• 제목/요약/키워드: probe level analysis

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$V_H$ Gene Expression and its Regulation on Several Different B Cell Population by using in situ Hybridization technique

  • Jeong, Hyun-Do
    • 한국어병학회지
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    • 제6권2호
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    • pp.111-122
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    • 1993
  • B 세포의 $V_H$ 유전자가 어떠한 기작으로 선택되어지는 지는 현재 명확히 밝혀져 있지 않다. 본 연구에서는 transformation 등의 방법에 의한 편향된 분석결과를 피하고자 in situ hybridization 기법을 이용하여 정상적인 single 세포가 발현한 $V_H$ 유전자를 분석하였다. $V_H$ 유전자간에 나타나는 DNA 배열의 유사성 때문에 in situ 기법에서 가장 중요한 것은 probe 농도와 세척 stringency의 결정이다. LPS-stimulated된 spleen B 세포에 대해서 $C{\mu}$$V_HJ558$ $^{35}S$-RNA probe는 $2{\sim}4{\times}106cpm$/slide의 농도에서 낮은 background와 적정수의 positive 세포를 관찰할 수 있었으며 세척조건으로서는 $54^{\circ}C$에서 40~50%의 formamide를 사용할때 최적이라는 것을 $C{\mu}$, $V_{H}S107$, 그리고 $V_{H}J558$ probe를 이용한 실험에서 결정하였다. 위의 조건하에서 spleen B 세포가 발현한 $V_H$ 유전자를 분석하여 본 결과 각각의 $V_H$ gene family 발현 빈도는 각각의 family 크기에 비례하여 결정된다는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과들은 여러 다른 발달 단계에 있는 bone marrow B 세포에 대해서도 동일한 결과를 보여 주어 어떤 특수 $V_H$ gene family의 발현이 B 세포의 발달단계에 따라 특이하게 변화하는 것은 아니라는 것을 나타내 보여 주었다. 그러므로 $V_H$ 유전자의 이용은 B 세포가 differentiation하는 것과는 무관하게 무작위 적으로 선택되어 진다는 것을 밝혔다.

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Correlation analysis of periodontal tissue dimensions in the esthetic zone using a non-invasive digital method

  • Kim, Yun-Jeong;Park, Ji-Man;Cho, Hyun-Jae;Ku, Young
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제51권2호
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    • pp.88-99
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    • 2021
  • Purpose: Direct intraoral scanning and superimposing methods have recently been applied to measure the dimensions of periodontal tissues. The aim of this study was to analyze various correlations between labial gingival thickness and underlying alveolar bone thickness, as well as clinical parameters among 3 tooth types (central incisors, lateral incisors, and canines) using a digital method. Methods: In 20 periodontally healthy subjects, cone-beam computed tomography images and intraoral scanned files were obtained. Measurements of labial alveolar bone and gingival thickness at the central incisors, lateral incisors, and canines were performed at points 0-5 mm from the alveolar crest on the superimposed images. Clinical parameters including the crown width/crown length ratio, keratinized gingival width, gingival scallop, and transparency of the periodontal probe through the gingival sulcus were examined. Results: Gingival thickness at the alveolar crest level was positively correlated with the thickness of the alveolar bone plate (P<0.05). The central incisors revealed a strong correlation between labial alveolar bone thickness at 1 and 2 mm, respectively, inferior to the alveolar crest and the thickness of the gingiva at the alveolar crest line (G0), whereas G0 and labial bone thickness at every level were positively correlated in the lateral incisors and canines. No significant correlations were found between clinical parameters and hard or soft tissue thickness. Conclusions: Gingival thickness at the alveolar crest level revealed a positive correlation with labial alveolar bone thickness, although this correlation at identical depth levels was not significant. Gingival thickness, at or under the alveolar crest level, was not associated with the clinical parameters of the gingival features, such as the crown form, gingival scallop, or keratinized gingival width.

Nature of a Firm, Degree of Cluster Linkages, and Innovation: A Study of Bengaluru High-tech Manufacturing Cluster

  • Chandrashekar, Deepak
    • Asian Journal of Innovation and Policy
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    • 제7권1호
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    • pp.103-130
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    • 2018
  • It is generally understood that clusters are the promoters of innovation and therefore, the attention of researchers has been increasingly to discern the factors driving innovation among the firms in a cluster, especially in a high-tech cluster. In this study, we identify the variables capturing the nature of a firm that possibly impact the absorptive capacity of a firm and subsequently ascertain their impact on the degree of interactions between a firm, and other firms and associated institutions within and outside a cluster, respectively. Furthermore, we probe the influence of these interactions as a whole on firm-level innovation. The study was carried out in the context of Bengaluru, which houses the densely interconnected network of innovation-intensive high-tech manufacturing firms forming a high-tech manufacturing cluster. Data were drawn from 101 high-tech manufacturing firms belonging to electronics, machine tools, electrical and pharmaceutical industries. Based on the cluster analysis and subsequent graphical analysis on each of the three profiled clusters, it was found that size and origin of a firm have significant impact on the degree of firm's interactions. In turn, higher dynamism of firms in terms of degree of interactions led to higher innovation performance.

Cloning, DNA Sequence Determination, and Analysis of Growth-Associated Expression of the sodF Gene Coding for Fe- and Zn-Containing Superoxide Dismutase of Streptomyces griseus

  • Kim, Ju-Sim;Lee, Jeong-Kug
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제10권5호
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    • pp.700-706
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    • 2000
  • Iron- and zinc-containing superoxide dismutase (FeZnSOD) and nickel-containing superoxide dismutase (NiSOD) are cytoplamic enzymes in Streptomyces griseus. The sodF gene coding for FeZnSOD was cloned from genomic Southern hybridization analysis with a 0.5-kb DNA probe, which was PCR-amplified with facing primers corresponding to the N-terminal amino acid of the purified FeZnSOD of S. griseus and a C-terminal region which is conserved among bacterial FeSODs and MnSODs. The sodF open reading frame (ORF) was comprised of 213 amino acid (22,430 Da), and the deduced sequence of the protein was highly homologous (86% identity) to that of FeZnSOD of Streptomyces coelicolor. The FeZnSOD expression of exponentially growing S. griseus cell was approximately doubled as the cell growth reached the early stationary phase. The growth-associated expression of FeZnSOD was mainly controlled at the transcriptional level, and the regulation was exerted through the 110 bp regulatory DNA upstream from the ATG initiation codon of the sodF gene.

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토양에서 분리된 Xanthomonas sp.의 Chitinase 유전자 cloning과 E.coli에서의 발현 (Cloning of a Chitinase Gene of Xanthomonas sp. Isolated from Soil and its Expression in E. coli.)

  • 김호상;성기영;은무영;황철원
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제41권2호
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    • pp.125-129
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    • 1998
  • 한국 토양에서 분리된 Xanthomonas sp.는 Candida albicans에 대한 용균성을 나타내며 분비효소로서 chitinase를 분비하는 것으로 사료되었다. 특히 chitinase활성은 chitin배지에서 배양했을 때 3일 배양에서 최대치를 나타내었다. 이러한 특성이 있는 Xanthomonas의 chitinase 유전자를 cloning하기 위하여 cosmid vector를 이용한 genomic library를 작성하였으며, 다른 박테리아 chitinase 유전자와 homology를 가진 지역의 DNA sequence를 oligonucleotide로 합성하여 probe로 사용한 결과 4개의 독립된 positive clone을 cloning 하였다. 이중 pXCHl(1.2 kb insert) 이라고 명명한 clone에 대해 해석한 결과 이 크론의 전사산물은 chitin 배지에서만 유도됨을 확인하였으며 대장균 발현 vector를 이용한 이 유전자의 대장균에서의 발현에 대한 실험의 결과 약 35 kDa의 단백질을 생산하는 것으로 확인하였다. 또한 이 산물의 chitinase활성을 측정한 결과 유전자가 포함되지 않은 산물에 비해 약 10배의 활성을 나타내어 이 유전자를 Xanthomonas sp.의 chitinase유전자임을 증명하였다.

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Bacillus subtilis dgk (diacylglycerol kinase) 유전자의 생리적 자극에 의한 유도발현 (Expression Patterns of Bacillus subtilis Diacylglycerol Kinase Gene Induced by Physiological Stimuli)

  • Lee, Mi-Young;Suh, Seok-Jong;Lee, Jin-Hyung;Song, Bang-Ho;Kim, Jong-Cuk
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.15-20
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    • 2002
  • Diacylglycerol Kinase (DGK)는 E. coli 및 진핵세포에서의 신호전달에 관여하며, 또한 미생물에서 생리적 자극에 따라 다른 발현 양상을 보이는 것으로 밝혀져 있다. Bacillus subtilis에서 이 유전자에 대한 환경에서의 자극 신호들, 즉 pH 변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 따른 발현양상을 연구하였다. 이미 동정된 dgk locus의 KpnI-HindIII의 0.45 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 Dot blot, Northern blot analysis를 통해 발현량을 조사해 본 결과 dgk 유전자는 pH변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 대응하여 발현되는 유전자임을 알 수 있었다. 특히 낮은 pH, 고 삼투압, 및 저온에서 dgk 유전자의 발현량이 많아짐을 확인 할 수 있었다. Northern hybridization에서 약 2.5kb의 mRNA가 관찰되었다. dgk gene의 ORF size는 약 0.4 kb로 관찰된 transcript size와는 일치하지 않았다. 따라서 Streptococcus mutans의 dgk gene과 마찬가지로 B. subtilis의 dgk 유전자도 polycistronic mRNA로 발현되는 것을 추정할 수 있었으며, 염색체상의 dgk gene에서 상류의 ORF2까지의 크기가 약 2.5 kb로 관찰된 mRNA size와 동일하였다. dgk gene 상류의 ORF2영역의 0.6 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 northern blot hybridization을 수행한 결과, 2.5 kb의 mRNA가 관찰되었으며 발현되는 형태도 dgk probe를 이용한 결과와 동일하였다. 따라서 dgk gene은 상류부위의 ORF2 gene과 operon을 형성하여 polycistronic mRNA로 전사되는 것으로 판단된다.

CNG 레벨계측을 위한 Matching layer의 성능분석 (Performance Analysis of Matching Layer for Level Measurement in CNG)

  • 이홍윤;김권세;최두석
    • 한국융합학회논문지
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    • 제9권4호
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    • pp.143-150
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    • 2018
  • 본 연구는 기체연료레벨 값에 대한 정밀도를 측정하기 위하여 초음파의 음향매칭에 관한 실험적인 분석을 수행한 것이다. 연구 모델은 송신과 수신에너지를 결정시키는 세라믹 어세이 (Ceramic Assay)의 구성요소에 의하여 설계되었다. 실험 장치로는 12V-DC 전원공급장치, Control T1 Board, 오실로스코프 (DSO1072B), 초음파 프로브 그리고 패턴테이블 (Pattern T)able이 사용되었다. 불감지영역에 대한 분석결과 최대피크지점인 2.9V의 시작점을 기준으로 D (0.180m) < E (0.184m) < B (0.204m) < A (0.234m) < F (0.244m) < C (0.247m) 모델 순으로 점차적으로 불감지폭이 증가되는 특성을 확인할 수 있었다. 실험결과로부터 매칭레이어 (Matching Layer)의 치수가 Ø21*3+2t로 설계된 모델에서 가장 우수한 지향성 에너지를 생성할 수 있었다.

구기자나무(Lycium chinense Mill.)로의 rolC유전자 도입에 미치는 요인 (Factors Affecting Introduction of rolC Gene in Lycium chinense Mill.)

  • 박용구;최명석;김병원;정원일;노광수
    • 식물조직배양학회지
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    • 제22권6호
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    • pp.329-334
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    • 1995
  • 효과적인 형질전환 시스템을 이용하여 왜화유전자인 rolC 유전자를 구기자나무로의 형질전환 시스템을 확립하였다. 침으로 자극된 엽절편을 2.0 mg/L zeatin이 함유된 3/2 MS배지에 배양하였을 때 엽표면으로부터 줄기재분화가 되었다. 그러나 여러 농도의 kanamycin sulfate와 2.0 mg/L Aeatin이 함유된 배지에 엽절편을 배양하였을 때는 kanamycin sulfate의 농도가 증가할수록 줄기 유발수가 감소하는 것을 볼 수 있었으며, 적정선발농도는 10 mg/L이었다. 엽절편은 공동배양 시간에 따라서 생존율과 줄기재분화에 매우 큰 영향을 미쳤다. 엽절편의 생존율은 dipping할 경우가 가장 좋았으며, 배양시간이 길수록 엽절편의 백색화가 관찰되었고, 생존율이 급격히 감소하는 것을 볼 수 있었다. 줄기재분확에 가장 적합한 공동배양 시간은 24시간으로 나타났다. 공시균주와 24시간 동안 공동배양한 엽절편을 10mg/L의 kanamycin sulfate와 2.0 mg/L zeatin이 함유된 줄기 유도배지에 배양한 결과, 105개의 엽절편 중 80개의 엽절편이 생존하였으며, 그 중에서 15개의 재분화된 줄기를 얻었다. 재분화된 줄기들은 형질전환여부를 판명하기 위해 1차적으로 10 mg/L kanamycin sulfate가 함유된 배지에 옮겨 4 주간 배양한 결과, 항생제에 대해서 저항성을 가진 5개의 식물체를 선발할 수 있었다. 2차적으로 rolC유전자와 NPTII 유전자 도입의 유무를 검증하기 위하여 Southern 분석을 행한 결과, 구기자의 형질전환 식물체에서 rolC 유전자 probe의 coding sequence와 동일한 것으로 생각되는 1kb위치와 NPTII probe의 coding sequence와 동일한 것으로 생각되는 2.6kb 위치에서 각각의 밴드를 확인할 수 있었다.

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감자로부터 Eukaryotic Translation Initiation Factor 5A (elF-5A) 유전자의 동정 및 발현 분석 (Isolation and Characterization of Eukaryotic Translation Initiation Factor 5A (eIF-5A) from Potato)

  • 인준교;신동호;최관삼;양덕춘
    • 식물조직배양학회지
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    • 제28권5호
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    • pp.283-287
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    • 2001
  • 감자 (Solanum tuberosum L. cv. Irish Cobbler)의 괴경형성과정 (tuberization) 동안에 발현하는 유전자들의 발현양상을 조사하고자 differential display법을 실시하였다. Differential display를 이용하여 분리된 eIF5A DNA단편을 probe로 사용하여 감자의 cDNA library screening을 통하여 eIF5A full-length cDNA를 감자에서 처음으로 분리하였다. 감자의 eIF5A, clone은 토마토의 eIF5A cDNA 염기서열과 94.8%. 아미노산 서열에서는 97.5%로 매우 높은 유사성을 나타내었다. 감자의 eIF5A 유전자는 길이가 716 bp로 하나의 단백질 code영역 (ORF)을 포함하고 있었다. 이 영역은 분자량 17.4 kD, pI 5.5로 추정되는 160개의 아미노산으로 구성된 eIF5A단백질을 code하고 있었다. eIF5A 단백질들에서 12개의 아미노산 서열 (STSKTGKHGHAK)은 효모에서 사람에 이르기까지 완벽하게 보존되어 있는 것으로 알려져 있는데, 감자에서도 또한 잘 보존되어 있었다. 이 영역은 eIF5A 단백질의 활성을 나타내는 데 있어서 필수적인 hypusine을 생성하는 전사 후 수식 부위가 들어 있는 아주 중요한 곳이다. 감자에서 eIF5A 유전자의 발현양상을 조사한 결과 감자의 전조직에서 발현을 보였는데, 성숙잎이나 괴경보다는 세포분열 및 물질축적이 활발히 일어나고 있는 꽃기관들 (stamen, ovary, petal. sepal), 과실 (fruit)과 stolen 등의 조직들에서 비교적 활발히 발현되고 있었다.

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Random PWM 기법을 이용한 전도노이즈 저감 (A study on the Conducted Noise Reduction in Random PWM)

  • 정동효
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2006년도 학술대회 논문집 전문대학교육위원
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    • pp.154-158
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    • 2006
  • The switching-mode power converter has been widely used because of its features of high efficiency and small weight and size. These features are brought by the ON-OFF operation of semiconductor switching devices. However, this switching operation causes the surge and EMI(Electromagnetic Interference) which deteriorate the reliability of the converter themselves and entire electronic systems. This problem on the surge and noise is one of the most serious difficulties in AC-to-DC converter. Random Pulse Width Modulation (RPWM) is peformed by adding a random perturbation to switching instant while output-voltage regulation of converter is performed. RPWM method for reducing conducted EMI in single switch three phase discontinuous conduction mode boost converter is presented. The more white noise is injected, the more conducted EMI is reduced. But output-voltage is not sufficiently regulated. This is the reason why carrier frequency selection topology is proposed. In the case of carrier frequency selection, output-voltage of steady state and transient state is fully regulated. A RPWM control method was proposed in order to smooth the switching noise spectrum and reduce it's level. Experimental results are verified by converter operating at 300v/1kW with $5%{\sim}30%$ white noise input. Spectrum analysis is performed on the Phase current and the CM noise voltage. The former is measured with Current Probe and the latter is achieved with LISN, which are connected to the spectrum analyzer respectively.

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