• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권3호
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• pp.529-535
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• 1998

연구배경: IL-4는 기관지천식의 병인에 중요한 역할을 하는 cytokine으로서 B세포에서 IgE를 생성하게 하여 아토피의 발생에 중요한 역할을 한다. IL-4의 유전자 다형에 관한 연구로 promoter부위 (-589) 에 cytosine이 thymine으로 치환되는 polymorphism(-589 C$\rightarrow$T polymorphism) 이 존재한다는 것이 밝혀졌다. 그 후 IL-4 유전자 polymorphism이 천식 환자에 어떤 영향을 미치는 지에 대한 연구가 진행되어 왔다. 본 연구에서는 polymorphism이 IL-4 유전자의 발현을 조절하는 promoter에 위치하므로 혈액내 IgE level에 영향을 주어 증상의 정도에 관여할 것이라는 가정하에 천식 환자의 증상의 정도와 IL-4 유전자 다형과의 연관성을 조사하였다. 또한 한국의 천식환자에서의 이러한 유전자 다형의 유형과 빈도를 조사하였다. 방 법: 고려대학교 부속병원에 내원한 49명의 천식환자와 33명의 정상 대조군을 대상으로 하였다. 모든 천식 환자는 증상의 정도에 따라 경증, 중등증 및 중증의 두 대상군으로 나누었다. 모둔 천식 환자와 정상인의 혈액에서 DNA를 분리하였고 ARMS(Amplification Refractory Mutation System) 및 RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)를 시행하여 polymorphism의 존재 및 유형을 검색하였다. 결 과: 천식 환자의 중상의 정도와 IL-4 유전자 다형의 유형과는 유의한 관계를 발견할 수 없었다 (P=0.709). 정상인이나 천식환자에서 polymorphism(C/T 및 T/T형)의 빈도가 각각 100% 와 95.9%로 서양보다 월등히 높았다. 그러나 두 군에서 polymorphism의 유형 및 그 빈도에 있어서 차이는 없었다. 33명의 정상 대조군에서는 C/C형을 발견할 수 없었고, 정상인과 천식환자에서 공히 T/T형이 C/T형보다 약간 많은 빈도를 보였다. 결 론: IL-4 유전자의 -589 C/T polymorphism과 천식 환자의 증상의 경중과는 유의한 연관성을 발견하지 못했다. 그러나 우리나라 천식 환자와 정상인에서 서양보다 월등히 많은 수에서 polymorphism을 관찰할 수 있었으며, 정상인에서는 C/C 형이 발견되지 않았다. 따라서 IL-4 유전자 다형성이 종족간에 현저한 차이를 보일 수 있다는 결론을 얻을 수 있었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권10호
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• pp.5957-5960
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• 2013

Background: Gliomas are the most common type of primary brain tumor in adults, and the X-ray repair complementing group 1 gene (XRCC1) is an important candidate gene influencing its risk. The objective of this study was to detect the influence of XRCC1 genetic polymorphisms on glioma risk. Materials and Methods: A total of 629 glioma patients and 641 cancer-free subjects were enrolled in this case-control study. The genotypes of the c.1471G>A genetic polymorphism were determined by created restriction site-polymerase chain reaction (CRS-PCR) and DNA sequencing methods. The influence of the XRCC1 genetic polymorphism on glioma risk was evaluated by association analysis. Results: Our data indicated that the alleles/genotype of this genetic variant was statistically associated with glioma risk. The AA genotype was statistically associated with the increased risk of glioma compared to the GG wild genotype (odds ratios (OR) = 1.89, 95% CI 1.25-2.87, P = 0.003). The allele-A may contribute to increased the susceptibility to glioma (OR = 1.23, 95% CI 1.04-1.46, P = 0.017). Conclusions: These preliminary findings indicate that the c.1471G>A genetic polymorphism of XRCC1 has the potential to influence glioma susceptibility, and might be used as molecular marker for assessing glioma risk.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권20호
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• pp.8963-8967
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• 2014

Background: Colon cancer is one of the most common cancers worldwide. Apoptosis is a necessary physiological process for cell elimination which is very important both cellular homeostasis and cell proliferation and differantiation. Dysregulation can lead to uncontrolled cell growth and tumor development. Survivin, a member of the IAP family, plays a key role in promotion of cell proliferation as well as inhibition of apoptosis in cancer cells. The aim of this study was to investigate whether specific genetic polymorphisms of survivin could be associated with colon cancer development and progression in a Turkish population. Our study is the first to our knowledge to investigate the relationship between colon cancer risk and survivin gene polymorphisms. Materials and Methods: The relation between colon cancer and survivin -31 G/C (rs9904341), -241 C/T (rs17878467) and -625 C/G (rs8073069) polymorphism in promotor site of survivin gene associated with apoptosis was investigated using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Results: Individuals with -31C allele and CC genotype were found to have a higher risk of developing colon cancer (OR=13.4, p=0.01). The -241 CT genotype considerably increased the risk of colon cancer (OR=12.0, p=0.0001). However, there was no significant varaition of the survivin -625 C/G polymorphism among colon cancer patients and controls in our study. Conclusions: This study provides the first evidence that survivin -31 G/C and -241 C/T SNP significantly contribute to the risk of colon cancer in the Turkish population.

• 대한의생명과학회지
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• 제19권4호
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• pp.310-314
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• 2013

CYP2E1 in the liver has been studied intensively because it is involved in the metabolic activation of xenobiotics. It is inducible by alcohol, so it has been suspected as the cause of cancer in the stomach and lung. The possible role of CYP2E1 has been suggested strongly as causing tissue damage in mice with renal failure. It was also suspected that 5'-flanking region of CYP2E1 gene might be involved with renal failure. So, we investigated polymorphism of restriction enzyme sites within CYP2E1 gene using the PCR-RFLP analysis. PstI and RsaI sites were located at 5'-flanking region and DraI site was located at intron 6. All three types (W/W, W/S, S/S) were observed for these enzymes although each incidence was somewhat different depending the enzyme sites. W/W was prominent for PstI whereas W/S was markedly high for RsaI. Overall, polymorphic incidence in patients was somewhat higher than normal population. This research should facilitate further investigation of CYP2E1 at genetic level as the direct cause of tissue damage in various organs.

• 한국동물학회지
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• 제31권3호
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• pp.218-224
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• 1988

Drosophila melanogaster의 세계 14지역 계통으로부터 mitochondrial DNA(mtDNA)를 추출하여, 제한 요소에 의하여 mtDNA종내 변이를 조사하였다. 그 결과, site variation(Hpall와 Haelll 및 Seal효소)과 length variation(최대550bp)이 나타났다. 또한 6종류(Ml, M2, M3, M4, M6 및 M7)의 mtDNA genotype이 검출되었으며, 종내 평균 염기 치환율은 1.88%로써 낮은 지역 분화(low divergence)를 나타내었다. 그러나 일본의 Ogasawara계통의 M5 type은 본 연구에서는 검출되지않았다. 이처럼 지역 계통간의 낮은 지역 분화는 세계14지역 계통의 D. melanogaster가 최근에 소수의 개체로부터 확산되었기 때문에 집단전체에 아직 충분한 mtDNA변이가 축적되지 않았거나 혹은 지리적 격리가 충분함에도 불구하고 지역 계통간에 빈번한 migration이 일어났기 때문에 mtDNA의 지역 분화가 방해되지않은 것으로 추측된다.

• 한국수정란이식학회지
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• 제21권4호
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• pp.273-280
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• 2006

본 연구는 후보 유전자의 경제형질에 미치는 염기 변이 효과를 검증하기 위해 국내에서 사육된 듀록 품종 96두와 한국 재래 돼지 86두를 활용하였다. 검증에 활용된 4개의 후보 유전자는 MC4R, PA-KAG3, FABP3 그리고 ESR 유전자였다. 각 후보 유전자들의 유전자형 분석 결과 두 집단 간에 유전적 특성의 차이가 분명히 나타나고 있음을 확인하였다. MC4R 유전자의 A 대립 유전자는 두 집단 모두에서 성장 형질과의 유의한 연관성이 검출되었고, 듀록 품종에서는 등지방 두께와도 관련이 있음을 확인하였다. PAKAG3 유전자의 B 대립 유전자는 듀록 품종의 등지방 두께와 재래 돼지 집단의 성장형질에서 유의성이 검출되었다. FABP3 유전자의 A 대립 유전자는 듀록 품종에서 등지방 두께, 재래 돼지 집단에서 성장 형질과의 연관성이 유의한 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 얻어진 결과는 추가적인 분석을 통하여 선발 지수식에 적용을 한다면 우수한 개체를 선발하는데 있어 정확도를 높이는데 유용하게 활용될 것으로 사료되며 국내의 재래 품종들에 대한 유전 자원 보존과 개량을 위한 기초 자료로 유용하게 활용될 것으로 기대된다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제29권2호
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• pp.143-149
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• 2006

This study was conducted to identify native ectomycorrhizal (ECM) fungi colonizing Pinus densiflora for revegetation of abandoned coal mines in Korea. Seedlings of P. densiflora growing on coal mining spoils of a study site in Samcheok were collected. ECM roots were observed under stereomicroscope and their DNA were extracted from each root tip for a seedling for molecular identification. A PCR primer pair specific to fungi, ITS1F and ITS4, was used to amplify fungal DNA. Restriction enzymes, Alul and Hinfl were used for restriction fragment length polymorphism (RFLP). Combined with RFLP profiles and sequence analysis, total twenty one taxa were identified from the ECM root tips. Basidiomycetous fungi including Thelephoraceae, Pezizales, Laccaria, Pisolithus and Ascomycetous fungi including ericoid mycorrhizal fungi were identified from this study. Results showed that the most frequently found in the study sites was a species in Thelephoraceae. A possible use of ECM fungi identified in this study for the revegetation of abandoned coal mines with P. densiflora was discussed.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권4호
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• pp.624-630
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• 2008

Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) is a method that has been frequently used to survey the microbial diversity of environmental samples and to monitor changes in microbial communities. T-RFLP is a highly sensitive and reproducible procedure that combines a PCR with a labeled primer, restriction digestion of the amplified DNA, and separation of the terminal restriction fragment (T-RF). The reliable identification of T-RF requires the information of nucleotide sequences as well as the size of T-RF. However, it is difficult to obtain the information of nucleotide sequences because the T-RFs are fragmented and lack a priming site of 3'-end for efficient cloning and sequence analysis. Here, we improved on the T-RFLP method in order to analyze the nucleotide sequences of the distinct T-RFs. The first method is to selectively amplify the portion of T-RF ligated with specific oligonucleotide adapters. In the second method, the termini of T-RFs were tailed with deoxynucleotides using terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) and amplified by a second round of PCR. The major T-RFs generated from reference strains and from T-RFLP profiles of activated sludge samples were efficiently isolated and identified by using two modified T-RFLP methods. These methods are less time consuming and labor-intensive when compared with other methods. The T-RFLP method using TdT has the advantages of being a simple process and having no limit of restriction enzymes. Our results suggest that these methods could be useful tools for the taxonomic interpretation of T-RFs.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권4호
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• pp.359-366
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• 2005

인슐린양 성장 인자 결합 단백-3(Insulin-like growth factor (IGF) binding protein-3 (IGFBP-3))는 혈액 내에서 IGF와 결합하여 복합체 혹은 저장소로 작용함으로써, IGF가 수용체에 결합하는 것을 방해하여 IGF의 항세포사멸(antiapoptosis) 및 세포분열 촉진의 기능을 억제한다. 하지만, 특정 상황에서는 도리어 IGFBP-3가 IGF의 파괴를 억제하여 IGF에 의한 암세포의 분화 및 성장을 촉진할 수도 있다는 것이 알려져 있다. 대부분의 환자에서 혈액내 IGFBP-3 수치는 IGFBP-3 유전자의 -202 좌위(locus)의 다형성(polymorphism)에 의해 크게 영향을 받는다. 따라서, 저자 등은 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여 비소세포폐암 환자의 IGFBP-3 유전자 -202 좌위의 다형성을 분석함으로써, 이 좌위의 다형성이 비소세포폐암의 위험도와 연관되어 있는지 조사하였다. 본 연구는 104명의 비소세포폐암 환자군과, 연령, 성별, 흡연력이 비슷한 104명의 대조군을 비교 분석하였다. 대조군에서 -202 좌위 유전자 다형성의 빈도는 AA형 48명 (46.2%), AC형 45명 (43.3%), CC형 11명 (10.5%)이었고, 비소세포폐암 환자군에서 -202 좌위 유전자 다형성의 빈도는 AA형 67명(64.4%), AC형 35명 (33.7%), CC형 2명 (1.9%)이었다. -202 좌위의 유전자 다형성에 있어서 대조군과 비소세포폐암 환자군 사이에 유의한 빈도 차이가 있었으며 (p < 0.05, Pearson's ${\chi}^2-test$), 비소세포폐암의 위험도는 -202 좌위의 AA형에서 가장 높고 CC형에서 가장 낮았다. CC형을 기준으로 하면 AC형의 비교 위험도는 2.60 (95% 신뢰구간: 0.89 - 8.60)이었으며 AA형의 비교 위험도는 5.89 (95% 신뢰구간: 1.92 - 21.16)이었다. 본 연구 결과는, IGFBP-3 유전자의 -202 좌위(locus)의 다형성(polymorphism)이 비소세포폐암의 위험인자 중의 하나일 가능성을 제시하며, 따라서 비소세포폐암에 대한 항암치료 개발에 있어서 새로운 표적이 될 가능성을 시사한다.

• 대한의생명과학회지
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• 제14권4호
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• pp.275-281
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• 2008

Plasma fibrinogen is risk factor of vascular disease including stroke, ischemic heart disease, atherosclerosis and thrombosis. Many studies have confirmed that high plasma fibrinogen levels are related with age, obesity, cholesterol, alcohol consumption, and genotype. This study was carried out to investigate the effect of fibrinogen genotype and other characteristics on the plasma fibrinogen levels in the elderly Koreans. For this study the blood samples were collected from 178 healthy elderly Koreans (102 males and 76 females, $55{\sim}80$ year olds). The blood samples were analyzed by smoking status, cholesterol levels, genotype, age, exercise, drinking, and gender. The plasma fibrinogen was assayed by clotting method, cholesterol being assayed by cholesterol oxidase method. The $\beta$-fibrinogen genotype was detected by PCR of relevant region and digestion with Alu I. The alleres with the restriction site and the non cleavable alleres were designated $A_1$ and $A_2$. In conclusion, genotype $A_1A_2$ and exercise are increased and associated with plasma fibrinogen levels. But, there were no significant differences by smoking, gender, age, drinking and cholesterol.