거리합기반 문자열의 최소 주기거리 찾기

Finding the minimum period distance based on distance sum

반복적인 문자열에 대한 연구는 압축알고리즘이나 모티프검출, 염기서열 분석 등 다양한 분야와 관련되어 연구되고 있다. 반복문자열 연구 중에서도 어느 정도의 불일치를 허용하는 근사반복문자열 연구가 활발히 이루어지고 있다. 본 논문에서는 길이가 각각 m과 n인 문자열 p와 x가 주어졌을 때, p의 x에 대한 거리합기반 근사주기에 대해 정의하고 최소 주기거리를 찾는 문제를 제시한다. 그리고 가중편집거리를 사용했을 때 O($mn^2$)시간, 편집거리를 사용했을 때 O(mn)시간, 해밍거리를 사용했을 때 O(n)시간에 문제를 해결하는 알고리즘을 제시한다.