Browse > Article
http://dx.doi.org/10.5478/MSL.2013.4.1.10

Multi-Level Characterization of Protein Glycosylation  

Hua, Serenus (Cancer Research Institute, Chungnam National University)
Oh, Myung Jin (Graduate School of Analytical Science and Technology, Chungnam National University)
An, Hyun Joo (Cancer Research Institute, Chungnam National University)
Publication Information
Mass Spectrometry Letters / v.4, no.1, 2013 , pp. 10-17 More about this Journal
Abstract
Recent developments in MS-based glycomics and glycoproteomics have rapidly advanced the field and pushed the boundaries of glyco-analysis into new territories. This review will lay out current workflows and strategies for characterization of the glycoproteome, including (in order of increasing complexity and information content) preliminary site mapping, compositional glycan profiling, isomer-specific glycan profiling, glycosite-specific glycopeptide profiling, and finally, glycoproteomic profiling.
Keywords
Mass spectrometry; Glycosylation; Glycomics; Glycoproteomics;
Citations & Related Records
연도 인용수 순위
  • Reference
1 Schroeder Jr, H. W.; Cavacini, L. Journal of Allergy and Clinical Immunology 2010, 125, S41.   DOI   ScienceOn
2 Neu, U.; Maginnis, M. S.; Palma, A. S.; Stroh, L. J.; Nelson, C. D. S.; Feizi, T.; Atwood, W. J.; Stehle, T. Cell Host & Microbe 2010, 8, 309.   DOI   ScienceOn
3 Gray, J. S. S.; Yang, B. Y.; Montgomery, R. Carbohydrate Research 1998, 311, 61.   DOI   ScienceOn
4 Alley, W. R.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Communications in Mass Spectrometry 2009, 23, 495.   DOI   ScienceOn
5 Kuo, C.-W.; Wu, I. L.; Hsiao, H.-H.; Khoo, K.-H. Analytical and Bioanalytical Chemistry 2012, 402, 2765.   DOI   ScienceOn
6 Nakano, M.; Nakagawa, T.; Ito, T.; Kitada, T.; Hijioka, T.; Kasahara, A.; Tajiri, M.; Wada, Y.; Taniguchi, N.; Miyoshi, E. International Journal of Cancer 2008, 122, 2301.   DOI   ScienceOn
7 Tajiri, M.; Ohyama, C.; Wada, Y.,Glycobiology 2008, 18, 2.   DOI
8 Tajiri, M.; Yoshida, S.; Wada, Y. Glycobiology 2005, 15, 1332.   DOI   ScienceOn
9 Pompach, P.; Chandler, K. B.; Lan, R.; Edwards, N.; Goldman, R. Journal of Proteome Research 2012, 11, 1728.   DOI   ScienceOn
10 Neue, K.; Mormann, M.; Peter-Katalinic, J.; Pohlentz, G. Journal of Proteome Research 2011, 10, 2248.   DOI   ScienceOn
11 Froehlich, J. W.; Barboza, M.; Chu, C.; Lerno, L. A.; Clowers, B. H.; Zivkovic, A. M.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Analytical Chemistry 2011, 83, 5541.   DOI   ScienceOn
12 Harvey, D. J. Journal of Chromatography B 2011, 879, 1196.   DOI   ScienceOn
13 Song, X.; Lasanajak, Y.; Xia, B.; Smith, D. F.; Cummings, R. D. ACS Chemical Biology 2009, 4, 741.   DOI   ScienceOn
14 Hua, S.; Williams, C. C.; Dimapasoc, L. M.; Ro, G. S.; Ozcan, S.; Miyamoto, S.; Lebrilla, C. B.; An, H. J.; Leiserowitz, G. S. Journal of Chromatography A 2013, 1279, 58.   DOI   ScienceOn
15 Wada, Y.; Azadi, P.; Costello, C. E.; Dell, A.; Dwek, R. A.; Geyer, H.; Geyer, R.; Kakehi, K.; Karlsson, N. G.; Kato, K.; Kawasaki, N.; Khoo, K.-H.; Kim, S.; Kondo, A.; Lattova, E.; Mechref, Y.; Miyoshi, E.; Nakamura, K.; Narimatsu, H.; Novotny, M. V.; Packer, N. H.; Perreault, H.; Peter-Katalini, J.; Pohlentz, G.; Reinhold, V. N.; Rudd, P. M.; Suzuki, A.; Taniguchi, N. Glycobiology 2007, 17, 411.   DOI   ScienceOn
16 Kronewitter, S. R.; De Leoz, M. L. A.; Strum, J. S.; An, H. J.; Dimapasoc, L. M.; Guerrero, A.; Miyamoto, S.; Lebrilla, C. B.; Leiserowitz, G. S. Proteomics 2012, 12, 2523.   DOI   ScienceOn
17 Cooper, C. A.; Gasteiger, E.; Packer, N. H. Proteomics 2001, 1, 340.   DOI
18 von der Lieth, C.-W.; Bohne-Lang, A.; Lohmann, K. K.; Frank, M. Briefings in Bioinformatics 2004, 5, 164.   DOI   ScienceOn
19 Schachter, H.; Brockhausen, I. Symposia of the Society for Experimental Biology 1989, 43, 1.
20 Kronewitter, S. R.; An, H. J.; de Leoz, M. L.; Lebrilla, C. B.; Miyamoto, S.; Leiserowitz, G. S. Proteomics 2009, 9, 2986.   DOI   ScienceOn
21 Hua, S.; An, H. J.; Ozcan, S.; Ro, G. S.; Soares, S.; DeVere-White, R.; Lebrilla, C. B. Analyst 2011, 136, 3663.   DOI   ScienceOn
22 Zhao, J.; Simeone, D. M.; Heidt, D.; Anderson, M. A.; Lubman, D. M. Journal of Proteome Research 2006, 5, 1792.   DOI   ScienceOn
23 Reggi, M.; Capon, C.; Gharib, B.; Wieruszeski, J.-M.; Michel, R.; Fournet, B. European Journal of Biochemistry 1995, 230, 503.   DOI
24 Bereman, M. S.; Williams, T. I.; Muddiman, D. C. Analytical Chemistry 2008, 81, 1130.
25 Bones, J.; Mittermayr, S.; O'Donoghue, N.; Guttman, A. s.; Rudd, P. M. Analytical Chemistry 2010, 82, 10208.   DOI   ScienceOn
26 Ruhaak, L. R.; Miyamoto, S.; Kelly, K.; Lebrilla, C. B. Analytical Chemistry 2011, 84, 396.
27 Wu, S.; Grimm, R.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2010, 10, 856.
28 An, H. J.; Peavy, T. R.; Hedrick, J. L.; Lebrilla, C. B. Analytical Chemistry 2003, 75, 5628.   DOI   ScienceOn
29 Nwosu, C. C.; Seipert, R. R.; Strum, J. S.; Hua, S. S.; An, H. J.; Zivkovic, A. M.; German, B. J.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2011, 10, 2612.   DOI   ScienceOn
30 Yu, Y. Q.; Fournier, J.; Gilar, M.; Gebler, J. C. Analytical Chemistry 2007, 79, 1731.   DOI   ScienceOn
31 Tao, N.; Wu, S.; Kim, J.; An, H. J.; Hinde, K.; Power, M. L.; Gagneux, P.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2011, 10, 1548.   DOI   ScienceOn
32 Aldredge, D.; An, H. J.; Tang, N.; Waddell, K.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2012, 11, 1958.   DOI   ScienceOn
33 Hua, S.; Nwosu, C.; Strum, J.; Seipert, R.; An, H.; Zivkovic, A.; German, J.; Lebrilla, C. Analytical and Bioanalytical Chemistry 2012, 403, 1291.   DOI   ScienceOn
34 Backstrom, M.; Thomsson, K. A.; Karlsson, H.; Hansson, G. C. Journal of Proteome Research 2008, 8, 538.
35 Hua, S.; Lebrilla, C.; An, H. J. Bioanalysis 2011, 3, 2573.   DOI   ScienceOn
36 Kreunin, P.; Zhao, J.; Rosser, C.; Urquidi, V.; Lubman, D. M.; Goodison, S. Journal of Proteome Research 2007, 6, 2631.   DOI   ScienceOn
37 Qiu, Y.; Patwa, T. H.; Xu, L.; Shedden, K.; Misek, D. E.; Tuck, M.; Jin, G.; Ruffin, M. T.; Turgeon, D. K.; Synal, S.; Bresalier, R.; Marcon, N.; Brenner, D. E.; Lubman, D. M. Journal of Proteome Research 2008, 7, 1693.   DOI   ScienceOn
38 Ahn, Y.; Shin, P.; Ji, E.; Kim, H.; Yoo, J. Analytical and Bioanalytical Chemistry 2012, 402, 2101.   DOI   ScienceOn
39 Miyoshi, E.; Nakano, M. Proteomics 2008, 8, 3257.   DOI   ScienceOn
40 Kurogochi, M.; Amano, M.; Fumoto, M.; Takimoto, A.; Kondo, H.; Nishimura, S.-I. Angewandte Chemie International Edition 2007, 46, 8808.   DOI   ScienceOn
41 Zeng, X.; Hood, B. L.; Sun, M.; Conrads, T. P.; Day, R. S.; Weissfeld, J. L.; Siegfried, J. M.; Bigbee, W. L. Journal of Proteome Research 2010, 9, 6440.   DOI   ScienceOn
42 Zhang, H.; Yi, E. C.; Li, X.-j.; Mallick, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Masselon, C. D.; Camp, D. G.; Smith, R. D.; Kemp, C. J.; Aebersold, R. Molecular & Cellular Proteomics 2005, 4, 144.   DOI
43 Zhang, H.; Li, X.-j.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotech. 2003, 21, 660.   DOI   ScienceOn
44 Clowers, B. H.; Dodds, E. D.; Seipert, R. R.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2007, 6, 4032.   DOI   ScienceOn
45 Li, H.; Li, B.; Song, H.; Breydo, L.; Baskakov, I. V.; Wang, L.-X. The Journal of Organic Chemistry 2005, 70, 9990.   DOI   ScienceOn
46 Liu, X.; McNally, D. J.; Nothaft, H.; Szymanski, C. M.; Brisson, J.-R.; Li, J., Analytical Chemistry 2006, 78, 6081.   DOI   ScienceOn
47 Dodds, E. D.; Seipert, R. R.; Clowers, B. H.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2008, 8, 502.
48 Kim, J. Y.; Kim, S.-K.; Kang, D.; Moon, M. H. Analytical Chemistry 2012, 84, 5343.   DOI   ScienceOn
49 Schlosser, A.; Vanselow, J. T.; Kramer, A. Analytical Chemistry 2005, 77, 5243.   DOI   ScienceOn
50 Dallas, D. C.; Martin, W. F.; Hua, S.; German, J. B. Briefings in Bioinformatics 2012. doi:10.1093/bib/bbs045
51 Seipert, R. R.; Dodds, E. D.; Clowers, B. H.; Beecroft, S. M.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Analytical Chemistry 2008, 80, 3684.   DOI   ScienceOn
52 Seipert, R. R.; Dodds, E. D.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2008, 8, 493.
53 Wuhrer, M.; Koeleman, C. A. M.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M. Analytical Chemistry 2004, 77, 886.
54 Temporini, C.; Perani, E.; Calleri, E.; Dolcini, L.; Lubda, D.; Caccialanza, G.; Massolini, G. Analytical Chemistry 2006, 79, 355.
55 Tsai, H.-Y.; Boonyapranai, K.; Sriyam, S.; Yu, C.-J.; Wu, S.-W.; Khoo, K.-H.; Phutrakul, S.; Chen, S.-T. Proteomics 2011, 11, 2162.   DOI   ScienceOn
56 Horvatovich, P.; Hoekman, B.; Govorukhina, N.; Bischoff, R. Journal of Separation Science 2010, 33, 1421.   DOI   ScienceOn
57 Sandra, K.; Moshir, M.; D'hondt, F.; Tuytten, R.; Verleysen, K.; Kas, K.; François, I.; Sandra, P. Journal of Chromatography B 2009, 877, 1019.   DOI   ScienceOn
58 Nilsson, J.; Ruetschi, U.; Halim, A.; Hesse, C.; Carlsohn, E.; Brinkmalm, G.; Larson, G. Nat. Meth. 2009, 6, 809.   DOI   ScienceOn
59 Zhou, Y.; Aebersold, R.; Zhang, H. Analytical Chemistry 2007, 79, 5826.   DOI   ScienceOn
60 An, H. J.; Froehlich, J. W.; Lebrilla, C. B. Current Opinion in Chemical Biology 2009, 13, 421.   DOI   ScienceOn
61 Whelan, S. A.; Lu, M.; He, J.; Yan, W.; Saxton, R. E.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P.; Chang, H. R. Journal of Proteome Research 2009, 8, 4151.   DOI   ScienceOn
62 Chaerkady, R.; Thuluvath, P.; Kim, M.-S.; Nalli, A.; Vivekanandan, P.; Simmers, J.; Torbenson, M.; Pandey, A. Clin. Proteom. 2008, 4, 137.   DOI   ScienceOn
63 Zielinska, D. F.; Gnad, F.; Winiewski, J. R.; Mann, M. Cell 2010, 141, 897.   DOI   ScienceOn
64 Morelle, W.; Faid, V.; Chirat, F.; Michalski, J. C. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2009, 534, 5.
65 Tong, W.; Han, H.; Song, Z.; Ma, C.; Pan, Y.; Zhang, Y.; Qin, W.; Qian, X. Analytical Methods 2012, 4, 3531.   DOI
66 Royle, L.; Campbell, M. P.; Radcliffe, C. M.; White, D. M.; Harvey, D. J.; Abrahams, J. L.; Kim, Y.-G.; Henry, G. W.; Shadick, N. A.; Weinblatt, M. E.; Lee, D. M.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A. Analytical Biochemistry 2008, 376, 1.   DOI   ScienceOn
67 Hu, Y.; Mechref, Y. Electrophoresis 2012, 33, 1768.   DOI   ScienceOn
68 Costello, C. E.; Contado-Miller, J. M.; Cipollo, J. F. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2007, 18, 1799.   DOI   ScienceOn
69 Hung, W.-T.; Wang, S.-H.; Chen, Y.-T.; Yu, H.-M.; Chen, C.-H.; Yang, W.-B. Molecules 2012, 17, 4950.   DOI   ScienceOn
70 Kronewitter, S. R.; de Leoz, M. L. A.; Peacock, K. S.; McBride, K. R.; An, H. J.; Miyamoto, S.; Leiserowitz, G. S.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2010, 9, 4952.   DOI   ScienceOn
71 Nwosu, C. C.; Aldredge, D. L.; Lee, H.; Lerno, L. A.; Zivkovic, A. M.; German, J. B.; Lebrilla, C. B. Journal of Proteome Research 2012, 11, 2912.   DOI   ScienceOn
72 Zhang, X.; Fang, A.; Riley, C. P.; Wang, M.; Regnier, F. E.; Buck, C. Analytica Chimica Acta 2010, 664, 101.   DOI   ScienceOn
73 Nwosu, C. C.; Huang, J.; Aldredge, D. L.; Strum, J. S.; Hua, S.; Seipert, R. R.; Lebrilla, C. B. Analytical Chemistry 2012, 85, 956.
74 Balog, C. I. A.; Stavenhagen, K.; Fung, W. L. J.; Koeleman, C. A.; McDonnell, L. M.; Verhoeven, A.; Mesker, W. E.; Tollenaar, R. A. E. M.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Molecular & Cellular Proteomics 2012, 11, 571.   DOI
75 Bowden, T. A.; Baruah, K.; Coles, C. H.; Harvey, D. J.; Yu, X.; Song, B.-D.; Stuart, D. I.; Aricescu, A. R.; Scanlan, C. N.; Jones, E. Y.; Crispin, M. Journal of the American Chemical Society 2012, 134, 17554.   DOI   ScienceOn
76 Ito, H.; Takegawa, Y.; Deguchi, K.; Nagai, S.; Nakagawa, H.; Shinohara, Y.; Nishimura, S.-I. Rapid Communications in Mass Spectrometry 2006, 20, 3557.   DOI   ScienceOn
77 Prien, J. M.; Ashline, D. J.; Lapadula, A. J.; Zhang, H.; Reinhold, V. N. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2009, 20, 539.   DOI   ScienceOn
78 Zhu, F.; Lee, S.; Valentine, S.; Reilly, J.; Clemmer, D. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2012, 23, 2158.   DOI
79 Isailovic, D.; Kurulugama, R. T.; Plasencia, M. D.; Stokes, S. T.; Kyselova, Z.; Goldman, R.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Clemmer, D. E. Journal of Proteome Research 2008, 7, 1109.   DOI   ScienceOn
80 Harvey, D.; Scarff, C.; Crispin, M.; Scanlan, C.; Bonomelli, C.; Scrivens, J. Journal of the American Society for Mass Spectrometry 2012, 23, 1955.   DOI   ScienceOn
81 Ali, L.; Kenny, D. T.; Hayes, C. A.; Karlsson, N. G. Metabolites 2012, 2, 648.   DOI
82 Robinson, L. N.; Artpradit, C.; Raman, R.; Shriver, Z. H.; Ruchirawat, M.; Sasisekharan, R. Electrophoresis 2012, 33, 797.   DOI   ScienceOn
83 Li, Y.-L.; Wu, G.-Z.; Zeng, L.; Dawe, G. S.; Sun, L.; Loers, G.; Tilling, T.; Cui, S.-S.; Schachner, M.; Xiao, Z.-C. FEBS Letters 2009, 583, 703.   DOI   ScienceOn
84 Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1999, 1473, 4.   DOI   ScienceOn
85 An, H. J.; Gip, P.; Kim, J.; Wu, S.; Park, K. W.; McVaugh, C. T.; Schaffer, D. V.; Bertozzi, C. R.; Lerbilla, C. B. Molecular & Cellular Proteomics 2012, 11. 1.   DOI   ScienceOn
86 Arndt, N. X.; Tiralongo, J.; Madge, P. D.; von Itzstein, M.; Day, C. J., Journal of Cellular Biochemistry 2011, 112, 2230.   DOI   ScienceOn
87 Dube, S.; Fisher, J. W.; Powell, J. S. Journal of Biological Chemistry 1988, 263, 17516.
88 Oh, M. J.; Hua, S.; Kim, B. J.; Jeong, H. N.; Jeong, S. H.; Grimm, R.; Yoo, J. S.; An, H. J. Bioanalysis 2013, 5, 545.   DOI   ScienceOn
89 Chen, W.; Zhong, Y.; Qin, Y.; Sun, S.; Li, Z. PLoS ONE 2012, 7, pe49224.
90 Matsuoka, Y.; Swayne, D. E.; Thomas, C.; Rameix-Welti, M.-A.; Naffakh, N.; Warnes, C.; Altholtz, M.; Donis, R.; Subbarao, K. Journal of Virology 2009, 83, 4704.   DOI   ScienceOn
91 Peracaula, R.; Tabares, G.; Royle, L.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; de Llorens, R. Glycobiology 2003, 13, 457.   DOI   ScienceOn
92 Meany, D. L.; Zhang, Z.; Sokoll, L. J.; Zhang, H.; Chan, D. W. Journal of Proteome Research 2008, 8, 613.
93 Creaney, J.; Segal, A.; Sterrett, G.; Platten, M. A.; Baker, E.; Murch, A. R.; Nowak, A. K.; Robinson, B. W. S.; Millward, M. J. Br. J. Cancer 2008, 98, 1562.   DOI   ScienceOn
94 An, H. J.; Kronewitter, S. R.; de Leoz, M. L. A.; Lebrilla, C. B. Current Opinion in Chemical Biology 2009, 13, 601.   DOI   ScienceOn
95 Lebrilla, C. B.; An, H. J. Molecular BioSystems 2009, 5, 17.   DOI   ScienceOn
96 Baum, L. G. Immunity 2002, 16, 5.   DOI   ScienceOn