• 제목/요약/키워드: profiling.

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Comprehensive profiling of DNA methylation in Korean patients with colorectal cancer

  • Hyeran Shim;Kiwon Jang;Yeong Hak Bang;Hoang Bao Khanh Chu;Jisun Kang;Jin-Young Lee;Sheehyun Cho;Hong Seok Lee;Jongbum Jeon;Taeyeon Hwang;Soobok Joe;Jinyeong Lim;Ji-Hye Choi;Eun Hye Joo;Kyunghee Park;Ji Hwan Moon;Kyung Yeon Han;Yourae Hong;Woo Yong Lee;Hee Cheol Kim;Seong Hyeon Yun;Yong Beom Cho;Yoon Ah Park;Jung Wook Huh;Jung Kyong Shin;Dae Hee Pyo;Hyekyung Hong;Hae-Ock Lee;Woong-Yang Park;Jin Ok Yang;Young-Joon Kim
    • BMB Reports
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    • 제57권2호
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    • pp.110-115
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    • 2024
  • Alterations in DNA methylation play an important pathophysiological role in the development and progression of colorectal cancer. We comprehensively profiled DNA methylation alterations in 165 Korean patients with colorectal cancer (CRC), and conducted an in-depth investigation of cancer-specific methylation patterns. Our analysis of the tumor samples revealed a significant presence of hypomethylated probes, primarily within the gene body regions; few hypermethylated sites were observed, which were mostly enriched in promoter-like and CpG island regions. The CpG Island Methylator Phenotype-High (CIMP-H) exhibited notable enrichment of microsatellite instability-high (MSI-H). Additionally, our findings indicated a significant correlation between methylation of the MLH1 gene and MSI-H status. Furthermore, we found that the CIMP-H had a higher tendency to affect the right-side of the colon tissues and was slightly more prevalent among older patients. Through our methylome profile analysis, we successfully verified the methylation patterns and clinical characteristics of Korean patients with CRC. This valuable dataset lays a strong foundation for exploring novel molecular insights and potential therapeutic targets for the treatment of CRC.

Immune Cells Are Differentially Affected by SARS-CoV-2 Viral Loads in K18-hACE2 Mice

  • Jung Ah Kim;Sung-Hee Kim;Jeong Jin Kim;Hyuna Noh;Su-bin Lee;Haengdueng Jeong;Jiseon Kim;Donghun Jeon;Jung Seon Seo;Dain On;Suhyeon Yoon;Sang Gyu Lee;Youn Woo Lee;Hui Jeong Jang;In Ho Park;Jooyeon Oh;Sang-Hyuk Seok;Yu Jin Lee;Seung-Min Hong;Se-Hee An;Joon-Yong Bae;Jung-ah Choi;Seo Yeon Kim;Young Been Kim;Ji-Yeon Hwang;Hyo-Jung Lee;Hong Bin Kim;Dae Gwin Jeong;Daesub Song;Manki Song;Man-Seong Park;Kang-Seuk Choi;Jun Won Park;Jun-Won Yun;Jeon-Soo Shin;Ho-Young Lee;Ho-Keun Kwon;Jun-Young Seo;Ki Taek Nam;Heon Yung Gee;Je Kyung Seong
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제24권2호
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    • pp.7.1-7.19
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    • 2024
  • Viral load and the duration of viral shedding of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are important determinants of the transmission of coronavirus disease 2019. In this study, we examined the effects of viral doses on the lung and spleen of K18-hACE2 transgenic mice by temporal histological and transcriptional analyses. Approximately, 1×105 plaque-forming units (PFU) of SARS-CoV-2 induced strong host responses in the lungs from 2 days post inoculation (dpi) which did not recover until the mice died, whereas responses to the virus were obvious at 5 days, recovering to the basal state by 14 dpi at 1×102 PFU. Further, flow cytometry showed that number of CD8+ T cells continuously increased in 1×102 PFU-virus-infected lungs from 2 dpi, but not in 1×105 PFU-virus-infected lungs. In spleens, responses to the virus were prominent from 2 dpi, and number of B cells was significantly decreased at 1×105 PFU; however, 1×12 PFU of virus induced very weak responses from 2 dpi which recovered by 10 dpi. Although the defense responses returned to normal and the mice survived, lung histology showed evidence of fibrosis, suggesting sequelae of SARS-CoV-2 infection. Our findings indicate that specific effectors of the immune response in the lung and spleen were either increased or depleted in response to doses of SARS-CoV-2. This study demonstrated that the response of local and systemic immune effectors to a viral infection varies with viral dose, which either exacerbates the severity of the infection or accelerates its elimination.

큐어링 후 저장에 따른 고구마 저장뿌리 단백질체의 비교분석 (Comparative proteome profiling in the storage root of sweet potato during curing-mediated wound healing)

  • 신호용;지창윤;김호수;정정성;최성환;곽상수;김윤희;이증주
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제50권
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    • pp.1-10
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    • 2023
  • 고구마(Ipomoea batatas L. Lam)는 영양소, 가공 식품, 동물 사료 및 색소 재료의 유용한 공급원으로 이용 가능한 경제적으로 중요한 대표적인 뿌리 작물이다. 일반적으로 고구마의 저장 뿌리는 수확 후 저장 기간 동안 다양한 미생물과 질병에 의한 부패에 노출되기 쉽다. 수확 후 큐어링은 저장기간 동안 상처를 치유하고 미생물에 의한 부패를 방지하기 위한 가장 적합한 수단으로 알려져 있다. 본 연구에서는 큐어링과 연관된 분자적 기작에 관여하는 단백질들을 확인하기 위해, 큐어링 처리 후 저장기간 동안 단백질체의 변화를 분석하였다. 33℃ (큐어링) 및 15℃ (대조군)에서 3일 동안 처리하고 8주의 저장 기간이 지난 후 2D 전기영동 분석을 통해 단백질 spot의 변화를 확인한 결과, 31개 단백질 spot의 발현량이 차이 나는 것을 확인하였으며, 이들 중 15개의 단백질 spot을 동정하여 그 특성을 분석하였다. 동정된 단백질 중 alphaamylase (spot 1)는 큐어링 처리구에서만 발현량이 증가하였으며, probable aldo-keto reductase 2-like (spot 3) 및 hypothetical protein CHGG_01724 (spot 4)는 큐어링 및 대조구에서 동시에 발현량이 증가하였으나, sporamin A (spot 10)는 큐어링 및 대조구에서 발현량이 감소하였다. 한편, 대조구에서 enolase (spot 14)는 발현량이 증가하였으나, chain A of actinidin-E-64 complex+ (spot 19), ascorbate peroxidase (spot 22) 및 여러 sporamin 단백질들(spot 20, 21, 23, 24, 27, 29, 30 및 31)은 발현량이 감소하였다. 본 연구의 결과는 고구마 저장 뿌리에서 큐어링 처리와 관련된 단백질의 동정 및 수확 후 저장 기간동안 병 저항성과 관련된 기작에 대한 이해를 높이며, 향후 저온 저장 능력이 향상된 신품종 개발을 위한 후보 유전자의 도출에도 기여할 수 있을 것이다.

비접촉 데이터 사회와 아카이브 재영토화 (Contactless Data Society and Reterritorialization of the Archive )

  • 조민지
    • 기록학연구
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    • 제79호
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    • pp.5-32
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    • 2024
  • 한국 정부가 UN의 2022년 전자정부 발전 지수에서 UN가입 193개국 중 3위에 랭크됐다. 그동안 꾸준히 상위국으로 평가된 한국은 분명 세계 전자정부의 선도국이라 할 수 있다. 전자정부의 윤활유는 데이터다. 데이터는 그 자체로 정보가 아니고 기록도 아니지만 정보와 기록의 원천이며 지식의 자원이다. 전자적 시스템을 통한 행정 행위가 보편화된 이후 당연히 데이터에 기반한 기록의 생산과 기술이 확대되고 진화하고 있다. 기술은 가치중립적인 듯 보이지만 사실 그 자체로 특정 세계관을 반영하고 있다. 더구나 비물질적 유통을 기반으로 하는 디지털 세계, 온라인 네트워크의 또 다른 아이러니는 반드시 물리적 도구를 통해서만 접속하고 접촉할 수 있다는 점이다. 디지털 정보는 논리적 대상이지만 반드시 어떤 유형이든 그것을 중계할 장치 없이는 디지털 자원을 읽어 내거나 활용할 수 없다. 초연결, 초지능을 무기로 하는 새로운 기술의 디지털 질서는 전통적인 권력 구조에 깊은 영향력을 끼칠 뿐만 아니라 기존의 정보 및 지식 전달 매개체에도 마찬가지의 영향을 미치고 있다. 더구나 데이터에 기반한 생성형 인공지능을 비롯해 새로운 기술과 매개가 단연 화두다. 디지털 기술의 전방위적 성장과 확산이 인간 역능의 증강과 사유의 외주화 상황까지 왔다고 볼 수 있을 것이다. 여기에는 딥 페이크를 비롯한 가짜 이미지, 오토 프로파일링, 사실처럼 생성해 내는 AI 거짓말(hallucination), 기계 학습데이터의 저작권 침해에 이르기까지 다양한 문제점 또한 내포하고 있다. 더구나 급진적 연결 능력은 방대한 데이터의 즉각적 공유를 가능하게 하고 인지 없이 행위를 발생시키는 기술적 무의식에 의존하게 된다. 그런 점에서 지금의 기술 사회의 기계는 단순 보조의 수준을 넘어서고 있으며 기계의 인간 사회 진입은 고도의 기술 발전에 따른 자연적인 변화 양상이라고 하기에는 간단하지 않은 지점이 존재한다. 시간이 지나며 기계에 대한 관점이 변화하게 될 것이기 때문이다. 따라서 중요한 것은 기계를 통한 커뮤니케이션, 행위의 결과로서의 기록이 생산되고 사용되는 방식의 변화가 의미하는 사회문화적 함의에 있다. 아카이브 영역에서도 초지능, 초연결사회를 향한 기술의 변화로 인해 데이터 기반 아카이브 사회는 어떤 문제에 직면하게 될 것인지, 그리고 그 속에서 누가 어떻게 기록과 데이터의 지속적 활동성을 입증하고 매체 변화의 주요 동인이 될 것인가에 대한 연구가 필요한 시점이다. 본 연구는 아카이브가 행위의 결과인 기록뿐만 아니라 데이터를 전략적 자산으로 인식할 필요성에서 시작했다. 이를 통해 전통적 경계를 확장하고 데이터 중심 사회에서 어떻게 재영토화를 이룰 수 있을지를 알아보았다.

CRM구축과정에서 마케팅요인이 관계품질과 CRM성과에 미치는 영향 (The Effects on CRM Performance and Relationship Quality of Successful Elements in the Establishment of Customer Relationship Management: Focused on Marketing Approach)

  • 장형유
    • 마케팅과학연구
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    • 제18권4호
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    • pp.119-155
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    • 2008
  • 최근 많은 기업들이 치열한 경쟁에서 생존하기 위해 개별 고객들에게 초점을 맞춘 전사적이고 체계적인 고객관계관리에 전력을 기울이고 있다. 수익성 높은 대부분 기업들의 성공비결은 복합적이겠지만, 고객지향적 사고에의 신속한 적응이 중요한 부분을 차지하고 있다. 고객관계관리 기법 및 운용철학은 고객을 올바르게 이해하는데서 그치지 않고 고객행동을 사전적으로 예측하여 고객요구에 부응한 제품과 서비스를 제공하는 것만이 치열한 경쟁환경에서 생존함과 동시에 거듭된 성장을 이루는 유일한 해결책임을 강조한다. 고객관계관리는 데이터베이스마케팅과 같은 조직내 실무자 중심의 관점과 접근이 아니라 최고경영자의 마케팅 관점의 경영철학 구현을 통한 전사적이고 조직적인 참여가 이루어져야 한다. 그럼에도 불구하고 많은 기업들이 고객관계관리 기법을 도입하고 구축하는 과정에서 이러한 점을 간과해 왔으며 그 결과, 고객관계관리를 통해 수익성을 높인 기업이 있는 반면에 고객관계관리에 엄청난 비용만을 투입하고 별다른 성과를 거두지 못한 기업들도 다수이다. 본 연구는 CRM구축 및 실행과정에서의 성공요인을 기존 연구와 달리 마케팅적 관점에서 발견해 내고 있다. 시장지향성과 고객지향성이라는 마케팅 철학에서부터 고객정 보지향성과 핵심고객지향이라는 실무적 개념까지 포함해서 마케팅적인 관점에서의 성공적 CRM구축을 위한 선행요인을 발견하고, 이러한 요인들이 마케팅관점의 관계품질과 실무적인 CRM성과에 어떤 영향을 미치는지를 분석함과 동시에 관계품질과 CRM성과 간의 관계의 강도까지 실증적으로 분석해 보았다. 경험적 분석 결과 본 연구에서 구축한 마케팅관점의 CRM선행요인들 중에서 일부 요인을 제외하고는 대체적으로 관계품질 및 CRM성과를 높이는데 상당한 기여를 하고 있음이 확인되었으며, 영향관계의 정도에는 어느 정도 차이가 있음이 확인되었다. 또한 관계품질과 CRM성과 및 세부적 개념구성요인들 간에 매우 높은 정(+)의 관계가 존재함을 확인했다. 이는 CRM의 최종 성과를 달성하기 위해서 CRM구축 및 실행이후에 고객만족과 고객신뢰라는 개념적 연결고리를 강화함과 동시에 이러한 관계품질이 고객유지와 고객점유 정도의 향상으로 이어지도록 하는 창조적 전술개발이 요구됨을 의미한다. CRM을 구축 및 실행하는 대부분의 기업들이 조급하게 재무적인 성과를 기대하는 경향이 있는데, CRM은 마케팅철학을 포함하는 장기적인 경영활동임을 주지해야 한다. 기존의 많은 연구들이 취하고 있는 연구맥락에 근거해서 기술적인 시스템만을 갖추었다고 하여 단기적인 성과를 바라는 것은 오히려 비용의 낭비만을 초래 할 수 있음에 주목해야 한다. 본 연구결과를 바탕으로 CRM의 성공적 구축을 통해 관계품질을 강화하는 것에 대한 전략적 통찰을 제공함과 동시에 실질적인 CRM성과를 달성하기 위한 마케팅 관점의 연결구조를 어떻게 효율적으로 강화할 수 있을 것인가에 대한 학술적이고 실무적인 시사점을 도출했다.

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