• 한국지역지리학회지
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• 제3권2호
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• pp.105-120
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• 1997

객체지향 지리정보 데이타베이스 시스템의 설계시 중요한 고려 사항은 저장된 데이타에 대한 좋은 접근 전략을 갖도록 하는 것이다. 객체지향 시스템에서는 이러한 목적으로 여러가지 색인 기법이 개발되었으나, 이러한 기법들은 객체지향 데이타 모델의 집단화 계층이나 상속 계층 중 어느 한 가지만을 고려하는 경우가 대부분이었다. 본 연구에서는 포인터 체인 디렉토리를 이용하여 객체지향 지리 데이터베이스의 집단화 및 상속 계층을 접근하는 데 효율적인 색인 기법을 제안하였다. 제안된 기법의 효용성을 기존의 색인 기법들과 다양하게 비교하였으며, 저장비용과 검색비용 측면에서 그 성능을 시뮬레이션한 결과를 제시하였다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제21권2호
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• pp.333-338
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• 2017

최근 모바일 기기의 보편화로 인하여 모바일 데이터베이스를 필요로 하는 많은 새로운 모바일 응용들이 나타나고 있다. 대표적인 모바일 데이터베이스로는 SQLite, Realm 등이 있는데, 이들은 리소스 제약이 큰 소형기기에 적합한 데이터베이스 엔진들이며 리눅스 기반 모바일 기기에 많이 사용되고 있다. 이 엔진들은 대부분 오픈소스 프로그램들이며 범용 데이터베이스에 비해 가볍고 속도가 빠른 장점을 지닌다. 이 논문에서는 모바일 데이터베이스의 선두 주자인 SQLite의 성능 실험과 분석에 초점을 맞춘다. 대상인 모바일 환경을 고려하여 리눅스 기반 환경에서 실험한다. 그리고, SQLite 데이터베이스의 검색 성능을 파악하기 위한 테스트 프로그램을 구현하고 성능 실험을 실시한다. 실험은 같은 환경에서 실행되는 Oracle 데이터베이스와 비교하여 진행한다.

• Genomics & Informatics
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• 제21권2호
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• pp.22.1-22.15
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• 2023

Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC) is one of the most aggressive cancer type of the urinary system. Metastatic KIRC patients have poor prognosis and limited therapeutic options. Ankyrin 3 (ANK3) is a scaffold protein that plays important roles in maintaining physiological function of the kidney and its alteration is implicated in many cancers. In this study, we investigated differential expression of ANK3 in KIRC using GEPIA2, UALCAN, and HPA databases. Survival analysis was performed by GEPIA2, Kaplan-Meier plotter, and OS-kirc databases. Genetic alterations of ANK3 in KIRC were assessed using cBioPortal database. Interaction network and functional enrichment analyses of ANK3-correlated genes in KIRC were performed using GeneMANIA and Shiny GO, respectively. Finally, the TIMER2.0 database was used to assess correlation between ANK3 expression and immune infiltration in KIRC. We found that ANK3 expression was significantly decreased in KIRC compared to normal tissues. The KIRC patients with low ANK3 expression had poorer survival outcomes than those with high ANK3 expression. ANK3 mutations were found in 2.4% of KIRC patients and were frequently co-mutated with several genes with a prognostic significance. ANK3-correlated genes were significantly enriched in various biological processes, mainly involved in peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) signaling pathway, in which positive correlations of ANK3 with PPARA and PPARG expressions were confirmed. Expression of ANK3 in KIRC was significantly correlated with infiltration level of B cell, CD8+ T cell, macrophage, and neutrophil. These findings suggested that ANK3 could serve as a prognostic biomarker and promising therapeutic target for KIRC.

• 대한한방소아과학회지
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• 제32권3호
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• pp.72-89
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• 2018

Objectives The objective of this study is to investigate the application of Sifeng point (EX-UE 10) in children and to make suggestions for domestic research and clinical application by reviewing relevant randomized controlled trials. Methods Eight electronic databases including English, Chinese, Korean databases were comprehensively searched for randomized controlled trials evaluating the effects of Sifeng point in children up to May 2, 2018. We extracted the year of publication, country, target diseases or symptoms, location of Sifeng, acupuncture method; such as acupuncture tool and depth of insertion, and frequency, number, and duration of the treatment. Results Fifty studies were included for analysis. All the included studies were conducted in China, and studies were published from 1962 to 2017. The most frequent target symptom was anorexia (46%). In addition, Sifeng point was used for digestive diseases or symptoms such as diarrhea, constipation, and mesenteric lymphadenitis, as well as respiratory diseases or symptoms such as cough, cold, acute bronchiolitis, recurrent respiratory tract infections, bronchopneumonia, and asthmatic bronchitis. Also, allergic diseases such as chronic urticaria, and other variety of symptoms such as malnutrition, fever, and iron-deficiency anemia were treated with the Sifeng point. The location of Sifeng points was inconsistent, and the most common location of the Sifeng point was the midpoint of transverse creases of the proximal interphalangeal joints of the index, middle, ring and little fingers (84.2%). The most commonly used acupuncture tool was three-edged needle (40.9%). All included studies have the method of squeezing out blood or mucus from the Sifeng points. The treatment was mostly conducted once per week (35.4%), mostly repeated for 4 times (32.6%). The most common treatment duration was 4 weeks (18.6%). Conclusions We could identify acupuncture method and various indications for the Sifeng points treatment. Based on this study, there is a need for the clinical application and related researches on the Sifeng points in children in Korea. In addition, the treatment location of Sifeng point should be standardized.

• Journal of Ginseng Research
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• 제46권6호
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• pp.750-758
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• 2022

Background: Mild cognitive impairment (MCI) is a transitional condition between normality and dementia. Ginseng is known to have effects on attenuating cognitive deficits in neurogenerative diseases. Ginsenosides are the main bioactive component of ginseng, and their protein targets have not been fully understood. Furthermore, no thorough analysis is reported in ginsenoside-related protein targets in MCI. Methods: The candidate protein targets of ginsenosides in brain tissues were identified by drug affinity responsive target stability (DARTS) coupled with label-free liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) analysis. Network pharmacology approach was used to collect the therapeutic targets for MCI. Based on the above-mentioned overlapping targets, we built up a proteineprotein interaction (PPI) network in STRING database and conducted gene ontology (GO) enrichment analysis. Finally, we assessed the effects of ginseng total saponins (GTS) and different ginsenosides on mitochondrial function by measuring the activity of the mitochondrial respiratory chain complex and performing molecular docking. Results: We screened 2526 MCI-related protein targets by databases and 349 ginsenoside-related protein targets by DARTS. On the basis of these 81 overlapping genes, enrichment analysis showed the mitochondria played an important role in GTS-mediated MCI pharmacological process. Mitochondrial function analysis showed GTS, protopanaxatriol (PPT), and Rd increased the activities of complex I in a dose-dependent manner. Molecular docking also predicted the docking pockets between PPT or Rd and mitochondrial respiratory chain complex I. Conclusion: This study indicated that ginsenosides might alleviate MCI by targeting respiratory chain complex I and regulating mitochondrial function, supporting ginseng's therapeutic application in cognitive deficits.

• 대한한의학회지
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• 제44권2호
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• pp.106-118
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• 2023

Objectives: Network pharmacology is a method of constructing and analyzing a drug-compound-target network to predict potential efficacy and mechanisms related to drug targets. In that large-scale analysis can be performed in a short time, it is considered a suitable tool to explore the function and role of herbal medicine. Thus, we investigated the potential functions and pathways of Chongmyunggongjin-dan (CMGJD) on Alzheimer's disease (AD) via network pharmacology analysis. Methods: Using public databases and PubChem database, compounds of CMGJD and their target genes were collected. The putative target genes of CMGJD and known target genes of AD were compared and found the correlation. Then, the network was constructed using Cytoscape 3.9.1. and functional enrichment analysis was conducted based on the Gene Ontology (GO) Biological process and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Pathways to predict the mechanisms. Results: The result showed that total 104 compounds and 1157 related genes were gathered from CMGJD. The network consisted of 1157nodes and 10034 edges. 859 genes were interacted with AD gene set, suggesting that the effects of CMGJD are closely related to AD. Target genes of CMGJD are considerably associated with various pathways including 'Positive regulation of chemokine production', 'Cellular response to toxic substance', 'Arachidonic acid metabolic process', 'PI3K-Akt signaling pathway', 'Metabolic pathways', 'IL-17 signaling pathway' and 'Neuroactive ligand-receptor interaction'. Conclusion: Through a network pharmacological method, CMGJD was predicted to have high relevance with AD by regulating inflammation. This study could be used as a basis for effects of CMGJD on AD.

• 한국지식정보기술학회논문지
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• 제13권5호
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• pp.607-614
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• 2018

오령산은 몸 속의 수분을 순환시키고 소변으로 배출이 잘 되게 하는 효능이 있어 수분이 정체되어 나타나는 질환에 많이 쓰이는 처방이다. 본 연구에서는 시스템 약리학 접근 방법을 이용해서 오령산의 작용 기전을 탐색하기 위해서 오령산의 구성약재의 성분-타겟 네트워크를 구축하고 분석하였다. 우선, 오령산의 475개 성분에 대해서 STITCH 데이터베이스에서 연관된 타겟을 검색하였으며, 성분과 타겟의 상호작용에 대한 검색 결과는 XML 파일로 다운로드하였다. 본 연구에서 성분-타겟 네트워크는 Gephi를 이용해서 시각화하고 탐색하였다. 노드는 성분과 타겟이 되고, 링크는 성분과 타겟들간에 상호작용이 존재하면 연결되며, 상호작용의 신뢰도에 따라 링크에 가중치를 부여하였다. MCL 알고리즘을 이용해서 네트워크를 클러스터링 하였으며, 총 130개의 클러스터가 생성되었다. 가장 많은 노드를 가지는 클러스터에서 노드의 개수는 32개였다. 성분-타겟 네트워크에서 약재의 유효 성분들이 신장의 혈압 조절 기능과 관련된 타겟들과 연결되어 있는 것을 발견할 수 있었다. 향후에는 질병 데이터베이스와 연계해서 보다 명확한 오령산의 작용 기전을 밝힐 수 있도록 할 계획이다.

• 전자공학회논문지CI
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• 제48권2호
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• pp.16-27
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• 2011

배아란 동물이나 식물과 같은 다세포 생물의 초기 단계를 의미한다. 배아의 단계에서 다세포 생물의 기초적인 체제가 결정되기 때문에 배아는 개체발생의 기구를 연구하는 중요한 연구대상이 된다. 생물학자들은 배아 연구를 위해 대용량의 배아 이미지 데이터를 소유하고 있으며, 이러한 대용량 데이터 중 원하는 이미지를 효율적으로 검색하기 위해서는 데이터 구조화가 필요하다. 데이터베이스 구조화를 위해 주로 사용되는 방법으로 계층적 클러스터링이 있다. 그러나 기존의 계층적 클러스터링 방법은 데이터베이스를 트리 형태로 구조화 하는 과정에서 클러스터의 크기와 클러스터 내의 객체 수를 동시에 고려하지 못하기 때문에 결과 클러스터링 트리가 경사 트리일 가능성이 매우 높다. 경사 트리인 경우 사용자가 원하는 이미지를 검색하기 위해 트리를 순회할 때 많은 시간이 걸린다. 따라서 본 논문에서는 대용량의 배아 이미지 데이터를 경사 되지 않으며 균형 상태에 가까운 트리 형태로 구조화하기 위한 방안을 제시한다. 제안하는 방안은 데이터베이스 내에 저장된 배아 이미지를 그래프로 변환하고 반복적으로 그래프 분할 알고리즘을 적용하여 클러스터를 생성한다. 이 때 클러스터의 크기와 클러스터 내의 객체 수를 동시에 고려하여 특정 클러스터의 크기가 지나치게 커지거나 객체 수가 많아지는 것을 방지한다. 실험을 통해서 제안하는 방안의 우수성을 규명하고 시각화 툴을 제공하여 사용자가 원하는 배아 이미지를 쉽게 찾을 수 있도록 돕는다.

• 한국구조물진단유지관리공학회 논문집
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• 제17권2호
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• pp.1-9
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• 2013

최근 초고층 및 초장대와 같은 대형 구조물들이 시공되고 있으며, 이에 대한 구조물 건전성 모니터링 기술들이 연구되고 있다. 하지만 기존의 기술들은 계측 센서의 관리와 센서로부터 계측된 데이터에 효율적으로 access하지 못하고 있다. 본 논문에서는 구조물 건전성 모니터링을 위한 증강현실 기반 센서 위치인식 및 데이터 시각화 기술을 소개한다. 모바일 디바이스에 내장된 GPS를 통하여 센서와 사용자 간의 거리를 파악하게 된다. 뿐만 아니라, 센서로부터 계측된 데이터는 위치정보시스템 서버에 저장되며, RSS방식을 통해 전송되어 사용자가 모바일 디바이스를 통해 쉽게 계측 데이터를 가시화 할 수 있게 된다. 이 기술을 이용하여 사용자는 센서의 위치인식을 통해 계측센서를 관리하고, 계측 데이터를 시각화하여 시간과 공간에 제약 없이 구조물의 건전성을 모니터링 할 수 있게 된다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제9권2호
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• pp.93-99
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• 2004

Pathogens pose a significant threat to humans, animals, and plants. Consequently, a considerable effort has been devoted to developing rapid, convenient, and accurate assays for the detection of these unfavorable organisms. Recently, DNA-microarray based technology is receiving much attention as a powerful tool for pathogen detection. After the target gene is first selected for the unique identification of microorganisms, species-specific probes are designed through bioinformatic analysis of the sequences, which uses the info rmation present in the databases. DNA samples, which were obtained from reference and/or clinical isolates, are properly processed and hybridized with species-specific probes that are immobilized on the surface of the microarray for fluorescent detection. In this study, we review the methods and strategies for the development of DNA microarray for pathogen detection, with the focus on probe design.