• 제목/요약/키워드: mutation program

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Mutagen4J: 효과적인 Java 프로그램 변이 생성 도구 (Mutagen4J: Effective Mutant Generation Tool for Java Programs)

  • 전이루;김윤호;홍신;김문주
    • 정보과학회 논문지
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    • 제43권9호
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    • pp.974-982
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    • 2016
  • 프로그램 변이 분석은 분석대상 프로그램의 코드를 변형한 다양한 프로그램 변이를 활용해 분석대상 프로그램의 특성을 분석하는 기법이다. 효과적인 변이 분석을 위해서는 분석대상 프로그램의 동작을 다양하게 변화시키는 유용한 변형 연산자의 사용이 필수적이다. 현재까지 Java 프로그램을 대상으로 제안된 변이 생성 도구들은 변형 연산자의 종류가 제한적이거나, 최근 Java 언어 요소로 작성된 분석대상 프로그램의 경우 올바른 변이 생성을 지원하지 못하는 한계가 있다. 본 논문은 Java 프로그램을 위한 새로운 변이 생성 도구 Mutagen4J를 소개한다. Mutagen4J는 기존 연구를 통해 유용한 것으로 알려진 프로그램 변형 연산자를 추가로 지원하며, 최근 Java 언어요소를 처리함으로써, Java 프로그램에 대한 효과적인 변이 분석을 지원한다. 기존 Java 프로그램 변이 생성 도구와 비교 실험을 수행한 결과, Mutagen4J이 기존 도구보다 유용한 변이를 평균 2.3배 생성하였다.

A Case of Nephrogenic Diabetes Insipidus with a Rare X-linked Recessive Mutation in an Infant with Developmental and Growth Retardation Tracked by the Korean National Health Screening Program

  • Kim, Min-Ji;Cho, Jae Young;Park, Ji Sook;Park, Eun Sil;Seo, Ji-Hyun;Lim, Jae-Young;Woo, Hyang-Ok;Youn, Hee-Shang
    • Childhood Kidney Diseases
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    • 제24권2호
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    • pp.131-137
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    • 2020
  • Nephrogenic diabetes insipidus (DI) is a rare disease in which the patient cannot concentrate urine despite appropriate or high secretion of antidiuretic hormone. Congenital nephrogenic DI is caused by the arginine vasopressin receptor 2 (AVPR2) or aquaporin 2 (AQP2) gene mutation; the AVPR2 genetic mutation accounts for 90% of the cases. National health screening for infants and children was launched in 2007 in order to prevent accidents and promote public health in infants and children in Korea. The program has been widely used as a primary clinical service in Korea. We treated an infant with faltering growth and delayed development detected by the National health screening program, and diagnosed the problem as nephrogenic DI caused by a rare missense mutation of c.490T>C on the AVPR2 gene. This case can be a good educational nephrogenic DI with a rare AVPR2 mutation, which was well screened and traced by the national health screening program for infants and children in Korea.

Effects of Caloric Restriction on Endocrine Functions and Body Fat Distribution in Overweight Premenopausal Women, Related to their UCP3 (Uncoupling Protein 3) Genotypes

  • Lee, Jong-Ho;Kim, Oh-Yoen;Kim, Ji-Young;Park, Kyoung;Yangsoo Jang
    • Nutritional Sciences
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    • 제5권1호
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    • pp.13-19
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    • 2002
  • A mutation in the promoter region of uncoupling protein 3 (UCF3), specifically the -55C longrightarrow T transition, may influence an individual's energy metabolism and body weight. The objective of this study was to investigate the effect of a weight reduction program on endocrine functions and body fat distribution, related to UCP3 promoter genotype. Ninety overweight pre-menopausal female subjects participated in the weight reduction program at Yonsei University Hospital, and were placed on a calorie-restricted diet (300 kcal less than their daily requirements) for 12 weeks. After 12 weeks, all subjects on the program lost approximately 5% of their initial body weights and had lower Body Mass Index (BMI) values. Among the 90 women, 56 had a normal (without mutation) UCP3 genotype, while 34 women had mutations in the promoter region of UCP3. Despite similar weight reductions in both groups, a significantly higher decrease in abdominal adipose tissue was observed in the normal UCP3 genotype group, compared to the group with mutations. In particular, there was a significant reduction of fat at the lumbar 1 (Ll) level in the without-mutation group. Serum levels of total cholesterol, apolipoprotein Al were significantly decreased in the without-mutation group, by 4.4% and 5.7% respectively. Serum levels of hormones were not significantly changed in both groups artier the intervention. However, in the group without the mutations, the leptin level significantly reduced by 23.4% (p<0.001). Serum free fatty acid (FFA) concentration was significantly increased in the group with mutation following the weight reduction program. On the other hand, FFA responses were shown similar increases in both groups. In conclusion, although no difference was found in the magnitude of weight reduction in both groups, there were significant differences in body fat distribution and in endocrine function between the groups.

뮤테이션 테스트를 이용한 동적 다이어그램에 근거한 테스트 케이스의 효율 비교 (Comparison of Test Case Effectiveness Based on Dynamic Diagrams Using Mutation Testing)

  • 이혁수;최은만
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제16D권4호
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    • pp.517-526
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    • 2009
  • 동적 UML 다이어그램은 객체 지향 언어로 구현된 프로그램의 복잡한 실행 동작에 대한 표현이 가능하다. 이로 인하여 동적 다이어그램 중, 순서, 상태, 액티비티 다이어그램을 이용하여 테스트 케이스를 추출하고 테스트 하는 방법이 많이 쓰이고 있다. 그러나 테스트 자원과 시간이 제한되어 있을 때 어떤 명세를 이용하여 테스트 케이스를 만드는 것이 더 효율적인지, 또한 어떤 특성이 있는지 알 필요가 있다. 이 논문에서는 ATM 시뮬레이션 프로그램을 세 가지 다이어그램으로 표현하고 이를 이용하여 서로 다른 테스트 케이스를 생성한다. 또한 뮤테이션 테스팅(Mutation Testing)을 실시하여 각 테스트 케이스에 대한 효율을 평가 하였다. 뮤턴트(Mutant) 생성은 절차적 방식과 객체 지향 방식에 의한 뮤테이션 연산자(Mutation Operator)를 구분해서 적용하였으며 뮤클립스(Muclipse)라는 이클립스(Eclipse) 기반의 플러그인 도구를 이용하였다. 생성된 테스트 케이스와 뮤턴트를 이용해서 뮤테이션 점수(Mutation Score)를 측정하고 이를 기반으로 각 테스트 케이스 및 여러 관점에서 테스트 케이스의 효율을 평가하였다. 이런 과정을 통해 테스트 케이스 생성 방식의 선택에 대한 힌트를 얻을 수 있었다.

한방비만치료임상례중 ${\beta}3$ Adrenergic Receptor 변이율에 대한 고찰 (비만유전자보유유무에 따른 치료효과 비교) (Mutations of ${\beta}3$ Adrenergic Receptor in Korean Patients treated with Herbal Dieting Program for Obesity)

  • 김동열;김길수;김선민
    • 한방비만학회지
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    • 제2권1호
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    • pp.43-52
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    • 2002
  • Purpose & Methods: In order to study obese gene mutation rate in obese Korean patients and to investigate the effect at Chegamuiyiin-tang and electro-lipolysis-acupuncture on obesity treatment. the difference of the reaction to herbal dieting between patients with ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation and the patients with wild type ${\beta}3$ adrenergic receptor is observed. Results: Chegamuiyiin-tang and electro-lipolysis-acupuncture treatment are effective on the treatment of obesity in weight reduction. body fat reduction and the circumferences of arm, abdomen, hip and thigh. In the comparison of ${\beta}3$ adrenergic receptor wild type and ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation groups, body fat was more reduced with statistical significance, and as for BMI change and body weight change were higher in ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation groups with no statistical significance. In the comparison of ${\beta}3$ adrenergic receptor wild type and ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation groups among BMI under 25 patients change rate of body weight. BMI, body fact percentage, WHR and body circumference were higher in ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation group than in ${\beta}3$ adrenergic receptor wild type group. Conclusion: These results imply that herbal dieting program combined with electro-lipolysis-acupuncture is more effective on reducing body weight and body fat in ${\beta}3$ adrenergic receptor mutation group than wild type group, and that the earlier the treatment is applied, the more effective it is.

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FBD 프로그램 뮤테이션 기반 오류 위치 추정 기법 적용 사례연구 (A Case Study for Mutation-based Fault Localization for FBD Programs)

  • 신동환;김준호;윤원경;지은경;배두환
    • 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지
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    • 제22권3호
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    • pp.145-150
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    • 2016
  • 프로그램 내에서 오류의 정확한 위치를 찾아내는 것은 많은 시간과 노력을 필요로 하는 작업이다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 프로그램의 제어 흐름을 이용한 자동화된 오류 위치 추정 기법이 오랫동안 연구되어 왔으나, 데이터 흐름 기반 언어로 작성된 프로그램에 대해서는 적용될 수 없다는 한계가 있다. 최근 개발된 뮤테이션(mutation) 기반 오류 위치 추정 기법의 경우 프로그램의 제어 흐름 대신 뮤턴트(mutant)라 불리는 인공 오류를 활용하기 때문에 데이터 흐름 기반 언어로 구현된 프로그램에 대해서도 활용될 수 있을 것으로 기대되나, 오류 위치 추정 효과성에 대한 연구는 이루어지지 않았다. 본 연구는 데이터 흐름 기반 언어인 Function Block Diagram (FBD)로 구현된 프로그램을 대상으로 뮤테이션 기반 오류 위치 추정 기법이 실제 오류의 위치를 얼마나 정확하게 추정할 수 있는지에 대한 사례 연구를 수행한다. 실제 원자로 보호 시스템 대상 초기 버전에 사용되었던 FBD 프로그램에서 발견된 오류들을 수집하고, 각 오류별 위치 추정의 효과성을 분석한다.

클래스 수준 뮤테이션 분석을 위한 동등 뮤턴트 검출 기법 (An Equivalent Mutation Detection Method for Class-Level Mutation Analysis)

  • 장원호;마유승;권용래
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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    • 제16권5호
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    • pp.571-575
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    • 2010
  • 클래스 수준 뮤테이션 분석(class-level mutation analysis)의 경우, 동등 뮤턴트(equivalent mutant)는 전체 뮤턴트들의 개수에서 많은 비중을 차지하기 때문에 동등 뮤턴트의 검출은 뮤테이션 수행 비용 절감에 매우 중요하다. 하지만 현재까지 클래스 수준 뮤테이션을 대상으로 동등 뮤턴트를 검출하는 연구는 미미한 실정이다. 본 논문에서는 클래스 수준 뮤테이션을 대상으로 의존성 그래프(dependency graph)를 이용하여 동등 뮤턴트를 검출하기 위한 기법을 제안한다. 제안한 기법은 인트라-클래스(intra-class) 수준에서 정적분석을 수행함으로써 인트라-메소드(intra-method) 수준의 분석 방법을 사용하는 기존의 연구들이 검출할 수 없었던 클래스 수준 동등 뮤턴트를 검출할 수 있었다.

포유동물세포의 Forward Mutation을 지표로 한 Mouse Lymphoma Thymidine Kinase (tk+/-) Gene Assay (In vitro Mouse Lymphoma Thymidine Kinase (tk+/-) Gene Forward Mutation Assay in Mammalian cells)

  • 류재천;김경란;최윤정
    • 한국환경성돌연변이발암원학회지
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    • 제19권1호
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    • pp.7-13
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    • 1999
  • The mouse lymphoma thymidine kinase (tk+/-) gene assay (MOLY) using L5178Y tk+/- mouse lymphoma cell line is one of the mammalian forward mutation assays. It is well known that MOLY has many advantages and more sensitive than the other mammalian forward mutation assays such as x-linked hyposanthine phosphoribosyltransferase (hprt) gene assay. The target gene of MOLY is a heterozygous tk+/- gene located in 11 chromosome of L5178Y tk+/- cell, so it is able to detect the wide range of genetic changes like point mutation, deletion, rearrangement, and mitotic recombination within tk gene or deletion of entire chromosome 11. MOLY has relatively short expression time (2-3 days) compared to 1 week of hprt gene assay. MOLY can also induce relatively high mutant frequency so a large number of events can be recorded. The bimodal distribution of colony size which may indicate gene mutation and chromosome breakage potential of chemicals according to mutation scale such as large normal-growing mutants and small slow-growing mutants can be observed in this assay. The statistical analysis of data can be performed using the MUTANT program developed by York Electronic Research in association with Hazelton as recommended by the UKEMS (United Kingdom Environmental Mutagen Society) guidelines. This report reviewed MOLY using the microtiter cloning technique (microwell assay).

Effects of Somatic Mutations Are Associated with SNP in the Progression of Individual Acute Myeloid Leukemia Patient: The Two-Hit Theory Explains Inherited Predisposition to Pathogenesis

  • Park, Soyoung;Koh, Youngil;Yoon, Sung-Soo
    • Genomics & Informatics
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    • 제11권1호
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    • pp.34-37
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    • 2013
  • This study evaluated the effects of somatic mutations and single nucleotide polymorphisms (SNPs) on disease progression and tried to verify the two-hit theory in cancer pathogenesis. To address this issue, SNP analysis was performed using the UCSC hg19 program in 10 acute myeloid leukemia patients (samples, G1 to G10), and somatic mutations were identified in the same tumor sample using SomaticSniper and VarScan2. SNPs in KRAS were detected in 4 out of 10 different individuals, and those of DNMT3A were detected in 5 of the same patient cohort. In 2 patients, both KRAS and DNMT3A were detected simultaneously. A somatic mutation in IDH2 was detected in these 2 patients. One of the patients had an additional mutation in FLT3, while the other patient had an NPM1 mutation. The patient with an FLT3 mutation relapsed shortly after attaining remission, while the other patient with the NPM1 mutation did not suffer a relapse. Our results indicate that SNPs with additional somatic mutations affect the prognosis of AML.