New Representation and Algorithm for Visualizing RNA Pseudoknot Structures

RNA Pseudoknot구조의 시각화를 위한 새로운 표현 기법과 시각화 알고리즘

RNA pseudoknot은 RNA 삼차 구조를 형성하는 중요한 구조요소일 뿐만 아니라, RNA 분자에서 중요한 역할을 한다. 지금까지 RNA pseudoknot 구조를 시각화하는 도구는 개발되어 있지 않기 때문에 대부분의 pseudoknot 구조의 시각화 작업은 수작업으로 이루어지고 있다. 본 논문은 RNA pseudoknot을 시각화를 위한 새로운 pseudoknot 표현 기법과 시각화 알고리즘에 대해서 소개한다. 새로운 표현기법은 모든 H-type pseudoknot을 uniform planar graph로 나타내고 RNA sequence의 진행방향을 따라가기가 쉽게 되어있다. 알고리즘을 이용하여 PseudoViewer라는 프로그램을 개발하였으며 PseudoViewer는 어떠한 시스템에서도 작동할 수 있는 Java로 구현되었다. 그 결과는 pseudoknot을 명확히 구분되고 보기 쉽도록 시각화됨을 보여준다.