제1차 벤처붐을 겪은 이후 후기에 안정된 기업에 투자를 선호하는 벤처투자방식의 변화가 나타나고 있다. 기업성장단계에서 초기에서 중기에 있는 기업의 경우 자금의 부족을 경험하며, 지속적인 성장을 위해서 정부 R&D자금 지원을 받고 있다. 하지만 정부의 R&D자금 지원이 과연 지속가능성 측면에서 경쟁력이 있는 기업에게 지원되고 있는가에 대한 우려의 목소리가 있다. 본 연구는 제조업에 속하는 벤처기업을 대상으로 DEA 효율성 분석을 실시하였다. 이를 통하여 제조업에 속한 핵심 산업인 ICT제품과 같은 첨단제조와 기계, 자동차와 같은 일반제조에 속한 벤처기업의 효율성을 살펴보고, R&D지원을 받는 벤처기업과 그렇지 않은 기업을 비교분석한다. 추가로 두 집단 간의 특성(혁신성, 성장성, 수익성, 안전성)이 1년간 어떻게 변화하였는지 분석한다. 실증 분석결과, 제조업에 속한 R&D자금을 지원받는 벤처기업의 경우 그렇지 않은 기업보다 효율성이 낮은 것으로 나타났다. 이는 지원을 받은 벤처기업이 지속가능한 측면에서 비지원기업 보다는 경쟁력이 낮음을 시사한다. 그리고 1년간의 여러 특성의 변화를 살펴본 결과, 혁신성에서는 지원기업이 높은 성과를 창출하였지만, 수익성에 있어서 비지원기업 보다 저조한 것으로 나타났다. 따라서 정부의 R&D지원이 지속가능성 측면에서 경쟁력이 있는 기업에게 지원되기 위해서는 기술력뿐만 아니라 경영 효율성을 고려하는 시도가 필요하다.