• 제목/요약/키워드: probe level analysis

검색결과 94건 처리시간 0.031초

안개초(Gyposphila paniculata)로부터 Flavanone 3β-Hydroxylase 유전자의 분리 및 분석 (Molecular Cloning, Sequence Analysis, and in Vitro Expression of Flavanone 3β-Hydroxylase from Gypsophila paniculata)

  • 민병환
    • Journal of Plant Biotechnology
    • /
    • 제33권2호
    • /
    • pp.85-91
    • /
    • 2006
  • Flavanone 3$\beta$-hydroxylase (FHT)는 flavonoid 생합성 경로의 가장 중심부에 작용하는 효소로 flavanone으로부터 dihydroflavonol으로의 변환을 촉매하는 역할을 한다. 본 연구에서는 색소유전자의 전이를 통하여 새로운 색소발현체계를 가진 품종을 육종하기 위한 기초연구로 숙성안개초 (Gypsophila paniculata L.)의 꽃봉오리로부터 cDNA-library를 합성하였고 카네이션의 FHT 유전자를 probe로 사용하여 anthocyanin 합성경로의 중요 효소의 하나인 FHT 유전자를 분리하였다. 염기서열분석을 수행하여 분리유전자의 크기가 1471 bp 이며 이 중 coding region은 1047 bp 임을 확인하였다. 이미 밝혀진 다른 식물체의 FHT 유전자와 서로 염기서열의 일치성을 비교해 본 결과 아라비돕시스, 오렌지, 카네이션, 고구마, 스톡, 페튜니아, 감자 및 포도에서 각각 69% 이상을 나타내었다. 분리유전자의 발현을 확인하기 위하여 Northern blot분석 및 인위적으로 기내에서의 transcription과 translation을 수행하였고, 분리한 유전자의 효소활성을 측정해 본 결과 dihtydrokaempferol의 작은 peak을 확인하였다. Southern blot 분석의 결과 안개초의 FHT 유전자는 다른 대부분의 식물체와 유사하게 한 개가 존재함을 확인하였다

초등학교 영재 학생들의 탐구 활동에서 나타나는 논증 과정 평가 및 분석 (An Analysis on the Level of Elementary Gifted Students' Argumentation in Scientific Inquiry)

  • 임재근;송윤미;송미선;양일호
    • 한국초등과학교육학회지:초등과학교육
    • /
    • 제29권4호
    • /
    • pp.441-450
    • /
    • 2010
  • The purpose of this study was to evaluate the level of elementary gifted students' argumentation and examine the special features of argumentation founded in scientific inquiry. 28 students were selected in the special education center for the gifted in K National University. They were organized 8 groups of 3~4 students and engaged in scientific inquiry activity. The researcher wasn't involved in students' inquiry activity and argumentation except for the guiding and introducing their activity. In the first session, each group carried out the experiment 'Putting a heated can in the water' and then, the students discussed to probe their experimental results and build their explanation. In the second session, each group presented their experiment results and evidence from their experiment justifying their claims, and had questions from other groups. The protocol data during 8 groups' argumentations were analyzed using 'Rubric for Scientific Argumentation Assessment' (Yang et al., 2009) in three domains- the form, content and attitude. As a result, in form domain, almost groups were rated 2 points due to their argument without rebuttal on the subcategory of 'composition', but they got a good grade above 3 points in subcategory such as 'claim', 'ground', and 'conclusion'. In content domain, almost groups got points above 3 points. In attitude domain, there were some striking contrast between each groups. Six groups got good score more than 4 points on the subcategory of openness, but two groups, they alleged and got score below 3 point. While the 6 groups of all got 4 points in the aspect of participation, 3 groups got 3 points lower than because they only just asserted and not interact with other groups. Throughout the argumentation, two features were found that; as time goes by, arguments were refined; Students tended to use their prior to knowledge rather than evidence such as experimental data in making claims and conclusions.

  • PDF

위성영상과 퍼지-신경회로망 모형을 이용한 토양수분 분석 (An Analysis of Soil Moisture Using Satellite Image and Neuro-Fuzzy Model)

  • 유명수;최창원;이재응
    • 한국수자원학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국수자원학회 2012년도 학술발표회
    • /
    • pp.154-154
    • /
    • 2012
  • 지표에서의 토양수분은 작은 구성비를 가짐에도 불구하고 여러 수문 현상을 연계하는 매우 중요한 인자로써 최근 관련 연구가 활발하게 진행되고 있다. 토양수분은 침투나 침루를 통하여 강우와 지하수를 연결하는 기능을 함과 동시에 강우사상에 따른 유출특성에 직접적인 영향을 미치며 증발산을 통하여 에너지 순환을 연결하는 중요한 기능을 한다. 토양수분을 측정하는 방법에는 세타 탐침(Theta Probe), 장력계, TDR(Time Domain Reflectrometry) 등이 이용되고 있으며, 광역 토양수분자료의 보다 정확한 공간 변동성의 관측을 위하여 항공원격탐사와 인공위성 원격탐사기술이 개발되어 적용되고 있다. 인공위성 영상은 자료의 분석이 간편하며, 공간자료이므로 공간 변화를 분석하는 데 있어 매우 편리하다. 그 중 MODIS(Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) 위성영상은 저해상도 영상으로 극궤도 위성인 Terra와 Aqua 위성에 장착되어 있으며, NASA에서 필요한 정보를 받아 사용할 수 있다. 본 연구에서는 유역의 물리적 지형자료와 같은 방대한 양의 자료 수집 없이도, 모형이 구축되면 인공위성자료와 강우자료만으로도 신뢰성 높은 결과를 단시간 내에 효율적으로 산정할 수 있는 자료 지향형 모형인 ANFIS(Adaptive Neuro-Fuzzy Inference System)를 사용하였다. 사용된 퍼지변수로는 시험유역의 토양수분 관측자료와 강수량 및 인공위성 자료인 MODIS NDVI(Normalize Difference Vegetation Index), MODIS LST(Land-Surface Temperature) 영상을 이용하였다. MODIS NDVI는 시간 해상도 8일, 공간해상도 250 인 Level 3 영상이며, MODIS LST는 시간 해상도 1일, 공간해상도 1 km인 Level 3 영상을 사용하였다. 위성자료를 사용하기 위해 Korea TM 좌표체계로 변환한 뒤, 토양수분 관측지점이 속한 각 셀의 속성값을 추출하였다. 위성자료와 수집된 자료 및 토양수분자료와의 관계를 분석하기 위하여 입력자료를 다양한 방법으로 구성하여 입력 변수를 생성하였다. 생성된 입력 변수와 ANFIS 모형을 연계하여 각각의 토양수분 산정모형을 구축하고 대상지점에 대한 토양수분을 산정 및 비교 분석하였다.

  • PDF

형질전환 토마토에서 Antisense Polygalacturonase 유전자의 발현 (Expression of Antisense Polygalacturonase Gene in Transgenic Tomato)

  • 김영미;김용환;이성갑;임명호;송경수
    • 식물조직배양학회지
    • /
    • 제22권6호
    • /
    • pp.351-355
    • /
    • 1995
  • 국내 재배종 토마토 서광 품종으로부터 분리한 Polygalacturonase 유전자(PG2)의 3'측 1.1 kb cDNA 단편을 식물 형질전환용 운반체에 antisense 방향으로 삽입한 후 자엽을 이용하여 토마토내 도입하여 형질전환 토마토를 획득하였다. 형질전환 토마토(T$^{0}$ )를 도입시켜 그 종자를 1 mg/mL 농도의 kanamycin 함유 MS 배지에서 발아시켜 분리 집단 중에서 T$_1$9 식물체를 얻었다. T$_1$9의 Genomic Southern blot 분석 결과, antisense PG 유전자 1개가 염색체 내로 삽입되었음을 확인하였고 RNA gel blot 분석으로 endogenous PG mRNA보다 antisense PG RNA가 강하게 발현됨을 확인하였다. T$_1$9 계통 10개체의 성숙 토마토 과피조직내의 PG 효소 활성도 4~60%까지 저해되었다.

  • PDF

염기서열결정과 Line Probe 분석법에 의한 Rifampin내성 결핵균의 rpoB 유전자 분석 (Analysis of rpoB Gene in Rifampin-Resistant M. Tuberculosis by Direct Sequencing and Line Probe Assay)

  • 이민기;김윤성;이효진;전두수;윤상명;박삼석;김철민;박순규
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
    • /
    • 제44권2호
    • /
    • pp.251-263
    • /
    • 1997
  • 연구배경 : 다제내성결핵의 증가는 효과적인 결핵 치료를 어렵게 할 뿐만 아니라 결핵관리 사업에 큰 장애로 대두되고 있다. 따라서 다제내성결핵균의 내성획득 기전에 대한 이해와 조기진단 방법의 개발이 시급한 실정이다. 최근 분자생물학의 발달로 결핵균의 유전학적인 검검출방법은 기존 배양검사의 감수성에 필적하는 수준이며, 더 나아가 1차 약제인 INH와 RMP 등의 핵산 수준에서 내성기전에 대한 최근의 연구 결과는 더욱 새롭고 빠른 감수성 검사의 기틀을 마련할 것으로 생각된다. RMP에 대한 M. tuberculosis의 주 내성기전은 RNA polymerase $\beta$subunit (rpoB)의 돌연변이로 보고되고 있다. 방 법 : 본 실험에서 42예의 결핵균 배양검체 (RMP 내성 32예, 감수성 10예)를 선택하여 rpoB 유전자의 돌연변이를 분석하였다. 역교잡법(reverse hybridization)을 이용한 상용화된 INNO-LiPA Line Probe Assay (LiPA)를 이용하여 돌연변이 양상을 검사하고 직접염기서열 방법으로 분석한 결과와 비교하였다. 결 과 : LiPA에서 RMP 감수성균주는 S띠의 발색이 모두 나타났으며, 내성균주는 모두 R띠의 발색이냐 S띠의 소실이 나타나 내성임을 확인할 수 있었다. 내성균주 32예중 22예(68.8%)는 4개의 R띠중 하나의 소실이 있어 바로 돌연변이 양상을 확인할 수 있었으며 R5(S531L)형이 17예(77.3%)로 제일 많았다. LiPA에서 확인되지 않았던 10예는 직접염기서열 분석법으로 내성양상을 검사한 바, 총 11예와 점돌연변이와 1예의 염기결실을 확인하였다. 이중 S522W와 9염기쌍의 결실은 현재까지 보고된 바 없는 처음으로 보고되는 유형의 돌연변이었다. 결 론 : 한국인의 결핵균에서 RMP 내성의 주 기전은 rpoB 유전자의 돌연변이에 의한 RNA polymerase의 구조 변화에 기인하는 것을 알 수 있었고 직접염기서열 결정법으로 그 양상을 확인하였으며, LiPA법이 RMP 내성의 조기진단에 유용하게 이용될 수 있는 것으로 판단되었다.

  • PDF

Molecular Cloning and Characterization of a recA-like Gene Induced by DNA Damage from a Fluorescent Pseudomonas sp.

  • Ok Bong Kim;Na Young Kim;Jae Hoon Jeong;Si Wouk Kim;Hye Gwang Jeong;Seong Myeong Yoon;Jong Kun Park;Jung Sup Lee
    • Animal cells and systems
    • /
    • 제3권2호
    • /
    • pp.229-236
    • /
    • 1999
  • The recA gene plays a central role in genetic recombination and SOS DNA repair in Escherichia coli (E. coli). We have previously identified a 42 kDa RecA-like protein inducible by a variety of DNA damages from a fluorescent Pseudomonas strain sp. and characterized its inducible kinetics. In the present study, we cloned and characterized the gene encoding the RecA-like protein by immunological screening of Pseudomonas genomic expression library using polyclonal E. coli anti-RecA antibodies as a probe. From 10$^{5}$ plaques screened, five putative clones were finally isolated. Southern blot analysis indicated that four clones had the same DNA inserts and the recA-like gene was located within the 3.2 kb EcoRI fragment of Pseudomonas chromosomal DNA. In addition, the cloned recA-like gene was transcribed into an RNA transcript approximately 1.1 kb in size, as judged by Northern blot analysis. The cellular level of RNA transcript of the cloned recA-like gene was increased to an average of 5.15- fold upon treatment with DNA damaging agents such as ultraviolet (UV)- light, nalidixic acid (NA), methyl methanesulfonate (MMS), and mitomycin-C (MMC). These results suggest that the cloned gene is inducible by DNA damage similarly to the recA gene in E. coli. However, the cloned gene did not restore the DNA damage sensitivity of the E. coli recA-mutant.

  • PDF

FISH Karyotype Analysis of Four Wild Cucurbitaceae Species Using 5S and 45S rDNA Probes and the Emergence of New Polyploids in Trichosanthes kirilowii Maxim

  • Waminal, Nomar Espinosa;Kim, Hyun Hee
    • 원예과학기술지
    • /
    • 제33권6호
    • /
    • pp.869-876
    • /
    • 2015
  • Wild relative species of domesticated crops are useful genetic resources for improving agronomic traits. Cytogenetic investigations based on chromosome composition provide insight into basic genetic and genomic characteristics of a species that can be exploited in a breeding program. Here, we used FISH analysis to characterize the ploidy level, chromosome constitution, and genomic distribution o f 5S and 4 5S r ibosomal DNA (rDNA) in four wild Cucurbitaceae species, namely, Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf. var. citroides L. H. Bailey (2n = 22), Melothria japonica Maxim. (2n = 22), Sicyos angulatus L. (2n = 24), and Trichosanthes kirilowii Maxim. (2n = 66, 88, 110 cytotypes), collected in different areas of Korea. All species were diploids, except for T. kirilowii, which included hexa-, octa-, and decaploid cytotypes (2n = 6x = 66, 8x = 88, and 10x = 110). All species have small metaphase chromosomes in the range of $2-5{\mu}m$. The 45S rDNA signals were localized distally compared to the 5S rDNA. C. lanatus var. citroides and M. japonica showed one and two loci of 45S and 5S rDNA, respectively, with co-localization of rDNA signals in one M. japonica chromosome. S. angulatus showed two co-localized signals of 5S and 45S rDNA loci. The hexaploid T. kirilowii cytotype showed five signals each for 45S and 5S rDNA, with three being co-localized. This is the first report of hexaploid and decaploid cytotypes in T. kirilowii. These results will be useful in future Cucurbitaceae breeding programs.

실습선 나라호의 추진력 상실에 따른 동적위치제어시스템의 성능 분석 (Performance analysis of dynamic positioning system with loss of propulsion power of T/S NARA)

  • 이준호;공경주;정봉규
    • 수산해양기술연구
    • /
    • 제54권2호
    • /
    • pp.181-187
    • /
    • 2018
  • In order for the probe to perform ocean exploration and survey research, it is necessary to adjust the position of the ship as desired by dynamic positioning system. The dynamic positioning system of T/S NARA is applied to K-POS dynamic positioning system of Kongsberg, which makes maintaining the ship's position, changing position and heading control possible. T/S NARA is not capable of dynamic positioning if one or more propulsive forces are lost with DP Level One. However, it is predicted that dynamic positioning can be achieved even at the time of missing one thrust in a good sea condition. Therefore, we want to analyze the effect of each propulsion on the performance of dynamic position system. When one of the bow thruster and azimuth thrusters lost their propulsion, maintaining the ship's position, changing position and heading control performance were compared and analyzed. If the situation occurred disable from using the bow thruster, they can not maintain ship's position. Azimuth thruster was influential for the ship's position control and bow thruster was influential in heading control. The excellent dynamic positioning performance can be achieved, considering the propulsion power that will have a impact on each situation in the future.

흰쥐 조직에 존재하는 Inositol(1,4,5) triphosphate 3-Kinase의 면역학적 특성 (Immunological Gharacterization of Inositol(1,4,5) triphosphate 3-Kinase in Rat Tissues)

  • 김재웅;이서구
    • 한국식품영양학회지
    • /
    • 제6권1호
    • /
    • pp.37-46
    • /
    • 1993
  • Brain, heart, liver, lung, kidney and thymus etc. 12 organs were removed and homogenized from Dawley-Sprague rats after suffocation. After fractionation of the tissue cytosols, enzymatic activities of the key enzymes in metabolic inositol phosphates cycle, PLC, IPSK and Ins(1,4,5) P35-phosphatase, were measured respectively. Hybridoma monoclones producing anti-lP3K murine monoclonal antibodies were obtained by the fusion of SP2/Ag 0-14 and spleen cells of mouse immunized with purified 53KDa IPSK, screening and cloning procedures. 18 cloned hybridoma cells were obtained, background due to nonspecific binding was very low with 10 clones. These Abs were purified from ascitic fluids by using affi-gel 15, and determined subtype of Abs. When immunoreactivities for rat tissues IP3K were exercised by adding the mixed Abs of 19Gl and 19G2b, they showed an overall similarity with noncompetitive inhibition. Brain tissue has high sensitivity for anti-lP3K Ab, whereas heart tissue has very low activity. In kinetic parameters Km value was 1.58 mM and Vmx value was 5.41umol/min/ml, respectively Only one form of 40 KDa IPSK was detected in heart tissues, however rat brain contains at least three immunologically distinct IP3K (53, 51 and 40 KDa) in western blot analysis. Of them 53 KDa protein was major enzyme in enzymatic activity. Northern blot analysis with 32P-labeled CDNA probe which encodes 1.8 Kb IPSK gene was performed. These results suggest that IPSK are regulated at transcriptional level during rat tissue development.

  • PDF

Isolation and characterization of a cDNA encoding a mammalian cathepsin L-like cysteine proteinase from Acanthmoeba healui

  • Hong, Yeon-Chul;Hwang, Mi-Yul;Yun, Ho-Cheol;Yu, Hak-Sun;Kong, Hyun-Hee;Yong, Tai-Soon;Chung, Dong-Il
    • Parasites, Hosts and Diseases
    • /
    • 제40권1호
    • /
    • pp.17-24
    • /
    • 2002
  • We have cloned a cDNA encoding a cysteine proteinase of the Acanthamoeba healui OC-3A strain isolated from the brain of a granulomatous amoebic encephalitis patient. A DNA probe for an A. healui cDNA library screening was amplified by PCR using degenerate oligonucleotide primers designed on the basis of conserved amino acids franking the active sites of cysteine and asparagine residues that are conserved in the eukaryotic cysteine proteinases. Cysteine proteinase gene of A. healui (AhCPI) was composed of 330 amino acids with signal sequence, a proposed pro-domain and a predicted active site made up of the catalytic residues, $Cys^{25},{\;}His^{159},{\;}and{\;}Asn^{175}$. Deduced amino acid sequence analysis indicates that AhCPI belong to ERFNIN subfamily of C 1 peptidases. By Northern blot analysis. no direct correlation was observed between AhCPI mRNA expression and virulence of Acanthamoeba, but the gene was expressed at higher level in amoebae isolated from soil than amoeba from clinical samples. These findings raise the possibility that AhCPI protein may play a role in protein metabolism and digestion of phagocytosed bacteria or host tissue debris rather than in invasion of amoebae into host tissue.