• 제목/요약/키워드: sequence-based method

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EPs-TFP 마이닝 기법을 이용한 단백질 Disorder/Order 지역 분류 (Protein Disorder/Order Region Classification Using EPs-TFP Mining Method)

  • 이헌규;신용호
    • 한국산업정보학회논문지
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    • 제17권6호
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    • pp.59-72
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    • 2012
  • 단백질은 서열의 disorder 구역이 생물학적 반응을 일으켜 order로 변하는 과정에서 그 기능을 하게 되므로 서열 데이터에서 disorder 구역과 order 구역을 분리하는 것은 단백질의 3차 구조 및 특성을 예측하는데 반드시 필요하다. 따라서 이 논문에서는 효율적인 disorder와 order 구역 분류를 위해서 단백질의 특정 특징에 치우치지 않는 분류 결과를 얻으면서, 분류 속도를 향상 시킬 수 있도록 서열 데이터를 이용한 분류/예측 기법을 제안한다. 출현패턴 기반의 EPs-TFP 기법은 중복 출현패턴이 제거된 필수 출현패턴만을 이용하는 분류/예측 기법이다. 이 분류 기법은 disorder 구역의 서열 출현패턴들을 발견하며, 이러한 서열 출현패턴은 disorder 구역에서는 빈발하지만 order 구역에서는 상대적으로 빈발하지 않는 패턴들이다. 또한 제안 알고리즘의 성능 향상을 위해서 기존의 P-tree, T-tree 개념의 TFP 기법을 확장하여 분류/예측 기법으로 적용하였다. EPs-TFP 기법의 성능평가를 위해서 Disprot 4.9와 CASP 7 데이터를 활용하였고, disorder/order 구역을 분류한 결과, 민감도 73.6, 특이도 69.5, 정확도 74.2를 보였다.

병렬 3레벨 AC/DC 전력변환 시스템의 영상분 순환전류 억제 (Suppression of Circulating Current in Parallel Operation of Three-Level AC/DC Converters)

  • 손영광;지승준;이영기;설승기
    • 전력전자학회논문지
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    • 제21권4호
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    • pp.312-319
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    • 2016
  • Zero-sequence Circulating Current (ZSCC) flows inevitably in parallel converters that share common DC and AC sources. The ZSCC commonly flowing in all converters increases loss and decreases the overall capacity of parallel converters. This paper proposes a simple and effective ZSCC suppression method based on the Space Vector PWM (SVPWM) with the ZSCC controller. The zero-sequence voltage for the proposed SVPWM is calculated on the basis of the grid voltage and not on the phase voltage references. The limit of the linear modulation region of the converters with the proposed method is analyzed and compared with other methods, thereby proving that the limit of the region can be extended with the proposed method. The effectiveness of the proposed method has been verified through the experimental setup comprising four parallel three-level converters. The ZSCC is confirmed to be well suppressed, and the linear modulation region is extended simultaneously with the proposed method. Moreover, the proposed control method does not require any communication between the converters to suppress the ZSCC unlike other conventional methods.

바이오 정보보호 위한 히스토그램 쉬프팅 기반 가역성 DNA 워터마킹 기법 (Reversible DNA Watermarking Technique Using Histogram Shifting for Bio-Security)

  • 이석환;권성근;이응주;권기룡
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제20권2호
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    • pp.244-253
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    • 2017
  • Reversible DNA watermarking is capable of continuous DNA storage and forgery prevention, and has the advantage of being able to analyze biological mutation processes by external watermarking by iterative process of concealment and restoration. In this paper, we propose a reversible DNA watermarking method based on histogram multiple shifting of noncoding DNA sequence that can prevent false start codon, maintain original sequence length, maintain high watermark capacity without biologic mutation. The proposed method transforms the non-coding region DNA sequence to the n-th code coefficients and embeds the multiple bits of the n-th code coefficients by the non-recursive histogram multiple shifting method. The multi-bit embedding process prevents the false start codon generation through comparison search between adjacent concealed nucleotide sequences. From the experimental results, it was confirmed that the proposed method has higher watermark capacity of 0.004-0.382 bpn than the conventional method and has higher watermark capacity than the additional data. Also, it was confirmed that false start codon was not generated unlike the conventional method.

Sequence-Based Screening for Putative Polyketide Synthase Gene-Harboring Clones from a Soil Metagenome Library

  • JI SANG CHUN;KIM DOCKYU;YOON JUNG-HOON;OH TAE-KWANG;LEE CHOONG-HWAN
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제16권1호
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    • pp.153-157
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    • 2006
  • A soil metagenomic library was constructed using an E. coli-fosmid cloning system with environmental DNAs extracted from Kwangreung forest topsoil. We targeted the genes involved in the biosynthesis of bacterial polyketides. Initially, a total of 36 clone pools (10,800 clones) were explored by the PCR-based method using the metagenomic DNAs from each pool and a degenerate primer set, which has been designed based on the highly conserved regions among ketoacyl synthase (KS) domains in actinomycete type I polyketide synthases (PKS Is). Six clone pools were tentatively selected as positive and further examined through a hybridization-based method for selecting a fosmid clone containing PKS I genes. Colony hybridization was performed against fosmid clones from the 6 positive pools, and finally 4 clones were picked out and confirmed to contain the conserved DNA fragment of KS domains. In this study, we present a simple and feasible sorting method for a desired clone from metagenomic libraries.

사용자 검색 질의 단어의 순서 및 단어간의 인접 관계에 기반한 검색 기법의 구현 (Implementation of Search Method based on Sequence and Adjacency Relationship of User Query)

  • 소병철;정진우
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제21권6호
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    • pp.724-729
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    • 2011
  • 정보 검색은 다수 자료에서 사용자가 원하는 부분을 찾는 과정을 의미한다. 일반적으로 대규모 자료 집합의 관리를 위해서는 데이터베이스가 사용되는데 인터넷과 같은 복잡한 문서구조들이 공존하는 환경에서는 한 번에 사용자가 원하는 문서를 정확히 찾아내는 것이 어렵기 때문에, 문서에 순위를 부여하여 사용자에게 제시하는 방법이 일반적으로 많이 사용된다. 본 논문에서는 자료에 포함되어 있는 단어들을 단순히 검색하는 것 뿐만 아니라 단어들 간의 순서 및 인접성을 고려한 검색방법을 용어빈도-역문헌빈도 및 n-gram 기법을 응용하여 구현하였다. 그 결과 19,000개 이상의 다수 문서 집합에서 73%의 정확율로 보다 정확한 검색이 가능하게 되었다.

모양 시퀀스 기술자를 이용한 효과적인 동작 표현 및 검색 방법 (Efficient Representation and Matching of Object Movement using Shape Sequence Descriptor)

  • 최민석
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제15B권5호
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    • pp.391-396
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    • 2008
  • 동영상에서 객체의 움직임은 동영상의 내용을 분석하는데 중요한 요소로 작용한다. 따라서 움직임 정보를 이용하여 동영상 내용을 분석하고 검색하기 위한 많은 방법들이 제안되었다. 그러나 대부분의 방법들은 객체 자체의 동작 보다는 움직임의 방향이나 경로를 분석하는 쪽으로 치중되었다. 본 논문에서는 객체의 움직임에 의한 모양 변화를 이용하여 객체의 동작을 표현하고 비교하기 위한 모양 시퀀스 기술자(descriptor)를 제안한다. 객체의 움직임 정보는 입력된 이미지 시퀀스에서 객체 영역을 추출하여 연속된 2차원 모양 정보로 표현되고, 각각의 2차원 모양 정보는 모양 기술자를 이용하여 1차원 모양 특징 값으로 변환된다. 순서에 따라 배열된 모양 기술자들을 시간 축으로 주파수 변환한 후 저주파영역의 계수를 취하여 모양 시퀀스 기술자를 얻게 된다. 실험을 통하여 제안된 방법이 객체의 동작 정보를 매우 효과적으로 표현 및 비교 가능하여 내용 기반 동영상 검색, 동작 인식 등의 인지적 관점의 움직임 분석 응용에 적용 가능함을 보였다.

Deterministic Bipolar Compressed Sensing Matrices from Binary Sequence Family

  • Lu, Cunbo;Chen, Wengu;Xu, Haibo
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제14권6호
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    • pp.2497-2517
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    • 2020
  • For compressed sensing (CS) applications, it is significant to construct deterministic measurement matrices with good practical features, including good sensing performance, low memory cost, low computational complexity and easy hardware implementation. In this paper, a deterministic construction method of bipolar measurement matrices is presented based on binary sequence family (BSF). This method is of interest to be applied for sparse signal restore and image block CS. Coherence is an important tool to describe and compare the performance of various sensing matrices. Lower coherence implies higher reconstruction accuracy. The coherence of proposed measurement matrices is analyzed and derived to be smaller than the corresponding Gaussian and Bernoulli random matrices. Simulation experiments show that the proposed matrices outperform the corresponding Gaussian, Bernoulli, binary and chaotic bipolar matrices in reconstruction accuracy. Meanwhile, the proposed matrices can reduce the reconstruction time compared with their Gaussian counterpart. Moreover, the proposed matrices are very efficient for sensing performance, memory, complexity and hardware realization, which is beneficial to practical CS.

확률 페트리 네트를 이용한 객체기향 기반의 칩마운터 시뮬레이터 구현 (Object-Oriented Programming Based Chip-Mounter Simulator Using Stochastic Petri Nets)

  • 박기범;박태형
    • 제어로봇시스템학회논문지
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    • 제7권6호
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    • pp.540-549
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    • 2001
  • An implementation method for chip-mounter simulator is proposed to improve the productivity and utility of electronic assembly lines. The simulator emulates the assembly sequence graphically to verify the chip mounter program in offline. It also presents functions of time estimation and productivity analysis considering the error probability. To increase the flexibility of simulator, stochastic petri nets are applied to modeling of the assembly sequence. The sequence model is then implemented as extendable classes by an object oriented language. The simulator is applied to a commercial chip mounter to verify the usefulness of the method proposed.

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스트레치포밍을 이용한 랜딩기어의 내면벽에 대한 공정설계 (Process Sequence Design of the Inner Skin of Landing Gear Using Stretch Forming Process)

  • 강범수;임중연;배진영
    • 소성∙가공
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    • 제6권4호
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    • pp.291-299
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    • 1997
  • This paper is concerned with the design of process sequence to form the inner skin of landing gear. The inner skin of landing gear is a part of airplane which is known to be difficult to form its shape. Our study investigates the production method of inner skin and examines the design criteria by three dimensional elastic-plastic finite element method. Based on the results of simulation, design strategy for improving the process sequence is developed using stretch forming process. The final product of inner skin is produced in multi-stage operations with annealing treatment to meet the required capacity of press. The numerical results show that the newly designed process can produce the required part successfully within the design criteria.

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의사난수생성기를 이용한 공평한 비밀정보교환을 위한 적응형 암호화 프로토콜 (Adaptive Cryptographic Protocol for Fair Exchange of Secrets using Pseudo-Random-Sequence Generator)

  • 김순곤
    • 디지털콘텐츠학회 논문지
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    • 제8권4호
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    • pp.631-637
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    • 2007
  • 본 논문에서는 공평한 비밀정보교환을 위한 적응형 암호화 프로토콜을 제안한다. 이를 위해 Lein Harn등이 제안한 이산대수 문제에 기반한 검증가능 불확정전송 프로토콜을 분석하고 부가적인 기능을 가진 적응형 암호화 프로토콜을 제안한다. 기존의 방식에서 고려하지 않았던 송신자확인 및 송신사실 사후부인방지 등의 여러 기능이 부가되고 적응적 기능을 가지는 암호화 프로토콜을 제안한다. 이를 위해 의사난수생성기를 이용한 Bit Commitment 기법을 도입한 방법을 제안한다.

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