LC-MS/MS-based Proteomic Analysis to Identify Protein Phosphorylation in Emiliania huxleyi |
Duong, Van-An
(College of Pharmacy, Gachon University)
Nam, Onyou (Department of Life Science, Research Institute for Natural Sciences, Hanyang University) Jin, EonSeon (Department of Life Science, Research Institute for Natural Sciences, Hanyang University) Seo, Jae-Min (Safetia Co., Ltd.) Park, Jong-Moon (College of Pharmacy, Gachon University) Lee, Hookeun (College of Pharmacy, Gachon University) |
1 | Koh, K.; Park, M.; Bae, E. S.; Duong, V.-A.; Park, J.-M.; Lee, H.; Lew, H. Stem Cell Res. Ther. 2020, 11, 428, DOI:10.1186/s13287-020-01943-w. DOI |
2 | Deutsch, E. W.; Mendoza, L.; Shteynberg, D.; Slagel, J.; Sun, Z.; Moritz, R. L. Proteomics Clin. Appl. 2015, 9, 745, doi.org/10.1002/prca.201400164. DOI |
3 | Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367, DOI:10.1038/nbt.1511. DOI |
4 | Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25, DOI: 10.1038/75556. DOI |
5 | Bindea, G.; Mlecnik, B.; Hackl, H.; Charoentong, P.; Tosolini, M.; Kirilovsky, A.; Fridman, W.-H.; Pages, F.; Trajanoski, Z.; Galon, J. Bioinformatics 2009, 25, 1091, DOI: 0.1093/bioinformatics/btp101. DOI |
6 | Li, J.; Paulo, J. A.; Nusinow, D. P.; Huttlin, E. L.; Gygi, S. P. Cell Rep. 2019, 29, 2092, DOI: 10.1016/j.celrep.2019.10.034. DOI |
7 | Vlastaridis, P.; Kyriakidou, P.; Chaliotis, A.; Van de Peer, Y.; Oliver, S.G.; Amoutzias, G. D. Gigascience 2017, 6, giw015, DOI: 10.1093/gigascience/giw015. DOI |
8 | Macek, B.; Mijakovic, I.; Olsen, J. V.; Gnad, F.; Kumar, C.; Jensen, P. R.; Mann, M. Mol. Cell. Proteom. 2007, 6, 697, DOI: 10.1074/mcp.M700311-MCP200. DOI |
9 | Chen, D.; Shen, X.; Sun, L. Anal. Chim. Acta 2018, 1012, 1, DOI: 10.1016/j.aca.2018.01.037. DOI |
10 | Cohen, P. Nat. Cell Biol. 2002, 4, E127, DOI: 10.1038/ncb0502-e127. DOI |
11 | Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Nakaya, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 42, DOI: 10.1093/nar/30.1.42. DOI |
12 | Obata, T.; Shiraiwa, Y. J. Biol. Chem. 2005, 280, 18462, DOI: 10.1074/jbc.M501517200. DOI |
13 | Rost, B.; Riebesell, U.; Burkhardt, S.; Sultemeyer, D. Limnol. Oceanogr. 2003, 48, 55, DOI: 10.4319/lo.2003.48.1.0055. DOI |
14 | Jones, B. M.; Iglesias-Rodriguez, M. D.; Skipp, P. J.; Edwards, R. J.; Greaves, M. J.; Young, J. R.; Elderfield, H.; O'Connor, C. D. PLoS One 2013, 8, e61868, DOI:10.1371/journal.pone.0061868. DOI |
15 | Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383, DOI: 10.1021/ac025747h. DOI |
16 | Yun, G.; Park, J.-M.; Duong, V.-A.; Mok, J.-H.; Jeon, J.; Nam, O.; Lee, J.; Jin, E.; Lee, H. Molecules 2020, 25, 3028, DOI: 10.3390/molecules25133028. DOI |
17 | Guillard, R. R. L. 1975. Culture of Phytoplankton for Feeding Marine Invertebrates. In Culture of Marine Invertebrate Animals: Proceedings - 1st Conference on Culture of Marine Invertebrate Animals Greenport. W.L. Smith, and M.H. Chanley, editors. Boston, MA: Springer US. 29. |
18 | Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359, DOI: 10.1038/nmeth.1322. DOI |
19 | Ardito, F.; Giuliani, M.; Perrone, D.; Troiano, G.; Lo Muzio, L. Int. J. Mol. Med. 2017, 40, 271, 10.3892/ijmm.2017.3036. DOI |
20 | Jones, B. M.; Edwards, R. J.; Skipp, P. J.; O'Connor, C. D.; Iglesias-Rodriguez, M. D. Mar. Biotechnol. 2011, 13, 496, DOI: 10.1007/s10126-010-9320-0. DOI |
21 | Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198, DOI:10.1038/nature01511. DOI |
22 | Tyers, M.; Mann, M. Nature 2003, 422, 193, DOI:10.1038/nature01510. DOI |
23 | Duong, V.-A.; Park, J.-M.; Lim, H.-J.; Lee, H. Appl. Sci. 2021, 11, 3393, DOI: 10.3390/app11083393. DOI |
24 | Duong, V.-A.; Park, J.-M.; Lee, H. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 1524, DOI: 10.3390/ijms21041524. DOI |
25 | Iglesias-Rodriguez, M. D.; Brown, C. W.; Doney, S. C.; Kleypas, J.; Kolber, D.; Kolber, Z.; Hayes, P. K.; Falkowski, P. G. Global Biogeochem. Cycles 2002, 16, 47, DOI: 10.1029/2001GB001454. DOI |
26 | Zhang, P.; He, W.; Huang, Y.; Xiao, K.; Tang, Y.; Huang, L.; Huang, X.; Zhang, J.; Yang, W.; Liu, R.; Fu, Q.; Lu, Y.; Zhang, M. Theriogenology 2021, 170, 1, DOI:10.1016/j.theriogenology.2021.04.013. DOI |
27 | Cubillos, J.; Wright, S.; Nash, G.; De Salas, M.; Griffiths, B.; Tilbrook, B.; Poisson, A.; Hallegraeff, G. Mar. Ecol. Prog. Ser. 2007, 348, 47, DOI: 10.3354/meps07058. DOI |
28 | Totti, C.; Romagnoli, T.; Accoroni, S.; Coluccelli, A.; Pellegrini, M.; Campanelli, A.; Grilli, F.; Marini, M. J. Mar. Syst. 2019, 193, 137, DOI: 10.1016/j.jmarsys.2019.01.007. DOI |
29 | Ubersax, J. A.; Ferrell Jr, J. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 530, DOI: 10.1038/nrm2203. DOI |
30 | Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912, DOI: 10.1126/science.1075762. DOI |
31 | Manning, G.; Plowman, G. D.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 514, DOI: 10.1016/s0968-0004(02)02179-5. DOI |
32 | Araie, H.; Sakamoto, K.; Suzuki, I.; Shiraiwa, Y. Plant Cell Physiol. 2011, 52, 1204, DOI: 10.1093/pcp/pcr070. DOI |
33 | Paasche, E. Phycologia 2001, 40, 503, DOI: 10.2216/i0031-8884-40-6-503.1. DOI |
34 | Hallegraeff, G. M. J. Phycol. 2010, 46, 220, DOI:10.1111/j.1529-8817.2010.00815.x. DOI |
35 | Read, B. A.; Kegel, J.; Klute, M. J.; Kuo, A.; Lefebvre, S. C.; Maumus, F.; Mayer, C.; Miller, J.; Monier, A.; Salamov, A.; Young, J.; Aguilar, M.; Claverie, J.-M.; Frickenhaus, S.; Gonzalez, K.; Herman, E. K.; Lin, Y.-C.; Napier, J.; Ogata, H.; Sarno, A. F.; Shmutz, J.; Schroeder, D.; de Vargas, C.; Verret, F.; von Dassow, P.; Valentin, K.; Van de Peer, Y.; Wheeler, G.; Emiliania huxleyi Annotation, C.; Allen, A. E.; Bidle, K.; Borodovsky, M.; Bowler, C.; Brownlee, C.; Mark Cock, J.; Elias, M.; Gladyshev, V. N.; Groth, M.; Guda, C.; Hadaegh, A.; Debora Iglesias-Rodriguez, M.; Jenkins, J.; Jones, B. M.; Lawson, T.; Leese, F.; Lindquist, E.; Lobanov, A.; Lomsadze, A.; Malik, S.-B.; Marsh, M. E.; Mackinder, L.; Mock, T.; Mueller-Roeber, B.; Pagarete, A.; Parker, M.; Probert, I.; Quesneville, H.; Raines, C.; Rensing, S. A.; Riano-Pachon, D. M.; Richier, S.; Rokitta, S.; Shiraiwa, Y.; Soanes, D. M.; van der Giezen, M.; Wahlund, T. M.; Williams, B.; Wilson, W.; Wolfe, G.; Wurch, L. L.; Dacks, J. B.; Delwiche, C. F.; Dyhrman, S. T.; Glockner, G.; John, U.; Richards, T.; Worden, A. Z.; Zhang, X.; Grigoriev, I. V. Nature 2013, 499, 209, DOI:10.1038/nature12221. DOI |
36 | McKew, B. A.; Lefebvre, S. C.; Achterberg, E. P.; Metodieva, G.; Raines, C. A.; Metodiev, M. V.; Geider, R. J. New Phytol. 2013, 200, 61, DOI: 0.1111/nph.12352. DOI |
37 | McKew, B. A.; Metodieva, G.; Raines, C. A.; Metodiev, M. V.; Geider, R. J. Environ. microbiol. 2015, 17, 4050, DOI: 10.1111/1462-2920.12957. DOI |
38 | Duong, V.-A.; Nam, O.; Jin, E.; Park, J.-M.; Lee, H. Molecules 2021, 26, 2027, DOI: 10.3390/molecules26072027. DOI |
39 | Nam, O.; Park, J.-M.; Lee, H.; Jin, E. PLoS One 2019, 14, e0221938, DOI: 10.1371/journal.pone.0221938. DOI |
40 | Kwon, D.; Park, J.-M.; Duong, V.-A.; Hong, S.-J.; Cho, B.-K.; Lee, C.-G.; Choi, H.-K.; Kim, D.-M.; Lee, H. J. Mar. Sci. Eng. 2020, 8, 790, DOI: 10.3390/jmse8100790. DOI |