• 제목/요약/키워드: semi-quantitative analysis

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Identification of Interleukin 1-Responsive Genes in Human Chondrosarcoma SW1354 cells by cDNA Microarray Technology

  • ;;;;;;;이충기
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제24권1호
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    • pp.24-40
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    • 2007
  • 배경 : 골관절염은 단순 노화로 인한 질병이 아니라 연골대사의 이상으로 인한 기계적 그리고 생화학적 불안정성이 나타나는 질환이다. Transforming growth factor-${\beta}$와 같이 연골세포의 기능을 향상시키는 촉진인자가 있는 반면 Interleukin(IL)-1이나 Tumor necrosis factor-${\alpha}$는 염증반응을 증가시킨다. 이중 IL-1은 골관절염의 병인에서 가장 중요한 염증 유발 인자로 알려져 있으며 이에 대한 자료도 축적되고 있다. 이 논문의 목적은 IL-$1{\beta}$에 대한 human chondrosarcoma cell (SW1353)의 유전자 발현 양상을 파악하여 골관절염 병인의 이해를 증대시키는데 있다. 재료 및 방법 : Chondrosarcoma cell line (SW 1353)은 연골세포의 IL-$1{\beta}$를 통한 세포노화에 대한 유전자 조절을 실험실에서 연구하는데 유용한 것으로 알려져 있다. 골관절염에서 IL-1에 의한 전체적인 유전자 발현의 변화를 연구하고 분석하기 위해 SW1353을 각각 1시간, 6시간, 24시간동안 IL-1에 노출시킨후 각각 총 RNA를 정제하였다. 유전자 발현의 변화는 17k human cDNA microarray로 분석하였고 semiquantitative RT-PCR로 확인하였다. 결과 : Metallothioneins, matrix metalloproteinases, extracellular proteins, antioxidant protein, cytoskeletal proteins, cell cycle regulatory proteins, 세포성장과 세포 자멸사에 대한 단백질, signal protein, transcriptional factor를 포함한 1,200개 유전자에서 2배 이상의 변화가 관찰되었다. 이러한 변화는 초기 관절염에서 보이는 병리생리학적 변화와 상관관계가 있는 것으로 생각된다. 결론 : cDNA microarray 분석으로 유전자 발현의 의미있는 변화를 관찰하였으며 골관절염 발병기전에서 분자생물학적 변화에 대한 인식과 치료 목표를 정립하는데 대한 새로운 자료로서 가치가 있을 것으로 생각된다.

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$^{18}F-FDG$ PET/CT에서 저용량 경구용 조영제의 유용성 (Usefulness of Low Dose Oral Contrast Media in $^{18}F-FDG$ PET/CT)

  • 안영실;윤준기;홍선표;조철우;윤석남
    • Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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    • 제40권5호
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    • pp.257-262
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    • 2006
  • 목적: 기존의 CT 영상 촬영에서 이용되고 있는 고용량의 경구용 조영제는 복용과정에서 위장계통의 불편함이 나타나고 또한 PET/CT에 이용할 경우에는 이로 인해 인공물(artifact)이 생길 우려가 있다. 본 연구의 목적은 $^{18}F-FDG$ PET/CT에서 저용량의 경구용 조영제 사용의 유용성에 대해 알아보고자 한다. 대상 및 방법: 총 435명의 전신 PET/CT 영상을 후향적으로 분석하였다. 모든 환자들은 $^{18}F-FDG$. 주사 직전에 200 ml의 경구용 조영제(bariumsulfate)를 복용하였다. 장에서의 FDG 섭취 양상을 가로단면, 관상면, 시상면에서 시각적으로 판독하였고, 섭취양상을 반정량화하였다. 결과: 435명의 영상 중 70명(16%, 113부위) 에서 높은 FDG 섭취(peak SUV > 4)를 보였으며, 이 중 미만성 섭취를 보인 경우가 50명(74%, 84부위), 국소적 섭취를 보인 것은 20명(26%, 29부위)이였다. 경구용 조영제가 가장 흔하게 분포된 부위는 소장(n=27, 39%)이었다. PET/CT 영상에서 FDG섭취부위와 조영제 분포 부위가 일치하는 경우 중에서 미만성 섭취를 보인 것은 26명(54%, 38부위), 국소적 섭취를 보인 것은 9명(45%, 9부위)이였다. 이들을 부위별로 보면 미만성 섭취를 보인 것은 38개(45%), 국소적 섭취를 보인 것이 9개(31%)였다. FDG 섭취와 조영제의 분포가 일치하는 부위는 소장에서 61% (29/47부위)로 가장 많이 관찰되었다. 감쇠 보정을 하지 않은 PET 영상을 본 결과, 검토가 가능했던 27개의 섭취 일치 부위에서 조영제로 인한 인공물(artifact) 영향은 관찰되지 않았다. 결론 저용량 경구용 조영제는 FDG PET/CT 영상에서 인공물 영향 없이 복부의 FDG 섭취를 판별하는데 도움을 줄 수 있다.T은 민감도 85.7%(6/7), 특이도 92.3%(12/13), MR은 민감도 100%(7/7), 특이도 76.9%(10/13)를 보였다. 그 외에도 간전이 병변의 평균 maxSUV는 $6.7{\pm}3.8$로 간전이와 양성병변을 최적으로 감별할 수 있는 maxSUV의 cutoff value는 3.1 이었다. (AUC=0.897, p<0.001, 민감도 83.3%, 특이도 94.1%) 결론: FDG PET은 간전이를 진단하는데 MR과 대등한 민감도와 특이도를 보였다. 통계적으로 유의한 차이를 보이지는 않았지만 간전이에 대한 FDG PET의 음성예측도는 MR보다 높았으며, 직경 10 mm 미만의 작은 병변에 대해서도 FDG PET은 우수한 성적을 보였다. 향후 대장암의 간전이 진단에 FDG PET이 유용하게 이용될 것이다.CA-tk 에서 확연한 집적의 차이를 보여주었다. 결론: 간암세포주에서 HSV1-tk 유전자의 발현 정도와 지속성 그리고 위치를 확인하기 위한 비침습적 PET 영상을 위한 기질로서 $[^{18}F]FHBG$는 매우 유용할 것으로 기대된다.EX>의 수용체 결합능의 감소율과 혈중 니코틴의 축적 농도와의 상관관계를 스피어만 상관분석법(Spearman's correlation)에 의하여 알아보았다. 결과: 흡연에 의한 선조체에서의 평균 $[^{11}C]raclopride$의 수용체 결합능의 변화는 미상핵에서 4.7%, 전피각에서 4.0%, 복측 선조체에서 7.8% 의 감소를 보여 흡연에 의한 선조체내 도파민 유리를 정량화 하였다. 특히 선조체에서의 도파민 유리에 의한 수용체 결합능의 감소는 흡연에 의한 혈중 니코틴의 축적 농도와 양의 상관관계를 보였다(rho=0.9, p=0.04). 결론: $[^{11}C]raclopride$ PET을 이용하여 비흡연 정상인에서 흡연에 의한

Novel quantitative trait loci for the strong-culm and high-yield related traits in rice detected from the F2 population between the super thick-culm and super grain-bearing line 'LTAT-29' and the high-yielding variety 'Takanari'

  • Nomura, Tomohiro;Yamamoto, Toshio;Ueda, Tadamasa;Yonemaru, Junichi;Abe, Akira;Adachi, Shunsuke;Hirasawa, Tadashi;Ookawa, Taiichiro
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.95-95
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    • 2017
  • Lodging is a serious issue in rice production, because it drastically decreases the biomass production and grain yield. Since the Green Revolution, the lodging resistance has been increased by lowering the moment of above-ground parts due to the short culm by the semi-dwarf gene sd1. However, it has been pointed out that sd1 alone has suppressive effects for biomass production and yield. To increase rice yield, the long-culm and large panicle type varieties with a superior lodging resistance need to be developed. To improve the lodging resistance and yield of these type varieties, it would be effective to identify novel alleles for these traits underlying natural variations in rice and to pyramid these alleles to a single rice variety. In order to perform this strategy, we have developed new rice lines derived from crosses among varieties with superior alleles. At first, TULT-gh-5-5 was selected from a cross between strong culm and high biomass variety Leaf Star and high-yielding variety Takanari, and TUAT-32HB was selected from a cross between high-yielding variety Akenohoshi and Takanari. Then, we developed the super thick-culm and super grain-bearing line, LTAT-29 derived from a cross between TULT-gh-5-5 and TUAT-32HB. In the current study, to identify the QTLs and genes relating to the strong culm and the high yield of LTAT-29, we performed QTL analysis using SNPs markers with $F_2$ population derived from a cross between LTAT-29 and Takanari. LTAT-29 has never lodged throughout the growth period despite it had long culms and heavy panicles. LTAT-29 had a larger outer diameter of the culm and twice the size of the section modulus than Takanari. As a result, the bending moment at breaking of LTAT-29 was significantly larger than that of Takanari. Brown rice yield of LTAT-29 was $9.2t\;ha^{-1}$ about 10% higher than that of Takanari due to the larger number of spikelets per panicle. LTAT-29 had a greater number of secondary branches per panicle. In the $F_2$ population between LTAT-29 and Takanari, we found continuous frequency distributions in the section modulus and the spikelet number per panicle. Two QTLs increased the section modulus by the alleles of LTAT-29 were detected on Chr.1L and Chr.2L. One QTL increased the spikelet number per panicle of Takanari by the allele of LTAT-29 was detected on Chr.1L, and two QTLs increased the number of secondary branches per panicle by the alleles of LTAT-29 were detected on Chr.1L and Chr.4L. It was found that the alleles of these QTLs were the japonica type originated from Leaf Star or Akenohoshi. The novel QTLs for the traits related to super thick-culm and super grain-bearing and their combinations could be utilized for improving the lodging resistance and yield in rice varieties.

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실험적 뇌허혈증 모델에서 허혈 조직의 $^{99m}Tc$-glucarate 섭취 ($^{99m}Tc$-Glucarate Uptake in Ischemic Tissue of Experimental Models of Cerebral Ischemia)

  • 정재민;김영주;최석례;김채균;마응천;정준기;이명철;고창순;이동수
    • 대한핵의학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.484-492
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    • 1996
  • 허혈성 뇌 병변에서 $^{99m}Tc$-glucarate의 섭취에 관한 연구를 하기 위하여 중뇌동맥 폐쇄 쥐 뇌허혈 모델을 재관류한 군과 하지 않은 군으로 나누어 만들었다. $^{99m}Tc$-glucarate와 [$^{18}F$]FDG를 연속적으로 투여하여 그 분포 양상을 이중 자가방사촬영법으로 관찰하였다. 조직의 괴사 여부를 알기 위하여 TTC 염색도 실시하여 동일한 뇌표본에 대하여 3가지의 영상을 동시에 얻을 수가 있었다. 얻은 영상으로 섭취 또는 비섭취정도를 보아 0점에서 3점까지 점수를 매겨 합하여 비교하였다. 수술한 쥐들 18마리 중 10마리가 신경학적 증상을 보이면서 살아남아 실험대상이 되었다. TTC 염색으로 확인한 경색크기는 재관류하지 않은 군이 컸다. [$^{18}F$]FDG 섭취양상은 TTC 염색과 거의 비슷하였다. 다만 일부에서 TTC 염색되는 곳에 [$^{18}F$]FDG 가 중간정도로 섭취되는 곳이 있었고 TTC 염색되지 않는 곳에 [$^{18}F$]FDG가 중간정도 섭취되는 곳이 있었다. TTC로 염색된 부위에는 $^{99m}Tc$-glucarate가 섭취되지 않았다. TTC로 염색되지 않는 곳에 일부분 $^{99m}Tc$-glucarate가 섭취되었다. TTC와 [$^{18}F$]FDG가 염색되거나 섭취되지 않는 곳에 $^{99m}Tc$-glucarate가 섭취되지 않는 곳이 있었다. 그러나 [$^{18}F$]FDG의 중간 정도의 섭취나 [$^{18}F$]FDG와 TTC사이에 부합하지 않는 곳 등과 $^{99m}Tc$-glucarate 섭취와 대응시키기 어려웠다 $^{99m}Tc$-glucarate가 재관류 군에서 더 넓고 많이 섭취되었다. 결론적으로 $^{99m}Tc$-glucarate는 비생존 허혈조직에만 섭취되는데 관류재개통에 따라 다양하게 섭취되었고 재관류모델에 더 많이 넓게 섭취되었다. 중뇌동맥폐색 및 재관류 모델로 $^{99m}Tc,\;^{18}F$ 및 TTC 동시영상을 얻어 생존능과 포도당대사의 부합 비부합 여부를 밝히고 그 의의를 조사한 후 $^{99m}Tc$-glucarate섭취와 상관을 조사하면 $^{99m}Tc$-glucarate섭취의 의의를 밝힐 수 있을 것으로 본다.

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반정량식품섭취빈도조사지의 타당성 검증 및 보정 - 지역사회 유전체 코호트 참여자를 대상으로 - (Validation and Calibration of Semi-Quantitative Food Frequency Questionnaire - With Participants of the Korean Health and Genome Study -)

  • 안윤진;이지은;조남한;신철;박찬;오범석;김규찬
    • 대한지역사회영양학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.173-182
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    • 2004
  • We carried out a validation-calibration study of the food frequency questionnaire (FFQ) that we had previously developed for a community-based cohort of the Korean Genome and Health Study of the Korea National Genome Research Institute. We have collected a total of 254 3-day diet records (DRs) from 400 subjects, 200 each randomly selected from the two study cohorts of Ansung and Ansan. FFQ was administered at the time of cohort recruitment in 2001, and DRs were collected during a two month period from January through February of 2002. The mean age was 52.2 years. Farming for men and housewife for women were the most common occupations. The majority of the subjects had undergone 6∼12 years of education. The general characteristics including demographic and other data were not different from the total cohort subjects. Absolute levels of consumed nutrients including total energy (energy), protein, fat, carbohydrate, calcium, phosphorus, sodium, potassium, iron, retinol, carotene, vitamin A, thiamin, riboflavin, niacin and vitamin C were compared. The average of energy intake was not significantly different between the data collected by the 2 methods. However, consumptions of protein and fat were higher in data of DRs, whereas that of carbohydrate was higher in FFQ data. Significant correlation of each nutrient consumption between the data sets was observed (p < 0.05) except in the case of iron, while the average correlation coefficient between them was 0.22 ranging from 0.33 for energy to 0.11 for iron. The results of cross classification by quantile for exact classification ranged from 25.2% (carotene) to 35.0% (phosphorus), and from 64.6% (vitamin A) to 76.4% (retinol) for adjacent classification. The proportion of completely opposite classification was 8.1% in average. Calibration slope was estimated by regression and calibration parameters ranged from 0.025 for carotene to 0.423 for niacin. We conclude that the FFQ we have developed is an appropriate tool for assessing the nutrient intakes as ranking exposures in epidemiology studies in view that amounts of consumed nutrients obtained by FFQ were similar to those collected by DRs, that correlations between consumed nutrients collected by these methods were significant, and that classification results were relatively fair. The correlation coefficients, however, were lower than expected, which may be mainly due to the survey season. In fact, any short-term dietary survey cannot accurately reflect the overall dietary intakes that change heavily depending on seasons. Further studies including the analysis of chemical indices would be helpful for the studies of causal relationship between the diet and disease.

HL60 세포주에서 방사선 조사에 의한 Apoptosis와 세포 주기 관련 유전자의 발현 변화 (Expression of Cell Cycle Related Genes in HL60 Cells Undergoing Apoptosis by X-irradiation)

  • 김진희;박인규
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제16권4호
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    • pp.377-388
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    • 1998
  • 목적 : 방사선조사에 의한 apoptosis에서 나타나는 각종 세포주기관련 유전자들의 발현 양상을 RNA와 단백 수준에서 분석하여 방사선조사에 의한 apoptosis에서의 세포주기 조절의 변화를 규명함으로서 방사선치료의 기전에 대한 분자생물학적 이해를 도모하고자 본 연구를 시행하였다. 대상 및 방법 : promyelocytic leukemia 세포주인 HL60 세포주를 배양하여 선형가속기(6MV X-선)로 세포에 8Gy의 방사선을 조사하였다. 조사후 다양한 시간 간격으로 Apoptotic DNA Fragmentation Assay법을 이용하여 apoptosis를 확인하고 동시에 세포주기관련 유전자들(cyclinA, cyclin B, cyclin C, cyclin Dl, cyclin E, cdc2, CDK2, CDK4, $p16^{INK4a}$, $p21^{WAF1}$, $p27^{KIP1}$, E2F, PCNA와 Rb)을 단백질과 RNA 수준에서 분석하기위해 western blot analysis와 반정량적 RT-PCR을 시행하였다. 결과: 8 Gy의 방사선 조사에 의해 HL60세포에서 apoptosis가 관찰 되었다. 방사선 조사군에서 cyclin A단백은 조사후 48시간까지 시간이 갈수록 증가하였으며, cyclin E, E2F, CDK2 및 Rb 단백은 증가되었다가 다시 감소를 보였다. Rb단백의 증가는 대부분 비활성형인 ppRb (phosphorylated Rb protein)의 양적변화에 의한 것이었다. cyclin Dl, PCNA, COC2, CDK4, $p16^{INK4a}$단백은 발현의 차이를 보이지 않았으며 $p21^{WAF1}$$p27^{KIP1}$ 단백은 검출되지 않았다. cyclin A, B, C mRNA는 방사선 조사 직후 감소하였다가 12시간부터 발현이 증가되었으며 cyclin Dl mRNA는 조사후 바로 증가하여 48시간에 다시 감소하였다. cyclin E mRNA는 조사 후 시간이 경과함에 따라 감소하였다. CDK2 mRNA는 3시간째는 감소하다가 6시간부터 많은 증가를 보였으며 CDK4 mRNA는 조사후 6-12시간에 급격한 발현증가를 보였다. $p16^{INK4a}$ RNA는 발현의 변화가 없었으며, $p21^{WAF1}$$p27^{KIP1}$ RNA의 발현은 관찰되지 않았다. 결론 : 이상의 결과로 미루어볼 때, 방사선 조사에 의한 HL60세포의 apoptosis와 세포의 Gl/S transition는 밀접한 관계가 있는 것으로 생각되며 Rb단백의 증가와 활성형 Rb단백의 감소 현상도 관련이 있는 것으로 사료된다. 이는 E2F의 비정상적인 과발현 및 cyclin E/CDK2의 발현 증가와 관련이 있는 것으로 추측된다. 또한 $p21^{WAF1}$$p27^{KIP1}$는 방사선에 의한 apoptosis에는 관여되지 않는 것으로 사료된다.

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동시베리아해 비구형 망가니즈단괴의 특성 (Characteristics of Non-Spherical Manganese Nodule from the East Siberian Sea)

  • 구효진;박무성;서충만;조현구
    • 광물과 암석
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    • 제34권4호
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    • pp.241-253
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    • 2021
  • 유라시아 대륙 주변부 북극해의 천해에서도 태평양이나 인도양의 심해저에서와 같이 많은 망가니즈단괴가 발견되고 있지만, 이에 관한 자세한 연구는 많이 수행되고 있지 않다. 아라온호의 북극해 탐사를 통하여 동시베리아해에서 채취한 망가니즈단괴는 Mn/Fe 비가 매우 높아 Mn 자원으로서의 가능성이 매우 크다. 이번 연구에서는 북극 동시베리아해에서 산출되는 망가니즈단괴 중 약 7%를 차지하는 비구형 단괴를 외부형태에 따라 구분하고, 크기와 무게, 내부조직을 관찰하였으며, X선회절분석 그래프의 피크 면적비를 이용한 산화망가니즈광물의 반정량 분석과 지화학분석을 실시하여, 그 결과를 구형 단괴와 비교하였다. 비구형 망가니즈단괴는 외부형태에 따라 5가지로 구분되며, 타원체형, 판상형과 불규칙형이 대부분을 차지하며, 장경과 무게는 비례하는 경향이 있다. 비구형 단괴는 모두 핵을 가지며, 핵 성분은 이질 퇴적물이 주를 이룬다. 산화망 가니즈광물의 평균 함량은 버네사이트, 부서라이트, 토도로카이트 순으로 감소하며, 함량비는 외부형태, 내부조직이나 핵 성분과는 상관관계가 없지만, 단괴의 내부에서 외부로 갈수록 토도로카이트와 부서라이트는 감소하고, 버네사이트가 증가하는 경향이 있다. 북극해의 다른 천해는 물론 태평양이나 인도양의 심해저의 단괴에 비하여 Mn 함량이 많고, Mn/Fe 비가 높다. 비구형 단괴는 구형 단괴에 비하여 크기가 크고 무겁고, Mn 함량이 적고 Mn/Fe 비는 낮지만, 광물조성이나 내부조직에서는 큰 차이가 없다. 동시베리아해에서 채취된 모든 망간단괴는 Mn/Fe 비가 5 이상으로 높으므로 대부분 속성작용에 의하여 형성된 것으로 여겨진다.