Investigation of the Protonated State of HIV-1 Protease Active Site
![]() ![]() |
Nam, Ky-Youb
(Department of Chemistry and CAMD Research Center, Soongsil University)
Chang, Byung-Ha (Department of Chemistry and CAMD Research Center, Soongsil University) Han, Cheol-Kyu (Department of Chemistry and CAMD Research Center, Soongsil University) Ahn, Soon-Kil (Chong Kun Dang Research Institute) No, Kyoung-Tai (Department of Biotechnology, Yonsei University) |
1 | Mitsuya, H.; Yarchoan, R.; Broder, S. Science 1990, 249, 1533-1544. DOI |
2 | Kohl, N. E.; Emini, E. A.; Schleif, W. A.; Davis, L. I.; Heimbach,J. C.; Dixon, R. A.; Scolnick, E. M.; Sigal, I. S. Proc. Natl. Acad.Sci. U.S.A. 1988, 85, 4686-4690. DOI ScienceOn |
3 | Miller, M.; Schneider, J.; Sathyanarayana, B. M.; Toth, M. V.;Marshall, G. R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S. B. H.; Wlodawer,A. Science 1989, 246, 1149-1151. DOI |
4 | Fitzgerald, P. M. D.; McKeever, B. M.; VanMiddleworth, J. F.;Springer, J. P.; Heimbach, J. C.; Leu, C.; Herbert, W. K.; Dixon, R.A. F.; Darke, P. L. J. Bio. Chem. 1990, 265, 14209-14219. |
5 | Lifson, S.; Hagler, A. T.; Dauber, P. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101,5131. DOI |
6 | Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.;Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.;Peng, C. Y.; Ayala, P. A.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E.S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees,D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.;and Pople, J. A. Gaussian 94 (Revision D.3); Gaussian, Inc.:Pittsburgh, PA, 1995. |
7 | Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Comun. 1967,27, 157-162. DOI ScienceOn |
8 | Fixed geometry were used of HIV-1 protease in which fixedamino acid residues were listed, 1-7, 11-21, 34-46, 55-75, 89-99,101-107, 111-121, 134-146, 155-175 and 189-199. |
9 | Mezei, M. J. Chem. Phys. 1987, 86, 7084-7088. DOI |
10 | Harte, W. E., Jr.; Beverage, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115,3883-3886. DOI ScienceOn |
11 | Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Weiberg, K. B.; Frisch, M. J. J.Phys. Chem. 1996, 100, 16098-16104. DOI ScienceOn |
12 | Hyland, L. J.; Tomaszek, T. A., Jr.; Meek, T. D. Biochemistry1991, 30, 8454-8463. DOI ScienceOn |
13 | No, K. T.; Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; Jhon, M. S.; Scheraga, A. H. J.Phys. Chem. 1995, 99, 3478. DOI ScienceOn |
14 | Debouck, C. Aids Rearch and Human Retroviruses 1992, 8, 153-164. DOI ScienceOn |
15 | Chen, X.; Tropsha, A. J. Med. Chem. 1995, 38, 42-48. DOI ScienceOn |
16 | Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Kollman, P. A. J. Med. Chem.1991, 34, 2564-2569. |
17 | Keith, T. A.; Foresman, J. B.; Frisch, M. J.; Weiberg, K. B.manuscript in preparation. |
18 | Swain, A. L.; Miller, M.; Green, J.; Rich, D. H.; Schneider, J.;Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990,87, 8850-8809. |
19 | Hyland, L. J.; Tomaszek, T. A., Jr.; Roberts, G. D.; Carr, S. A.;Magaard, V. W.; Bryan, H. L.; Fakhoury, S. A.; Moore, M. L.;Minnich, M. D.; Culp, J. S.; DesJarlis, R. L.; Meek, T. D.Biochemistry 1991, 30, 8441-8453. DOI ScienceOn |
20 | Baldwin, E. T.; Bhat, T. N.; Gulnik, S.; Liu, B.; Topol, I. A.; Kiso,Y.; Mimoto, T.; Mitsuya, H.; Erickson, J. W. Structure 1995, 3,581-590. DOI ScienceOn |
21 | Wang, Y.-X.; Freedberg, I. D.; Yamazaki, T.; Wingfield, T. P.;Stahl, J. S.; Kaufman, D. J.; Kiso, Y.; Torchia, A. D. Biochemistry1996, 31, 9945-9950. |
22 | Rodriguez, E. J.; Angeles, T. S.; Meek, T. D. Biochemistry 1993,32, 12380-12385. DOI ScienceOn |
23 | Won, H.; Kim, J. R.; Ko, K.; Won, Y. Bull. Korean Chem. Soc.2003, 23, 27-28. |
24 | Won, Y. Bull. Korean Chem. Soc. 2000, 21, 1207-1212. |
25 | Molecular dynamic simulation was performed using the InsightII/Discover (2.9.5). MSI Inc.: InsightII (950)/Discover 2.9.5Molecular Modeling Software; San Diego, CA, 1995. |
26 | Erikson, J.; Neidhart, D. J.; VanDrie, J.; Kempf, D. J.; Wang, X.C.; Norbeck, D. W.; Plattner, J. J.; Rittenhouse, J. W.; Turon, M.;Widenburg, N.; Kohlbrenner, W. E.; Simmer, R.; Helfrich, R.;Paul, D. A.; Kingge, M. Science 1990, 249, 527-533. DOI |
27 | Jaskolski, M.; Tomasselli, A. G.; Sawyer, T. K.; Staples, D. G.;Heinrikson, R. L.; Schneider, J.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A.Biochemistry 1991, 30, 1600-1609. DOI ScienceOn |
28 | Hagler, A. T.; Lifson, S.; Dauber, P. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101,5122-5130. DOI |
29 | James, M. N. G.; Salituro, F. S.; Rich, H. D.; Hofmann, T. Proc.Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1982, 79, 6137. DOI ScienceOn |
![]() |