• 미생물학회지
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• 제34권3호
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• pp.115-119
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• 1998

Pseudomonas sp. DJ77로부터 전보에서 클로닝한 pHENX7의 하류방향으로 약 3kb 정도를 포함하는 pYCS500을 클로닝하였다. PYCS500의 제한효소지도를 작성하고 부분적으로 염기서열을 분석한 결과 465 bp의 HindIII-ClaI절편에서 282 bp로 이루어진 하나의 open reading frame(ORF)을 발견하였다. phnM으로 명명된 이 ORF는 93개의 아미노산으로 구성된 polypeptide를 암호화하고 있었으며 계산된 분자량은 10,008 Da이었다. PhnM은 NahT, XylT, DmpQ, AtdS, PhlG, PhhQ, TbuW 등 plant-type ferredoxin 형태의 단백질과 37.7%-53.9%의 상동성을 나타내었으며 이들이 공통적으로 가지고 있는 motif가 일치하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제26권4호
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• pp.297-302
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• 1998

Bacillus stearothermophilus No.236 xylB 유전자가 삽입된 재조합 플라스미드 pKMG12를 가지고 있는 E. coli HB101 균주를 이용하여 B. stearothermophilus $\beta$-xylosidase B을 생산, 정제하고 효소의 일반특성을 조사하였다. Ammonuim sulfate 분획, DEAE-Sepharose CL-6B 이온 교환 크로마토그래피, Sephacryl S-200 및 Superdex 200HR 젤 크로마토그래피의 과정을 거쳐 정제하였으며 정제된 효소는 SDS-PAGE 및 zymogram 실험을 통해 $\beta$-xylosidase B의 단백질임을 확인하였다. 정제 $\beta$-xylosidase B는 반응액의 수소이온 농도와 온도에 매우 민감하며 최적 활성 pH 및 온도는 각각 pH 6.5와 $50^{\circ}C$로 결정되었다. $\beta$-Xylosidase 활성은 1 mM $Mn^{2+}$ 첨가에 의해 약 35% 활성화됨을 보였으나 $Ag^{+}$, $Cu^{2+}$ 및 $Hg^{2+}$ 등의 중금속이온의 존재하에서는 거의 완전한 저해를 나타내었다. 또한 본 효소는 비록 높지는 않으나 $\alpha$-arabinofuranosidase 활성도 가지고 있어 B. stearothermophilus No 236의 $\beta$-xylosidase A 효소 보다 최소한 arabinoxylan의 분해에 있어서 더 우수한 효소로 판단되며 o-nitrophenyl-$\beta$-D-xylopyranoside 기질에 대한 $K_{m}$ 값과 $V_{max}$ 값은 각각 6.43 mM과 $1.45\mu$mole/min 로 계산되었다. 한편, $\beta$-xylosidase B 분자량은 gel 여과법으로는 약 160 kDa, 그리고 SDS-PAGE에 의해서는 약 54 kDa로 측정되어 본 효소는 trimer의 구조를 가지고 있음을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제32권1호
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• pp.70-77
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• 1994

Streptomyces coelicolor를 화학적 방법으로 돌연변이시킨 결과, 유전적 교잡방법에 의해 bldA와 유사한 위치인 10시 방향으로 위치가 결정되는 변이주들을 찾아내었다. 이들의 자세한 위치를 점검한 결과 cysA를 중심으로 반시계 방향으로 떨어져 있는 group고가 시계방향으로 떨어져 있는 두가지로 나뉘었다. 반시계 방향으로 떨어져 있는 변이주들을 bldA와 유사한 변이주라고 생각되어 이를 확인하기 위해 정상적인 bldA 유전자가 cloning 되어 있는 phage를 이용하여 기능적인 complementation 여부를 확인하여 보았다. Complementation이 되는 것으로 미루어 보아 이 변이주들이 bldA의 allele일 가능성이 매우 높으나 이들 중 몇몇 변이주들은 기존의 bldA와 무척 다른 양상을 보였다. 즉, 고영양 배지인 $R_2$YE배지에서 왕성하게 spore를 생산하며 wild type이 생산하는 이상의 색소 생산을 보인 점이다. 이때까지 발견된 bldA 변이주들은 배지 조성에 따라 약간의 aerial mucelium을 형성하는 것이 보고되었으나 이렇게 조건에 따라서는 완전히 bld phenotype을 잃는 변이주는 보고되지 않았다. 이 색소 생산이 실지로 항생물질 유전자의 발현에 의한 것이라는 것을 xylE fusion을 이용했을 때 유전자의 전사가 일어나는 것이 확인됨으로써 증명되었다. 또 이들 bldA 유사 변이주들은 actII-ORF4가 높음 copy수로 들어있는 pasmid에 의해 act 유전자를 발현하는 것도 관찰되었다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.137.2-138
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• 2000

No Abstract, See Full Text

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권4호
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• pp.535-540
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• 2012

${\beta}$-D-Xylosidase (E.C. 3.2.1.37) from Bifidobacterium breve K-110, which hydrolyzes ginsenoside Ra1 to ginsenoside Rb2, was cloned and expressed in Escherichia coli. The ($His_6$)-tagged recombinant enzyme, designated as XlyBK-110, was efficiently purified using $Ni^{2+}$-affinity chromatography (109.9-fold, 84% yield). The molecular mass of XylBK-100 was found to be 55.7 kDa by SDS-PAGE. Its sequence revealed a 1,347 bp open reading frame (ORF) encoding a protein containing 448 amino acids, which showed 82% identity (DNA) to the previously reported glycosyl hydrolase family 30 of Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703. The $K_m$ and $V_{max}$ values toward p-nitrophenyl-${\beta}$-D-xylopyranoside (pNPX) were 1.45mM and 10.75 ${\mu}mol/min/mg$, respectively. This enzyme had pH and temperature optima at 6.0 and $45^{\circ}C$, respectively. XylBK-110 acted to the greatest extent on xyloglucosyl kakkalide, followed by pNPX and ginsenoside Ra1, but did not act on p-nitrophenyl-${\alpha}$-L-arabinofuranoside, p-nitrophenyl-${\beta}$-D-glucopyranoside, or p-nitrophenyl-${\beta}$-D-fucopyranoside. In conclusion, this is the first report on the cloning and expression of ${\beta}$-D-xylosidase-hydrolyzing ginsenoside Ra1 and kakkalide from human intestinal microflora.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제20권5호
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• pp.574-582
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• 1992

Bacillus stearothermophilus exo-xylanase 유전자 DNA가 삽입된 재조합 plasmid pMG1을 가지고 있는 E.coli JM109 exo-xylanase 생산 최적 배양 조건, 생산 효소의 정제 및 정제 효소의 특성 등을 조사 연구하였다. 상기 재조합 E.coli 균주는 0.5 fructose, 0.5 yeast extract, 1.0 tryptone 및 1.0 sodium chloride가 함유된 배지에서 약 10시간 배양했을 때 최대량의 효소를 생산하였으며 생산효소의 94는 세포내에 존재하는 것으로 분석되었다. 생산 효소는 ammonium sulfate 분획, ion exchange chromatography 및 gel filtration 등의 과정을 거쳐 단일 단백질로 정제하였으며 정제 효소는 pH 6.0과 $45^{\circ}C$에서 가장 높은 효소 활성을 나타내었다.또한 1mM $Ca^{2+}$과 $Co^{2+}$ 이온의 첨가는 각각 약 25% 정도의 활성화 효과를 나타내는 반면, 본 효소의 pNPX에 대한 $K_{m}$은 2.75mM, pl값을 4.7, 그리고 분자량은 gel-filtration 법으로는 약 200,000dal., SDS-polyacrylamide gel 전기영동법으로는 약 66,000dal 으로 측정되어 세 개의 동일한 subunit로 구성된 효소 단백질인 것으로 추정되었다. 본 정제 효소는 xylobiose, xylotrioxe 및 xylotetraose 등의 xylo-oligosaccharide를 효과적으로 분해함은 물론이고, 분해율은 낮으나 birchwood xylan, larchwood xylan 및 oatspelt xylan 등의 xyland에도 작용, xylose 생산을 확인함으로써 본 효소는 그 예가 극히 드문 bacterial exo-xylanase인 것으로 분류되었다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제15권4호
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• pp.532-541
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• 2008

미강 식이섬유인 헤미셀룰로오스를 효율적으로 추출할 수 있는 공정을 개발하고자 반응표면분석법에 의한 헤미셀룰로오스 추출공정 최적화를 실시하였다. 중심합성계획에 따라 NaOH 농도($X_1$), 추출 시간($X_2$)을 독립변수($X_i$)로 하고 추출물의 특성 즉, 추출 수율($Y_1$), Xyl/Ara ratio($Y_2$), 우론산($Y_3$), 베타 글루칸($Y_4$), 총 당($Y_5$)을 종속변수로 하여 추출을 실시하였다. 그 결과, R-square는 $0.8626{\sim}0.9319$으로 나타났으며, 추출 수율은 NaOH 농도가 증가하고 추출 시간이 증가함에 따라 값이 증가하였다. 추출 수율을 고려하여 이들 추출물의 특성을 모두 만족시키는 최적 추출조건은 NaOH 농도 2.45 M, 추출 시간 24.2 시간으로 나타났으며 예측된 최적 추출조건에서 실험한 결과, 각 종속변수들의 예측값과 실제값이 유사하게 나타났다. 최적 추출물의 구조적 특성을 조사한 결과, 표면구조는 매우 불규칙한 망상구조의 형태로 작은 입자와 큰 고분자 입자가 함께 관찰되었으며 평균 분자량은 $235{\sim}240$ kDa과 $8.0{\sim}9.4$ kDa의 범위로 나타났다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제25권1호
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• pp.23-29
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• 1997

The nucleotide sequence of the estI gene encoding acetylxylan esterase I of Bacillus stearothermophilus was determined and analyzed. The estI gene was found to consist of a 810 base pair open reading frame coding for a polypeptide of 270 amino acids with a deduced molecular weight of 30 kDa. This was in well agreement with the molecular weight (29 kDa) estimated by SDS-PAGE of the purified esterase. The coding sequence was preceded by a putative ribo some binding site 10 bp upsteam of the ATG codon. Further 53 bp upstream, the transcription initiation signals were identified. The putative $_{-}$10 sequence (TCCAAT) and $_{-}$35 seqence (TTGAAT) corresponded closely to the respective consensus sequences for the Bacillus subtiis major RNA polymerase. The G+C content of the coding region of the estI was 51% whereas that of the third position of codone was 60.2%. The N-terminal amino acid sequence of the EstI deduced from the nucleotide sequence perfectly matched the corresponding region of the purified esterase described previously. Comparison with the amino acid sequence of other esterases and lipases reported so far allowed us to identify a sequence, GLSMG at positions 123 to 127 of the EstI which was reported to be the highly conserved active site sequence for those enzymes. The nucleotide sequence of the estI revealed 55.7% homology to that of the xylC coding for the acetylxylan esterase of Caldocellum saccharolyticum.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권12호
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• pp.1514-1519
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• 2009

A gene encoding the xylanase of Bacillus subtilis AMX-4 isolated from soil was cloned into Escherichia coli and the gene product was purified from the cell-free extract of the recombinant strain. The gene, designated xylA, consisted of 639 nucleotides encoding a polypeptide of 213 residues. The deduced amino acid sequence was highly homologous to those of xylanases belonging to glycosyl hydrolase family 11. The molecular mass of the purified xylanase was 23 kDa as estimated by SDS-PAGE. The enzyme had a pH optimum of 6.0-7.0 and a temperature optimum of $50-55^{\circ}C$. Xylanase activity was significantly inhibited by 5 mM $Cu^{2+}$ and 5 mM $Mn^{2+}$, and noticeably enhanced by 5 mM $Fe^{2+}$. The enzyme was active on xylans including arabinoxylan, birchwood xylan, and oat spelt xylan, but it did not exhibit activity toward carboxymethylcellulose or p-nitrophenyl-$\beta$-xylopyranoside. The predominant products resulting from xylan and xylooligosaccharide hydrolysis were xylobiose and xylotriose. The enzyme could hydrolyze xylooligosaccharides larger than xylotriose.

• 약학회지
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• 제53권1호
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• pp.34-40
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• 2009

The glycosylation of therapeutic glycoproteins can affect their efficacy, stability, solubility, and half-life. Analyzing the composition of monosaccharides, such as that of neutral and amino sugars, is the first step for elucidating the structure of glycan attached to glycoproteins. In the present study, neutral and amino sugars of lectin obtained from Maackia fauriei were analyzed using an enzyme-linked lectinsorbent assay (ELLA) and high-performance anion exchange chromatography with pulsed amperometric detection (HPAEC-PAD). Peroxidase-labeled lectins such as concanavalin A, Ricinus communis agglutinin, and soybean agglutinin were used for ELLA, since they specifically bind to the monosaccharide residue most frequently encountered in a glycan. The hydrosylate of lectin was prepared by treatment with trifluoroacetic acid, which resulted in the lectin mainly possessing the N-glycan consisting of 98.1 pmol Fuc, 342.1 pmol GlcN, 51.9 pmol Gal, 678.9 pmol Man, and 330.7 pmol Xyl. The present results demonstrate that ELLA and HPAEC-PAD are very effective methods for rapidly estimating the types and relative amounts of monosaccharides in intact glycoproteins.