• Molecules and Cells
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• 제21권3호
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• pp.360-366
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• 2006

Up to 35% of the rice genome consists of various kinds of transposons, and CACTA and MITE are two of the major class 2 DNA transposons in the genome. We have employed the consensus sequences of Rim2/Hipa CACTA, Stowaway MITE Pangrangja, and Tourist MITE Ditto for transposon display (TD) analysis to locate them on a genetic map, with 58 SSR markers used to anchor them. The TD analysis produced a high profile of the polymorphisms between the parental lines, Oryza sativa var. Gihobyeo/O. sativa var. Milyang, in intraspecific $F_{15}$ RIL lines, locating 368 markers of Rim2/Hipa CACTA, 78 markers of Tourist MITE Ditto, and 22 markers of Stowaway MITE Pangrangja. In the segregation analysis, non-parental segregating bands and segregation distortion bands were observed. The recombinant genetic map spans 3023.9 cM, with 5.7 cM the average distance between markers. The TD markers were distributed unequally on the chromosomes because many TD markers were located in pericentric chromosomal regions except in the cases of chromosomes 2, 3, 6 and 9. Although the number of transposon markers was not sufficient to include all rice class 2 transposons, the current map of CACTA and MITE transposons should provide new insight into the genome organization of rice since no previous DNA transposon map is available.

• 한국작물학회지
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• 제51권3호
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• pp.259-268
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• 2006

1. 자포니카 벼 114 계통에 대해 다양성과 근연관계를 확인하고자 MITE 중에서 mPing family를 이용하여 MITE-TD 기법으로 분석하여 품종간의 다양성 정도를 산출한 결과 마커들의 PIC 값이 $0.293{\sim}0.499$ 범위로 나타났다. 2. 두 개의 mPing primer와 selective primer인 BfaI+G 와 BfaI+C의 조합을 이용하였을 때, 공시계통인 114개의 자포니카 벼 전체를 구분할 수 있었다. 3. NTSYS-pc를 이용한 근연관계 분석 결과, 유사계수의 범위는 0.802에서 부터 0.081까지였고, 자포니카 벼 114 품종은 크게 5 개의 그룹으로 분류되었다. 4. 8 개의 MITE-AFLP marker 연관분석을 밀양 23호/합천앵미 3호 조합 RIL을 이용하여 실시한 결과, 이들은 염색체 l번, 2번, 4번, 5번, 7번 그리고 9번에 각각 위치함을 확인하였다.