Proceedings of the Korea Inteligent Information System Society Conference (한국지능정보시스템학회:학술대회논문집)

Korea Intelligent Information System Society (한국지능정보시스템학회)
권호 표지

Web-based microarray analysis using the virtual chip viewer and bioconductor.

MicroArray의 직관적 시각적 분석을 위한 웹 기반 분석 도구

  • Lee, Seung-Won (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University) ;
  • Park, Jun-Hyung (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University) ;
  • Kim, Hyun-Jin (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University) ;
  • Kang, Byeong-Chul (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University) ;
  • Park, Hee-Kyung (Devision of Applied Bioengineering, Dongseo University) ;
  • Kim, In-Ju (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University) ;
  • Kim, Cheol-Min (Busan Genome Center, College of Medicine, Pusan National University)
  • 이승원 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터) ;
  • 박준형 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터) ;
  • 김현진 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터) ;
  • 강병철 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터) ;
  • 박희경 (동서대학교 응용 생명공학부) ;
  • 김인주 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터) ;
  • 김철민 (부산대학교 의과대 부산 지놈 센터)
  • Published : 2005.05.27
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Abstract

DNA microarray 칩은 신약 개발, 유전적 질환 진단, Bio-molecular 상호작용 연구, 유전자의 기능연구 등 폭넓게 사용되고 있다. 이 논문은 cDNA mimcroarray 데이터를 분석하기 위한 웹형태의 시스템 개발에 대한 내용을 다룬다. 하나의 cDNA microarray에는 수 백에서 수 만개의 유전자가 심어져 있으며, 데이터를 분석할 때 대량의 데이터와 다양한 형태의 오류로 인해서 데이터간의 차이를 보정하는 분석 도구와 통계적 기법들이 사용되어야 한다. 본 논문에서는 가상 칩 뷰어를 이용하여 실제 microarray 데이터의 foreground intensity에서 백그라운드의 intensity를 제거하여 일반화된 칩 이미지를 생성한다. 이 가상 칩 뷰어는 여러 가지 필터효과와 서로 다른 두 형광의 차이를 조정하는 global normalization 기법을 사용하여 발현 유전자 분석을 시각적으로 할 수 있고, 중복된 마이크로어레이 칩 데이터를 통하여 시간이 많이 걸리는 분석전 칩의 유효성을 검토할 수 있다. 칩 데이터의 normalization을 위한 통계 방법으로 R 통계 도구와 linear 모델을 사용하여 microarray 칩의 유전자 발현 양상을 분석한다. 통계적 방법을 사용하지 않은 데이터를 추출, 이 데이터의 패턴 그래프 그리고 발현 레벨을 분류하여 마이크로어레이의 각 스팟의 유효성 검토의 정확성을 높였다. 이 시스템은 칩의 유효성 검토, 스팟의 유효성 검토, 유전자 선정에 대해 분석의 용이성과 정확성을 높일 수 있었다.

Keywords