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돼지 $\beta$-Casein 유전자의 3' 말단 부위의 cis-Acting Element가 유선 상피 세포내의 발현에 미치는 영향 (Effects of the cis-Acting Element in the 3' End of Porcine $\beta$-Casein Gene on the Expression in Mammary Epithelial Cells)

  • 이휘철;김병주;변승준;이승훈;김민지;정희경;이현기;조수진;장원경;박진기;이풍연
    • Reproductive and Developmental Biology
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    • 제32권3호
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    • pp.153-158
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    • 2008
  • 형질 전환 동물 생산에는 조직 및 시기 특이적 발현 조절이 가능하다는 장점 때문에 유즙 내로 외부 유전자를 발현시키는 시스템이 널리 이용되고 있다. 유전자 발현 즉, 단백질 생산은 프로모터의 강도뿐만 아니라 mRNA의 안정성에 의해서도 조절된다. 특히, polyadenylation에 의한 poly A의 길이는 in vivo와 올 in vitro에서 mRNA 안정성 및 목적 유전자의 번역효율에 영향을 준다. 본 연구에서는 이러한 mRNA 안정성이 목적 유전자의 발현에 미치는 영향을 알아보기 위해 3'-UTR 염기 서열을 분석하였다. 이 3'-untranslated region(UTR) 내의 poly A signal을 기준으로 putative cytoplasmic polyadenylation element(CPE) 부위와 downstream elements(DSE: U-rich, G-rich, GU-rich)의 염기 서열을 분석하고, 각각의 element를 기준으로 15 종의 luciferase reporter vector를 제작하여, 생쥐 유선 세포주(HC11)와 돼지 유선 세포주(PMGC)에 각각 transfection시킨 후 48시간 동안 배양하고 luciferase 발현량을 분석하였다. PMGC의 경우, luciferase의 발현은 exon 9의 CPE 2,3 및 DSE 1을 포함한 #6 construct에서 유의적으로 높은 발현량을 보였으며, exon 9의 CPE 2, 3과 DSE를 모두 포함하고 있는 #11 construct에서도 유의적으로 높은 발현량을 보였다. 이러한 결과는 형질 전환 돼지 생산에 있어 #6 및 11 construct의 사용은 목적의 유전자를 효과적으로 발현시키는데 기여할 것으로 사료된다.

감마선과 온열치료 병용시 세포 치사 능력 증강에 관한 실험적 연구 (Combined Effects of Gamma-irradiation and Hyperthermia on the Human Cell Lines for Various Temperatures and Time Sequences)

  • 고경환;조철구;박우윤;윤형근;류성렬;심재원;이미정
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제11권1호
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    • pp.51-58
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    • 1993
  • 원자력 병원 치료방사선과에서 사용 중인 극초단파 온열치료장치에 의한 온열치료시 온열치료의 적정화로 암 치료기술 향상을 도모함을 최종 목표로 하여 인체 암세포주에서 방사선과 온열에 의한 세포생존곡선의 기본적인 특징과 방사선과의 병용에 따른 치료효과의 증강을 파악하여 임상적 응용의 기초적인 근거를 확립하고자 하였다. 본 실험에서는 2개의 세포주, 즉 위 선암 세포주와 만성 골수성 백혈병 세포주를 사용하였다. 위암은 한국인에서 가장 발생빈도가 높고, 국소적으로 진행된 경우, 주위 장기의 한계선량으로 인하여 방사선 단독으로는 적용의 한계가 있어 온열치료와의 병용이 요구되며, 백혈병 세포는 방사선에 민감한 대표적인 세포의 하나로 온열치료와의 병용시 발생할 수 있는 미묘한 차이를 보다 분명히 관찰할 수 있을 것으로 기대하여 본 실험에 사용하였다. 감마선과 온열치료를 겸한 경우 두가지 방법을 동시에 시행한 경우, 치료효과가 가장 높았고 온열을 감마선 치료 후에 시행한 경우가 감마선 치료 전에 시행한 경우보다 약간 높았으나, 그 차이는 크지 않았고, 6시간 이상의 간격에서는 같았다. 온일치료의 온도 및 치료시간과 치료효과는 온도가 높을수록 치료시간이 길수록 치료효과가 높았고, $43^{\circ}C$에서는 온열내성을 시간경과에 따라볼 수 있었다. 같은 온도로 30분간 온열치료시 온열치료효과 증진비는 섭씨 43도, 44도, 45도의 경우, D 0.01을 기준으로 $2.5{\pm}0.08,\;3.75{\pm}0.18,\;5.0{\pm}0.15$였다. 본 연구는 기초 생물학적 실험이나, 이 결과는 임상 암치료에 직접 이용되는 것이며 또한 치료수행에 반드시 필요한 과정이다. 따라서, 치료방법의 결정, 성적분석, 치료 부작용의 예측 및 대책 확립 등에 적용되고 본원 온열치료의 특성 제시에 활용될 수 있다.

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독일 셰퍼드 개에서 Ehrlichia와 Borrelia spp.의 감염 (Ehrlichia and Borrelia spp. Infection in German Shepherd Dogs in Korea)

  • 황철용;서상호;강준구;윤화영;채준석
    • 한국임상수의학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.204-210
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    • 2011
  • 국내 독일 셰퍼드로부터 에를리히아증과 라임병에 대한 항체가 조사를 위하여 효소면역측정법을 시용하였으며, 중합효소연쇄반응을 이용하여 진드기매개성 병원체를 조사하였다. 2005년 10월부터 2006년 9월까지 국내 5개 지방으로부터 291마리 독일 셰퍼드를 선정하였다. 개 에를리히아 항체 조사를 위한 ELISA (Snap$^{(R)}$ 3Dx$^{(R)}$ test kit, IDEXX) 검사결과 전국적으로 7.56%(22마리)의 에를리히아 양성 항체 보균개와 1.72%(5마리)의 보렐리아 양성 항체 보균개로 조사되었다. 이 중 2마리에서는 두 가지 병원체 모두에 대한 양성 항체가 검출되었다. 에를리히아에 대한 양성항체를 지방별로 보면 경기도는 1.28%(78마리 중 1마리), 강원도는 12.64%(87마리 중 11마리), 충청도는 9.76%(41마리 중 4마리), 경상도는 8.93%(56마리 중 5마리), 전라도는 3.45%(56마리 중 5마리)로 조사되었다. Ehrlichia chaffeensis 유전자를 검출한 결과 전국 평균이 3.09%(291 마리 중 9마리), 강원도는 2.41%(291 마리 중 7마리) 그리고 충청도는 0.69%(291마리중 2마리)로 조사되었다. 중합효소연쇄반응으로 증폭된 유전자(SNU-EC3과 SNU-EC5)에 대한 유전자염기서열분석결과 한국(Haemaphysalis longicornis 진드기)과 중국 그리고 Arkansas 분리주인 E. chaffeensis와 매우 유사하였다. 이 연구의 결과 국내에서 사육되는 독일셰퍼드에서 에를리히아증의 병원체와 라임병에 대한 항체가 검출된 것으로 볼 때 임상 진단에 있어서 진드기매개전염병에 대한 중요성을 인식해야 할 것으로 판단된다. 따라서 혈소판감소증이나 백혈구감소증이 있는 경우 그리고 봄부터 가을까지 야외활동을 한 경력이 있는 환자에 대한 감별진단 항목에 반드시 포함시켜야 할 것을 제안한다.

동해 울릉분지 가스 하이드레이트 매장 지역의 메탄산화 미생물 군집 조성 및 분포 (Microbial Community Composition Associated with Anaerobic Oxidation of Methane in Gas Hydrate-Bearing Sediments in the Ulleung Basin, East Sea)

  • 조혜연;김성한;신경훈;박장준;현정호
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제20권1호
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    • pp.53-62
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    • 2015
  • 동해 울릉 분지 내 메탄 하이드레이트가 매장된 지역에서 혐기적 메탄 산화와 연관된 미생물 군집 특성을 이해하기 위해 메탄 누출이 있는 대륙사면 정점(UBGH2-3)과 메탄 누출이 없는 분지 정점(UBGH2-10)에서, (1) 퇴적물의 지화학적 성분 및 황산염 환원율을 측정하였으며, (2) 기능성 유전자 분석을 통해 혐기적 메탄 산화 미생물 및 황산염 환원 미생물 군집의 정량 및 다양성 분석을 수행하여 그 결과를 비교하였다. 황산염-메탄 전이지대(sulfate and methane transition zone, SMTZ)는 UBGH2-3에서 0.5~1.5 mbsf (meters below seafloor), 그리고 UBGH2-10에서는 6~7 mbsf에 분포하는 것으로 나타났다. 두 지역의 SMTZ에서 측정된 황산염 환원율은 UBGH2-3의 1.15 mbsf에서 $1.82nmol\;cm^{-3}d^{-1}$으로 나타났고, UBGH2-10의 SMTZ에서 황산염 환원율은 $4.29nmol\;cm^{-3}d^{-1}$으로 높은 값을 보였다. 총 미생물 16S rRNA gene과 기능성 유전자인 mcrA (methyl coenzyme M reductase subunit A) 및 dsrA (dissimilatory sulfite reductase subunit A)의 정량 PCR 결과 두 정점의 SMTZ 부근에서 상대적으로 높게 검출되었다. 그러나 UBGH2-10지역에서 mcrA 유전자는 SMTZ 아래인 9.8 bmsf에서 가장 높게 검출되었다. mcrA 유전자의 다양성 분석 결과 두 지역의 SMTZ와 그 아래 퇴적층에서 혐기성 메탄산화 고세균(ANME: Anaerobic MEthanothoph) 군집인 ANME-1이 우점하였다. 한편, ANME-2 군집은 메탄 누출이 발생하는 UBGH2-3지역의 2.2 mbsf 층에서만 관찰되었고, 더불어 dsr 유전자 다양성 분석 결과 ANME-2와 컨소시엄을 이루는 Desulfosarcina-Desulfococcus (DSS) 이 나타났다. 본 연구 결과, ANME-1과 ANME-2은 동해 심부 퇴적 환경에서 혐기적 메탄 산화 및 생성 과정에 관여하는 중요한 고세균 군집으로 사료되며, 또한 ANME-2/DSS 컨소시엄은 메탄이 누출되는 지역인 UBGH2-3과 같이 혐기적 메탄 산화가 활발한 곳에서 메탄 거동을 조절하는 중요한 미생물 그룹으로 인식된다.

고추에서 분리한 Cinnamate 4-Hydroxylase 유전자의 분자생물학적 특성 (Molecular Characterization of Cinnamate 4-Hydroxylase gene in Red Hot Pepper (Capsicum annuum L.))

  • 김계원;하선화;조강진;김은주;이민경;유재주;김종국;이신우
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제32권3호
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    • pp.167-173
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    • 2005
  • 본 연구는 고추열매의 capsaicinoid 생합성 조절 기작을 연구하고자 general phenylpropanoid pathway의 2번째 단계에 작용하는 것으로 알려진 3종류의 c4h cDNA clone을 확보하여 염기서열을 분석한 결과, pc4h1와 pc4h2의 크기는 각각 1,775 bp와 1,655 bp으로 505개의 아미노산으로 구성된 펩티드를 암호하는 full length의 ORF를 갖추고 있었으나 pc4h3는 5'-말단의 coding 영역 일부가 소실 되었다. 이들은 공히 모든 cytochrome P450 효소에서 진화학적으로 보존되어 있는 3종류의 conserved region 즉 domain 1(proline-rich region), domain 2 (threonine-containing binding pocket for the oxygen molecule), 그리고domain 3(heme binding region)을 포함하고 있었으며 evolutionary tree분석을 통하여 pc4h1와 pc4h2는 모두 Class I에 속하는 것으로 서로 간에는 95.8%의 유사성을 나타내어 거의 동일한 유전자인 것으로 조사되었다. 특히 Class II로 분류된 Citrus sinensis C4H1과 Phaseolus vulgaris C4H와는 단지 64.9에서 64.5%의 homology를 나타내었다. 또한 pc4h2는 상처를 주지 않은 조직에서는 비교적 적은 양의 mRNA 발현수준을 보였으나 상처를 가한 후 6시간의 열매에서는 400%, 뿌리에서는 200%까지 그 발현 양이 증가하였다. 이와 유사하게 pc4h1의 전사량도 상처에 의하여 유도는 되나 basal level이 pc4h2보다 높아서 발현증가 비율은 그다지 높지 않았다. 반면에 pc4h3 유전자는 상처를 주지 않은 모든 조직에서 거의 발현되지 않았으며 상처에 의하여서도 전혀 반응을 하지 않았다.

배 검은별무늬병(Venturia nashicola) 고도 저항성 '93-3-98' 유래 PR-10 유전자의 특성 (Characterization of PR-10 gene derived from highly resistant '93-3-98' pear inoculated with scab (Venturia nashicola))

  • 천재안;김세희;조강희;김대현;최인명;신일섭
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제42권1호
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    • pp.25-33
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    • 2015
  • 배 검은별무늬병 고도저항성 '93-3-98'과 고도감수성 '스위트스킨'간의 suppression subtractive hybridization 분석을 통해 '93-3-98'에서 특이적으로 발현되는 pathogenesis-related 10 (PR-10) 유전자를 분리하여 PyrcpPR-10으로 명명하고 기관 및 품종별 발현양상을 분석하였다. 단편염기서열의 rapid amplification of cDNA ends PCR을 통해 PyrcpPR-10 유전자는 전체길이가 743bp이고, 480bp의 ORF와 159개의 아미노산을 가지는 것으로 확인되었다. PyrcpPR-10 유전자의 염기서열은 '황실리'(저항성), '감천배'(중도저항성), '원황'(중도감수성), '신고', '스위트스킨'(고도감수성)은 동일하였으나 'Bartlett'(고도저항성)은 일부 염기서열의 차이를 보였다. BLAST X를 통한 다른 식물 종의 PR-10 아미노산과 비교에서 64 ~ 98%의 상동성을 보였고 공통적으로 GXGGXG motif를 가지고 있었다. 기관 및 조직별 PyrcpPR-10 유전자의 발현량은 꽃잎이 가장 높았으며 다음으로 잎, 꽃대, 눈, 수피 순이었다. 저항성과 감수성 품종에 따른 PyrcpPR-10 유전자의 발현양상은 모든 품종에서 접종 24시간 후 급격히 증가였으며, 특히 'Bartlett', '93-3-98', '황실리'에서 높게 발현되었고 '감천배', '원황'의 경우 저항성 품종에 비해 상대적으로 낮았으며, 고도 감수성 '신고', '스위트스킨'은 발현이 가장 낮았다. 배에서 분리한 PyrcpPR-10 유전자는 검은별무늬병 저항성에 직접 연관되는 것으로 추정된다.

연취급 근로자들의 혈중 ZPP 농도 선별기준에 따른 정확도의 변화 (The change of validity of blood zinc protoporphyrin test by different cut-off level in lead workers)

  • 김용배;안현철;황보영;리갑수;이성수;안규동;이병국
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제30권4호
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    • pp.741-751
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    • 1997
  • Measurement of blood lead (PbB) and blood zinc protoporphyrin (ZPP) are most common biological indices to identify the individual at risk for excess or the health sequences by lead exposure. Because PbB is known most important and reliable index of lead exposure, PbB is often regarded as a gold standard to detect lead exposure. But in Korea PbB is a secondary test item of detailed health check-up with positive finding of screening test in most occasion. Our lead standard requires all lead workers to take annual heath-check twice a year for investigation of their health effect due to lead exposure. Blood ZPP is one of most important index to detect high lead absorption in lead workers as a screening test. Measurement of blood ZPP is known ,well to correlate with PbB in steady state of exposure in most lead workers and is often used as a primary screening test to detect high lead absorption of lead workers with the advantage of simplicity, easiness, portability and low cost. The current cut-off criteria of blood ZPP for further detailed health check-up is $100{\mu}g/d\ell$ which is supposed to match the level of $40{\mu}g/d\ell$ of PbB according to our standard. Authors tried to investigate the validity of current criteria of cut-off level $(100{\mu}g/d\ell)$ of blood ZPP and possible another better cut-off level of it to detect the lead workers whose PbB level over $40{\mu}g/d\ell$. The subjects in our study were 212 male workers in three small scale storage battery industries. Blood ZPP, PbB and hemoglobin (Hb) were selected as the indices of lead exposure. The results were as follows. 1. The mean of blood ZPP, PbB and Hb in lead workers were $79.5{\pm}46.7{\mu}g/d\ell,\;38.7{\pm}15.1{\mu}g/d\ell,\;and\;14.8{\pm}1.2g/d\ell$, respectively. There were significant differences in blood ZPP, PbB and Hb by industry (P<0.01). 2. The percents of lead workers whose blood ZPP were above $100{\mu}g/d\ell$ in the group of work duration below 1, 1-4, 5-9 and above 10 years were 8.6%, 17.2%, 47.6%, and 50.0%, respectively. The percents of lead workers whose PbB were above $40{\mu}g/d\ell$ in those were 31.4%, 40.4%, 71.4%, and 86.4%, respectively. 3. The percents of lead workers whose PbB were below $40{\mu}g/d\ell$, $40-59{\mu}g/d\ell$ and above $60{\mu}g/d\ell$ were 54.7%, 34.9% and 10.4%, respectively. Those of lead workers whose blood ZPP were below $100{\mu}g/d\ell$, $100-149{\mu}g/d\ell$ and above $150{\mu}g/d\ell$ were 79.2%, 13.7% and 7.1%, respectively. 4. Simple linear regression of PbB on blood ZPP was statistically significant (P<0.01) and as PbB was $40{\mu}g/d\ell$, blood ZPP was $82.1{\mu}g/d\ell$. 5. While the highest sensitivity and specificity of blood ZPP test to detect lead workers with PbB eve. $40{\mu}g/d\ell$ were observed in the cut-off level of $50{\mu}g/d\ell$ and $100{\mu}g/d\ell$ of blood ZPP, respectively, the highest validity (sensitivity+specificity) of blood ZPP to detect lead workers with PbB over $40{\mu}g/d\ell$ was observed in the cut-off level of around $70{\mu}g/d\ell$ of blood ZPP. But even with optimal cut-off level of around $70{\mu}g/d\ell$ of blood ZPP, still 25.0% of false negative and 20.7% false positive lead workers were found. As the result of this study, it was suggested that reconsideration of current blood ZPP cut-off of our lead standard from $100{\mu}g/d\ell$ to somewhat lower level such as around $70{\mu}g/d\ell$ and the inclusion of PbB measurement as a primary screening test for lead workers was highly recommended for the effective prevention of lead workers.

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우리나라 감자에 발생하는 PVY의 병원학적 특성 및 외피단백질 유전자 분석 (Etiological Properties and Coat Protein Gen Analysis of Potato Virus Y Occuring in Potatoes of Korea)

  • 정승룡
    • 한국식물병리학회:학술대회논문집
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    • 한국식물병리학회 1995년도 Proceedings of special lectures on Molecular Biological Approaches to Plant Disease National Agricultural Science and Technology Institute Suwon, Korea
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    • pp.77-96
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    • 1995
  • To obtain basic informations for the improvement of seed potato production in Korea, some etiological properties of potato virus Y(PVY) distributed in the major seed potato production area(Daekwanryeong) were characterized, and the nucleotide and amino acid sequences of the coat protein gene of the PVY strains isolated were analyzed. PVY strains in Daekwonryeong, an alpine area, were identified to be two strains, PVYo and PVYN by symptoms of indicator plants, and their distribution in potato fields was similar. Major symptom on potato varieties by PVY was grouped as either mosaic alone or mosaic accompanied with veinal necrosis in the lower leaves. The symptom occurrence of the two symptoms was similar with Irish Cobbler, but Superior showed a higher rate of mosaic symptom than the other. The PVY strain which was isolated from potato cv. Superior showing typical mosaic symptoms produced symptoms of PVY-O on the indicator plants of Chenopodium amaranticolor, Nicotiana tabacum cv. Xanthi nc and Physalis floridana, but no symptom o Capsicum annum cv. Ace. Moreover, results from the enzyme-linked immunosorbent assay with monoclonal and polyclonal antibodies showed that the isolated PVY reacts strongly with PYV-O antibodies but does not react specifically with PVY-T antibodies. The purified virus particles were flexious with a size of 730$\times$11nm. On the basis of the above characteristics, the strain was identified to be a PVY-O and named as of PVY-K strain. The flight of vector aphids was observed in late May, however, the first occurrence of infected plants was in mid June with the bait plants surrounded with PVY-infected potato plants and early July with the bait plants surrounded with PVY-free potato plants. PVY infection rates by counting symptoms on bait plants (White Burley) were 1.1% with the field surrounded with PVY-free potato plants and 13.7% the fields surrounded with PVY-infected potato plants, showing the effect of infection pressure. The propagated PVY-K strain on tobacco(N. sylvestris) was purified, and the RNA of the virus was extracted by the method of phenol extraction. The size of PVY-K RNA was measured to be 9, 500 nucleotides on agarose gel electrophoresis. The double-stranded cDNAs of PVY-K coat protein(CP) gene derived by the method of polymerase chain reaction were transformed into the competent cells of E. coli JM 109, and 2 clones(pYK6 and pYK17) among 11 clones were confirmed to contain the full-length cDNA. Purified plasmids from pYK17 were cut with Sph I and Xba I were deleted with exonuclease III and were used for sequencing analysis. The PVY-K CP gene was comprised of 801 nucleotides when counted from the clevage site of CAG(Gln)-GCA(Ala) to the stop codon of TGA and encoded 267 amino acids. The molecular weight of the encoded polypeptides was calculated to be 34, 630 daltons. The base composition of the CP gene was 33.3% of adenine, 25.2% of guanine, 20.1% of cytosine and 21.4% of uracil. The polypeptide encoded by PVY-K CP gene was comprised of 22 alanines, 20 threonines, 19 glutamic acids and 18 glycines in order. The homology of nucleotide sequence of PVY-K CP gene with those of PVY-O(Japan), PVY-T(Japan), PVY-TH(Japan), PVYN(the Netherlands), and PVYN(France) was represented as 97.3%, 88.9%, 89.3%, 89.6% and 98.5%, respectively. The amino acid sequence homology of the polypeptide encoded by PVY-K CP gene with those encoded by viruses was represented as 97.4%, 92.5%, 92.9%, 92.9%, and 98.5%, respectively.

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ITS 염기서열 분석 및 CAPS를 이용한 조이시아 속(Zoysia) 들잔디와 갯잔디의 구별 (Molecular Identification of Zoysia japonica and Zoysia sinica (Zoysia Species) Based on ITS Sequence Analyses and CAPS)

  • 홍민지;양대화;정옥철;김양지;박미영;강홍규;선현진;권용익;박신영;양바오로;송필순;고석민;이효연
    • 원예과학기술지
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    • 제35권3호
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    • pp.344-360
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    • 2017
  • Zoysia 속 잔디는 학교운동장 및 공원, 골프장, 스포츠경기장과 같이 다양한 장소에 식재되고 있는 중요한 잔디이다. 해안가에서 자생하는 Zoysia 속 들잔디와 갯잔디는 외부 형태적 특성이 유사하여 외부 형태적 분류 뿐 만 아니라 분자생물학적 분류도 필요하다. 본 연구에서는 nrDNA-ITS(Internal Transcribed Spacer)의 DNA 바코드 분석을 통해서 자생하는 들잔디와 갯잔디의 분자생물학적 신속한 분류체계를 확립하고자 하였다. 이를 위해 난지형 잔디인 Zoysia 속 들잔디(Z. japonica) 및 갯잔디(Z. sinica)와 한지형 대표 잔디인 크리핑 벤트그라스(A. stolonifera) 및 켄터키 블루그라스(P. pratensis)의 nrDNA-ITS 염기서열을 확보하였다. 확보된 들잔디및 갯잔디, 크리핑 벤트그라스, 켄터키 블루그라스의 ITS 염기서열 전체 구간은 각 686bp와 687bp, 683bp, 681bp으로 확인되었으며, nrDNA-ITS 내부 염기서열구간 분석 결과, ITS1의 크기는 248-249bp, ITS2는 270̵-274bp, 5.8S rDNA는 163-164bp의 차이로, 각 4종의 잔디가 ITS 염기서열을 이용하여 식별되었다. 특히, 들잔디와 갯잔디 nrDNA-ITS 염기서열은 19 염기(2.8%) 차이를 나타냈으며, ITS1과 ITS2의 G + C 함량은 55.4-63.3% 임을 확인하였다. 이러한 들잔디와 갯잔디의 ITS 염기서열 차이를 바탕으로 CAPS 마커로 전환하여 대조구 및 수집된 자생 Zoysia 속 잔디 영양체 62개체를 분석한 결과, 외부형태학적 분류법으로 들잔디 개체, 갯잔디 개체로 동정되었지만, ITSCAPS 마커를 이용한 분자생물학적 분류법으로 들잔디 36개체와 갯잔디 22개체 뿐만 아니라 들잔디와 갯잔디간의 자연교배종 4개체도 식별하였다. 이상의 결과에서 들잔디와 갯잔디는 ITS 염기서열 및 ITS 기반 CAPS를 통하여 식별할 수 있을 것으로 판단된다.

임상미생물 검출을 위한 광대한 범위와 특이도를 가지는 16S rRNA PCR법 개발 (Development of Broad-range and Specific 16S rRNA PCR for Use in Routine Diagnostic Clinical Microbiology)

  • 김현철;김윤태;김효경;이상후;이경률;김영진
    • 생명과학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.361-369
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    • 2014
  • 16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.