• 정보과학회 논문지
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• 제43권11호
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• pp.1275-1280
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• 2016

유사 문자열 검색을 위해 기존의 기법들은 우선 후보 문자열 집합을 생성한 후에 후보 문자열을 검증하는 방법을 사용한다. 이때, 유사 문자열 검색의 성능을 결정짓는 가장 중요한 요소는 후보 생성 방법이다. 기존의 기법들은 질의 문자열로부터 고정길이 q-그램들을 선택하고, 선택된 q-그램에 해당하는 역리스트를 이용해 후보 문자열을 생성한다. 본 논문에서는 질의 문자열 내의 가변길이 그램들을 사용하여 후보 문자열을 생성할 수 있는 기법과 질의 문자열로부터 최적의 가변길이 그램들의 조합을 선택하는 동적 프로그래밍 알고리즘을 제안한다. 실험을 통해 제안하는 기법이 기존의 기법들 보다 유사 문자열 검색의 성능을 향상시킴을 보인다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제6권5호
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• pp.45-56
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• 2005

컴퓨터 네트워크의 확대 및 인터넷 이용의 급격한 증가에 따라 네트워크 서비스 품질의 보장과 네트워크의 관리가 어려울 뿐만 아니라 네트워크 보안의 취약성으로 인하여 해킹 및 정보유출 등의 위협에 노출되어 있다. 특히 시스템 침입의 보안 위협에 대한 능동적인 대처 및 침입 이후에 동일하거나 유사한 유형의 사건 발생에 대해 실시간에 대응하는 것이 중요하므로 침임 탐지 시스템에 대한 많은 연구가 진행되고 있다. 본 논문에서는 시스템 호출을 이용하여 이상 침입 탐지 시스템의 성능을 향상시키기 위해, 특징 선택과 가변 길이 데이터를 고정 길이 학습 패턴으로 변환 생성하는 문제를 해결하기 위한 사운덱스 알고리즘을 적용한 신경망 학습을 통하여 이상 침입 탐지의 연구를 하고자 한다. 즉, 가변 길이의 순차적인 시스템 호출 데이터를 사운덱스 알고리즘에 의한 고정 길이의 행위 패턴을 생성하여 역전파 알고리즘에 의해 신경망 학습을 수행하였다. 역전파 신경망 기법을 UNM의 Sendmail Data Set을 이용하여 시스템 호출의 이상 탐지에 적용하여 성능을 검증하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제30권3호
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• pp.245-253
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• 2014

Antimicrobial peptides (AMPs) are small but effective cationic peptides with variable length. In previous study, four hexapeptides were identified that showed antimicrobial activities against various phytopathogenic bacteria. KCM21, the most effective antimicrobial peptide, was selected for further analysis to understand its modes of action by monitoring inhibitory effects of various cations, time-dependent antimicrobial kinetics, and observing cell disruption by electron microscopy. The effects of KCM21 on Gram-negative strain, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 and Gram-positive strain, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis were compared. Treatment with divalent cations such as $Ca^{2+}$ and $Mg^{2+}$ inhibited the bactericidal activities of KCM21 significantly against P. syringae pv. tomato DC3000. The bactericidal kinetic study showed that KCM21 killed both bacteria rapidly and the process was faster against C. michiganensis subsp. michiganensis. The electron microscopic analysis revealed that KCM21 induced the formation of micelles and blebs on the surface of P. syringae pv. tomato DC3000 cells, while it caused cell rupture against C. michiganensis subsp. michiganensis cells. The outer membrane alteration and higher sensitivity to $Ca^{2+}$ suggest that KCM21 interact with the outer membrane of P. syringae pv. tomato DC3000 cells during the process of killing, but not with C. michiganensis subsp. michiganensis cells that lack outer membrane. Considering that both strains had similar sensitivity to KCM21 in LB medium, outer membrane could not be the main target of KCM21, instead common compartments such as cytoplasmic membrane or internal macromolecules might be a possible target(s) of KCM21.

• Molecules and Cells
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• 제42권12호
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• pp.850-857
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• 2019

The Gram-negative opportunistic pathogen, Pseudomonas aeruginosa, has multiple multidrug efflux pumps. MexT, a LysR-type transcriptional regulator, functions as a transcriptional activator of the MexEF-OprN efflux system. MexT consists of an N-terminal DNA-binding domain and a C-terminal regulatory domain (RD). Little is known regarding MexT ligands and its mechanism of activation. We elucidated the crystal structure of the MexT RD at 2.0 Å resolution. The structure comprised two protomer chains in a dimeric arrangement. MexT possessed an arginine-rich region and a hydrophobic patch lined by a variable loop, both of which are putative ligand-binding sites. The three-dimensional structure of MexT provided clues to the interacting ligand structure. A DNase I footprinting assay of full-length MexT identified two MexT-binding sequence in the mexEF-oprN promoter. Our findings enhance the understanding of the regulation of MexT-dependent activation of efflux pumps.