• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2004년도 제34차 추계 국제 학술대회
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• pp.375-379
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• 2004

Probiotic 활성이 높은 L. acidophilus 30SC의 생존성을 증진시키기 위한 기초자료를 얻고자, 열처리 동안 새로이 발현되는 단백질을 일차원 및 이차원 전기영동을 이용하여 확인하였으며, 세포 모양을 주사전자현미경을 사용하여 관찰하였다. $55^{\circ}C$의 heat shock에는 L. acidphilus 30SC의 사멸이 있는 것으로 나타났다. 나머지 처리구는 $37^{\circ}C$에서 계속 배양한 것과 별다른 차이를 나타내지 않았다. $45^{\circ}C$로 heat shock을 준 경우 $37^{\circ}C$에서 배양한 것과 거의 동일하였다. $55^{\circ}C$에서 15분 heat shock을 준 경우 약 22kDa와 25kDa의 단백질들이 새로이 발현된 것으로 나타났으나, 24 kDa와 27kDa로 추정되는 단백질의 발현정도는 낮았음을 확인하였다. 이차원 전기영동을 실시한 결과, $37^{\circ}C$와 비교할 때 $55^{\circ}C$로 heat shock을 준 경우 새로이 5개의 protein spot을 발견할 수 있었다. 그러나 6개의 단백질 spot은 $55^{\circ}C$ heat shock에서 소실된 것으로 확인되어 추가적인 단백질의 분석이 필요한 것으로 생각되었다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.38-44
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구하는 학문이다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 유전자로부터 mRNA 로 복제되고 codon 의 규칙에 따라 합성되는 단백질이 세포 내에 얼만큼 존재하는가라는 단백질의 양적인 변화는 세포 내의 환경에 따라 시시각각 변화할 수 있으며, 이러한 변화의 추적은 단백질의 기능을 밝히는 기초자료로서 중요성을 가진다. 특히 질병의 조기 진단을 위한 바이오마커를 발굴하기 위한 스크리닝 역할로서, 단백질의 발현 양상을 비교하는 프로테오믹스는 기대를 모으고 있다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프로테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상 분석의 정확도를 높이기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 이번 발표에서는 프로테오믹스에서 단백질의 양을 측정하기 위한 실험 방법들과 그에 따른 데이터 분석 방법들을 소개하고자 한다. 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image 에서의 spot 분석법으로부터, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, iTRAQ 등의 labeling 방법에 의한 정량분석, 그리고 질량분석기의 정확도를 최대한으로 활용하는 label-free 방법에 대한 기본 개념을 살펴보고 데이터 분석 기술의 적용 방법을 알아본다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제21권9호
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• pp.101-106
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• 2016

The epidermal growth factor receptor(EGFR) protein kinase signaling is an important pathway in cancer development and recently reported that EGFR and its kinase domain molecules are mutated in various of cancers including head and neck cancer. Functional deregulation of EGFR due to mutations in coding exons and copy number amplification is the most common event in cancers, especially among receptor tyrosine kinases(TK). We have analyzed Korean oral squamous cell carcinomas (OSCC) cell lines for mutations in EGFRTK. Exons encoding the hot-spot regions in the TK domain of EGFR (exons 17 to 23) were amplified by using polymerase chain reaction(PCR) and sequenced directly. EGFR expression was also analyzed in 8 OSCC cell lines using western blotting. Data analysis of the EGFR exons 17 to 23 coding sequences did not show any mutations in the 8 OSCC cell lines that were analyzed. The absence of mutations indicate that protein overexpression might be responsible for activation rather than mutation.

• 유전체소식지
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• 제6권1호
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• pp.24-28
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구한다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프테테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상분석의 정확도를 높이고 분석시간을 단축하기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 1) 단백질의 양적 차이나 양적 변화의 관찰은 바이오마커를 발굴하고 생명현상의 메카니즘을 규명하여 그 결과를 신약개발에 활용하기 위한 기초 연구이다. 이 글에서는 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image에서의 스팟(spot)분석법과 함께, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, SILAC 등의 동위 원소를 사용한 라벨링(labeling) 방법, 라벨링을 하지 않는 label-free 방법 등 프로테오믹스에서의 정량분석법에 대한 기본 개념을 살펴보고, 이들에서의 데이터 분석 기술의 적용에 대해 간략히 소개하였다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.603-606
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• 2009

Lipoxygenase and Kunitz trypsin inhibitor protein of mature soybean [Glycine max (L.) Merr.] seed are main anti-nutritional factors in soybean seed. A new soybean cultivar, "Gaechuck#1" with the traits of black seed coat, green cotyledon, lipoxygenase2,3 and Kunitz trypsin inhibitor protein free was developed. It was selected from the population derived the cross of "Gyeongsang#1" and C242. Plants of "Gaechuck#1" have a determinate growth habit with purple flowers, brown pubescence, black seed coat, black hilum, oval leaflet shape and brown pods at maturity. Seed protein and oil content on dry weight basis have averaged 39.1% and 16.2%, respectively. It has shown resistant reaction to soybean necrosis, soybean mosaic virus, Cercospora leaf spot and blight, black root rot, pod and stem blight, and soybean pod borer. "Gaechuck#1" matured on 5-10 October with a plant height of 50 cm. The 100-seed weight of "Gaechuck#1" was 23.2g. Yield of "Gaechuck#1" was averaged 2.2 ton/ha from 2005 to 2007.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.612-615
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• 2009

Lipoxygenase and Kunitz trypsin inhibitor protein are the main antinutritional factor in mature soybean seed. A new soybean cultivar, "Gaechuck#2" with yellow seed coat, lipoxygenase2,3-free and Kunitz trypsin inhibitor protein-free was developed. It was selected from the population derived from the cross between "Jinpumkong2ho" and C242. Plants of "Gaechuck#2" have determinate growth habit with purple flowers, tawny pubescence, yellow seed coat, yellow hilum, oval leaflet shape and brown pods at maturity. Seed protein and oil content on a dry weight basis were 40.7% and 18.7%, respectively. It has shown a resistant reaction to soybean necrosis, soybean mosaic virus, Cercospora leaf spot and blight, black root rot, pod and stem blight, and soybean pod borer. Gaechuck#2 matured in 4 October with plant height of 54cm and a 100-seed weight of 24.4g. Average Yield of Gaechuck#2 was 230 - 250 kg/10a in 2005 - 2007.

• 한국작물학회지
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• 제63권1호
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• pp.25-34
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• 2018

휴면성이 다른 백중밀, 금강밀, 우리밀 후숙종자의 ABA 농도에 따른 발아 및 배아에서의 단백질체 발현 특성을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 백중밀, 금강밀, 우리밀 등 3품종의 0, 10, 30 및 $50{\mu}M$ ABA에서의 평균 발아지수와 발아율은 각각 0.95와 98% 이상으로 통계적으로 유의한 차이가 없었다. 유아와 유근의 생장은 $0{\mu}M$ ABA보다 10, 30 및 $50{\mu}M$ ABA에서 생장이 크게 억제되었는데, ABA 농도가 높을수록 생장이 더 억제되었다. 2. 3품종 배아의 평균 ABA 함량은 $0{\mu}M$ ABA와 $50{\mu}M$ ABA에서 각각 0.78 ng/mg과 269.04 ng/mg으로서 농도에 따른 ABA 함량의 차이가 컸다. 3. $0{\mu}M$ ABA 처리구에 비하여 $50{\mu}M$ ABA 처리구에서 발현양이 증가한 단백질 spot (S1, S3, S4, S6, S15, S16, S17)은 7개였으며, 감소한 단백질 spot (S2, S5, S9, S10, S11, S12, S13, S14, S18)은 8개였고, 증가와 감소가 동시에 이루어진 단백질 spot (S2)은 1개였다. $50{\mu}M$ ABA에서만 검출된 단백질 spot (S7, S8)은 2개였다. 4. 각 단백질 spot의 $0{\mu}M$ ABA 처리구 양에 대한 $50{\mu}M$ ABA 처리구 양의 평균 배수 값(fold 값)이 1.5배 이상으로 증가한 단백질 spot은 S1 (globulin-3A), S6 (globulin-1 S allele), S16 (globulin-1 S allele), S17 (globulin-1 S allele) 등으로 모두 globulin류 단백질이었다. 또한 $50{\mu}M$ ABA에서만 확인된 단백질 spot인 S7 (globulin 3)과 S8 (globulin-1 S allele)도 globulin 단백질이었다. 5. 각 단백질 spot의 $0{\mu}M$ ABA 처리구 양에 대한 $50{\mu}M$ ABA 처리구 양의 평균 배수 값(fold 값)이 0.7 이하로 감소한 단백질 spot은 S10 (glutamine sysnthetase cytosolic isozyme), S12 (S-adenosylmethionine synthetase 2), S14 (isocitrate dehydrogenase NADP)이었다. 이상의 결과는 ABA에 의한 밀 유묘의 유아와 유근의 생장억제는 배아에서의 ABA 농도 증가, 그리고 이에 따른 배아의 glutamine 합성에 관여하는 다양한 효소의 발현 감소 및 메틸기공여물질의 감소와 이에 따른 메틸기 전이활성의 감소 등이 관여하고 있음을 의미한다. 한편 배아에서의 ABA에 의한 globulin 단백질의 증가는 배아 특이적 globulin의 일시적 합성 증가와 globulin 분해 효소의 활성 억제 등이 복합적으로 관여한 결과로 생각된다.

• 한국국제농업개발학회지
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• 제23권5호
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• pp.537-545
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• 2011

본 연구는 간척지에서 재배가 가능한 내염성 보리 품종육성을 위한 기초정보를 얻고자 겉보리 두 품종을 대상으로 생육 초기 염 스트레스에 따른 생리적 반응과 잎 프로테옴의 발현 양상 변화를 분석한 결과는 아래와 같다. 1. 토양의 염 농도가 증가함에 따라 보리의 건물중은 무처리구에 비해 유의적으로 감소하는 경향이었으며, 상록보리는 무처리구에 비해 건물중 감소가 작았으며, 선우보리는 컸다. 2. 염처리에 따른 잎의 엽록소 함량을 나타내는 SPAD 값은 상록보리가 57.6으로 47.6인 선우보리보다 높았으며, Na⁺의 함량은 선우보리에서 유의적으로 높았고, K⁺/Na⁺의 비율은 상록 보리에서 높은 경향을 보였다. 3. 이차원전기영동에 의하여 염 스트레스에 의한 잎 프로테옴의 발현양상을 분석한 결과 47개 단백질 spot이 발현양의 차이를 나타냈다. 품종별로 발현양이 증가한 단백질 spot은 상록보리와 선우보리에서 각각 17개와 14개로 나타났고, 발현양이 감소한 단백질 spot은 상록보리와 선우보리에서 각각 28개 및 27개로 확인되었다. 4. 염처리에 따른 발현양의 차이를 보이는 18개 단백질을 동정한 결과 ribosomal protein 등 기능과 스트레스와의 관련성이 보고된 10개의 단백질과 ankyrin repeat domain protein 등 스트레스 조건에서의 역할이 명확하지 않은 4개의 단백질 및 Os02g0753300 등 기능 및 스트레스와의 관련성을 알 수 없는 2개의 단백질이 동정되었다.

• BMB Reports
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• 제52권5호
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• pp.304-311
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• 2019

The cytoplasmic FMR1-interacting protein family (CYFIP1 and CYFIP2) are evolutionarily conserved proteins originally identified as binding partners of the fragile X mental retardation protein (FMRP), a messenger RNA (mRNA)-binding protein whose loss causes the fragile X syndrome. Moreover, CYFIP is a key component of the heteropentameric WAVE regulatory complex (WRC), a critical regulator of neuronal actin dynamics. Therefore, CYFIP may play key roles in regulating both mRNA translation and actin polymerization, which are critically involved in proper neuronal development and function. Nevertheless, compared to CYFIP1, neuronal function and dysfunction of CYFIP2 remain largely unknown, possibly due to the relatively less well established association between CYFIP2 and brain disorders. Despite high amino acid sequence homology between CYFIP1 and CYFIP2, several in vitro and animal model studies have suggested that CYFIP2 has some unique neuronal functions distinct from those of CYFIP1. Furthermore, recent whole-exome sequencing studies identified de novo hot spot variants of CYFIP2 in patients with early infantile epileptic encephalopathy (EIEE), clearly implicating CYFIP2 dysfunction in neurological disorders. In this review, we highlight these recent investigations into the neuronal function and dysfunction of CYFIP2, and also discuss several key questions remaining about this intriguing neuronal protein.

• 식물병연구
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• 제23권1호
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• pp.75-81
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• 2017

2016년 5월, 우리나라 복숭아의 주요산지인 경북 영천 지역에서 퇴록, 괴저반점, 엽맥퇴록, 황화와 같은 바이러스 병징과 이상증상을 보이는 복숭아 잎 24점을 채집하였다. 이 시료들의 바이러스 감염 여부를 확인하기 위해 RT-PCR 진단법을 이용하여 진단하였다. 진단 대상은 검역 병원체로 지정된 바이러스 또는 바이로이드를 중심으로, 국내외 연구를 참고하여 국내 발생가능성이 높거나 발생 시 위험도가 높은 종 17종이다. 진단결과, 국내에서 보고된 적이 없는 바이러스 1종(Apricot pseudo-chlorotic leaf spot virus, APCLSV)과 검역 바이로이드 1종(Peach latent mosaic viroid, PLMVd)을 포함하여, 총 7종의 바이러스와 바이로이드가 검출되었다. 바이러스를 동정하기 위해, RT-PCR 산물을 sequencing 하여 확인하였다. 또, 국내 미보고 종인 APCLSV가 검출된 시료를 이용하여 APCLSV의 외피단백질을 암호화하고 있는 염기서열을 증폭하여 결정하였다. 결정된 염기서열은 기 보고된 APCLSV 분리주와 97%의 상동성을 보였다. 이 외피단백질 염기서열을 Trichovirus속 바이러스들과 비교 분석하여, 최종적으로 APCLSV임을 확인하였다. 동정된 APCLSV를 Yeongcheon 분리주로 명명하고 결정된 외피단백질 염기서열은 NCBI GenBank에 등록하였다. APCLSV의 발생 양상을 보면, APCLSV가 검출된 시료들은 모두 Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV)가 복합감염되어 있었으며, APCLSV는 ACLSV와 유전학적 유연관계가 가까운 것으로 알려져 있다. ACLSV의 특성에 비추어 볼 때, APCLSV는 국내 과수 농가에 널리 퍼질 가능성이 높을 것으로 생각된다. 따라서, 추후 국내 농가에 미칠 영향 등에 관련된 연구가 필요하다.