Mass Spectrometry Imaging of Microbes |
Yang, Hyojik
(Department of Microbial Pathogenesis, School of Dentistry, University of Maryland)
Goodlett, David R. (Department of Microbial Pathogenesis, School of Dentistry, University of Maryland) Ernst, Robert K. (Department of Microbial Pathogenesis, School of Dentistry, University of Maryland) Scott, Alison J. (Department of Microbial Pathogenesis, School of Dentistry, University of Maryland) |
1 | Fletcher, J. S. Biointerphases 2015, 10, 018902, DOI: 10.1116/1.4907727. DOI |
2 | Wakeman, C. A.; Moore, J. L.; Noto, M. J.; Zhang, Y.; Singleton, M. D.; Prentice, B. M.; Gilston, B. A.; Doster, R. S.; Gaddy, J. A.; Chazin, W. J.; Caprioli, R. M.; Skaar, E. P. Nat. Commun. 2016, 7, 11951, DOI: 10.1038/ncomms11951. DOI |
3 | Cassat, J. E.; Moore, J. L.; Wilson, K. J.; Stark, Z.; Prentice, B. M.; Van de Plas, R.; Perry, W. J.; Zhang, Y.; Virostko, J.; Colvin, D. C.; Rose, K. L.; Judd, A. M.; Reyzer, M. L.; Spraggins, J. M.; Grunenwald, C. M.; Gore, J. C.; Caprioli, R. M.; Skaar, E. P. Sci. Transl. Med. 2018, 10, eaan6361, DOI: 10.1126/scitranslmed.aan6361. DOI |
4 | Becker, J. S.; Matusch, A.; Wu, B. Anal. Chim. Acta 2014, 835, 1, DOI: 10.1016/j.aca.2014.04.048. DOI |
5 | Stewart, T. J. Metallomics 2019, 11, 29, DOI: 10.1039/c8mt00235e. DOI |
6 | Scott, A. J.; Post, J. M.; Lerner, R.; Ellis, S. R.; Lieberman, J.; Shirey, K. A.; Heeren, R. M. A.; Bindila, L.; Ernst, R. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2017, 114, 12596, DOI: 10.1073/pnas.1712887114. DOI |
7 | Hulme, H. E.; Meikle, L. M.; Wessel, H.; Strittmatter, N.; Swales, J.; Thomson, C.; Nilsson, A.; Nibbs, R. J. B.; Milling, S.; Andren, P. E.; Mackay, C. L.; Dexter, A.; Bunch, J.; Goodwin, R. J. A.; Burchmore, R.; Wall, D. M. Sci. Rep. 2017, 7, 2786, DOI: 10.1038/s41598-017-03100-5. DOI |
8 | Saleh Mghir, A.; Cremieux, A. C.; Bleton, R.; Ismael, F.; Manteau, M.; Dautrey, S.; Massias, L.; Garry, L.; Sales, N.; Maziere, B.; Carbon, C. Antimicrob. Agents. Chemother. 1998, 42, 2830, DOI: 10.1128/AAC.42.11.2830. DOI |
9 | Prideaux, B.; Via, L. E.; Zimmerman, M. D.; Eum, S.; Sarathy, J.; O'Brien, P.; Chen, C.; Kaya, F.; Weiner, D. M.; Chen, P. Y.; Song, T.; Lee, M.; Shim, T. S.; Cho, J. S.; Kim, W.; Cho, S. N.; Olivier, K. N.; Barry, C. E., 3rd; Dartois, V. Nat. Med. 2015, 21, 1223, DOI: 10.1038/nm.3937. DOI |
10 | Zhao, Y.; Prideaux, B.; Nagasaki, Y.; Lee, M. H.; Chen, P. Y.; Blanc, L.; Ho, H.; Clancy, C. J.; Nguyen, M. H.; Dartois, V.; Perlin, D. S. Antimicrob. Agents Chemother. 2017, 61, e01009, DOI: 10.1128/AAC.01009-17. |
11 | Lee, A.; Prideaux, B.; Lee, M. H.; Zimmerman, M.; Dolgov, E.; Perlin, D. S.; Zhao, Y. Antimicrob. Agents Chemother. 2019, 63, e00524, DOI: 10.1128/AAC.00524-19. |
12 | Chughtai, K.; Heeren, R. M. Chem. Rev. 2010, 110, 3237, DOI: 10.1021/cr100012c. DOI |
13 | Spraker, J. E.; Luu, G. T.; Sanchez, L. M. Nat. Prod. Rep. 2020, 37, 150, DOI: 10.1039/c9np00038k. DOI |
14 | Watrous, J.; Hendricks, N.; Meehan, M.; Dorrestein, P. C. Anal. Chem. 2010, 82, 1598, DOI: 10.1021/ac9027388. DOI |
15 | Rubakhin, S. S.; Sweedler, J. V. Methods Mol. Biol. 2010, 656, 21, DOI: 10.1007/978-1-60761-746-4_2. DOI |
16 | Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Hamady, M.; Fraser-Liggett, C. M.; Knight, R.; Gordon, J. I. Nature 2007, 449, 804, DOI: 10.1038/nature06244. DOI |
17 | Fierer, N.; Jackson, J. A.; Vilgalys, R.; Jackson, R. B. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 4117, DOI: 10.1128/AEM.71.7.4117-4120.2005. DOI |
18 | Hwang, C.; Ling, F.; Andersen, G. L.; LeChevallier, M. W.; Liu, W. T. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78, 7856, DOI: 10.1128/AEM.01892-12. DOI |
19 | Lanoil, B.; Skidmore, M.; Priscu, J. C.; Han, S.; Foo, W.; Vogel, S. W.; Tulaczyk, S.; Engelhardt, H. Environ. Microbiol. 2009, 11, 609, DOI: 10.1111/j.1462-2920.2008.01831.x. DOI |
20 | Belov, A. A.; Cheptsov, V. S.; Vorobyova, E. A. AIMS Microbiol 2018, 4, 685, DOI: 10.3934/microbiol.2018.4.685. DOI |
21 | Hare, D. J.; Kysenius, K.; Paul, B.; Knauer, B.; Hutchinson, R. W.; O'Connor, C.; Fryer, F.; Hennessey, T. P.; Bush, A. I.; Crouch, P. J.; Doble, P. A. J. Vis. Exp. 2017, 119, e55042, DOI: 10.3791/55042. |
22 | Takats, Z.; Wiseman, J. M.; Gologan, B.; Cooks, R. G. Science 2004, 306, 471, DOI: 10.1126/science.1104404. DOI |
23 | Ifa, D. R.; Wu, C.; Ouyang, Z.; Cooks, R. G. Analyst 2010, 135, 669, DOI: 10.1039/b925257f. DOI |
24 | Roach, P. J.; Laskin, J.; Laskin, A. Analyst 2010, 135, 2233, DOI: 10.1039/c0an00312c. DOI |
25 | Watrous, J.; Roach, P.; Heath, B.; Alexandrov, T.; Laskin, J.; Dorrestein, P. C. Anal. Chem. 2013, 85, 10385, DOI: 10.1021/ac4023154. DOI |
26 | Karas, M.; Kruger, R. Chem. Rev. 2003, 103, 427, DOI: 10.1021/cr010376a. DOI |
27 | Caprioli, R. M.; Farmer, T. B.; Gile, J. Anal. Chem. 1997, 69, 4751, DOI: 10.1021/ac970888i. DOI |
28 | Norris, J. L.; Caprioli, R. M. Chem. Rev. 2013, 113, 2309, DOI: 10.1021/cr3004295. DOI |
29 | Leopold, J.; Popkova, Y.; Engel, K. M.; Schiller, J. Biomolecules 2018, 8, 173, DOI: 10.3390/biom8040173. DOI |
30 | Yang, J. Y.; Phelan, V. V.; Simkovsky, R.; Watrous, J. D.; Trial, R. M.; Fleming, T. C.; Wenter, R.; Moore, B. S.; Golden, S. S.; Pogliano, K.; Dorrestein, P. C. J. Bacteriol. 2012, 194, 6023, DOI: 10.1128/JB.00823-12. DOI |
31 | Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198, DOI: 10.1038/nature01511. DOI |
32 | Dong, J.; Ning, W.; Mans, D. J.; Mans, J. D. Anal. Methods 2018, 10, 572, DOI: 10.1039/C7AY02583A. DOI |
33 | Yang, H. J.; Park, K. H.; Kim, H. S.; Kim, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 2000, DOI: 10.1016/j.jasms.2010.08.010. DOI |
34 | Shi, C. Y.; Deng, C. H. Analyst 2016, 141, 2816, DOI: 10.1039/c6an00220j. DOI |
35 | Skraskova, K.; Claude, E.; Jones, E. A.; Towers, M.; Ellis, S. R.; Heeren, R. M. Methods 2016, 104, 69, DOI: 10.1016/j.ymeth.2016.02.014. DOI |
36 | Scadding, C. J.; Watling, R. J.; Thomas, A. G. Talanta 2005, 67, 414, DOI: 10.1016/j.talanta.2005.05.015. DOI |
37 | Tian, H.; Six, D. A.; Krucker, T.; Leeds, J. A.; Winograd, N. Anal. Chem. 2017, 89, 5050, DOI: 10.1021/acs.analchem.7b00466. DOI |
38 | Coles, J. N.; Guilhaus, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 772, DOI: 10.1016/1044-0305(94)80010-3. DOI |
39 | Pelander, A.; Decker, P.; Baessmann, C.; Ojanpera, I. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 379, DOI: 10.1007/s13361-010-0046-z. DOI |
40 | Reich, R. F.; Cudzilo, K.; Levisky, J. A.; Yost, R. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 564, DOI: 10.1016/j.jasms.2009.12.014. DOI |
41 | Garrett, T. J.; Yost, R. A. Anal. Chem. 2006, 78, 2465, DOI: 10.1021/ac0522761. DOI |
42 | Nyadong, L.; Green, M. D.; De Jesus, V. R.; Newton, P. N.; Fernandez, F. M. Anal. Chem. 2007, 79, 2150, DOI: 10.1021/ac062205h. DOI |
43 | Zubarev, R. A.; Makarov, A. Anal. Chem. 2013, 85, 5288, DOI: 10.1021/ac4001223. DOI |
44 | Bowman, A. P.; Bogie, J. F. J.; Hendriks, J. J. A.; Haidar, M.; Belov, M.; Heeren, R. M. A.; Ellis, S. R. Anal. Bioanal. Chem. 2020, 412, 2277, DOI: 10.1007/s00216-019-02290-3. DOI |
45 | Chumbley, C. W.; Reyzer, M. L.; Allen, J. L.; Marriner, G. A.; Via, L. E.; Barry, C. E., 3rd; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2016, 88, 2392, DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04409. DOI |
46 | Ellis, S. R.; Paine, M. R. L.; Eijkel, G. B.; Pauling, J. K.; Husen, P.; Jervelund, M. W.; Hermansson, M.; Ejsing, C. S.; Heeren, R. M. A. Nat. Methods 2018, 15, 515, DOI: 10.1038/s41592-018-0010-6. DOI |
47 | Krasny, L.; Hoffmann, F.; Ernst, G.; Trede, D.; Alexandrov, T.; Havlicek, V.; Guntinas-Lichius, O.; von Eggeling, F.; Crecelius, A. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 36, DOI: 10.1007/s13361-014-1018-5 DOI |
48 | Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1, DOI: 10.1002/(SICI)1098-2787(1998)17:1<1::AID-MAS1>3.0.CO;2-K. DOI |
49 | Perry, R. H.; Cooks, R. G.; Noll, R. J. Mass Spectrom. Rev. 2008, 27, 661, DOI: 10.1002/mas.20186. DOI |
50 | Prentice, B. M.; Caprioli, R. M. Postdoc J. 2016, 4, 3. |
51 | Hayflick, L.; Chanock, R. M. Bacteriol. Rev. 1965, 29, 185. DOI |
52 | Kalanetra, K. M.; Joye, S. B.; Sunseri, N. R.; Nelson, D. C. Environ. Microbiol. 2005, 7, 1451, DOI: 10.1111/j.1462-2920.2005.00832.x. DOI |
53 | Levin, P. A.; Angert, E. R. Cold Spring Harb. Perspect Biol. 2015, 7, a019216, DOI: 10.1101/cshperspect.a019216. DOI |
54 | Musat, N.; Foster, R.; Vagner, T.; Adam, B.; Kuypers, M. M. FEMS Microbiol. Rev. 2012, 36, 486, DOI: 10.1111/j.1574-6976.2011.00303.x. DOI |
55 | Niehaus, M.; Soltwisch, J.; Belov, M. E.; Dreisewerd, K. Nat. Methods 2019, 16, 925, DOI: 10.1038/s41592-019-0536-2. DOI |
56 | Ostrowski, S. G.; Van Bell, C. T.; Winograd, N.; Ewing, A. G. Science 2004, 305, 71, DOI: 10.1126/science.1099791. DOI |
57 | Lechene, C.; Hillion, F.; McMahon, G.; Benson, D.; Kleinfeld, A. M.; Kampf, J. P.; Distel, D.; Luyten, Y.; Bonventre, J.; Hentschel, D.; Park, K. M.; Ito, S.; Schwartz, M.; Benichou, G.; Slodzian, G. J. Biol. 2006, 5, 20, DOI: 10.1186/jbiol42. DOI |
58 | Yu, H.; Chaimbault, P.; Clarot, I.; Chen, Z.; Leroy, P. Talanta 2019, 191, 491, DOI: 10.1016/j.talanta.2018.09.011. DOI |
59 | Yin, R.; Burnum-Johnson, K. E.; Sun, X.; Dey, S. K.; Laskin, J. Nat. Protoc. 2019, 14, 3445, DOI: 10.1038/s41596-019-0237-4. DOI |
60 | Liu, W. T.; Yang, Y. L.; Xu, Y.; Lamsa, A.; Haste, N. M.; Yang, J. Y.; Ng, J.; Gonzalez, D.; Ellermeier, C. D.; Straight, P. D.; Pevzner, P. A.; Pogliano, J.; Nizet, V.; Pogliano, K.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2010, 107, 16286, DOI: 10.1073/pnas.1008368107. DOI |
61 | Branda, S. S.; Gonzalez-Pastor, J. E.; Ben-Yehuda, S.; Losick, R.; Kolter, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11621, DOI: 10.1073/pnas.191384198. DOI |
62 | Rodrigues, J. P.; Prova, S. S.; Moraes, L. A. B.; Ifa, D. R. Anal. Bioanal. Chem. 2018, 410, 7135, DOI: 10.1007/s00216-018-1315-0. DOI |
63 | Ribeiro da Cunha, B.; Fonseca, L. P.; Calado, C. R. C. Antibiotics 2019, 8, 45, DOI: 10.3390/antibiotics8020045. DOI |
64 | Debois, D.; Hamze, K.; Guerineau, V.; Le Caer, J. P.; Holland, I. B.; Lopes, P.; Ouazzani, J.; Seror, S. J.; Brunelle, A.; Laprevote, O. Proteomics 2008, 8, 3682, DOI: 10.1002/pmic.200701025. DOI |
65 | Spengler, B. Anal. Chem. 2015, 87, 64, DOI: 10.1021/ac504543v. DOI |
66 | Prentice, B. M.; Chumbley, C. W.; Caprioli, R. M. J. Mass Spectrom. 2016, 51, 665, DOI: 10.1002/jms.3798. DOI |
67 | Spraggins, J. M.; Djambazova, K. V.; Rivera, E. S.; Migas, L. G.; Neumann, E. K.; Fuetterer, A.; Suetering, J.; Goedecke, N.; Ly, A.; Van de Plas, R.; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2019, 91, 14552, DOI: 10.1021/acs.analchem.9b03612. DOI |
68 | Yang, H. J.; Park, K. H.; Lim, D. W.; Kim, H. S.; Kim, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 621, DOI: 10.1002/rcm.6140. DOI |
69 | Holzlechner, M.; Reitschmidt, S.; Gruber, S.; Zeilinger, S.; Marchetti-Deschmann, M. Proteomics 2016, 16, 1742, DOI: 10.1002/pmic.201500510. DOI |
70 | Si, T.; Li, B.; Zhang, K.; Xu, Y.; Zhao, H.; Sweedler, J. V. J. Proteome Res. 2016, 15, 1955, DOI: 10.1021/acs.jproteome.6b00127. DOI |
71 | Blanc, L.; Lenaerts, A.; Dartois, V.; Prideaux, B. Anal. Chem. 2018, 90, 6275, DOI: 10.1021/acs.analchem.8b00985. DOI |
72 | Ellis, B. M.; Fischer, C. N.; Martin, L. B.; Bachmann, B. O.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2019, 91, 13703, DOI: 10.1021/acs.analchem.9b02992. DOI |
73 | Kooijman, P. C.; Nagornov, K. O.; Kozhinov, A. N.; Kilgour, D. P. A.; Tsybin, Y. O.; Heeren, R. M. A.; Ellis, S. R. Sci. Rep. 2019, 9, 8, DOI: 10.1038/s41598-018-36957-1. DOI |
74 | Manicke, N. E.; Dill, A. L.; Ifa, D. R.; Cooks, R. G. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 223, DOI: 10.1002/jms.1707. DOI |
75 | Boaru, S. G.; Merle, U.; Uerlings, R.; Zimmermann, A.; Flechtenmacher, C.; Willheim, C.; Eder, E.; Ferenci, P.; Stremmel, W.; Weiskirchen, R. J. Cell Mol. Med. 2015, 19, 806, DOI: 10.1111/jcmm.12497. DOI |
76 | Bhattacharjee, A.; Velickovic, D.; Wietsma, T. W.; Bell, S. L.; Jansson, J. K.; Hofmockel, K. S.; Anderton, C. R. mSystems 2020, 5, e00645, DOI: 10.1128/mSystems.00645-19. DOI |
77 | Latimer, J.; Stokes, S. L.; Graham, A. I.; Bunch, J.; Jackson, R. J.; McLeod, C. W.; Poole, R. K. J. Microbiol. Methods 2009, 79, 329, DOI: 10.1016/j.mimet.2009.10.001. DOI |
78 | Furusawa, G.; Dziewanowska, K.; Stone, H.; Settles, M.; Hartzell, P. Mol. Microbiol. 2011, 81, 784, DOI: 10.1111/j.1365-2958.2011.07732.x. DOI |
79 | Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B. S.; Yang, J. Y.; Kersten, R. D.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J. M.; Moore, B. S.; Laskin, J.; Bandeira, N.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E1743, DOI: 10.1073/pnas.1203689109. DOI |
80 | Moore, J. L.; Caprioli, R. M.; Skaar, E. P. Curr. Opin. Microbiol. 2014, 19, 45, DOI: 10.1016/j.mib.2014.05.023. DOI |
81 | Ernst, R. K.; Yi, E. C.; Guo, L.; Lim, K. B.; Burns, J. L.; Hackett, M.; Miller, S. I. Science 1999, 286, 1561, DOI: 10.1126/science.286.5444.1561. DOI |
82 | Attia, A. S.; Schroeder, K. A.; Seeley, E. H.; Wilson, K. J.; Hammer, N. D.; Colvin, D. C.; Manier, M. L.; Nicklay, J. J.; Rose, K. L.; Gore, J. C.; Caprioli, R. M.; Skaar, E. P. Cell Host Microbe. 2012, 11, 664, DOI: 10.1016/j.chom.2012.04.018. DOI |
83 | Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521, DOI: 10.1093/nar/gkl923. DOI |
84 | Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703, DOI: 10.1002/jms.1777. DOI |
85 | Jewison, T.; Knox, C.; Neveu, V.; Djoumbou, Y.; Guo, A. C.; Lee, J.; Liu, P.; Mandal, R.; Krishnamurthy, R.; Sinelnikov, I.; Wilson, M.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D815, DOI: 10.1093/nar/gkr916. DOI |
86 | Guo, A. C.; Jewison, T.; Wilson, M.; Liu, Y.; Knox, C.; Djoumbou, Y.; Lo, P.; Mandal, R.; Krishnamurthy, R.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D625, DOI: 10.1093/nar/gks992. DOI |
87 | Huang, W.; Brewer, L. K.; Jones, J. W.; Nguyen, A. T.; Marcu, A.; Wishart, D. S.; Oglesby-Sherrouse, A. G.; Kane, M. A.; Wilks, A. Nucleic Acids Res. 2018, 46, D575, DOI: 10.1093/nar/gkx1061. DOI |
88 | Wang, L.; Xing, X.; Chen, L.; Yang, L.; Su, X.; Rabitz, H.; Lu, W.; Rabinowitz, J. D. Anal. Chem. 2019, 91, 1838, DOI: 10.1021/acs.analchem.8b03132. DOI |
89 | Guo, D.; Bemis, K.; Rawlins, C.; Agar, J.; Vitek, O. Bioinformatics 2019, 35, i208, DOI: 10.1093/bioinformatics/btz345. DOI |
90 | Deininger, S. O.; Ebert, M. P.; Futterer, A.; Gerhard, M.; Rocken, C. J. Proteome Res. 2008, 7, 5230, DOI: 10.1021/pr8005777. DOI |
91 | Sarkari, S.; Kaddi, C. D.; Bennett, R. V.; Fernandez, F. M.; Wang, M. D. Conf. Proc. IEEE Eng. Med. Biol. Soc. 2014, 2014, 4771, DOI: 10.1109/EMBC.2014.6944691. |
92 | Weiskirchen, R.; Weiskirchen, S.; Kim, P.; Winkler, R. J. Cheminform. 2019, 11, 16, DOI: 10.1186/s13321-019-0338-7. DOI |
93 | Patterson, N. H.; Yang, E.; Kranjec, E. A.; Chaurand, P. Bioinformatics 2019, 35, 1261, DOI: 10.1093/bioinformatics/bty780. DOI |
94 | Desbenoit, N.; Walch, A.; Spengler, B.; Brunelle, A.; Rompp, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2018, 32, 159, DOI: 10.1002/rcm.8022. DOI |
95 | Bemis, K. D.; Harry, A.; Eberlin, L. S.; Ferreira, C.; van de Ven, S. M.; Mallick, P.; Stolowitz, M.; Vitek, O. Bioinformatics 2015, 31, 2418, DOI: 10.1093/bioinformatics/btv146. DOI |
96 | Patterson, N. H.; Tuck, M.; Van de Plas, R.; Caprioli, R. M. Anal. Chem. 2018, 90, 12395, DOI: 10.1021/acs.analchem.8b02884. DOI |
97 | Geier, B.; Sogin, E. M.; Michellod, D.; Janda, M.; Kompauer, M.; Spengler, B.; Dubilier, N.; Liebeke, M. Nat. Microbiol. 2020, 5, 498, DOI: 10.1038/s41564-019-0664-6. DOI |
98 | Porta Siegel, T.; Hamm, G.; Bunch, J.; Cappell, J.; Fletcher, J. S.; Schwamborn, K. Mol. Imaging Biol. 2018, 20, 888, DOI: 10.1007/s11307-018-1267-y. DOI |
99 | Lohofer, F.; Buchholz, R.; Glinzer, A.; Huber, K.; Haas, H.; Kaissis, G.; Feuchtinger, A.; Aichler, M.; Sporns, P. B.; Holtke, C.; Stolting, M.; Schilling, F.; Botnar, R. M.; Kimm, M. A.; Faber, C.; Walch, A. K.; Zernecke, A.; Karst, U.; Wildgruber, M. Sci. Rep. 2020, 10, 79, DOI: 10.1038/s41598-019-57075-6. DOI |
100 | Rabe, J. H.; D, A. S.; Schulz, S.; Munteanu, B.; Ott, M.; Ochs, K.; Hohenberger, P.; Marx, A.; Platten, M.; Opitz, C. A.; Ory, D. S.; Hopf, C. Sci. Rep. 2018, 8, 313, DOI: 10.1038/s41598-017-18477-6. DOI |
101 | Bocklitz, T.; Brautigam, K.; Urbanek, A.; Hoffmann, F.; von Eggeling, F.; Ernst, G.; Schmitt, M.; Schubert, U.; Guntinas-Lichius, O.; Popp, J. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 7865, DOI: 10.1007/s00216-015-8987-5. DOI |
102 | Robichaud, G.; Garrard, K. P.; Barry, J. A.; Muddiman, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 718, DOI: 10.1007/s13361-013-0607-z. DOI |
103 | Kallback, P.; Nilsson, A.; Shariatgorji, M.; Andren, P. E. Anal. Chem. 2016, 88, 4346, DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04603. DOI |
104 | Rubel, O.; Greiner, A.; Cholia, S.; Louie, K.; Bethel, E. W.; Northen, T. R.; Bowen, B. P. Anal. Chem. 2013, 85, 10354, DOI: 10.1021/ac402540a. DOI |
105 | Bokulich, N. A.; Lewis, Z. T.; Boundy-Mills, K.; Mills, D. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2016, 37, 182, DOI: 10.1016/j.copbio.2015.12.008. DOI |
106 | Nash, A. K.; Auchtung, T. A.; Wong, M. C.; Smith, D. P.; Gesell, J. R.; Ross, M. C.; Stewart, C. J.; Metcalf, G. A.; Muzny, D. M.; Gibbs, R. A.; Ajami, N. J.; Petrosino, J. F. Microbiome 2017, 5, 153, DOI: 10.1186/s40168-017-0373-4. DOI |
107 | Shreiner, A. B.; Kao, J. Y.; Young, V. B. Curr. Opin. Gastroenterol. 2015, 31, 69, DOI: 10.1097/MOG.0000000000000139. DOI |
108 | Flowers, S. A.; Ellingrod, V. L. Pharmacotherapy 2015, 35, 910, DOI: 10.1002/phar.1640. DOI |
109 | Park, J. B.; Craggs, R. J.; Shilton, A. N. Bioresour. Technol. 2011, 102, 35, DOI: 10.1016/j.biortech.2010.06.158. DOI |
110 | Robador, A.; LaRowe, D. E.; Finkel, S. E.; Amend, J. P.; Nealson, K. H. Front. Microbiol. 2018, 9, 109, DOI: 10.3389/fmicb.2018.00109. DOI |
111 | Meisel, J. D.; Panda, O.; Mahanti, P.; Schroeder, F. C.; Kim, D. H. Cell 2014, 159, 267, DOI: 10.1016/j.cell.2014.09.011. DOI |
112 | Kilaru, S.; Schuster, M.; Studholme, D.; Soanes, D.; Lin, C.; Talbot, N. J.; Steinberg, G. Fungal. Genet. Biol. 2015, 79, 125, DOI: 10.1016/j.fgb.2015.03.022. DOI |
113 | Watrous, J. D.; Dorrestein, P. C. Nat. Rev. Microbiol. 2011, 9, 683, DOI: 10.1038/nrmicro2634. DOI |
114 | Schmidt, R.; Ulanova, D.; Wick, L. Y.; Bode, H. B.; Garbeva, P. ISME J. 2019, 13, 2656, DOI: 10.1038/s41396-019-0469-x. DOI |
115 | Laupland, K. B.; Valiquette, L. Can. J. Infect. Dis. Med. Microbiol. 2013, 24, 125, DOI: 10.1155/2013/101630. DOI |
116 | Weigele, B. A.; Orchard, R. C.; Jimenez, A.; Cox, G. W.; Alto, N. M. Nat. Commun. 2017, 8, 532, D OI: 10.1038/s41467-017-00700-7. DOI |
117 | Halouska, S.; Zhang, B.; Gaupp, R.; Lei, S.; Snell, E.; Fenton, R. J.; Barletta, R. G.; Somerville, G. A.; Powers, R. J. Integr. OMICS 2013, 3, 120, DOI: 10.5584/jiomics.v3i2.139. DOI |
118 | El-Elimat, T.; Figueroa, M.; Ehrmann, B. M.; Cech, N. B.; Pearce, C. J.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2013, 76, 1709, DOI: 10.1021/np4004307. DOI |
119 | Boiteau, R. M.; Hoyt, D. W.; Nicora, C. D.; Kinmonth-Schultz, H. A.; Ward, J. K.; Bingol, K. Metabolites 2018, 8, 8, DOI: 10.3390/metabo8010008. DOI |
120 | Dunham, S. J.; Ellis, J. F.; Li, B.; Sweedler, J. V. Acc. Chem. Res. 2017, 50, 96, DOI: 10.1021/acs.accounts.6b00503. DOI |
121 | McDonnell, L. A.; Heeren, R. M. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 606, DOI: 10.1002/mas.20124. DOI |
122 | Buchberger, A. R.; DeLaney, K.; Johnson, J.; Li, L. Anal. Chem. 2018, 90, 240, DOI: 10.1021/acs.analchem.7b04733 . DOI |
123 | Bowman, A. P.; Blakney, G. T.; Hendrickson, C. L.; Ellis, S. R.; Heeren, R. M. A.; Smith, D. F. Anal. Chem. 2020, 92, 3133, DOI: 10.1021/acs.analchem.9b04768. DOI |
124 | Costa, J. H.; Wassano, C. I.; Angolini, C. F. F.; Scherlach, K.; Hertweck, C.; Pacheco Fill, T. Sci. Rep. 2019, 9, 18647, DOI: 10.1038/s41598-019-55204-9. DOI |
125 | Yang, Y. L.; Xu, Y.; Straight, P.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 885, DOI: 10.1038/nchembio.252. DOI |
126 | Suzuki, T.; Matsuzaki, T.; Hagiwara, H.; Aoki, T.; Takata, K. Acta Histochem. Cytochem. 2007, 40, 131, DOI: 10.1267/ahc.07023. DOI |
127 | Cazares, L. H.; Van Tongeren, S. A.; Costantino, J.; Kenny, T.; Garza, N. L.; Donnelly, G.; Lane, D.; Panchal, R. G.; Bavari, S. BMC Microbiol. 2015, 15, 101, DOI: 10.1186/s12866-015-0431-7. DOI |
128 | Moree, W. J.; Phelan, V. V.; Wu, C. H.; Bandeira, N.; Cornett, D. S.; Duggan, B. M.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 13811, DOI: 10.1073/pnas.1206855109. DOI |
129 | Nygren, H.; Malmberg, P. Trends Biotechnol. 2007, 25, 499, DOI: 10.1016/j.tibtech.2007.07.010. DOI |
130 | Guerquin-Kern, J. L.; Wu, T. D.; Quintana, C.; Croisy, A. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1724, 228, DOI: 10.1016/j.bbagen.2005.05.013. DOI |
131 | Brunelle, A.; Touboul, D.; Laprevote, O. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 985, DOI: 10.1002/jms.902. DOI |
132 | Fletcher, J. S.; Vickerman, J. C. Anal. Chem. 2013, 85, 610, DOI: 10.1021/ac303088m. DOI |
133 | Lee, D. K.; Na, E.; Park, S.; Park, J. H.; Lim, J.; Kwon, S. W. ACS Cent. Sci. 2018, 4, 1037, DOI: 10.1021/acscentsci.8b00296. DOI |
134 | Chandra, S.; Smith, D. R.; Morrison, G. H. Anal. Chem. 2000, 72, 104A, DOI: 10.1021/ac002716i. DOI |
135 | Passarelli, M. K.; Winograd, N. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1811, 976, DOI: 10.1016/j.bbalip.2011.05.007. DOI |