• KSBB Journal
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• 제7권3호
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• pp.155-160
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• 1992

식량으로 쓰이는 식물 단백질은 공통적으로 Isoleucine, Lysine, Methionine, Threonine, Tryptoplan등 5가지 필수아미노산이 결핍되어있다. 본 연구에서는 이러한 필수아미노산을 다량 함유한 단백질을 발현시킬 수 있는 합성유전자를 fekaqo에서 높은 수준으로 발현시키고자 강한 식물 promoter로 알려진 CaMV 35S, CaMV duplicate 35S promoters를 사용하였다. 형질 전환 및 재분화된 식물을 분석한 결과 본 합성 유전자가 식물 nuclear genome 안으로 도입을 안정하여 잘되었고 mRNA수준까지는 유의적인 증가를 보였으나 단백질 수준에서는 유의적 수준의 증가를 관찰할 수 없었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제3권1호
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• pp.50-55
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• 2003

Background: An aberrant function of the mismatch repair system has been reported to underlie carcinogenesis in several tumors, including colorectal and gastric carcinomas, and to induce the typical genotype of microsatellite instability (MSI). Purpose: We aimed to determine the frequency of MSI in early-onset sporadic gastric carcinoma and elucidate the role of promoter methylation in hMLH1 as the mechanism of MSI. Materials and Methods: Thirty-six early-onset sporadic gastric carcinomas were analyzed to determine the status of MSI and the frequency of methylation of the promoter region in hMLH1. MSI was determined using five markers recommended by NCI: MSI-H (high), MSI-L (low), and MSS (Microsatellite stable). Methylation specific PCR (MSP) and direct automated genomic sequencing analysis with DNA modified by sodium bisulfite have been performed to confirm promoter region methylation. All the data were analyzed regarding characteristics of molecular changes, and clinicopathologic variables. Results: The microsatellite status was determined as MSI-H in five cases ($13.8\%$), MSI-L in 13 cases ($36.1\%$), and MSS in 18 cases ($50.0\%$). hMLH1 was methylated in seven cases ($19.4\%$). In all cases of MSI-H, promoter of hMLH1 was methylated, and in two of the 13 cases of MSI-L, hMLH1 promoter methylation was identified. Methylation was not found in any cases of MSS. Promoter methylation in hMLH1 was significantly correlated with MSI status (P<0.001). We could not find any relationship between MSI and clinicopathologic parameters. Conclusion: These results suggest that an abnormal function of the mismatch repair system may be associated with gastric carcinogenesis in more than $10\%$ of early-onset gastric carcinomas and MSI appeared to be closely related to the promoter methylation in hMLH1.

• 생명과학회지
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• 제33권1호
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• pp.34-42
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• 2023

환경 스트레스 신호 인지부터 스트레스 반응 유전자의 발현에 이르는 신호전달 네트워크에 있어서, 스트레스 반응 프로모터의 cis-조절 요소와 거기에 결합하는 다양한 전사인자는 환경 스트레스에 대한 식물의 적응을 조절한다. 애기장대 AP2/ERF 전사인자 패밀리 중 그룹 VII ERF는 RAP2.12, RAP2.2, RAP2.3, AtERF73/HRE1, AtERF71/HRE2 유전자를 포함하며, 저산소 스트레스 반응에서 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 HRE1 프로모터의 저산소 반응 부위를 동정하였다. 이를 위해 1,000 bp, 800 bp, 600 bp, 400 bp, 200 bp, 100 bp, 그리고 50 bp HRE1 프로모터 부위를 포함하는 벡터를 제작하여 프로모 터 활성을 분석한 결과, -200에서 -100 프로모터 부위가 HRE1의 저산소 반응에서 중요함을 확인하였다. HRE1의 -200에서 -100 프로모터 부위에는 저산소 반응 cis-조절 요소로 알려진 ERF-결합 부위와 DOF-결합 부위가 존재하는데, 이는 HRE1의 발현이 ERF 전사인자와 DOF 전사인자에 의해 조절될 수 있음을 시사한다. 전체적으로, 본 연구를 통해 HRE1 의 저산소 스트레스 반응에는 -200에서 -100 프로모터 부위에 존재하는 cis-조절 요소가 중요한 역할을 한다는 것을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제27권8호
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• pp.857-863
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• 2017

FosB (FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog B) 유전자는 사람의 19번 염색체에 위치하고 있으며 약 43 KD의 단백질을 코딩하며, 발생 및 분화과정, 개체 유지, 발병 진행 등을 조절한다고 알려져 왔다. 본 연구에서는 바이오 마커 등의 가능성이 있다고 보고된 FosB 유전자의 프로모터를 클로닝하여 활성도를 분석하고자 하였다. FosB genomic DNA 서열을 확인한 결과, TSS upstream 방향의 약 1 Kb 안쪽 부위에 FosB 유전자 발현을 위한 중요한 요소들이 있을 것으로 추정하였고, 따라서 FosB genomic DNA의 upstream -1,555 부위부터 exon 1의 +73까지 부위에 대한 PCR 증폭을 수행하였다. 또한 클로닝 성공을 높이기 위하여 일차로 $TA-1^{st}FosBp$ plasmid를 얻은 후, 다시 $TA-1^{st}FosBp$ plasmid를 template로 Kpn1과 Nhe1 제한 효소 절단부위를 프라이머에 삽입한 후 제작하여 2차 PCR을 수행하였으며, $TA-2^{nd}FosBp$ 플라스미드를 제작한 후 제한 효소로 절단하여 pGL3-luc vector로 subcloning하였다. 제작된 pGL3-FosBp-luc를 이용하여 항암제에 대한 활성도를 분석하고자 A549 사람 폐암세포주에 pGL3-FosBp-luc 플라스미드를 transfection 한 후 luciferase 활성도 분석을 수행하였다. Luciferase 활성도 증가는 doxorubicin, taxol 등을 처리한 후 단백질 발현 양상과 비교 하였을 때도 일치되는 결과를 얻을 수 있었다. 그러므로 FosB프로모터 클로닝은 향후 유전자 발현 연구, 마커분석 등에 유용할 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제30권1호
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• pp.13-18
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• 2003

본 실험은 감자괴경에 특이적으로 나타나는 patatin promoter에 의한 외부 도입 유전자의 발현 양상을 파악하고자 수행되었다. Patatin promoter에 의하여 GUS 유전자의 발현이 조절되도록 pATGUS 벡터를 제작한 후 Agrobacterium tumefaciens LBA4404를 이용하여 감자의 잎 절편에 형질전환하였다. 대조구로 GUS 유전자의 상시발현 벡터인 pBI121을 사용하였으며, 항생제를 포함한 재분화 배지에서 개체를 유도한 결과 8주 후부터 신초를 관찰할 수 있었다. NPTII 유전자의 삽입여부를 PCR로 검정한 후, 선별된 형질전환체의 소괴경 형성을 위해 sucrose 농도를 높인 배지에서 1주일 간격으로 줄기의 하단 부분을 배양하였다. 주별로 시료를 채취한 후, RNA gel blot 분석을 해 본 결과 CaMV35S promoter에 의한 GUS 발현은 소괴경의 전단계에서 고르게 발현되는 반면, 괴경-특이적인 patatin promoter의 경우 감자 줄기에서는 관찰이 어려웠고, 주별 발현율은 1주부터 5주까지는 점점 증가하다가 그 이후부터는 점차 감소함을 알 수 있었다. 또한, GUS의 효소활성 역시 mRNA의 발현율과 비례함을 알 수 있었다. 제시된 실험결과들로 보아 감자 괴경에서의 patatin promoter에 의한 GUS 유전자의 발현은 5주경에 가장 높게 나타났으며, 이러한 결과들로 보아 patatin promoter에 의해 감자 소괴경내로 도입된 외래 유전자의 발현을 확인하기 가장 좋은 시기는 소괴경 형성 후 5주째임을 알 수 있었다.

• 한국가금학회지
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• 제46권1호
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• pp.17-24
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• 2019

본 연구는 오브알부민 프로모터의 최적 크기를 결정하기 위해 수행하였고, 이를 위해 2.8, 5.5, 그리고 Mut-4.4 kb의 오브알부민 프로모터를 리포터 벡터에 클로닝하여 다양한 세포들에서 프로모터의 활성을 검증하였다. Mut-4.4kb-pOV는 2.8와 5.5kb-pOV에 비해 HeLa, MES-SA, 그리고 LMH/2A에서 높은 수준의 프로모터 활성을 유도하였으나, cEF 세포에서는 낮은 활성을 보였다. 한편, Mut-4.4kb-pOV/pGL4.11 벡터가 도입된 HeLa, MES-SA, LMH/2A, 그리고 cEF 세포에서 에스트로겐 처리에 의한 반응성을 검증한 결과, cEF 세포를 제외한 나머지 세포들은 에스트로겐을 처리했을 때 리포터 유전자의 발현량이 증가하였다. 또한 LMH/2A 세포에 500 nM 에스트로겐 처리 결과, Mut-4.4kb-pOV는 에스트로겐 처리 후에도 2.8와 5.5kb-pOV에 비해 높은 수준의 프로모터 활성을 유도하였다. 더불어 ERE 영역이 없는 2.8kb-pOV는 LMH/2A 세포에서 500 nM 에스트로겐 처리 후 프로모터의 활성에 효과가 없었으나, ERE 영역을 포함하는 5.5 그리고 Mut-4.4kb-pOV는 에스트로겐 처리에 의해 프로모터의 활성이 증가한 결과를 보였다. 이상의 결과는 Mut-4.4kb-pOV가 형질전환 암탉을 생산하기 위한 재조합바이러스 벡터의 프로모터 영역으로 2.8와 5.5kb-pOV에 비해 보다 효율적인 크기임을 보여주는 결과이다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권13호
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• pp.5181-5185
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• 2015

Background: CCAT1 has been reported to be linked with pathogenesis of malignancies including colon cancer and gastric cancer. However, the regulatory effect of CCAT1 in hepatocellular carcinoma (HCC) remains unclear. The purpose of this research was to identify any role of CCAT1 in the progression of HCC. Materials and Methods: Real time-PCR was performed to test the relative expression of CCAT1 in HCC tissues. A computation screen of CCAT1 promoter was conducted to search for transcription-factor-binding sites. The association of c-Myc with CCAT1 promoter in vivo was tested by Pearson correlation analysis and chromatin immunoprecipitation assay. Additionally, Kaplan-Meier analysis and Cox proportional hazards analyses were performed. Results: c-Myc directly binds to the E-box element in the promoter region of CCAT, and when ectopically expressed increases promoter activity and expression of CCAT1. Moreover, Kaplan-Meier analysis demonstrated that the patients with low expression of CCAT1 demonstrated better overall and relapse-free survival compared with the high expression group. Cox proportional hazards analyses showed that CCAT1 expression was an independent prognostic factor for HCC patients. Conclusions: The findings demonstrated CCAT1, acting as a potential biomarker in predicting the prognosis of HCC, is regulated by c-Myc.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권7호
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• pp.3041-3044
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• 2014

The aim of this work was to analyze methylation of the promoter sites of the ESR1 and PGR genes and to determine correlations with immunohistochemical expression of estrogen and progesterone receptors in ductal and lobular breast cancers. An observational, descriptive, molecular study was conducted on 20 ductal and 20 lobular breast cancer samples with immunohistochemical determination of estrogen and progesterone receptor expression. The methylation analysis of ESR1 and PGR promoter sites was carried-out by methylation-specific PCR. For correlation analysis, Kendall's tau coefficient was determined. Positive correlations were found between estrogen and progesterone receptors, estrogen receptor and unmethylated progesterone receptor, progesterone receptor, and unmethylated progesterone receptor. Negative correlations were found between estrogen receptor and methylated progesterone receptor, progesterone receptor and methylated progesterone receptor, methylated and unmethylated estrogen receptor, and methylated and unmethylated progesterone receptor. The results suggest that methylation of promoter sites of ESR1 and PGR is a relatively uncommon event in ductal and lobular breast cancer, and also suggest that the determination of epigenetic states of ESR1 and PGR could represent an alternative or complement to the histopathological expression analysis.

• Genomics & Informatics
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• 제8권4호
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• pp.206-211
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• 2010

The Fas (TNF receptor superfamily, member 6) (FAS)/FAS ligand (FASLG) interaction plays a central role in the regulation of programmed cell death. FAS and FASLG polymorphisms in promoter regions affect transcriptional activities. To investigate whether FAS and FASLG polymorphisms are associated with the development and clinical phenotypes of stroke, 2 promoter single nucleotide polymorphisms (SNPs) in FAS (rs1800682, -670C/T) and FASLG (rs763110, -844C/T) were selected and genotyped by direct sequencing in 220 stroke patients [107 ischemic stroke (IS), 77 intracerebral hemorrhage (ICH), and 36 subarachnoid hemorrhage (SAH)] and 369 control subjects. For the analysis of clinical symptoms, all stroke patients were divided into 3 clinical phenotypes according to the respective results of the National Institutes of Health Stroke Survey (NIHSS) and the Modified Barthel Index (MBI) and the presence or absence of complex regional pain syndrome (CRPS). The SNPStats, SNPAnalyzer, and Helixtree programs were used to analyze the genetic data. Multiple logistic regression models (codominant, dominant, and recessive) were used to estimate odds ratios (ORs), 95% confidence intervals (CIs), and p-values. The promoter SNP rs1800682 was associated with stroke in the codominant (OR=0.48, 95% CI=0.25-0.94, p=0.04) and dominant models (OR=0.51, 95% CI=0.30-0.87, p=0.011). However, a FASLG SNP (rs763110) was not in Hardy-Weinberg equilibrium (p<0.05). In the analysis of stroke types, rs1800682 was associated with IS in the codominant (OR=0.30, 95% CI=0.12-0.74, p=0.025), dominant (OR=0.44, 95% CI=0.23-0.88, p=0.018), and recessive models (OR=0.45, 95% CI=0.21-0.99, p=0.042). The genotype frequencies of rs1800682 were different between ICH and controls in the dominant model (OR=0.49, 95% CI=0.26-0.94, p=0.031) but not between SAH and controls. In the analysis of clinical symptoms, however, rs1800682 was not related to the 3 clinical phenotypes (NIHSS, MBI, and CRPS). These results suggest that a promoter SNP (rs1800682, -670C/T) in FAS may be associated with the development of stroke in the Korean population.

• Molecules and Cells
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• 제26권5호
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• pp.474-480
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• 2008

OsMADS1 is a rice MADS box gene necessary for floral development. To identify the key cis-regulatory regions for its expression, we utilized transgenic rice plants expressing GUS fusion constructs. Histochemical analysis revealed that the 5.7-kb OsMADS1 intragenic sequences, encompassing exon 1, intron 1, and a part of exon 2, together with the 1.9-kb 5' upstream promoter region, are required for the GUS expression pattern that coincides with flower-preferential expression of OsMADS1. In contrast, the 5' upstream promoter sequence lacking this intragenic region caused ectopic expression of the reporter gene in both vegetative and reproductive tissues. Notably, incorporation of the intragenic region into the CaMV35S promoter directed the GUS expression pattern similar to that of the endogenous spatial expression of OsMADS1 in flowers. In addition, our transient gene expression assay revealed that the large first intron following the CaMV35S minimal promoter enhances flower-preferential expression of GUS. These results suggest that the OsMADS1 intragenic sequence, largely intron 1, contains a key regulatory region(s) essential for expression.