27 | Bell, A. W.; Ward, M. A.; Blackstock, W. P.; Freeman, H. N.; Choudhary, J. S.; Lewis, A. P.; Chotai, D.; Fazel, A.; Gushue, J. N.; Paiement, J.; Palcy, S.; Chevet, E.; Lafreniere-Roula, M.; Solari, R.; Thomas, D. Y.; Rowley, A.; Bergeron, J. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5152-5165 DOI ScienceOn |
28 | Klose, J.; Nock, C.; Herrmann, M.; Stuhler, K.; Marcus, K.; Bluggel, M.; Krause, E.; Schalkwyk, L. C.; Rastan, S.; Brown, S. D.; Bussow, K.; Himmelbauer, H.; Lehrach, H. Nat. Genet. 2002, 30, 385-393 DOI ScienceOn |
29 | Krapfenbauer, K.; Fountoulakis, M.; Lubec, G. Electrophoresis 2003, 24, 1847-1870 DOI ScienceOn |
30 | Lubec, G.; Krapfenbauer, K.; Fountoulakis, M. Prog. Neurobiol. 2003, 69, 193-211 DOI ScienceOn |
31 | Garin, J.; Diez, R.; Kieffer, S.; Dermine, J. F.; Duclos, S.; Gagnon, E.; Sadoul, R.; Rondeau, C.; Desjardins, M. J. Cell Biol. 2001, 152, 165-180 DOI ScienceOn |
32 | Rabilloud, T. Electrophoresis 1998, 19, 758-760 DOI ScienceOn |
33 | Smith, P. K.; Krohn, R. I.; Hermanson, G. T.; Mallia, A. K.; Gartner, F. H.; Provenzano, M. D.; Fujimoto, E. K.; Goeke, N. M.; Olson, B. J.; Klenk, D. C. Anal. Biochem. 1985, 150, 76-85 DOI ScienceOn |
34 | Kim, M. S.; Choie, W. S.; Shin, Y. S.; Yu, M. H.; Lee, S.-W. Bull. Korean Chem. Soc. 2004, 25, 1833-1839 DOI ScienceOn |
35 | Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392 DOI ScienceOn |
36 | Jimenez, C. R.; Eyman, M.; Lavina, Z. S.; Gioio, A.; Li, K. W.; van der Schors, R. C.; Geraerts, W. P.; Giuditta, A.; Kaplan, B. B.; van Minnen, J. J. Neurochem. 2002, 81, 735-744 DOI ScienceOn |
37 | Barber, D. S.; LoPachin, R. M. Toxicol. Appl. Pharmacol. 2004, 201, 120-136 DOI ScienceOn |
38 | Blondeau, F.; Ritter, B.; Allaire, P. D.; Wasiak, S.; Girard, M.; Hussain, N. K.; Angers, A.; Legendre-Guillemin, V.; Roy, L.; Boismenu, D.; Kearney, R. E.; Bell, A. W.; Bergeron, J. J.; McPherson, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 3833-3838 DOI ScienceOn |
39 | Stevens, S. M., Jr.; Zharikova, A. D.; Prokai, L. Brain. Res. Mol. Brain Res. 2003, 117, 116-128 DOI ScienceOn |
40 | Jordan, B. A.; Fernholz, B. D.; Boussac, M.; Xu, C.; Grigorean, G.; Ziff, E. B.; Neubert, T. A. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 857-871 DOI ScienceOn |
41 | Huttner, W. B.; Schiebler, W.; Greengard, P.; De Camilli, P. J. Cell Biol. 1983, 96, 1374-1388 DOI ScienceOn |
42 | Langen, H.; Berndt, P.; Roder, D.; Cairns, N.; Lubec, G.; Fountoulakis, M. Electrophoresis 1999, 20, 907-916 DOI ScienceOn |
43 | Lujan, R.; Shigemoto, R.; Lopez-Bendito, G. Neuroscience 2005, 130, 567-580 DOI ScienceOn |
44 | Reul, J. M.; Gesing, A.; Droste, S.; Stec, I. S.; Weber, A.; Bachmann, C.; Bilang-Bleuel, A.; Holsboer, F.; Linthorst, A. C. Eur. J. Pharmacol. 2000, 405, 235-249 DOI ScienceOn |
45 | Taylor, S. W.; Fahy, E.; Ghosh, S. S. Trends Biotechnol. 2003, 21, 82-88 DOI ScienceOn |
46 | Matanis, T.; Akhmanova, A.; Wulf, P.; Del Nery, E.; Weide, T.; Stepanova, T.; Galjart, N.; Grosveld, F.; Goud, B.; De Zeeuw, C. I.; Barnekow, A.; Hoogenraad, C. C. Nat. Cell Biol. 2002, 4, 986-992 DOI ScienceOn |
47 | Doussau, F.; Augustine, G. J. Biochimie 2000, 82, 353-363 DOI ScienceOn |
48 | Chen, H.; Polo, S.; Di Fiore, P. P.; De Camilli, P. V. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 14908-14913 DOI ScienceOn |
49 | Hoogenraad, C. C.; Wulf, P.; Schiefermeier, N.; Stepanova, T.; Galjart, N.; Small, J. V.; Grosveld, F.; de Zeeuw, C. I.; Akhmanova, A. EMBO J. 2003, 22, 6004-6015 DOI ScienceOn |
50 | Walch-Solimena, C.; Collins, R. N.; Novick, P. J. J. Cell Biol. 1997, 137, 1495-1509 DOI ScienceOn |
51 | Brondyk, W. H.; McKiernan, C. J.; Fortner, K. A.; Stabila, P.; Holz, R. W.; Macara, I. G. Mol. Cell Biol. 1995, 15, 1137-1143 DOI |
52 | Bae, T.-J.; Kim, M.-S.; Kim, J.-W.; Kim, B.-W.; Choo, H. J.; Lee, J.-W.; Kim, K.-B.; Lee, C.-S.; Kim, J.-H.; Chang, S. Y.; Kang, C.-Y.; Lee, S.-W.; Ko, Y.-G. Proteomics 2004, 4, 3536-3548 DOI ScienceOn |
53 | Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Harder, A.; Scheibe, B.; Wildgruber, R.; Weiss, W. Electrophoresis 2000, 21, 1037-1053 DOI ScienceOn |
54 | Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-858 DOI ScienceOn |
55 | Huang, M.; Zhu, X.; Hao, Y.; Payan, D. G.; Qu, K.; Li, M. Bioinformatics 2004, 20, 3604-3612 DOI ScienceOn |
56 | Smalla, K. H.; Matthies, H.; Langnase, K.; Shabir, S.; Bockers, T. M.; Wyneken, U.; Staak, S.; Krug, M.; Beesley, P. W.; Gundelfinger, E. D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 4327-4332 DOI ScienceOn |
57 | Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science 1997, 278, 631-637 DOI ScienceOn |
58 | Sudhof, T. C. Annu. Rev. Neurosci. 2004, 27, 509-547 DOI ScienceOn |
59 | Safieddine, S.; Wenthold, R. J. Eur. J. Neurosci. 1999, 11, 803-812 DOI ScienceOn |
60 | Coughenour, H. D.; Spaulding, R. S.; Thompson, C. M. Proteomics 2004, 4, 3141-3155 DOI ScienceOn |
61 | Omenn, G. S.; States, D. J.; Adamski, M.; Blackwell, T. W.; Menon, R.; Hermjakob, H.; Apweiler, R.; Haab, B. B.; Simpson, R. J.; Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Moritz, R. L.; Chan, D. W.; Rai, A. J.; Admon, A.; Aebersold, R.; Eng, J.; Hancock, W. S.; Hefta, S. A.; Meyer, H.; Paik, Y. K.; Yoo, J. S.; Ping, P.; Pounds, J.; Adkins, J.; Qian, X.; Wang, R.; Wasinger, V.; Wu, C. Y.; Zhao, X.; Zeng, R.; Archakov, A.; Tsugita, A.; Beer, I.; Pandey, A.; Pisano, M.; Andrews, P.; Tammen, H.; Speicher, D. W.; Hanash, S. M. Proteomics 2005, 5, 3226-3245 DOI ScienceOn |
62 | Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207 DOI ScienceOn |
63 | Li, K.; Hornshaw, M. P.; van Minnen, J.; Smalla, K. H.; Gundelfinger, E. D.; Smit, A. B. J. Proteome Res. 2005, 4, 725-733 DOI ScienceOn |
64 | Lim, H.; Eng, J.; Yates, J. R. 3rd,; Tollaksen, S. L.; Giometti, C. S.; Holden, J. F.; Adams, M. W.; Reich, C. I.; Olsen, G. J.; Hays, L. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 957-970 DOI ScienceOn |
65 | Short, B.; Preisinger, C.; Schaletzky, J.; Kopajtich, R.; Barr, F. A. Curr. Biol. 2002, 12, 1792-1795 DOI ScienceOn |
66 | Person, M. D.; Lo, H. H.; Towndrow, K. M.; Jia, Z.; Monks, T. J.; Lau, S. S. Chem. Res. Toxicol. 2003, 16, 757-767 DOI ScienceOn |
67 | Li, K. W.; Hornshaw, M. P.; Van Der Schors, R. C.; Watson, R.; Tate, S.; Casetta, B.; Jimenez, C. R.; Gouwenberg, Y.; Gundelfinger, E. D.; Smalla, K. H.; Smit, A. B. J. Biol. Chem. 2004, 279, 987- 1002 DOI ScienceOn |
68 | Witzmann, F. A.; Arnold, R. J.; Bai, F.; Hrncirova, P.; Kimpel, M. W.; Mechref, Y. S.; McBride, W. J.; Novotny, M. V.; Pedrick, N. M.; Ringham, H. N.; Simon, J. R. Proteomics 2005, 5, 2177-2201 DOI ScienceOn |
69 | Schrimpf, S. P.; Meskenaite, V.; Brunner, E.; Rutishauser, D.; Walther, P.; Eng, J.; Aebersold, R.; Sonderegger, P. Proteomics 2005, 5, 2531-2541 DOI ScienceOn |
70 | Li, X.; Gong, Y.; Wang, Y.; Wu, S.; Cai, Y.; He, P.; Lu, Z.; Ying, W.; Zhang, Y.; Jiao, L.; He, H.; Zhang, Z.; He, F.; Zhao, X.; Qian, X. Proteomics 2005, 5, 3423-3441 DOI ScienceOn |