• Genomics & Informatics
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• 제7권4호
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• pp.217-219
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• 2009

The primary clue for locating protein-coding regions is the open reading frame and the determination of ORFs (Open Reading Frames) is the first step toward the gene prediction, especially for prokaryotes. In this respect, we have developed a web-based ORF search tool called ORF Miner. The ORF Miner is a graphical analysis utility which determines all possible open reading frames of a selectable minimum size in an input sequence. This tool identifies all open reading frames using alternative genetic codes as well as the standard one and reports a list of ORFs with corresponding deduced amino acid sequences. The ORF Miner can be employed for sequence annotation and give a crucial clue to determination of actual protein-coding regions.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.37-41
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• 2001

Pleurotus ostreatus에서는 10.2 kb와 7.2 kb의 미토콘드리아 선상 플라스미드 DNA가 존재함이 발견되었다. 이 플라스미드 DNA의 양쪽 5'말단에는 단백질이 공유 결합되어있다고 알려져 있다. 최근에 P.ostreatus의 10.2 kb 미토콘드리아 선상 플라스미드 DNA를 다른 곰팡이의 선상 플라스미드 DNA에 존재하는 open reading frame(ORF)와 비교 분석하여 Podospora anserina의 플라스미드 pAL2의 DNA polymerase 및 RNA polymerase 암호부위와 유사성이 있음이 확인되었다. 본 연구에서는 7.2 kb선상 DNA를 HindIII잘라서 얻은 2조각의 절편(4.7 kb, 2.3 kb)을 클로닝하고 염기 서열을 분석하였다. 클로닝된 7 kb 절편에는 3개의 ORF,즉 ORF1(2982 bp, 993 amino acids), ORF2(2703 bp, 900 amino acids), ORF3(771 bp, 256 amino acids)가 존재함을 확인하였다 또한, 이들의 ORF를 분석한 결과, DNA polymerase와 RNA polymerase 암호부위와 유사성 이 있음을 확인하였다.

• Journal of Plant Biology
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• 제32권2호
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• pp.67-78
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• 1989

Hybridization of DNA isolated from leaves of Russet Burbank potato with tomato cDNA as a probe revealed the presence of about ten inhibitor 1 genes in the genome. Screening of a genomic library of Russet Burbank potato resulted in isolation of seven different genomic clones carrying inhibitor I genes. One of the genomic clones, clone 2, contained two EcoRI fragments of 3.4 and 1.8 kb in size, respectively, which were hybridized with the probe. The nucleotide sequence of parts of the hybridizing EcoRI fragments revealed that they contain a complete gene which codes for an open reading frame of 107 amino acids. It is interrupted by two intervening sequences of 502 and 493 bp, situated at the positions of codons 17 and 43, respectively, of the open reading frame. Putative regulatory sequences, TATAAA and CCACT, were found at the 5' flanking region. In addition, a copy of a 100 bp repeat found at a tomato inhibitor I gene was identified.

• 한국양식학회지
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• 제11권3호
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• pp.327-335
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• 1998

본 연구는 PCR을 이용하여 brook trout의 성장호르몬 cDNA를 증폭시켰다. 증폭된 brook trout의 성장호르몬 cDNA의 전 염기서열은 1,120bp로 13bp의 5'uncoding region과 477bp의 3'uncoding region 그리고 630bp로 coding되는 210 아미노산 잔기가 open reading frame(ORF)을 구성하고 있음을 알았다, 또한, ORF의 아미노산 배열로부터 22개의 아미노산으로 이루어진 signal peptide 그리고 4개의 cysteine 잔기로부터 2개의 disulfide bond 결합을 하고있었으며, 이는 성장호르몬 단백질이 종을 초월하여 2개의 disulfide bond 결합으로 이루어진 고치구조를 형성하고 있는 것이 시사되었다. 그리고 Atlantic salmon과 97.1%, chum salmon과 94.8%, rainbow trout와 94.3%, coho salmon과 91.9%, tuna와 66.2%, tilapia와 63.5%, yellow tail과 62.9%, carp와 62.3%, flounder와 53.8%, eel과 48.1%의 아미노산 상동성을 나타냈다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제15권2호
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• pp.131-135
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• 2007

Open reading frame 4 of Bombyx mori nucleopolyhedrovirus (BmNPV), designated as Bm4, is a gene whose function is completely unknown. With the recently developed BmNPV bacmid and a modified pFastBac1 whose polyhedrin promoter was replaced with ie1 promoter, a recombinant bacmid expressing Bm4-EGFP fusion protein under the control of ie1 promoter in BmN cells was successfully constructed. The result not only showed that the polyhedrin promoter can be replaced efficiently with other promoters to direct the expression of foreign gene in BmN cells by using Bac-to-Bac/BmNPV baculovirus expression system but also laid the foundation for rescue experiment of Bm4 deletion mutant due to the ability of ie1 promoter to direct gene expression throughout the infection cycle.

• Applied Biological Chemistry
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• 제39권6호
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• pp.472-476
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• 1996

P.putida NCIMB 9869와 P. putida NCIMB 9866의 분해 plasmid pRA 4000과 pRA500으로부터 p-cresol mothylhydroxylase(PCMH)의 flavoprotein(pchF) 및 cytochrome(pCHC) subunit의 구조유전자를 sequencing하였다. 이 두개의 유전자의 DNA 및 아미노산의 염기 서열은 이미 발표를 하였다. 이 두 개의 유전자 이외에도 aldehyde dehydrogenase 유전자가 확인되었다. 이 aldehyde dehydrogenase는 p-hydroxybezaldehyde를 p-hydroxybenzonate로 전환시키는데 p-hydroxybezaldehyde는 P-cresol의 PCMH에 의한 분해 산물이다. 그 외에도 P. putida 9869의 protocatechuate 3,4-dioxigenase의 alpha(pcaG) 및 beta(pcaH) subunit 가 확인되었다. 반면에 P. putida 9866는 상응하는 영역에 이 유전자들을 가지고 있지 않았다(protocatechuate는 p-hydroxyben-zonate hydroxylase에 의해 p-hydroxybenzonate로부터 생성된다). pchC와 pchF사이에 open reading frame이 존재하며 9866로 부터는 추가로 다른 하나의 open reading frame (ORF')가 존재한다. 9869과 9866의 유전자 구조는 각각 dhal-pchC-ORF-pchF-pcaGH과 ORF'-dhal-pchC-ORF-pchF다.

• 한국균학회지
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• 제28권1호
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• pp.26-31
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• 2000

팽이버섯의 자실체형성 과정에 특이적으로 발현하는 FVFD16과 FVFD30 유전자의 genomic 클론을 단리하여 염기서열을 분석하였다. FVFD16은 Open Reading Frame(ORF)내에 2개의 intron이 관찰되었고, FVFD30 유전자에서는 4개의 intron이 관찰되었다. 또한 intron의 특징적인 염기서열인 GT/AG의 rule과도 일치하고 있음이 밝혀졌다. FVFD16과 FVFD30의 두 유전자 모두에서 진핵생물의 promoter영역에서 자주 관찰되는 CAAT box와 유사한 배열과 TATA box가 존재했다. 또한, 전사개시점의 바로 앞에서 관찰되어지는 CT-rich의 영역이 존재하고 있었으며, 특히 FVFD30에서는 전사개시 시에 중요한 역할을 할 것으로 예상되는 CCACC의 서열이 관찰되었다. 한편 FVFD16 genomic클론의 염기서열 분석결과 cDNA클론과 80%의 상동성을 나타내는 gene family임이 밝혀졌다. 여러 가지 제한효소에 의한 genomic southern blot 분석결과 FVFD16과 FVFD30은 2번 이상의 반복배열 또는 gene family의 존재가 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제31권3호
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• pp.189-196
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• 1993

대두(Glycine max) 뿌리혹의 질소고정 공생균주 Bradyhizobium sp. SNU001 의 nod D 와 nodA 의 염기서열을 결정하였다. 총 314개의 아미노산을 암호화하는 nod D 의 open reading frame (ORF) 은 942bp 로 B. japonicum USDA110 의 nodD1 과 99.4% 의 유사성을 보여주었으며, 총 210개의 아미노산을 암호화하고 콩과식물의 Bradyrhizobium 에서는 처음으로 염기서열이 결정된 nodA 의 ORF 는 630bp 로 B. sp. (Parasponia) 의 nodA 와 81.5% 의 유사성을 보여주었다. nodYAB 오페론과 nodD 상류에서는 9bp의 반복서열을 각각 4번, 2번 가지는 보존적인 nodbox 가 발견되었으며 nodD 의 상류에서는 A, T-rich 서열도 존재하였다.

• 대한바이러스학회지
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• 제29권4호
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• pp.221-233
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• 1999

Prospect Hill Virus (PHV) is the well known serotype of hantavirus, a newly established genus in family Bunyaviridae. Extensive studies have upheld the original view of PHV genetics with three genes such as nucleocapsid (N) protein, envelope proteins (G1, G2) and RNA dependent RNA polymerase. In this study, we report the existence of additional gene that is encoded in an overlapping reading frame of the N protein gene within S genome segment of PHV. This gene is expected to encode a nonstructural small (NSs) protein and it seems to be only found in PHV infected cell. The presence and synthesis of NSs protein could be demonstrated in the cell infected with PHV using anti-peptide sera specific to the predicted amino acid sequence deduced from the second open reading frame. Ribosomal synthesis of this protein appears to occur at AUG codon at the 83rd base of S genome segment, downstream of N protein initiation codon. This protein is small in size (10.4 KDa) and highly basic in nature. The expression strategy of NSs protein appears that a signal mRNA is used to translate both N and NSs protein in PHV infected cell. 10 KDa protein in virus infected cell lysates can bind to mimic dsRNA. This fact strongly suggests that NSs protein may be involved in virus replication on late phase of viral life cycle.

• 한국균학회지
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• 제27권3호통권90호
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• pp.187-190
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• 1999

팽이버섯의 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현하는 유전자 분리를 위한 cDNA library는 발이처리 후 7일째 배양한 균사체의 mRNA에 의해 만들어졌다. cDNA클론 FVFD16(Flammulina velutipes fruiting body differentiation)은 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현되는 클론으로 differential screening에 의해 선발되었다. Northern 분석에 의해 FVFD16의 발현 특성을 관찰한 결과, 1일과 4일째의 균사체에서 현저한 발현량을 나타내었다. FVFD16의 염기 서열을 검색한 결과, FVFD16의 mRNA는 open reading frame을 포함한 128의 아미노산 잔기(13.5kDa)를 가진 단백질로 추정되었다.