• 식물병연구
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• 제15권2호
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• pp.83-87
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• 2009

콩 불마름병을 일으키는 Xanthomonas axonopodis pv. glycines를 종자에서 DNA 추출없이 바로 검출하는 방법에 대하여 연구하였다. 콩 종자에서 X. axonopodis pv. glycines를 특이적으로 검출하기 위해 특이적인 유전자로 알려져 있는 glycinecin A로부터 증폭 size가 401 bp인 primer Xag F1 & Xag R1을 고안하였다. Xag Fl과 Xag R1 primer는 콩 종자와 잎에서 분리한 균주와 KACC에서 분양받은 X. axonopoids pv. glycines 균주를 증폭시켰으나 근연종인 X. axonopodis pv. citri, X. axonopodis pv. vesicatoria 등은 증폭되지 않았다. 콩 종자에 존재하는 것으로 알려진 다른 세균들 역시 증폭되지 않았다. 고안된 Xag F1 & Xag R1 primer를 이용한 X. axonopodis pv. glycines의 검출 한계 농도 측정은 genomic DNA와 세포 현탁액을 이용하였다. X. axonopodis pv. glycines의 genomic DNA는 200 fg까지 증폭이 되었으며, 세포현탁액은 $OD_{600nm}$ 0.1로 농도를 조정한 뒤, $10^{-8}$까지 희석하여 측정한 결과 $10^{-6}$인 $1.8{\times}10^3$ cfu/ml까지 증폭이 확인되었다. 자연 감염된 종자에서 병원균을 검출하기 위해 종자를 육안상 건전종자와 불건전한 종자(변색립, 피해립)로 구분하여 direct PCR 방법으로 실험 한 결과 육안상 건전종자에서는 병원균이 검출되지 않았으나 불건전한 종자에서는 병원균의 검출이 확인되었다. 또한 진탕 배양 시간에 따른 병원균의 검출여부를 조사한 결과 진탕 배양 2시간부터 병원균의 검출이 확인되었으며 시간이 지날수록 증폭 밴드가 더욱 선명해 지는 것을 확인할 수 있었다. 그러므로 고안된 Xag Fl & Xag R1 primer를 이용한 direct PCR 방법은 다른 많은 미생물들로 오염되어진 콩종자에 있는 X. axonopodis pv. glycines를 신속하고 민감하게 검정할 수 있는 효과적인 방법으로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국어류학회지
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• 제18권4호
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• pp.300-310
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• 2006

한국 서해안의 서천 및 고창지역과 남해안의 부산지역으로부터 채취한 전어(Konosirus punctatus) 3개 집단의 개체로부터 genomic DNA를 분리 추출하여 PCR로 반복해서 증폭시켰다. 8개의 decamer와 20-mer를 사용하여 전체적으로 서천의 전어집단에서 713개의 loci, 부산집단에서 791개 및 고창 전어집단으로부터 732개의 100 bp에서 2,800 bp의 크기에 해당되는 total loci를 얻어냈다. 우리는 서천 전어집단에서 독특한 50개의 unique loci, 부산 전어집단으로부터 70개의 unique loci 그리고 고창의 전어집단으로부터 130개의 unique loci를 각각 확인하였고, 또한 3개 전어집단 모두에 대해서 공통적으로 가지고 있는 120개의 shared loci도 확인하였다. 특이한 specific loci를 확인한 결과 서천 전어집단에서는 108개(15.1%), 부산집단에서는 74개(9.4%) 그리고 고창 전어집단에서는 67개(9.2%)를 각각 얻어냈다. 또한 8개의 primer를 통해서 서천 전어집단에서 48개 (6.7%), 부산 전어집단에서는 26개 (3.3%) 그리고 고창 전어집단에서 16개 (2.2%)의 polymorphic loci를 얻어냈다. Similarity matrix를 통해서 볼 때 서천 전어집단에서 0.756에서 0.936까지, 부산집단에서 0.800에서 0.938까지 그리고 고창 전어집단에서 0.731에서 0.959까지의 공유가(bandsharing value)를 확인하였다. 8개의 primer를 이용하여 얻어진 dendrogram을 통해서 볼 때 genetic cluster는 cluster 1 (SEOCHEON 01~SEOCHEON 10), cluster 2 (BUSAN 11~BUSAN 20과 GOCHANG 23~GOCHANG 24) 그리고 cluster 3 (GOCHANG 21, 22, 25, 26, 27, 28, 29 및 30)와 같이 3개의 cluster로 나누어졌다. 위에서와 같이 고창 전어집단의 일부 개체는 부산 전어집단에 속하는 것으로 나타났으며, 따라서 2 전어집단의 일부 개체들은 부분적으로 오고 가는 이주현상을 나타내는 것으로 사려된다. 이러한 결과를 볼 때 RAPD-PCR 분석 방법을 통해서 우리는 지리적으로 떨어져 있는 3개의 전어 집단에 존재하는 유의성이 있는 유전적 거리를 확인할 수 있었다. 여러 가지 decamer와 20-mer를 이용한 RAPD-PCR 분석 방법은 종 및 지리적 집단과 지리적 전어집단에 존재하는 유전적 다양성, 다형성 및 유전적 유사성을 확인하는데 필요로 하는 독특한 specific/polymorphic marker를 확인할 수 있는 이용 가능한 방법이라고 할 수 있다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제47권3호
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• pp.227-233
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• 2009

Local malaria transmission in the United Arab Emirates (UAE) came to an end in 1997. Nevertheless, UAE has been subjected to substantial importation of malaria cases from abroad, concerning both UAE nationals and immigrants from malarious countries with a total number of 2,119 cases in 2007. To evaluate a new DNA extraction technique using nested PCR, blood samples were collected from 132 individuals who presented to Infectious Diseases Department in Rashid Hospital, Dubai, and Central Department of Malaria Control with fever and persistent headache. Giemsa-stained blood films and ELISA test for malaria antibodies were carried out for detection of Plasmodium infection. Plasmodium infections were identified with the genus-specific primer set and species differentiation using nested PCR. A rapid procedure for diagnosis of malaria infections directly from dried blood spots using for the first time DNA extract from FTA Elute cards was evaluated in contrast to extraction techniques using FTA classic cards and rapid boiling technique. Our new simple technique for DNA extraction using FTA Elute cards was very sensitive giving a sensitivity of 100% compared to 94% using FTA classic cards and 62% in the rapid boiling technique. No complex preparation of blood samples was required prior to the amplification. The production cost of DNA isolation in our PCR assay was much less incomparable to that of other DNA extraction protocols. The nested PCR detected plasmodial infection and could differentiate P. falciparum from P. vivax, and also detected the mixed infection.

• 생명과학회지
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• 제18권2호
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• pp.284-286
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• 2008

낙지는 우리나라 연안에 대부분 서식하는 종으로 특히 남해안 연안에서 많이 어획되고 있는 종이다. 현재, 중국산 낙지가 우리나라 수산시장에 많이 수입되고 있는 관계로 본 연구에서는 분자마커를 이용하여 한국산과 중국산 낙지를 구별하기 위하여 조사했다. 유전자 증폭을 이용하여 중국 산동지역에 서식하고 있는 낙지 4마리에 대하여 PCR 생성물이 보인 반면에, 남해, 무안, 여수, 진도에 서식하고 있는 낙지 미토콘드리아 DNA는 나타나지 않았다. 따라서 PCR 증폭으로 국내산 $1{\mu}g$ DNA 첨가 시 중국산 0.1 ng DNA까지 민감도를 보여, 앞으로 간편하고 신속한 중국산 낙지 구별을 위하여 좋은 도구로 이용될 것으로 보인다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.36-45
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• 2006

Twenty isolates of Didymella bryoniae were isolated from infected cucurbit plants in various growing areas of southern Korea in 2001 and 2002. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) group [RG] I of D. bryoniae was more virulent than RG IV to watermelon. Virulence of the RG I isolate was strong to moderate to cucumber, whereas that of the RG IV varied from strong, moderate to weak. Two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers, and were analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYSPC. At the distance level of 0.7, two major genomic DNA RAPD groups were differentiated among 20 isolates. The RG I included 7 isolates from watermelon and one isolate from melon, whereas the RG IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon. Amplification of internal transcribed spacer (ITS) region and small subunit rRNA region from the 20 isolates yielded respectively a single fragment. Restriction pattern with 12 restriction enzymes was identical for all isolates tested, suggesting that variation in the ITS and small subunit within the D. bryoniae were low. Amplification of the genomic DNAs of the tested isolates with the sequence characterized amplified regions (SCAR) primer RG IF-RG IR specific for RG I group resulted in a single band of 650bp fragment for 8 isolates out of the 20 isolates. Therefore, these 8 isolates could be assigned into RG I. The same experiments done with RG IIF-RG IIR resulted in no amplified PCR product for the 20 isolates tested. An about 1.4 kb-fragment amplified from the RG IV isolates was specifically hybridized with PCR fragments amplified from genomic DNAs of the RG IV isolates only, suggesting that this PCR product could be used for discriminating the RG IV isolates from the RG I isolates as well other fungal species.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권2호
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• pp.140-147
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• 2017

Fusarium wilts of strawberry, caused by Fusarium oxysporum f. sp. fragariae, is a serious soil-borne disease. Fusarium wilt causes dramatic yield losses in commercial strawberry production and it is a very stubborn disease to control. Reliable chemical control of strawberry Fusarium wilt disease is not yet available. Moreover, other well-known F. oxysporum have different genetic information from F. oxysporum f. sp. fragariae. This analysis investigates the genetic diversity of strawberry Fusairum wilt pathogen. In total, 110 pathogens were isolated from three major strawberry production regions, namely Sukok, Hadong, Sancheong in Gyeongnam province in South Korea. The isolates were confirmed using F. oxysporum f. sp. fragariae species-specific primer sets. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analyses were executed using the internal transcribed spacer, intergenic spacer, translation elongation factor1-${\alpha}$, and ${\beta}$-tubulin genes of the pathogens and four restriction enzymes: AluI, HhaI, HinP1I and HpyCH4V. Regarding results, there were diverse patterns in the three gene regions except for the ${\beta}$-tubulin gene region. Correlation analysis of strawberry cultivation region, cultivation method, variety, and phenotype of isolated pathogen, confirmed that genetic diversity depended on the classification of the cultivated region.

• 한국응용곤충학회지
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• 제42권1호
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• pp.65-70
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• 2003

곤충자원의 대량사육을 위한 병 발생 예방과 해충의 효과적인 방제를 위하여 흰점박이꽃무지 이병충으로부터 곤충병원 사상균을 분리하였다. 전자현미경 관찰 결과 분리균주 KMA-1은 Metharizium속의 전형적인 쇠사슬형의 분생자를 paliside-like masse에 형성하였다. 따라서, 정확한 동정을 위하여 28S rRNA와 ITS염기 서열을 바탕으로 제작한 특이 프라이머쌍을 사용하여 PCR 반응을 수행하였다. 각각의 프라이머쌍을 사용한 PCR반응으로부터 특이 밴드가 검출되었으며 이 증폭 산물들의 염기 서열을 결정, 비교하였다. 분리 균주 KMA-1의 PCR산물인 28S rRNA와 ITS DNA염기서열을 GenBank데이터베이스에 등록된 염기서열 정보와의 상동성을 검색한 결과, 모두 Metarhizium anisopliae와 가장 높은 서열 상동성을 보였다. 이상의 결과로서 본 실험에서 분리 명명된 KMA-1는 M. anisopliae로 동정되었다.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.651-657
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• 2003

형태적으로 매우 유사한 적조생물 C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum을 RAPD 방법을 이용하여 유전적 유연관계를 조사했다. 12개의 primer 중 4종류만 선택되었고 증폭된 밴드수는 59개이며 그 크기는 0.2에서 3.0 kb까지였다. C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum의 다형화된 밴드수는 16개, 8개, 16개로 각각 나타났다. 반면에, 17개의 밴드만 동일하였다. C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum의 종 특이적인 밴드수는 26개, 34개, 26개로 각각 보였다. C. polykrikoides와 G. impudicum/G. catenatum의 유전적 유사성은 0.83이며, G. impudicum과 G. catenatum은 0.78로 나타났다. 이러한 결과로 볼 때 형태적으로는 유사하게 보이지만, RAPD 분석에 의하면 C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum은 현저하게 상이한 적조생물이다. 앞으로 RAPD 기법을 이용하면 이러한 와편모조류의 유전적 변이를 탐색하는데 유용할 것으로 보인다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권2호
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• pp.125-130
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• 2006

An isolate of Peanut stunt virus (PSV) isolated from black locust tree (Robinia pseudo-acacia L.) showing severe mosaic and malformation symptoms, was designated as PSV-Rp. PSV-Rp was characterized by the tests of host range, physical properties, RNA and coat protein composition and RT-PCR analysis. Nucleotide sequences of the cucumoviruses CP genes were also used for identification and differentiation of PSV-Rp. Six plant species were used in the host range test of PSV-Rp. PSV-Rp could be differentiated from each Cucumovirus strain used as a control by symptoms of the plants. The physical properties of PSV-Rp virus were TIP $65^{\circ}C$, DEP $10^{-3}$, and LIP $2{\sim}3$ days. In dsRNA analysis, PSV-Rp consisted of four dsRNAs, but satellite RNA was not detected. Analysis of the coat proteins by SDS-PAGE showed one major protein band of about 31 kDa. RT-PCR using a part of Cucumovirus RNA3 specific primer amplified ${\sim}950bp$ DNA fragments from the crude sap of virus-infected black locust leaves. RFLP analysis of the RT-PCR product could differential PSV-RP from CMV The nucleotide sequence identity between the PSV-Rp CP and the TAV-P CP genes and the PS-V-RP CP and CMV-Y CP genes were 61.6% and 40.5%, respectively. On the other hand, the nucleotide sequence identity of the PSV-Rp CP gene was $70.9%{\sim}73.4%$ in comparison with those of PSV subgroup I (PSV-ER and PSV-J) and 67.3% with that of PSV subgroup II(PSV-W). Especially, the nucleotide sequence identity of PSV-Rp CP gene and that of PSV-Mi that was proposed recently as the type member of a novel PSV subgroup III was 92.4%.

• 식물병연구
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• 제24권1호
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• pp.81-85
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• 2018

2016년 충북 충주에서 모자이크 병징을 보이는 초석잠을 채집하였다. 담배와 명아주에 즙액접종을 실시한 결과 담배에서 접종엽에 괴사반점이 나타나고 명아주 2종에서 상엽에 퇴록반점을 동반한 모자이크 병징이 관찰되었다. 기주반응과 결과를 통해 여러 바이러스의 복합감염을 추정할 수 있었고, 추정되는 바이러스의 확인을 위해 속특이 및 종특이 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 수행하여 3종의 바이러스(AMV, CMV, TMV)를 검정하였다. 본 연구는 국내 초석잠에서 3종의 바이러스 감염을 확인하였고 CMV의 감염에 대한 첫 보고이다.