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Variovorax terrae sp. nov. Isolated from Soil with Potential Antioxidant Activity

  • Woo, Chae Yung;Kim, Jaisoo
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권7호
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    • pp.855-861
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    • 2022
  • A white-pigmented, non-motile, gram-negative, and rod-shaped bacterium, designated CYS-02T, was isolated from soil sampled at Suwon, Gyeonggi-do, Republic of Korea. Cells were strictly aerobic, grew optimally at 20-28℃ and hydrolyzed Tween 40. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence indicated that strain CYS-02T formed a lineage within the family Comamonadaceae and clustered as members of the genus Variovorax. The closest members were Variovorax guangxiensis DSM 27352T (98.6% sequence similarity), Variovorax paradoxus NBRC 15149T (98.5%), and Variovorax gossypii JM-310T (98.3%). The principal respiratory quinone was Q-8 and the major polar lipids contain phosphatidylethanolamine (PE), phosphatidylethanolamine (PG), and diphosphatidylglycerol (DPG). The predominant cellular fatty acids were C16:0, summed feature 3 (C16:1ω7c and/or C16:1ω6c) and summed feature 8 (C18:1ω7c and/or C18:1ω6c). The DNA GC content was 67.7 mol%. The ANI and dDDH values between strain CYS-02T and the closest members in the genus Variovorax were ≤ 79.0 and 22.4%, respectively, and the AAI and POCP values between CYS-02T and the other related species in the family Comamonadaceae were > 70% and > 50%, respectively. The genome of strain CYS-02T showed a putative terpene biosynthetic cluster responsible for antioxidant activity which was supported by DPPH radical scavenging activity test. Based on genomic, phenotypic and chemotaxonomic analyses, strain CYS-02T was classified into a novel species in the genus Variovorax, for which the name Variovorax terrae sp. nov., has been proposed. The type strain is CYS-02T (= KACC 22656T = NBRC 00115645T).

한국 재래뽕의 생태 및 품종간 특이성에 관한 연구 (Morphological and Biochemical Characteristics in the Korean Landraces of Mulberry Tree, Morus)

  • 김현복;김남수;박광준
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.81-92
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    • 1996
  • 1. 우리나라 재래뽕과 육성종 30품종에 대한 재배 생태학적 조사를 한 결과는 다음과 같다. 올뽕에 속한 것은 금상, 조상1호, 영변추우, 순천뽕, 당상3호, 대당상이고 당상6호, 황추우, 영변교, 당상4호, 당상5호는 늦뽕이었다. 가지끝마름률은 당상8호, 덕천뽕, 금상, 용천뽕, 영변추우, 수계뽕, 조선상, 강원3호, 조상1호이었다. 연간수량은 순천뽕, 당상7호, 황추우가 비교적 높았다. 그루당 가지수는 금상, 정선뽕, 순천뽕, 용천뽕이 많았고, 평균가지길이에서는 자산, 강원3호가 길었으며 절간장이 짧고 측지가 적은 품종으로서는 수원뽕, 영변교, 순청뽕, 당상5호, 당상6호이었다. 2. 우리나라 재래뽕 및 육성종 30품종과 장려뽕 15품종의 peroxidase, acid phosphatase, malate dehydrogenase, glutamate dehydrogenase isozymes을 분석한 결과 품종간 특이성이 나타난 효소종은 peroxidase 뿐이었으며, acid phosphatase는 희미한 band 출현상황만 확인할 수 있었을 뿐 품종간 특이성은 나타나지 않았다. Malate dehydrogenase와 glutamate dehydrogenase isozyme에 있어서는 어떠한 band도 출현하지 않았다. 3. 뽕품종을 RAPD 분석한 결과 상당히 많은 유전적 변이를 찾을 수 있었다. 다섯개의 random decamer primer를 사용하여 분석한 결과 PCR 증폭된 DNA의 단편은 5개에서부터 13개까지 primer에 따라 달랐으며, 이들간의 뚜렷한 구분은 없었다. 4. 가장 유연정도가 높은 품종들은 수원상 1호와 수원상 2호로서 이들의 유연정도는 90%정도였으며 여타 품종들과 가장 유연정도가 낮은 품종은 재래뽕들 중 은척뽕으로서 이는 60%정도에서 다른 품종들과 유연을 이루었다.

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