• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권4호
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• pp.322-328
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• 2003

TAR(Transformation-Associated Recombination) cloning 법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 하며, spheroplast 형질전환 과정에서 게놈 DNA와 5'-와 3'-표적배열을 지닌 TAR vector 사이에서 일어나는 상동성 재조합과정에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 single-copy 유전자의 클론닝에 필요한 specific hook의 최소 크기를 조사하였고, 서로 다른 TAR vector(radial과 unique vector)의 유용성을 조사하기 위해 동일한 single-copy 유전자의 클론닝을 통해 비교하였다. 그 결과, hHPRT 유전자에 대한 TAR cloning의 빈도는 hook의 길이가 750 bp∼63 bp의 범위에서 동일하게 나타났다. radial hook을 사용한 경우보다 unique hook을 사용하였을 경우 형질전환체의 수는 약 20배정도의 감소를 보였으나 목적으로 하는 재조합체의 분리 빈도는 두 배 이상 증가하였다. 그러므로 본 연구에서 two-unique TAR vector는 선별력이 높으므로 일반적 TAR cloning에 사용할 수 있으며, radial TAR vector의 경우는 병리학적 표본과 같이 제한된 게놈 DNA를 사용하는 경우에 더 적합하다고 볼 수 있다. 또한, single-copy 유전자의 분리에 필요로 하는 specific hoot의 최소 길이는 약 60 bp로도 가능하다는 것을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.239-245
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• 2005

Transformation-associated recombination (TAR) 클로닝 법은 복잡한 게놈으로부터 염색체 내의 특정부위나 유전자를 선택적으로 분리할 수 있다. 이 방법은 목적 유전자에 근접한 작은 게놈DNA 염기서열 정보를 필요로 한다. 이 기술은 효모의 spheroplast transformation을 시키는 동안 목적으로 하는 유전자의 5' 또는 3' 서열을 포함하고 있는 TAR vector와 게놈DNA사이에서 일어나는 상동성재조합에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 plasmid 모델시스템을 이용하여 target hooks 내에 존재하는 비상동성 염기서 열이 상동성재조합에 미치는 영향을 조사하였다. plasmid에 존재하는HIS3유전자와 변형시킨 his3-TRP1-his3 단편 사이의 상동성재조합의 효율은 $Ura^+$ 형질전환체의 형질분석에 의해 이루어졌다. $Ura^+$ 형질전환체의 수는 7종류의 서로 달리 변형된 his3-TRP1-his3 단편들을 사용하였을 매 거의 동일하게 나타났다. 그러나 $Trp^+His^+$ positive recombinants의 빈도는 변형된 his3-TRP1-his3 단편 내에 비상동성 영역에 부정확한 간격을 지닐 때 현저한 감소를 나타내었다. 이러한 결과로서, 부정확한 간격이 target hook과 substrate DNA 사이에 일어나는 상동성재조합을 방해하는 것으로 사료된다. 그러므로 이종간의 상동유전자를 클로닝 할 때에는 target hook내의 비상동성 염기서열이 존재한다면 이것이 정확한 간격을 지니는지 여부를 중요란 요인으로 고려해야 한다.

• 미생물학회지
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• 제24권3호
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• pp.270-275
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• 1986

Pseudomonas carboxydovorans와 Acinetobacter sp.l에 존재하는 일산화탄소 산화효소의 세포내 분포양상을 조사 하기 위 하여 엘 산 화탄소를 이 용하여 성장한 세균을 초음파로 파괴하거나 세균의 spheroplast을 만들어 삼투 충격으로 파괴한 후 soluble fraction과 particulate fraction에서의 일산화탄소 산화효소의 환성분포를 조사허여 비교하였다. 세균을 초음파로 파괴하였을 때는 crude cell extract에 존재하면 효소환성의 대부분이 soluble fracttion에서 검출되었다. 그러나 sphe roplas를 삼투충격으로 파괴하였을 때는 효소활성 이 세포막부분에서만 나타났다. 이와 같은 결과는 이 세균들의 일산화탄소 산화효소가 세포막에 느슨하게 붙이 있음을 시사하고 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제9권3호
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• pp.371-375
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• 1999

AL072 is a potent anti-Legionella antibiotic produced by Streptomyces strain AL91. The minimum inhibitory concentration (MIC) of AL072 against Legionella pneumophila was 0.2$\mu$g/ml. Bacterial growth was rapidly inhibited at the dose range between the MIC and 20 times of the MIC when the antibiotic was added at the mid-exponential phase. Ultrastructural changes in L. pneumophila were observed upon treatment with AL072. Under electron microscopical observation, the organisms treated with AL072 exhibited characteristic morphological changes in the cellular outer coat. Also irregular morphological changes, such as the formation of filamentous materials in the cytoplasm, an increase in the size and number of cytoplasmic vacuoles, the extruding of cytoplasmic contents, the formation of spheroplast and ghost cells, and blebbings in the cell wall were observed. Furthermore, immunoelectron microscopical observation of the group treated with the MIC showed that the immune complex attached mainly to the cell wall. The results of these experiments indicate that AL072, like the inhibitors of cell wall synthesis, act selectively on the cell wall of L. pneumophila.

• KSBB Journal
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• 제11권3호
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• pp.270-275
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• 1996

재조합 효모를 이용한 포도당산화효소의 대량생산 에 관한 기초연구를 실시하였다. 분비신호를 포함한 포도당산화효소 유전자는 Aspergillus niger로부터 polymerase chain reaction을 이용하여 클로닝한후 G GALl과 GALlO promoter를 이용하여 s. cerevi siae strain 2805에서 말현시킨 결과 GALl promoter를 사용한 형질전환체(yGOD1-l)에서 높은 효율 의 효소생성을 나타냈다. 플라스크 배양 결과 1% galactose를 포함한 YEP 배 지 에셔 최고 6 IU/mL 의 포도당산화효소를 생산하였으며 재조합 포도당산 화효소의 세포내 위치를 비교한 결과 A. niger와는 달리 발현된 효소가 80% 이상 배지로 분비됨을 확인하였다. 재조합 포도당산화효소의 열 안정성을 측정한 결과 표준품과 비교하여 $50^{\circ}C$까지 큰 차이를 보이지 않고 높은 활성을 유지하는 것으로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제23권3호
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• pp.197-202
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• 1985

Glycine이 R.japonicum의 spheroplasting에 미치는 영향을 검토하였다. Fast-growing R. japonicum R-271은 4mg/ml의 glycine 함유배지에서 생육이 정상이었으나 세포 형태는 배양시간에 따라 변화하였으며 colony 형성단위는 log-phasedlgn 현저히 감소하였다. R-271은 3.5mg/ml glycine 함유배지에서 6시간 배양후에, slow grower R-214는 0.1mg/ml glycine 함유배지에서 24시간 배양후에 lysozyme의 작용을 받았다. 두 균주 모두 이러한 처리에 의해 96%이상의 spheroplast 형성빈도를 나타내었다. 한편 spheroid-type cell은 대두근의 nodule에서 분리한 bacteroid에서도 관찰되었으며 nodule extract에 존재하는 유리 amino acid 중 glycine 은 다른 amino acid에 비해 소량 존재하고 있었다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제31권1호
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• pp.26-32
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• 1988

본 연구는 효모의 killer toxin을 포도주 발효효모에 도입시켜 발효중 다른 야생효모의 생육을 억제함으로서 starter를 절감하고 발효기간을 단축시키는 보다 효율적인 발효균주를 개발하기 위하여 수행되었다. 포도주 효모 Saccharomyces cerevisiae M524 균주에 N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine을 처리하여 3종의 영양요구 변이주$CHM2(thr^-),\;CHM3(asp^-),\;CHM6(tyr^-)$를 만들었고, 이 변이주 각각을 killer 효모인 S. cerevisiae 1368R $({\alpha}\;his\;4\;kar\;1-1[kil-K][K_0]$, respiratory deficient)과 세포융합시켜 4종의 융합주 $CHF21(thr^-kil^+)\;CHF22(thr^-\;kil^+)\;CHF31(asp^-\;kil^+)\;CHF61\;(tyr^-\;kil^+)$을 만들었다. 이중 CHF31 융합주를 killer 효모 1368R과 killer 감수성 효모 S. cerevisiae $5{\times}47$에 각각 혼합 배양한 바 CHF31이 killer로서의 특성과 모균주에 못지 않은 ethanol 생성능을 지녔음이 확인되었다.

• International Journal of Oral Biology
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• 제39권4호
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• pp.207-213
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• 2014

Antimicrobial actions of reactive oxygen/nitrogen species (ROS/RNS) derived from products of NADPH oxidase and inducible nitric oxide (NO) synthase in host phagocytes inactivate various bacterial macromolecules. To cope with these cytotoxic radicals, pathogenic bacteria have evolved to conserve systems necessary for detoxifying ROS/RNS and repairing damages caused by their actions. In response to these stresses, bacteria also induce expression of molecular chaperones to aid in ameliorating protein misfolding. In this study, we explored the function of a newly identified chaperone Spy, that is localized exclusively in the periplasm when bacteria exposed to conditions causing spheroplast formation, in the resistance of Salmonella Typhimurium to ROS/RNS. A spy deletion mutant was constructed in S. Typhimurium by a PCR-mediated method of one-step gene inactivation with ${\lambda}$ Red recombinase, and subjected to ROS/RNS stresses. The spy mutant Salmonella showed a modest decrease in growth rate in NO-producing cultures, and no detectable difference of growth rate in $H_2O_2$ containing cultures, compared with that of wild type Salmonella. Quantitative RT-PCR analysis showed that spy mRNA levels were similar regardless of both stresses, but were increased considerably in Salmonella mutants lacking the flavohemoglobin Hmp, which are incapable of NO detoxification, and lacking an alternative sigma factor RpoS, conferring hypersusceptibility to $H_2O_2$. Results demonstrate that Spy expression can be induced under extreme conditions of both stresses, and suggest that the protein may have supportive roles in maintaining proteostasis in the periplasm where various chaperones may act in concert with Spy, thereby protecting bacteria against toxicities of ROS/RNS.

• 생명과학회지
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• 제16권6호
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• pp.1036-1043
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• 2006

TAR (Transformation-Associated Recombination) cloning법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 한다. 이 기술은 출아효모의 spheroplasts 형질전환 동안 목적 유전자를 포함한 게놈 DNA와 그 유전자의 5' 또는 3' 말단 서열 (hook)을 포함하고 있는 TAR vector 사이에 일어나는 상동성 재조합에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 TAR cloning 법을 상동성 유전자의 분리에 사용할 수 있는가를 조사하기 위해, 연간과 마우스 게놈의 HPRT 유전자를 선택하였다. 그 결과, 인간과 마우스의 게놈으로부터의 HPRT 유전자의 분리 빈도는 TAR vector로서 hHPRT hook 혹은 mHPRT hook을 사용한 경우에 거의 동일하게 나타났다. 또한 mHPRT 유전자의 gap 부분의 염기서열을 결정하여, 이 부분에 염기서열의 불안정의 요인이 되는 비정상적 특성을 발견하였다. 결론적으로 TAR cloning법을 이용하여 다른 이종 간의 게놈으로부터 상동성 유전자 즉 orthologue의 분리가 가능하였다. 더욱이 TAR cloning 시스템을 이용하여 고등동물 게놈 상에 남아있는 gap 부분을 메움으로서 고등동물의 모든 유전자들의 확인이 가속화될 수 있을 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.128-134
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• 2003

Transformation-associated recombination (TAR) 클로닝법은 목적 유전자를 포함한 게놈 DNA와 그 유전자의 5' 또는 3' 말단 서열을 포함하고 있는 선형의 TAR vector를 동시에 출아효모의 spheroplast내로 co-penetration 시켜 상동부위에서 일어나는 재조합에 의해 환형의 Yeast Artification Chromosome(YAC)으로 분리되는 방법이다. 일반적으로 TAR 클로닝법에 의한 목적의 single-copy 유전자 분리 빈도는 전체 형질전환체의 0.01~1% 정도이다. 이러한 TAR 클로닝법을 개선하기 위하여 Tg.AC transgenic mouse를 모델계로 사용하여 유전자 분리에 대한 target hook 내의 GC content 가 미치는 영향을 조사하였다. 이러한 목적으로 한쪽에는 다양한 GC content(18~45%)를 지닌 transgene 특이적 hook을 포함하고 다른 한쪽은 B1 반복서열을 가지는 radial TAR vector를 사용하여 transgene 분리 빈도를 측정하였다. 그 결과 target hook의 GC content는 23% 이하의 경우, ~40%인 경우에 비해 두 배 정도 클로닝 빈도가 감소하였다. 따라서 TAR vector를 제작할 때, 유전자 분리에 이용되는 target hook의 GC content는 약 40% 일때 가장 적정한 것으로 나타났다. 또한 높은 target hook 내의 GC content(65%)위치분포에 의한 차이는 클로닝 빈도에 큰 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다.