For the phylogenetic study of the genus Trichaptum, nuclear ribosomal DNA sequences from eight strains of four Trichaptium species were examined. Phylogenetic trees were constructed using molecular data on 18 rDNA and 5.8S rDNA and thei ITSs. Parsimony analyses of the Trichaptum species showed that T. biforme and T. laricinum made a monophyletic group respectively, suggesting that each species is phylogenetically independent. However, T. abietum represented a polyphyletic group and T. fusco-violaceum formed a polytomous group, suggesting that these species could be in the process of evolutionary differentiation. Examination of base substitutions of the 18S rRNA gene reveals that the C-T transition is most predominant and that there is a stronger transition bias between closely related organisms rather than between distantly related ones.
In this study the length of ITS2 from four species of the Ulvaceae in Jeju Island varied between 167 and 203 bp. The resuits of this investigation showed that two genus, Ulva and Enteromorpha are grouped in a monophyletic assemblage with 100% bootstrap support in all phylogenetic trees. However, a thorough eamination of these characters from representatives does not provided a way to identify any unique morphological features of clasdes in this tree. This study reveals that Ulva conglobata and Ulva pertusa belong to one clade in the phylogenetic tree with the samples from Jeju Island, Korea.
Mankyua chejuense is the only member of the monotypic genus Mankyua (Ophioglossaceae) and is endemic to Jejudo Island, Korea. To determine the precise phylogenetic position of M. chejuense, two cpDNA regions of 42 accessions representing major members of lycophytes are obtained from GenBank and analyzed using three phylogenetic analyses (maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian inference). In addition, the divergence time is estimated based on a relaxed molecular clock using four fossil calibration points. The phylogenetic position of Mankyua still appears to be uncertain, representing either the earliest diverged lineage within Ophioglossaceae or a sister to the clade containing Ophioglossum and Helminthostachys. The most recent common ancestor of Ophioglossaceae and its sister lineage, Psilotum, was estimated to be 256 Ma, while the earliest divergence of Mankyua was estimated to be 195 Ma in the early Jurassic.
Kim, Keun-Yong;Kim, Young-Soo;Hwang, Choul-Hee;Lee, Chang-Kyu;Lim, Wol-Ae;Kim, Chang-Hoon
ALGAE
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v.21
no.3
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pp.283-286
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2006
This study carried out phylogenetic analysis of dinoflagellate Gonyaulax polygramma which was responsible for a harmful algal bloom episode in Korea in 2004. Molecular phylogenetic tree inferred from the partial LSU rDNA data showed that G. polygramma came up among the monophyletic Gonyaulax clade, but did not have apparent genetic affiliation to other Gonyaulax species. This result appears to be consistent with characteristic morphological features of G. polygramma such as epitheca sharply tapering to the apex and thecal plates ornamented with numerous longitudinal striations.
To infer phylogenetic relationships between species of Trichaptum (Polyporaceae), RFLP analyses of PCR-amplified DNAs were accomplished. Regions coding for ITSs of nuclear SSU rRNA genes and for mitochondrial SSU rRNA genes from thirteen strains of four Trichaptum species (T. abietinum, T. biforme, T. fusco-violaceum, and T. laricinum) were amplified and digested with eight restriction enzymes. All the fragmentation patterns were characterized and coded as 0/1 for the absence/presence of fragments. A phylogenetic tree based on the combined data sets was constructed using the Dollo parsimony method. While every two strains of T. abietinum, T. biforme, T. fusco-violaceum, and T. laricinum formed an independent group, the other strains of T. abietimum and T. fusco-violaceum made mixed groupings among compared strains. It is inferred that T. abietinum and T. fusco-violaceum have more variations, possibly geographic or physiological ones, than other species in the genus.
Eight strains of Trichaptun (Polyporaceae), two strains from each species of T. abietinum, T. biforme, T. fusco-violaceum, and T. laricinum were examined to see their phylogenetic relationship by digesting mitochondrial DNAs with EcoRV, Hind III, XbaI, and PstI, and then analyzing fragmentation patterns with the methods of Nei and Li. T. abietinum, T. biforme, and T. laricinum developed an independent phylogenetic lineage, respectively, but T. fusco-violaceum FP-133997-sp showed a close relationship with two strains of T. bioforme, and T. fusco-violaceum HHB-4016-sp barely grouped with those of T. laricinum. Based on the results of the RFLP analysis of mtDNA, it is concluded that T. fusco-violaceum is under way to differentiation into two different subgroups.
Venturia nashicola is a fungal pathogen causing scab disease in Asian pears. It is particularly important in the Northeast Asia region where Asian pears are intensively grown. Venturia nashicola causes disease in Asian pear but not in European pear. Due to the highly restricted host range of Venturia nashicola, it is hypothesized that the small secreted proteins deployed by the pathogen are responsible for the host determination. Here we report the whole genome based phylogenetic analysis and predicted secretomes for V. nashicola isolates. We believe that our data will provide a valuable information for further validation and functional characterization of host determinants in V. nashicola.
The region containing 18S rRNA gene, ITS 1 and part of the 5.8S rRNA gene of the Atractylodes japonica Koidz was amplified by PCR and the product cloned in a pBluescript SK II plasmid. DNA sequence of the cloned DNA was determined and submitted to the GenBank (accession number EU678363). Phylogenetic analysis of the ITS 1 DNA showed close similarity with the other plant species of the family Compositae. The extract of the plant materials of five different members of the family Compositae was analyzed by HPLC to detect atractylon. Extract of the A. japonica Koidz showed presence of significant amount of atractylon. However, noticeable amount of atractylon was not detected by the same analyses from the extracts of the other plants belonging to the family Compositae including Artemisia capillaris, Chrysantemum zawadskii, Eclipta prostrata or Taraxacum platycarpum.
Journal of The Korean Society of Grassland and Forage Science
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v.18
no.1
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pp.35-42
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1998
Eleven Italian ryegrass cultivars were examined for their genetic polymorphisms and phylogenetic relationships using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. In RAPD analysis of 34 random primers, 96 of total 162 bands obtained from 16 primers were polymorphic and sizes of polymorphic band ranged between 0.5 and 1.5kb. Number of bands amplified per primer was varied from 3 to 16 and average number was 14.8. Phylogenetic relationship among cultivars based on the RAPD analysis was examined using UPGMA computer program. In pairwise genetic similarity test of 11 Italian ryegrass cultivars, Grazer and Orlando showed highest coefficient of genetic similarity as 0.740, whereas Marshall and Orlando was lowest as 0.438. Eleven Italian ryegrass cultivars were grouped into 3 major clusters and genetic distance of clusters ranged between 0.567 and 0.646, indicating low level of genetic variation.
Sequences of ribosomal internal transcribed spaces (ITS) obtained from two Antrobia species and two related species were compared to investigate intrageneric and intergeneric phylogenetic relationships of Antrodia. The results showed that Antrodia species causing a brown rot in wood did not form a monophyletic clade and were separated into three distinct groups. Antrodia gossypina and A. vaillantii formed a clade having rhizomorphs as a homologous character. Antrodia serialis, A. sinuosa, and A. malicola formed a group together with Daedalea, Fomitopsis, and Postia species with brown rot habit. Antrodia xantha with a trimitic hyphal system and amyloid skeletal hyphae formed another distinct clade form other Antrodia species. The Antrodia species were separated from white rot genera such as Antrodiella, Diplomitoporus, Junghuhnia, and Steccherinum, indicating the phylogenetic importance of the rot type in the classification of the Polyporaceae.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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