• 제목/요약/키워드: repetitive strings

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정수문자열의 δ-근사주기와 γ-근사주기를 찾는 병렬알고리즘 (Parallel Algorithms for Finding δ-approximate Periods and γ-approximate Periods of Strings over Integer Alphabets)

  • 김영호;심정섭
    • 정보과학회 논문지
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    • 제44권8호
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    • pp.760-766
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    • 2017
  • 반복적인 문자열은 데이터압축, 생물정보학 등 여러 분야에서 연구되어 왔다. 본 논문에서는 음악서열이나 주가지수와 같이 정수로 표현될 수 있는 문자열에 대한 반복에 대해 연구한다. 최근 정수문자열의 최소 ${\delta}$-근사주기와 최소 ${\gamma}$-근사주기를 찾는 문제들이 소개되었고, 문자열의 길이가 n일 때, 두 문제를 각각 $O(n^2)$ 시간에 해결하는 알고리즘들이 제시되었다. 본 논문에서는 위의 두 문제에 대해 각각 $O(n^2)$개의 스레드를 이용하여 O(n) 시간에 해결하는 병렬알고리즘을 제시한다. 실험결과, n = 10,000일 때, 본 논문에서 제시하는 병렬알고리즘은 순차알고리즘보다 최소 ${\delta}$-근사주기를 계산하는데 약 19.7배, 최소 ${\gamma}$-근사주기를 계산하는데 약 40.08배 빠른 수행시간을 보였다.

DNA 서열분석을 위한 거리합기반 문자열의 근사주기 (Approximate Periods of Strings based on Distance Sum for DNA Sequence Analysis)

  • 정주희;김영호;나중채;심정섭
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제2권2호
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    • pp.119-122
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    • 2013
  • 주기와 같은 반복문자열에 대한 연구는 데이터압축, 컴퓨터활용 음악분석, 바이오인포매틱스 등 다양한 분야에서 진행되고 있다. 바이오인포매틱스 분야에서 주기는 유전자 서열이 반복적으로 나타나는 종렬중복과 밀접한 관련이 있으며 이는 근사문자열매칭을 이용한 근사주기 연구와 관련이 있다. 본 논문에서는 기존의 근사주기에 대한 정의를 보완하는 거리합기반 근사주기를 정의하고 이에 대한 연구 결과를 제시한다. 길이가 각각 m과 n인 문자열 p와 x가 주어졌을 때, p의 x에 대한 거리합기반 최소 근사주기거리를 가중편집거리에 대해 $O(mn^2)$ 시간, 편집거리에 대해 O)(mn) 시간, 해밍거리에 대해 O(n) 시간에 계산하는 알고리즘을 제시한다.

문자열의 근사커버 찾기 (Finding Approximate Covers of Strings)

  • 심정섭;박근수;김성렬;이지수
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제29권1호
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    • pp.16-21
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    • 2002
  • 반복적인 문자열에 대한 연구는 최근 들어 여러 분야에서 활발히 진행되어 왔다. 특히, DNA 염기서열의 분석 등 분자생물학에서 그 필용성이 대두되어 있다. 주기 커버, 시드 시퀘어 등이 반복적인 문자열의 대표적인 예들이다. 근사문자열 매칭 분야에서도 근사주기, 근사스퀘어 등 반복적인 문자열에 관 한 연구가 진행되고 있다. 본 논문에서는 근사커버의 개념을 제시한다. 길이가 각각 m, n 인 두 문자열 P. T가 주어졌을 때, P가 T의 근사커버가 되는 최소의 편집거리를 O(mn) 시간, 최소의 가중편집거리를 $O(mn^2)$시간에 찾는 알 고리즘을 제시한다. 또한 문자열 T만 주어졌을 때. T의 최소 근사커버 거리를 갖는 문자열 P를 찾는 문제가 NP-완전 결과임을 증명한다.

최소 공간관계를 이용한 효율적인 이미지 검색 (Efficient Image Retrieval using Minimal Spatial Relationships)

  • 이수철;황인준;변광준
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제32권4호
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    • pp.383-393
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    • 2005
  • 멀티미디어 데이타베이스에서 이미지를 검색하기 위해 공간관계를 이용하는 것은 비주얼한 인터페이스 시스템을 통해서 효율적으로 수행할 수 있다. 시스템에서 이미지의 객체들은 2D 스트링으로 표현되고, 이것은 이미지 내의 객체를 추상화 하는 방법으로 객체의 심볼릭 프로젝션을 통해서 생성된다. 그러나 2D 스트링 표현기법을 이용한 이미지 객체간의 공간관계는 정확하지 않기 때문에 3D 이미지를 검색할 때 정확도가 떨어진다. 이러한 문제점을 해결하기위해 본 논문에서는 3D 이미지를 위한 공간 연산자를 이용한 공간관계를 제안하고, 이미지의 공간관계에서 중복되는 부분을 제거하기 위해 여러 가지 추론규칙을 이용한다. 이러한 규칙을 기반으로 하는 추론기법은 내용을 이용해 이미지를 검색할 때 질의 처리 시스템에서 사용되고, 기존의 방법보다 정확도와 융통성이 높다.

상위 수준 설계 도면의 자동 생성 (Automatic generation of higher level design diagrams)

  • 이은철;김교선
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제42권11호
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    • pp.23-32
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    • 2005
  • 회로도면 자동생성 분야는 지난 수십 년간 HDL기반 설계과정에서 사용되어 왔다. 그러나 회로 도면은 더욱 복잡해져서 레지스터 및 시스템 레벨에서 자동 생성된 회로도면을 보고 신호의 흐름을 파악하기 어렵다. 이와 같이 복잡해진 회로도면의 가독성을 향상시키기 위해 본 논문에서는 4가지 기법, 즉 i ) 심볼이나 터미널들과 같이 반복되는 회로 패턴을 벡터 형태로 치환, ii) 피드백 루프 절단 알고리즘 개선, iii) 번들 네트 생성시 발생하는 다단 연결을 간결 화할 수 있는 압축 탭, iv) 연결도에 따라 블록열을 구분하고 정렬하는 알고리즘을 제안한다. 제안된 회로도면 생성 기법의 효용성을 확인하기 위해 도면 자동생성 프로그램을 개발하고, 계층적으로 설계된 미디어 프로세서의 다양한 모듈의 도면을 생성시켰다. 실험한 결과 도면 면적을 비롯하여 배선 수, 길이 등을 $90\%$까지 감소시키고 가독성을 높이는 효과를 보였으며 블록의 분산 및 빈 공간 발생을 억제하는 효과를 보였다.