• Korea-Australia Rheology Journal
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• 제20권2호
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• pp.89-94
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• 2008

To satisfy good mechanical and optical properties of polymer-coated film products, it will be indispensable to elucidate the molecular orientation of polymer chains within coating liquids in coating flows. Using hybridized numerical method between computational fluid dynamics (CFD) and Brownian dynamics (BD) simulations can provide the useful information for the better quality control of coated films. Flexible polymer chains, e.g., ${\lambda}$-DNA molecules here, change their conformation according to the flow strength and the flow type. The molecular conformation within the coated film on the web or substrate is quite different, because the polymer chains experience the complicated flow strength and flow types in flow field. Especially in the slot coating flow, these chains are more extended by the extension-like flow field generated in the free surface curvature just beyond the downstream die region. Also, the polymer chain extension beneath the free surface can be affected by the die geometry, e.g., the coating gap, changing flow field.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.69.1-69
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• 2003

RSH (relA/spoT homolog) has been known to determine the level of guanosine tetraphosphate (ppGpp) and guanosine pentaphosphate (pppGpp), which are the effector nucleotide of the prokaryotic stringent response and also play a role in antibiotic production and differentiation in Streptomyces species but not a little in eukaryotic organism, especially in plant. Salicylic acid (SA), a critical signal molecule of establishing systemic acquired resistance (SAR), could induce SAR in Pepper (Capcicum annuum) against Phytophthora capsici. And the extent of SAR induction was in proportion to the dosage of SA (or BTH). Suppression subtractive hybridization (SSH), a PCR-based method for cDNA subtraction, was carried out between SA-treated and non-SA-treated pepper leaves to isolate genes which may be responsible for defense signaling against pathogens. Early upregulated gene was selected from reverse northern and kinetics of SSH-genes transcripts in SA-treated pepper leaves upon SA treatment. Full-length cDNA of the gene (PepRSH； Pepper RelA / SpoT homolog) had an open reading frame (ORF) of 2166 bp encoding a protein of 722 amino acids and a significant homology with (p)ppGpp phosphohydrolase or synthetase. Genomic DNA gel blot analysis showed that pepper genome has at least single copy of PepRSH. PepRSH transcripts was very low in untreated pepper leaves but strongly induced by SA and methyljasmonic acid (MeJA), indicating that PepRSH may share common SA and MeJA-mediated signal transduction pathway Functional analysis in E. coli showed PepRSH confers phenotypes associated with (p)ppGpp synthesis through a complementation using active site mutagenesis.

• 약학회지
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• 제54권6호
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• pp.500-506
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• 2010

TNF-${\alpha}$ and VCAM-1 play a pivotal role in the pathogenesis of rheumatoid arthritis, and the development of drugs targeting these molecules has extended the therapeutical approaches to rheumatoid arthritis patients. Bispecific antibodies combine the antigen-binding sites of two antibodies within a single molecule and thus they are able to bind to two different epitopes simultaneously. A specific bispecific antibody format termed "Di-diabody" was made for the efficient approach to anti-inflammation. In this study, the DNA vector construct of Di-diabody was built up against two antigens, VCAM-1 and TNF-${\alpha}$. For evaluating this Di-diabody as a bispecific antibody on the efficacy of anti-inflammation, the proteins were analyzed according to each antigen binding affinity and cell based assay related separate molecules. The 7H/Humira Di-diabody produced in this study interacted with its ligands, VCAM-1 and TNF-${\alpha}$, respectively. Also, this antibody exhibited the similar functional activities as compared to 7H-IgG in respect to inhibition of hVCAM-1-induced cell adhesion and Humira-IgG in respect to inhibition of TNF-${\alpha}$ induced cytotoxicity. Further study to elucidate the pharmacological significance of the Di-diabody is warranted using experimental animals.

• Journal of Microbiology
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• 제35권4호
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• pp.327-333
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• 1997

Although extensively characterized in human cells, no heterogeneous nuclear ribonucleoprotein(hnRNP) has been found in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe which is amenable to genetic studies and more similar to mammals than Saccharomyces cerevisiae is in terms of RNA processing. As a first step to characterize hnRNPs from S. pombe, attempt was made to find human hnRNP A1 homologs from S. pombe. The RNA molecule (A1 winner) containing the consensus high-affinity hnRNP A1 binding site (UAGGGA/U) was synthesized in vitro and used in an ultraviolet(UV) light-induced protein-RNA cross-linking assay. A number of S, pombe proteins bound to the A1 winner RNA. An approximately 50-kDa protein(p50) cross-linked more efficiently to the A1 winner RNA than other proteins. The p50 protein did not cross-link to a nonspecific RNA, but rather to the A1-5’ SS RNA in which the consensus 5’ splice junction sites of S. pombe introns were abolished. This suggests that the p50 protein, however, did not bind to the single-stranded DNA to shich the human hnRNP A1 could bind and be eluted with 0.5M NaCl. Further analysis should reveal more features of this RNA-binding protein.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권3호
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• pp.393-398
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• 2015

Aptamers are composed of single-stranded oilgonucleotides that can selectively bind desired molecules. It has been reported that RNA or DNA could act as not only a genetic messenger but also a catalyst in metabolic pathways. RNA aptamers (average sizes 40-50 bp) are smaller than antibodies and have strong binding capacities to target molecules, similar to antigenantibody interactions. Once an aptamer was selected, it can be readily produced in large quantities at low cost. The objectives of this study are to screen and develop aptamers specific to oral pathogens such as Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, and Streptococcus mutans. The bacterial cell pellet was fixed with formaldehyde as a target molecule for the screening of aptamers. The SELEX method was used for the screening of aptamers and a modified western blot analysis was used to verify their specificities. Through SELEX, 40 kinds of aptamers were selected and the specificity of the aptamers to the bacterial cells was confirmed by modified western blot analysis. Through the SELEX method, 40 aptamers that specifically bind to oral pathogens were screened and isolated. The aptamers showed possibility as effective candidates for the detection agents of oral infections.

• 환경생물
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• 제30권2호
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• pp.77-89
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• 2012

With the advent of the genomics era powered by DNA sequencing technologies, life science is being transformed significantly and biological research and development have been accelerated. Environmental biology concerns the relationships among living organisms and their natural environment, which constitute the global biogeochemical cycle. As sustainability of the ecosystems depends on biodiversity, examining the structure and dynamics of the biotic constituents and fully grasping their genetic and metabolic capabilities are pivotal. The high-speed high-throughput next-generation sequencing can be applied to barcoding organisms either thriving or endangered and to decoding the whole genome information. Furthermore, diversity and the full gene complement of a microbial community can be elucidated and monitored through metagenomic approaches. With regard to human welfare, microbiomes of various human habitats such as gut, skin, mouth, stomach, and vagina, have been and are being scrutinized. To keep pace with the rapid increase of the sequencing capacity, various bioinformatic algorithms and software tools that even utilize supercomputers and cloud computing are being developed for processing and storage of massive data sets. Environmental genomics will be the major force in understanding the structure and function of ecosystems in nature as well as preserving, remediating, and bioprospecting them.

• 생명과학회지
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• 제13권6호
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• pp.856-864
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• 2003

원핵생물 (Procaryote)의 분류에 16S rRNA유전자가 많이 이용되어 있으나 제한된 해상력과 유전자의 수에 차이가 있는 등의 문제가 있어 이를 보완할 수 있는 새로운 생체분자를 찾고 그 분류 결과를 16S rRNA의 결과와 비교하였다. COG (Clusters of Orthologous of protein) 방법을 이용하여 43종의 미생물중에서 진핵생물을 제외한 42종의 원핵생물 (procaryote)에서만 발견되는 3종류의 COG인 Transcription elongation factor인 COG0195과 bacterial DNA primase인 COG0358 그리고 uridylate kinase인 COG0528를 구하였다. 이중 유사도와 유전자 수를 바탕으로 새로운 분류의 키로 uridylate kinase를 설정하여 분석한 결과, 같은 속 (genus)에 속하는 세균들은 아주 높은bootstrap value를 갖고 분류도에서 같은 위치에 분포하고 고세균 (Archaebacteria) 내부의 응집성이 높은 등의 유사성을 보였다. 한편 alpha와 epsilon 그룹의 Proteobacteria가 분류도에서 다르게 위치하고 진정세균 (Eubacteria)의 Spi-rochaetales에 속하는 Treponema pallidum (Tpa)와 Borrelia burgdorferi (Bbu)가 고세균과 유연관계가 높게 나타나는 등 차이점도 보였다. Uridylate kinase를 이용한 분류는, 아주 높은 보존성에 의해서 생기는 16S rRNA 유전자를 이용한 문제점을 보완하여 원핵생물의 정확한 분류에 기여할 수 있을 것으로 사료되었다.

• 한국가축번식학회지
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• 제24권2호
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• pp.125-142
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• 2000

임신초기 말의 태반으로부터 분비되는 융모성성선자극 호르몬 (eCG)은 황체형성 (LH), 난포자극 (FSH) 및 갑상선자극 (TSH) 호르몬과 같이 알파 및 베타 단체의 비공유결합으로 구성되어져 있는 당단백질 호르몬이다. 알파단체의 아미노산 배열은 동물종내에서 동일하지만, 베타단체는 호르몬에 따라 작용의 특이성을 가지고 있다고 알려져 있다. 말의 융모성 성선자극 호르몬은 모체의 자궁내막에 침입한 태아 유래의 융모조직 (자궁내막배)에서 합성ㆍ분비되어진다. eCG 는 당단백칠 호르몬중 탄수화물 함량이 40% 이상으로 가장 많이 함유되어 있으며, 알파단체는 두 개의 N-linked 당쇄첨가 부위 (아미노산 56 및 82번), 베타단체는 13번에 1개의 N -linked 당쇄첨가 부위와 카르복실기 말단부위에 적어도 11개의 O-linked 당쇄첨가 부위를 가지고 있는 것이 특징이다. 또한, eCG 는 다른 동물에 있어서 강력한 난포자극 및 황체형성 호르몬의 기능을 가지고 있는 아주 특이한 호르몬이다. 말의 태반과 뇌하수체 조직으로부터 eCG $\alpha$ 및 $\beta$ 단체와 eFSH $\beta$ 단체의 cDNA를 cloning 하였으며, 각 단체의 mRNA 발현은 태반과 뇌하수체에서 독립적으로 조절되어진다. 따라서, eCG 의 기능 및 수용체에 대한 호르몬의 특이한 작용을 분자생물학, 생화학적인 측면에서 연구하는데 아주 흥미로운 호르몬이다. 왜 eCG 가 이러한 이중활성을 가지고 있는지에 대해서는 아직까지 구체적으로 연구된 바가 없지만, 지금까지의 eCG 연구를 종합하면, eCG 의 알파 및 베타 단체 의 cDNA 의 유전자 구조 (알파단체는 96개 아미노산 ; 베타단체는 149개아미노산) 가 밝혀짐으로서 각각의 당쇄첨가 부위에 대한 기능연구에 박차를 가하게 될 것으로 보인다. 따라서 Site-directed mutagenesis 를 활용 어느 특정부위의 당쇄 수식이 없는 유전자 재조합 eCG 에 대한 연구로 이들 당단백질 호르몬에 대한 생물학적 특성에 대해서 확실하게 밝혀질 것으로 기대하고, 이러한 연구가 계속 진행되고 있으며, 가까운 미래에 eCG 에 있어서 지금까지 의문으로 남아있는 난포자극 및 황체형성의 이중활성에 대한 당쇄의 기능이 완전히 해결될 것으로 기대한다. eCG 의 황체형성에 대한 당쇄의 기능은 본 연구팀에 의해 알파단체의 56 번 N-linked 당쇄첨가 부위가 필수불가결하다는 결과를 얻었지만, 앞으로 난포자극 활성에 미치는 당쇄의 중요성에 관해서는 현재 연구 중에 있다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제40권7호
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• pp.1053-1062
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• 2011

건강한 삶에 대한 현대인의 관심이 나날이 고조되고 있으며, 이에 따라 노화와 질병의 예방에 효과가 있는 항산화제의 연구가 활발히 이루어지고 있다. 특히 천연물이나 식품을 소재로 한 식이성 항산화제에 대한 연구는 꾸준히 증가하고 있는 추세이며, 천연물의 소재나 연구 분야의 폭이 매우 넓다. 따라서 다양한 식품 소재의 항산화능을 조사할 수 있는 측정법의 중요성이 크게 부각되고 있다. 현재 약용 식물이나 상용 채소, 과일을 시료로 하여 여러 가지 radical이나 target molecule에 대한 항산화능을 측정할 수 있는 다수의 생체외(in vitro) 측정법이 사용되고 있다. 이에 본 총설에서는 널리 사용되고 있는 항산화능 측정법의 특징을 분석하고 적용 사례를 검토하였다. 식품의 구성 성분은 단일물질이 아닌 복합체로 구성되어 있으므로 하나의 측정법으로 항산화능을 평가할 수가 없다. 그러므로 채소와 과일을 포함한 여러가지 식물성 식품 추출물의 항산화 활성을 정확히 측정하기 위해서는 각 실험에 사용되는 radical과 기전(mechanism), 실험 조건(온도, pH, 실험기기, 시료추출방법, 소요 시간, 비용) 등을 고려하여 적절히 수행되어야 할 것이다. 그러나 이들 측정법의 다양성과 사용 단위의 차이로 인해 각 시료의 항산화능을 객관적으로 비교하는데 어려움이 있는 실정이다. 따라서 향후 항산화능 측정법의 표준화와 표현 단위의 통일이 절실히 요구된다. 또한 in vitro에서 항산화능을 나타내는 채소, 과일 등의 생체 내 활성은 다양한 biomechanism과 polymerphism으로 인해 그 효과를 예측하기가 매우 어렵다. 따라서 in vitro에서의 항산화능 screening 결과를 바탕으로 in vivo에서의 그 효과를 검증하는 연구가 부가적으로 시행되어야 할 것이라 사료된다.