MS-Based Technologies for the Study of Site-Specific Glycosylation |
Kim, Unyong
(Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University)
Oh, Myung Jin (Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University) Lee, Jua (Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University) Hwang, Hee Yeon (Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University) An, Hyun Joo (Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University) |
1 | Li, J. Functional Glycomics: Methods and Protocols. Humana Press: Totowa, NJ, 2010. |
2 | Catherine A. Cooper; Elisabeth Gasteiger; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1, 340. DOI |
3 | Wu, Y.; Mechref, Y.; Klouckova, I.; Mayampurath, A.; Novotny, M. V.; Tang, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 965. DOI |
4 | Lee, L. Y.; Moh, E. S.; Parker, B. L.; Bern, M.; Packer, N. H.; Thaysen-Andersen, M. J. Proteome Res. 2016, 15, 3904. DOI |
5 | Strum, J. S.; Nwosu, C. C.; Hua, S.; Kronewitter, S. R.; Seipert, R. R.; Bachelor, R. J.; An, H. J.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 2013, 85, 5666. DOI |
6 | Chandler, K. B.; Pompach, P.; Goldman, R.; Edwards, N. J. Proteome Res. 2013, 12, 3652. DOI |
7 | Park, G. W.; Kim, J. Y.; Hwang, H.; Lee, J. Y.; Ahn, Y. H.; Lee, H. K.; Ji, E. S.; Kim, K. H.; Jeong, H. K.; Yun, K. N.; Kim, Y. S.; Ko, J. H.; An, H. J.; Kim, J. H.; Paik, Y. K.; Yoo, J. S. Sci. Rep. 2016, 6, 21175. DOI |
8 | Lih, T. M.; Choong, W. K.; Chen, C. C.; Cheng, C. W.; Lin, H. N.; Chen, C. T.; Chang, H. Y.; Hsu, W. L.; Sung, T. Y. Nucleic Acids Res. 2016, 44, w575. DOI |
9 | Lynn, K. S.; Chen, C. C.; Lih, T. M.; Cheng, C. W.; Su, W. C.; Chang, C. H.; Cheng, C. Y.; Hsu, W. L.; Chen, Y. J.; Sung, T. Y. Anal. Chem. 2015, 87, 2466. DOI |
10 | Liu, M. Q.; Zeng, W. F.; Fang, P.; Cao, W. Q.; Liu, C.; Yan, G. Q.; Zhang, Y.; Peng, C.; Wu, J. Q.; Zhang, X. J.; Tu, H. J.; Chi, H.; Sun, R. X.; Cao, Y.; Dong, M. Q.; Jiang, B. Y.; Huang, J. M.; Shen, H. L.; Wong, C. C. L.; He, S. M.; Yang, P. Y. Nat. Commun. 2017, 8, 438. DOI |
11 | Lohmann, K. K.; von der Lieth, C. W. Proteomics 2003, 3, 2028. DOI |
12 | Jiang, J.; Tian, F.; Cai, Y.; Qian, X. H.; Costello, C. E.; Ying, W. T. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 6265. DOI |
13 | Kolarich, D.; Jensen, P. H.; Altmann, F.; Packer, N. H. Nat. Protoc. 2012, 7, 1285. DOI |
14 | Leymarie, N.; Griffin, P. J.; Jonscher, K.; Kolarich, D.; Orlando, R.; McComb, M.; Zaia, J.; Aguilan, J.; Alley, W. R.; Altmann, F.; Ball, L. E.; Basumallick, L.; Bazemore-Walker, C. R.; Behnken, H.; Blank, M. A.; Brown, K. J.; Bunz, S. -C.; Cairo, C. W.; Cipollo, J. F.; Daneshfar, R.; Desaire, H.; Drake, R. R.; Go, E. P.; Goldman, R.; Gruber, C.; Halim, A.; Hathout, Y.; Hensbergen, P. J.; Horn, D. M.; Hurum, D.; Jabs, W.; Larson, G.; Ly, M.; Mann, B. F.; Marx, K.; Mechref, Y.; Meyer, B.; Moginger, U.; Neususs, C.; Nilsson, J.; Novotny, M. V.; Nyalwidhe, J. O.; Packer, N. H.; Pompach, P.; Reiz, B.; Resemann, A.; Rohrer, J. S.; Ruthenbeck, A.; Sanda, M.; Schulz, J. M.; Schweiger-Hufnagel, U.; Sihlbom, C.; Song, E.; Staples, G. O.; Suckau, D.; Tang, H.; Thaysen-Andersen, M.; Viner, R. I.; An, Y.; Valmu, L.; Wada, Y.; Watson, M.; Windwarder, M.; Whittal, R.; Wuhrer, M.; Zhu, Y.; Zou, C. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 2935. DOI |
15 | Faid, V.; Denguir, N.; Chapuis, V.; Bihoreau, N.; Chevreux, G. Proteomics 2014, 14, 2460. DOI |
16 | Plomp, R.; Hensbergen, P. J.; Rombouts, Y.; Zauner, G.; Dragan, I.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. J. Proteome Res. 2014, 13, 536. DOI |
17 | Ohta, M.; Kawasaki, N.; Itoh, S.; Hayakawa, T. Biologicals 2002, 30, 235. DOI |
18 | Hua, S.; Nwosu, C. C.; Strum, J. S.; Seipert, R. R.; An, H. J.; Zivkovic, A. M.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 403, 1291. DOI |
19 | Hua, S.; Hu, C. Y.; Kim, B. J.; Totten, S. M.; Oh, M. J.; Yun, N.; Nwosu, C. C.; Yoo, J. S.; Lebrilla, C. B.; An, H. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 4414. DOI |
20 | Thaysen-Andersen, M.; Packer, N. H. BBA-Proteins and Proteom. 2014, 1844. |
21 | Groleau, P. E.; Desharnais, P.; Cote, L.; Ayotte, C. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 924. DOI |
22 | Alvarez-Manilla, G.; Atwood, J.; Guo, Y.; Warren, N. L.; Orlando, R.; Pierce, M. J. Proteome Res. 2006, 5, 701. DOI |
23 | Joenvaara, S.; Ritamo, I.; Peltoniemi, H.; Renkonen, R. Glycobiology 2008, 18, 339. DOI |
24 | Hemstrom, P.; Irgum, K. J. Sep. Sci. 2006, 29, 1784. DOI |
25 | Huddleston, M. J.; Bean, M. F.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 877. DOI |
26 | Cointe, D.; Beliard, R.; Jorieux, S.; Leroy, Y.; Glacet, A.; Verbert, A.; Bourel, D.; Chirat, F. Glycobiology 2000, 10, 511. DOI |
27 | Hua, S.; Oh, M. J.; Ozcan, S.; Seo, Y. S.; Grimm, R.; An, H. J. TrAC- Trends Anal. Chem. 2015, 68, 18. DOI |
28 | Thaysen-Andersen, M.; Wilkinson, B. L.; Payne, R. J.; Packer, N. H. Electrophoresis 2011, 32, 3536. DOI |
29 | Dam, S.; Thaysen-Andersen, M.; Stenkjær, E.; Lorentzen, A.; Roepstorff, P.; Packer, N. H.; Stougaard, J. J. Proteome Res. 2013, 12, 3383. DOI |
30 | Thaysen-Andersen, M.; Packer, N. H. BBA-Proteins Proteom. 2014, 1844, 1437. DOI |
31 | Sun, B.; Ranish, J. A.; Utleg, A. G.; White, J. T.; Yan, X.; Lin, B.; Hood, L. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 141. DOI |
32 | Stadlmann, J.; Taubenschmid, J.; Wenzel, D.; Gattinger, A.; Durnberger, G.; Dusberger, F.; Elling, U.; Mach, L.; Mechtler, K.; Penninger, J. M. Nature 2017, 549, 538. DOI |
33 | Parker, B. L.; Thaysen-Andersen, M.; Solis, N.; Scott, N. E.; Larsen, M. R.; Graham, M. E.; Packer, N. H.; Cordwell, S. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 5791. DOI |
34 | Halim, A.; Nilsson, J.; Ruetschi, U.; Hesse, C.; Larson, G. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1. DOI |
35 | Cancilla, M. T.; Wong, A. W.; Voss, L. R.; Lebrilla, C. B. Anal. Chem. 1999, 71, 3206. DOI |
36 | Jensen, L. J.; Kuhn, M.; Stark, M.; Chaffron, S.; Creevey, C.; Muller, J.; Doerks, T.; Julien, P.; Roth, A.; Simonovic, M.; Bork, P.; von Mering, C. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D412. DOI |
37 | Ueda, K. Proteomics Clin. Appl. 2013, 7, 607. |
38 | Tian, Y.; Zhang, H. Proteomics Clin. Appl. 2010, 4, 124. DOI |
39 | Mayampurath, A.; Yu, C. -Y.; Song, E.; Balan, J.; Mechref, Y.; Tang, H. Anal. Chem. 2014, 86, 453. DOI |
40 | Hua, S.; Hu, C. Y.; Kim, B. J.; Totten, S. M.; Oh, M. J.; Yun, N.; Nwosu, C. C.; Yoo, J. S.; Lebrilla, C. B.; An, H. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 4414. DOI |
41 | Anonsen, J. H.; Vik, A.; Egge-Jacobsen, W.; Koomey, M. J. Proteome Res. 2012, 11, 5781. DOI |
42 | Yin, X.; Bern, M.; Xing, Q.; Ho, J.; Viner, R.; Mayr, M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 956. DOI |
43 | Trinidad, J. C.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L.; Medzihradszky, K. F. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3474. DOI |
44 | Halim, A.; Ruetschi, U.; Larson, G. r.; Nilsson, J. J. Proteome Res. 2013, 12, 573. DOI |
45 | Thannhauser, T. W.; Shen, M.; Sherwood, R.; Howe, K.; Fish, T.; Yang, Y.; Chen, W.; Zhang, S. Electrophoresis 2013, 34, 2417. DOI |
46 | Nilsson, J.; Ruetschi, U.; Halim, A.; Hesse, C.; Carlsohn, E.; Brinkmalm, G.; Larson, G. Nat. Methods 2009, 6, 809. DOI |
47 | Uematsu, R.; Furukawa, J. -i.; Nakagawa, H.; Shinohara, Y.; Deguchi, K.; Monde, K.; Nishimura, S. -I. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1977. DOI |
48 | Nwosu, C. C.; Seipert, R. R.; Strum, J. S.; Hua, S. S.; An, H. J.; Zivkovic, A. M.; German, B. J.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2011, 10, 2612. DOI |
49 | James, W. Dennis.; Maria, Granovsky.; Warren, C. E. BioEssays 1999, 21, 421. |
50 | Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. BBA-Gen. Subjects 1999, 1473, 4. DOI |
51 | Moremen, K. W.; Tiemeyer, M.; Nairn, A. V. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 448. |
52 | Dwek, R. A.; Butters, T. D.; Platt, F. M.; Zitzmann, N. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1, 65. DOI |
53 | Jefferis, R. Trends Pharmacol. Sci. 2009, 30, 356. DOI |
54 | Kolarich, D.; Lepenies, B.; Seeberger, P. H. Curr. Opin. Chem. Biol. 2012, 16, 214. DOI |
55 | Hong, Q.; Ruhaak, L. R.; Stroble, C.; Parker, E.; Huang, J.; Maverakis, E.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2015, 14, 5179. DOI |
56 | Li, H.; d'Anjou, M. Curr. Opin. Biotechnol. 2009, 20, 678. DOI |
57 | Lingg, N.; Zhang, P.; Song, Z.; Bardor, M. Biotechnol. J. 2012, 7, 1462. DOI |
58 | Marino, K.; Bones, J.; Kattla, J. J.; Rudd, P. M. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 713. DOI |
59 | Wuhrer, M.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. J. Chromatogr. B 2005, 825, 124. DOI |
60 | Park, Y.; Lebrilla, C. B. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 232. DOI |
61 | An, H. J.; Froehlich, J. W.; Lebrilla, C. B. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 421. DOI |
62 | Seo, Y.; Kim, U.; Oh, M. J.; Yun, N. Y.; An, H. J. Mass Spectrom. Lett. 2015, 6, 53. DOI |
63 | Wuhrer, M.; Catalina, M. I.; Deelder, A. M.; Hokke, C. H. J. Chromatogr. B 2007, 849, 115. DOI |
64 | Klampfl, C. W. Electrophoresis 2006, 27, 3. DOI |
65 | Zamfir, A.; Peter-Katalinic, J. Electrophoresis 2001, 22, 2448. DOI |
66 | Harazono, A.; Kawasaki, N.; Itoh, S.; Hashii, N.; Matsuishi-Nakajima, Y.; Kawanishi, T.; Yamaguchi, T. J. Chromatogr. B 2008, 869, 20. DOI |
67 | Nilsson, J. Glycoconj. J. 2016, 33, 261. DOI |
68 | Plematl, A.; Demelbauer, U. M.; Josic, D.; Rizzi, A. Proteomics 2005, 5, 4025. DOI |
69 | Tajiri, M.; Yoshida, S.; Wada, Y. Glycobiology 2005, 15, 1332. DOI |
70 | Jebanathirajah, J.; Steen, H.; Roepstorff, P. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2003, 14, 777. DOI |
71 | Hu, H.; Khatri, K.; Klein, J.; Leymarie, N.; Zaia, J. Glycoconj. J. 2016, 33, 285. DOI |
72 | Bykova, N. V.; Rampitsch, C.; Krokhin, O.; Standing, K. G.; Ens, W. Anal. Chem. 2006, 78, 1093. DOI |
73 | Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9528. DOI |
74 | Wiesner, J.; Premsler, T.; Sickmann, A. Proteomics 2008, 8, 4466. DOI |
75 | Kim, M. -S.; Pandey, A. Proteomics 2012, 12, 530. DOI |
76 | Hakansson, K.; Cooper, H. J.; Emmett, M. R.; Costello, C. E.; Marshall, A. G.; Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2001, 73, 4530. DOI |
77 | Leymarie, N.; Zaia, J. Anal. Chem. 2012, 84, 3040. DOI |
78 | Yu, Q.; Wang, B.; Chen, Z.; Urabe, G.; Glover, M. S.; Shi, X.; Guo, L.-W.; Kent, K. C.; Li, L. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2017, 28, 1751. DOI |
79 | Ko, B. J.; Brodbelt, J. S. Int. J. Mass spectrom. 2015, 377, 385. DOI |
80 | Aboufazeli, F.; Kolli, V.; Dodds, E. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 587. DOI |
81 | An, H. J.; Lebrilla, C. B. Mass Spectrom. Rev. 2011, 30, 560. DOI |
82 | Oh, M. J.; Hua, S.; Kim, U.; Kim, H. J.; Lee, J.; Kim, J.- H.; An, H. J. Bioanalysis 2016, 8, 711. DOI |
83 | Ceroni, A.; Maass, K.; Geyer, H.; Geyer, R.; Dell, A.; Haslam, S. M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1650. DOI |
84 | Zhang, Y.; Xie, X.; Zhao, X.; Tian, F.; Lv, J.; Ying, W.; Qian, X. J. Proteomics 2018, 170, 14. DOI |
85 | Zauner, G.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. J. Sep. Sci. 2010, 33, 903. DOI |
86 | Singh, C.; Zampronio, C. G.; Creese, A. J.; Cooper, H. J. J. Proteome Res. 2012, 11, 4517. DOI |
87 | Pai, P. -J.; Hu, Y.; Lam, H. Anal. Chim. Acta 2016, 934, 152. DOI |
88 | Scott, N. E.; Parker, B. L.; Connolly, A. M.; Paulech, J.; Edwards, A. V.; Crossett, B.; Falconer, L.; Kolarich, D.; Djordjevic, S. P.; Hojrup, P.; Packer, N. H.; Larsen, M. R.; Cordwell, S. J. Mol Cell Proteomics. 2011, 10, M000031-MCP201. |
89 | Wang, D.; Hincapie, M.; Rejtar, T.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2011, 83, 2029. DOI |
90 | Olsen, J. V.; Macek, B.; Lange, O.; Makarov, A.; Horning, S.; Mann, M. Nat. Methods 2007, 4, 709. DOI |
![]() |