In eukaryote, THO/TREX complex plays a critical role in transcriptional elongation, pre-mRNA processing, and nuclear mRNA export. This complex is evolutionally well- conserved, but there are some differences in composition and function according to organisms. Here we showed that spTex1, a component of THO/TREX complex, is not essential for growth and mRNA export in a fission yeast, Schizosaccharomyces pombe, which is more similar to higher eukaryote than budding yeast. Deletion and overexpression of the spTex1 gene do not lead to any detectable growth phenotype and accumulation of poly(A)+ RNA in the nucleus. And the spTex1-GFP protein is localized mainly in the nucleus. Yeast two-hybrid and Co-immunoprecipitation analysis showed that the spTex1 protein interacted with spHpr1 (THOC1) and spTho2 (THOC2), main subunits of THO complex. We conclude that the S. pombe Tex1 is a component of THO/TREX complex, but does not plays important roles in growth and bulk mRNA export from the nucleus.
Full length complementary DNA encoding apolipoprotein A-I (apoA-I) was isolated and characterized in mud loach (Misgurnus mizolepis). Mud loach apoA-I cDNA encoding 24 bp of 5'-untranslated region (UTR), 762 bp of single open reading frame (ORF) consists of 254 amino acids and 293 bp of 3'-UTR excluding stop codon and poly (A+) tail. Two overlapping polyadenylation signals (AATAAAATAAA) was found 9 bp prior to the poly (A+) tail. Mud loach apoA-I represented considerable homology to those from other teleost species at amino acid level with conserving common features of vertebrate apoA-I. Molecular phylogenetic analysis inferred the phylogenetic hypothesis that was generally in accordance with the previous taxonomic relationship. Apolipoprotein A-I mRNA was detected in various tissues, but the mRNA levels were quite varied depending on tissues based on semi-quantitative RT-PCR. Liver and brain showed the significantly higher levels of apoA-I transcripts than other tissues. mRNA expression of apoA-I was quite low in very early stage of embryonic development, however dramatically enhanced from 8 hours post fertilization. This increased mRNA level was retained consistently up to 14 days post hatching.
Viral diseases cause enormous economic losses to the olive flounder (Paralichthys olivaceus) aquaculture industry in Korea. This study aimed to identify immune-related genes expressed in the kidney of olive flounder injected with Polyinosinic-polycytidylic acid (Poly (I:C)). Thirty fish were divided into two groups by intraperitoneal injection of 100µl of diethylpyrocarbonate-treated water or poly I:C per fish. Kidney tissues at day 3 and 30 after the injection were used for RNA-seq analysis to identify differentially expressed genes (DEGs). Poly I:C group upregulated il8, cfh, tnfaip2b, c3b.2, ly6d and cd38 genes at 3 days post-injection. Additionally, cd22, ccl34a.3, c9, cxcl19, ccl27a, ccl7, and cfh genes were upregulated at 30 days post-injection. Differential expression gene analysis showed that poly I:C has both short and long-term immune effects in olive flounder. This study provides a theoretical basis for understanding the molecular mechanism of the short and long-term immune effects of poly I:C.
Potyvirus group is the largest group among plant virus groups and damages severely plant hosts upon infectiQn. In order to investigate the mechanism by which potyviruses induce disease in plants, a cDNA clone 29-6 which is cOIlsidered to be a cDNA clone for garlic mosaic virus (GMV) was isolated. It did not hybridize to garlic latent virus genome, which is one of two major garlic viruses. Northern blot analysis shows that the genome size of garlic mosaic virus was about 9 kb. Clone 29-6 strongly hybridizes to poly(A) RNA isolated from garlic leaves, suggesting that GMV RNA is polyadenylated as other potyviruses. Nucleotide sequence analysis of cDNA clones overlapping with clone 29-6 showed that garlic plants are infected with various strains of garlic mosaic virus which are closely related to each other. other.
As an attempt to preserve resources in marine biological organisms, we first constructed a cDNA library from the red alga Porphyra yezoensis. The library construction method from P. yezoensis consists of three steps; those include protoplast presparation, RNA isolation, and phage library construction. Protoplast was prepared in order to remove much of the carbohydrate compounds which are characteristics of algal cell walls. Carbohydrate contamination in the purified RNA may inhibit further enzyme reactions, those carbohydrates should be removed. RNA samples prepared from protoplast still seemed to contain residual amount of carbohydrate because mRNA isolation with conventional method failed. We therefore developed a method with Poly ATtract mRNA isolation system. The constructed phage library was tested by analyzing cDNA insert in phage vector from randomly picked ten independent white plagues. All of the phages contained cDNA inserts with sizes ranging 0.5kb and 2.0kb.
Woo, Soo Ji;Jang, Hee Young;Lee, Hyung Ho;Chung, Joon Ki
Fisheries and Aquatic Sciences
/
v.19
no.4
/
pp.18.1-18.10
/
2016
In this study, to clarify the function of $PoPLC-{\beta}1$, in response to stress challenge, we examined the $PoPLC-{\beta}1$ expression pattern in response to external stress (pathogen-associated molecular pathogen challenge and environmental challenge including temperature and salinity). $PoPLC-{\beta}1$ expression analysis of tissue from olive flounder showed that the messenger RNA (mRNA) was predominantly expressed in the brain, heart, eye, liver, spleen, and stomach. We also tested the mRNA expression of the $PoPLC-{\beta}1$ in the spleen and kidney of olive flounder by RT-PCR and real-time PCR following stimulation with lipopolysaccharide (LPS), concanavalin A (ConA), or polyinosinic:polycytidylic acid (PolyI:C) and compared with the inflammatory cytokines IL-1b and IL-6 in the stimulated flounder tissues. Each of the spleen and kidney and mRNA transcripts of $PoPLC-{\beta}1$ were increased 30- and 10-fold than normal tissue at 1-6 h post injection (HPI) with PolyI:C when the expression of $PoPLC-{\beta}1$ transcript was similar to LPS and ConA. We also tested the expression of $PoPLC-{\beta}1$ in response to temperature and salinity stress. The expression of $PoPLC-{\beta}1$ also was affected by temperature and salinity stress. Our results provide clear evidence that the olive flounder $PLC-{\beta}1$ signal pathways may play a critical role in immune function at the cellular level and in inflammation reactions. In addition, $PLC-{\beta}1$ appears to act as an oxidative-stress suppressor to prevent cell damage in fish.
Chaudhuri, A.;Roy, G.C.;Krishnan, N.;Sengupta, A.K.;Sen, S.K.;Saratchandra, B.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.2
no.2
/
pp.129-132
/
2001
Biometabolic assessment was made in early and late embryonic stage (just before hatching) of one poly, one bi and their hybrids (DP, YPe, DP ${\times} Ype, and YPe ${\times} DP respectively ) of Bombyx mori to observe the racial differences. Protein and nucleic acid (RNA and DNA) concentrations were recorded to be significantly higher in bivoltine breed (YPe) and also in the hybrid than the polyvoltine (DP) strain in both the stages of embryonic development. The single egg weight of polyvoltine race was lower as compared to that of bivoltine and the hybrid studied. Age specific changes in all the biomolecules were evident where protein and RNA concentrations were elevated sharply in prehatched larvae while in case of DNA it was observed to be just reverse. The differences in protein, RNA and DNA composition between breeds and hybrids reflect the racial variations in biometabolic demands responsible for differential growth and development of the breeds and hybrids.
Proceedings of the Korean Society of Plant Pathology Conference
/
1994.06a
/
pp.86-102
/
1994
To understand the molecular structure and pathogenesis mechanism of Korean garlic viruses, we have isolate cDNA clones for garlic viruses. The partial nucleotide sequences of 24 cDNA clones were determined and that of six clones containing poly (A) tail were compared with those of other plant viruses. One of those clones, V9 has 81.8% similarity in nucleotide sequence and 93.0% in deduced amino acid sequence, respectively, to the coat protein gene for garlic mosaic virus (GMV). Northern blot analysis with the clone V9 demonstrated that the genome of GMV is 7.8 kb long and has poly (A) tail. The anti-coat protein antibody for GMV recognizes 35 kDa polypeptide which could be the coat protein of GMV from infected garlic leaf extract or virus preparation. Clone G7 has about 62% of deduced amino acid sequence identity with the members of potyvirus group. Northern blot analysis with the clone G7 demonstrated that the genome of the potyvirus I garlic is 9.0 kb long and has poly (A) tail. The third clone, S81, shows 42% amino acid identity to the potexvirus. The other clones are under the characterization. To test the possibility of producing garlic virus resistant plant, we have designed a hairpin type ribozyme to cleave V9 RNA at the middle of the coat protein gene. From the cleavage reactions in vitro with two different sizes of RNA substrates, V9SUB (144 nucleotides) and V9 RNA (1,361 nucleotides), the ribozyme can cleave V9 sequence effectively at the predicted site. To study the activity of the ribozyme in vivo, plant transformation is in progress. Further possibilities to produce garlic virus resistant plant will be discussed.
Ornithine decarboxylase is the first and rate limiting enzyme in the biosynthesis of polyamines in mammalian cells. During cell growth the enzyme is regulated by rapid changes in the level of its mRNA and protein. To explore the molecular basis of these changes, ODC-specific complementary DNA (cDNA) clones were isolated from a bovine cDNA library. This region of the cDNA contained a portion of the open reading frame, a 3'noncoding region, and a poly-A tail of 456, 348, and 14 nucleotides, respectively. A comparison of the deduced sequence of the carboxyl terminal 151 amino acids of ODC with amino acid sequences in the same region of the enzyme from human, mouse, rat, and hamster showed greater than 88% identity in these proteins. The highly conserved nature of the amino acid sequences may be related to the important role of ODC in cell growth and differentiation.
Poly(A) polymerase (PAP) play an essential role for maturation of mRNA by adding the adenylate residues at the 3' end. PAP functions are regulated through protein-protein interaction at its C-terminal region. In this study, cyclophilin A (CypA), a member of the peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family, was identified as a partner protein interacting with the C-terminal region PAP. The interaction between PAP and CypA was inhibited by the immunosuppressive drug cyclosporine A. Deletion analysis revealed that the N-terminal 56 residues of CypA are sufficient for the interaction with PAP. Interestingly, we observed that PAP and CypA colocalize in the nucleus during SDF-1-induced chemotaxis, implying that CypA could be involved in the regulation of polyadenylation by PAP in the chemotactic cells.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.