• 제목/요약/키워드: multivariate classification

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다변량 해석법에 의한 누에 육종소재의 탐색 2. 주성분 SCORE에 의하여 분류된 주요잠품종간의 TOP 교잡에 의한 조합능력 검정과 예측 (Classification and Selection of the Breeding Materials in the Silkworm, Bombyx mori, by Multivariate Analysis 2. Combining Ability and its Pre-estimate for the Top Cross Set made from the Silkworm Parental Lines Selected by Principal Component Analysis.)

  • 정도섭;이인전;이상몽;김삼은
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.17-30
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    • 1990
  • 주성분분석에 의하여 분류된 148개 보존잠품종중에서 제일주성분 score에 따라 10개의 교배모품종을 선발한 후 (정등, 1989), 이들로부터 Top-교잡에 의해 24개 교배조합을 작성하고 조합능력검정을 행함과 동시에 주성분과 교배조합능력과의 상호관계를 분석하였다. 1. 선발된 육종모품종중에서 일본종계 N$_{39}$ 및 중국종계 $C_{46}$ 이 대부분의 형질에서 일반조합능력이 높았다. 2. 특정조합능력은 형질 또는 교배조합에 따라 차이가 심하였다. 3. 육종모품종의 제1주성분 score는 5영경과일수, 전령경과일수, 수견량, 전견중, 견층중, 견층비율, 견사장, 견사량, 해서사장, 생사량비율, 소절등의 일반조합능력과 고도의 정의 상관관계가 있었다. 4. 유사도거리(D$^2$)는 수견양, 해서사장, 해서사량, 해서율, 생사량비율, 소절등의 특정조합능력과 정의 상관이 있었다. 따라서 교배조합의 양친이 원연일수록 이들 5개형질에 대한 특정조합능력은 높게 나타났다. 5. 육종모품종의 특성을 이용한 주성분분석의 제1주성분 score에 의해 일반조합능력의 예측이 가능하였다.

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Prognostic Threshold of Neuroendocrine Differentiation in Gastric Carcinoma: a Clinicopathological Study of 945 Cases

  • Zou, Yi;Chen, Linying;Wang, Xingfu;Chen, Yupeng;Hu, Liwen;Zeng, Saifan;Wang, Pengcheng;Li, Guoping;Huang, Ming;Wang, Liting;He, Shi;Li, Sanyan;Jian, Lihui;Zhang, Sheng
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제19권1호
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    • pp.121-131
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    • 2019
  • Purpose: The significance of neuroendocrine differentiation (NED) in gastric carcinoma (GC) is controversial, leading to ambiguous concepts in traditional classifications. This study aimed to determine the prognostic threshold of meaningful NED in GC and clarify its unclear features in existing classifications. Materials and Methods: Immunohistochemical staining for synaptophysin, chromogranin A, and neural cell adhesion molecule was performed for 945 GC specimens. Survival analysis was performed using the log-rank test and univariate/multivariate models with percentages of NED ($P_{NED}$) and demographic and clinicopathological parameters. Results: In total, 275 (29.1%) cases were immunoreactive to at least 1 neuroendocrine (NE) marker. GC-NED was more common in the upper third of the stomach. $P_{NED}$, and Borrmann's classification and tumor, lymph node, metastasis stages were independent prognostic factors. The cutoff $P_{NED}$ was 10%, beyond which patients had significantly worse outcomes, although the risk did not increase with higher $P_{NED}$. Tumors with ${\geq}10%$ NED tended to manifest as Borrmann type III lesion with mixed/diffuse morphology and poorer histological differentiation; the NE components in this population mainly grew in insulae/nests, which differed from the predominant growth pattern (glandular/acinar) in GC with <10% NED. Conclusions: GC with ${\geq}10%$ NED should be classified as a distinct subtype because of its worse prognosis, and more attention should be paid to the necessity of additional therapeutics for NE components.

마늘 유전자원의 작물학적 특성과 다변량 분석에 의한 품종군 분류 (Classification of Garlic Germplasms Based on Agronomic Characteristics and Multivariative Analysis)

  • 이재선;박영욱;정재현;권영희;장후봉;이희두
    • 한국자원식물학회지
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    • 제34권1호
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    • pp.79-88
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    • 2021
  • 본 연구는 국내·외 수집 유전자원의 작물학적 특성과 다변량 분석을 통한 품종군을 분석하여 고품질 마늘 품종육성의 기초 자료로 이용하고자 수행하였다. 마늘 수집 유전자원 160종에 대한 엽 특성 중에서 출현일수의 변이계수가 84.8%로 가장 높았고, 초장과 엽수의 변이계수는 10.1 ~ 10.2%로 다른 형질에 비해 변이가 적었다. 중국 유전자원은 출현일수가 다른 국가의 유전자원 보다 빠른 경향을 보였고, 엽 특성이 다른 국가보다 가장 양호하였다. 구의 특성 중에서 구중과 인편수가 각각 24.3%, 25.7%로 수집종간에 높은 변이를 보였고, 구고와 구경은 각각 7.5%, 11.1%로 수집종 간에서 변이차가 상대적으로 낮았다. 엽의 양적 형질 중에서 가장 양호한 생육을 보였던 중국 유전자원이 구 특성에서도 가장 우수하였다. 마늘의 12개 양적형질의 상관 분석에서 수량과 밀접히 관계하는 구중과 구경은 고도의 정의 상관관계(r = 9.0)를 보였다. 지상부의 초장, 엽초장 및 엽수가 구중과 정의 상관을 나타내어 지상부의 생육이 양호할수록 지하부의 생육도 양호하였다. 양적형질에 대하여 주성분 분석한 결과, 고유값1이상을 기준으로 상위 제 5주성분까지의 5개의 주성분으로 전체변이의 77.11%를 설명할 수 있었고, 제 1 ~ 5주성분까지의 주성분 점수를 이용하여 6개의 군집으로 분류되었다. II군집이 가장 많은 유전자원이 포함되었으며, 특히 국내 수집종 39자원 중에서 36자원이 포함되었다.

차세대 염기서열 분석법을 이용한 된장과 간장의 미생물 분포 및 바이오마커 분석 (Comparative Microbiome Analysis of and Microbial Biomarker Discovery in Two Different Fermented Soy Products, Doenjang and Ganjang, Using Next-generation Sequencing)

  • 하광수;정호진;노윤정;김진원;정수지;정도연;양희종
    • 생명과학회지
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    • 제32권10호
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    • pp.803-811
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    • 2022
  • 우리나라 전통 콩 발효식품은 탄수화물을 주식으로 하는 한국인의 식생활에 중요한 단백질 급원임에도 불구하고 콩 발효식품의 미생물 다양성과 군집 구조에 대해서는 거의 알려진 바가 없다. 본 연구는 16S rDNA 유전자 서열 분석 기반의 차세대 염기서열 분석법을 이용하여 한국 전통 발효식품인 된장과 간장의 미생물 군집 구조를 밝히고자 하였다. Alpha-diversity 분석 결과 미생물 다양성 지표인 Shannon과 Simpson에서 된장과 간장의 미생물 다양성에 통계학적인 차이가 있는 것으로 나타났으나, 종 풍부도 지표인 ACE, CHAO, Jackknife에서는 차이가 없는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 분포 분석 결과 된장과 간장의 공통적인 우점균은 Firmicutes로 나타났으나, 속 수준에서의 미생물 분포를 분석한 결과 된장에서 Bacillus, Kroppenstedtia, Clostridium, Pseudomonas가 간장보다 높은 비율을 차지하고 있는 것으로 나타났으며, 간장에서는 Tetragenococcus, Chromhalobacter, Lentibacillus, Psychrobacter와 같은 호염성 또는 내염성 세균이 된장보다 높은 비율을 차지하는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 군집구조에 통계학적인 차이가 있는지 확인하기 위해 paired-PERMANOVA 분석을 수행하였으며, 그 결과 통계학적으로 매우 유의한 수준의 차이가 있는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 군집구조 차이에 큰 영향을 미치는 biomarker를 분석하기 위해 LEfSe 분석을 수행하였으며, 그 결과 Bacillus와 Tetragenococcus가 된장과 간장의 미생물 군집 구조에 차이를 나타내는 biomarker로 분석되었다.

국내 옥수수 품종에 따른 기능성 성분의 자연 변이 분석 (Natural variation of functional components between Korean maize types)

  • 정정원;김명지;;김은하;박수윤;오태영;고영삼;김문종;이상구;오선우;박현민
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제66권
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    • pp.484-491
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    • 2023
  • 옥수수는 전세계적으로 다양한 형태로 소비되는 3대 식량작물로, 영양성분은 대부분은 전분으로 구성되어 있지만, 다량의 기능성 성분도 포함되어 있다. 옥수수는 형태적으로 찰옥수수, 단옥수수, 종실옥수수로 나뉘는데, 각 품종마다 쓰임이 다르기 때문에, 영양성분에서도 차이가 나타난다. 본 연구는 옥수수의 기능성 성분 함량을 분석하고 환경적 요인을 고려하여 자연변이 데이터를 생산하기 위해 수행하였다. 국내 3개지역(수원, 대구, 홍천)에서 재배한 옥수수 3가지 형태의(찰옥수수, 단옥수수, 종실옥수수) 시료를 수집하고, HPLC 및 GC-TOF-MS를 이용하여 성분을 분석하였다. ANOVA 및 다변량 통계분석, Pearson 상관분석을 통해, 형태별 그룹으로 비교하였을 때, 총 32개의 성분 항목 중 28개의 성분 항목이 유의적 차이를 보였으며(p<0.05), 지역별 그룹으로 비교한 결과, 15개의 성분이 유의적 차이를 보였다. 다변량 분석결과, 지역별보다 형태별로 군집 구분이 뚜렷하게 형성되었는데, 형태별 군집 형성 주요하게 기여한 성분은 α-carotene, lutein과 δ-tocopherol이었다. 본 연구에 따르면, 옥수수 기능성 성분은 환경적 요인보다 유전적 요인에 의해 영향을 더 많이 받는 것으로 사료된다. 자연변이 데이터는 옥수수 기능성 소재 연구분야 및 생명공학작물의 식품학적 안전성 평가시 기초자료로 활용될 수 있다.

Life-Sustaining Procedures, Palliative Care, and Cost Trends in Dying COPD Patients in U.S. Hospitals: 2005~2014

  • Kim, Sun Jung;Shen, Jay;Ko, Eunjeong;Kim, Pearl;Lee, Yong-Jae;Lee, Jae Hoon;Liu, Xibei;Ukken, Johnson;Kioka, Mutsumi;Yoo, Ji Won
    • Journal of Hospice and Palliative Care
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    • 제21권1호
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    • pp.23-32
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    • 2018
  • 목적: 미국 병원에서 만성폐색성폐질환으로 사망하는 환자의 연명치료 및 완화의료에 대한 연구는 부족한 현실이다. 이 연구에서는 병원의 의료비 추세 및 완화의료 이용 및 연명치료 이용과의 관련성을 파악하고자 하였다. 방법: 이 연구는 2005~2014년 미국 입원환자 샘플(National Inpatient Sample, NIS)을 후향적 코호트 디자인으로 전환하였으며, ICD-9-CM (International Classification of Diseases, 9th revision) 코드를 활용하여 완화의료 및 집중치료(전신지지치료, 호흡기치료, 호흡기 수술)를 받은 환자를 구분하였다. 결과: 연평균성장률(Compound Annual Growth Rates, CAGR)을 활용하여 병원 의료비의 시계열변화를 확인하였으며, 다수준 다변량 회귀분석을 통해 병원의 의료비에 영향을 미치는 요소를 파악하였다. 전체 77,394,755 입원 건 중 79,314명의 환자가 최종 분석에 사용되었다. 병원 의료비는 연평균성장률이 5.83% (P<0.001)였으며, 전신지지치료와 완화의료의 연평균성장률은 각각 5.98%와 19.89% 였다(모두, P<0.001). 전신지지치료, 호흡기 치료, 호흡기 수술은 각각 59.04%, 72.00%, 55.26%의 병원 의료비 상승에 영향을(모두, P<0.001) 주었던 반면 완화의료는 28.71%의 병원 의료비 감소에 영향을 주었다(P<0.001). 결론: 미국에서 만성폐색성폐질환으로 사망하는 환자 중 전신지지 치료는 병원 의료비 상승의 주된 원인인 반면 완화의료 이용은 비용절감에 영향이 있는 것으로 파악되었다.

자궁 경부암의 근치적 방사선 치료 및 유도 화학요법과의 병행 치료성적 (The Results of Curative Radiotherapy for Carcinoma of Uterine cervix)

  • 강기문;유미령;장지영;서태석;윤세철;박용휘;신경섭;남궁성은;김승조
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제11권1호
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    • pp.149-158
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    • 1993
  • 가톨릭의과대학 강남성모병원 치료방사선과에서 1983년 3월부터 1989년 10월까지 79개월 동안에 자궁경부암으로 근치적 방사선치료를 받았던 135명의 환자들 중에서 추적이 가능하였던 120명의 환자들을 대상으로 치료결과및 예후에 영향을 미치는 인자에 대하여 후향적 분석을 하였다. 방사선 단독으로 치료한 환자는 78명이었고 유도 화학요법을 방사선 치료전에 시행한 환자는 42명이었다. 대상 환자들의 추적 조사기간은,2개월에서 106개월이었고 중간 추적조사 기간은 62개월이었다. 환자들의 나이는 32세부터 79세까지의 분포를 보였다(중앙값, 59세). FIGO 병기별 분류에 의하면, IB 기가 20명 ($16.7{\%}$), IIA 기가 19명 ($15.8{\%}$), IIB기가 49명 ($40.8{\%}$), IIIA 기가 5명 ($4.2{\%}$), IIIB기가 13명 ($10.8{\%}$), IVA 기가 14명 ($11.7{\%}$)이었다. 전체환자의 5년 생존율은 $50.8{\%}$였다. 병기별 5년 생존율은 IB 기가 $47.7{\%}$ IIA 기가 $70.2{\%}$, IIB 기가 $64.1{\%}$, IIIA 기가 $40.0{\%}$, IIIB 기가 $23.1{\%}$, IVA 기가 $14.3{\%}$였다. 치료방법에 따른 5년 생존율은 방사선 단독으로 치료한 환자가 $51.2{\%}$였고, 유도화학요법을 방사선 치료전에 시행한 환자는 $54.0{\%}$였다. 치료후 재발은 22명 ($18.3{\%}$,)에서 관찰되었고, 이중 14명 ($11.7{\%}$)에서 국소재발이, 7명 ($5.8{\%}$)에서 원격전이가, 1명 ($0.8{\%}$)에서 국소재발과 원격전이가 함께 발생하였다. 그리고, 치료에 의한 합병증은 41명 ($34.2{\%}$)에서 관찰되었으며 9명 ($7.5{\%}$)에서 습낙설, 8명 ($7.5{\%}$)에서 설사, 7명 ($5.8{\%}$)에서 방사선 직장염의 순으로 발생하였다. 예후와 관련된 생존율에 영향을 주었던 인자로는 나이 (p<0.0291), 병기(p<0.0001), 전신상태(p<0.0041), 초기 혈색소 수치 (p<0.0001), 강내 조사(p<0.0004)였고, 조직학적 소견(p<0.29), 유도 화학요법과의 병행치료(p<0.87)는 통계학적으로 유의하지 않았다.

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TWINSPAN과 DCCA에 의한 중왕산(中旺山)의 삼림군집(森林群集)과 환경(環境)의 상관관계(相關關係) 분석(分析) (The Analysis of Vegetation-Environment Relationships of Mt. Jungwangsan by TWINSPAN(Two-Way Indicator Species Analysis) and DCCA(Detrended Canonical Correspondence Analysis) Ordination)

  • 송호경;권기원;이돈구;장규관;우인식
    • 한국산림과학회지
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    • 제81권3호
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    • pp.247-254
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    • 1992
  • 중왕산(中旺山) 삼림군집(森林群集)의 종(種) 조성(組成)과 입지(立地)와의 관계(關係)를 구명(究明)하기 위하여 TWINSPAN과 DCCA를 사용(使用)하여 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. 중왕산(中旺山)의 삼림(森林) 식생(植生)은 Quercus mongolica-Tilia amurensis, Quercus mongolica-Rhododendron schlippenbachii, Quercus mongolica-Kalopanax pictus, Quercus mongolica-Carpinus cordata, Quercus mongolica-Cornus controversa, Betula costata, Fraxinus mandshurica, Ulmus laciniata군집(群集)으로 구분(區分) 할 수 있다. 주요(主要) 군집(群集)들과 환경(環境) 요인(要因)들과의 관계(關係)로 보면 Ulmus laciniata, Betula costata, Fraxinus mandshurica 군집(群集)은 Quercus mongolica 그룹보다 해발고(海拔高)가 맞은 계곡부(溪谷部)에, 그리고 $Mg^{{+}{+}}$, 전질소(全窒素), $Ca^{{+}{+}}$ 등(等)의 양료(養料)가 많은 곳에 주로 분포(分布)하고 있다. Quercus mongolica-Kalopanax pictus 군집(群集)은 해발고(海拔高)가 높고 $Ca^{{+}{+}}$, C.E.C., $Mg^{{+}{+}}$, 전질소(全窒素) 등(等)의 양료(養料)가 많은 곳에 주로 분포(分布)하고 있으며, Quercus mongolica-Rhododendron schlippenbachii 군집(群集)은 반대로 신갈나무 그룹중에서 해발고(海拔高)는 낮고 $Ca^{++}$, C.E.C., $Mg^{++}$, 전질소(全窒素) 등(等)의 양료(養料)가 적은 곳에 주로 분포(分布)하고 있다. 그리고 Quercus mongolica-Carpinus cordata 군집(群集)과 Quercus mongolica-Cornus controversa 군집(群集)은 위의 두 군집(群集)의 중간(中間) 부분(部分)에 주로 분포(分布)하고 있다. 군집(群集)의 분포(分布)에 영향(影響)을 미치는 환경(環境) 요인(要因)들은 해발고(海拔高)와 지형(地形) 조건(地形條件)이다.

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DISEASE DIAGNOSED AND DESCRIBED BY NIRS

  • Tsenkova, Roumiana N.
    • 한국근적외분광분석학회:학술대회논문집
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    • 한국근적외분광분석학회 2001년도 NIR-2001
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    • pp.1031-1031
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    • 2001
  • The mammary gland is made up of remarkably sensitive tissue, which has the capability of producing a large volume of secretion, milk, under normal or healthy conditions. When bacteria enter the gland and establish an infection (mastitis), inflammation is initiated accompanied by an influx of white cells from the blood stream, by altered secretory function, and changes in the volume and composition of secretion. Cell numbers in milk are closely associated with inflammation and udder health. These somatic cell counts (SCC) are accepted as the international standard measurement of milk quality in dairy and for mastitis diagnosis. NIR Spectra of unhomogenized composite milk samples from 14 cows (healthy and mastitic), 7days after parturition and during the next 30 days of lactation were measured. Different multivariate analysis techniques were used to diagnose the disease at very early stage and determine how the spectral properties of milk vary with its composition and animal health. PLS model for prediction of somatic cell count (SCC) based on NIR milk spectra was made. The best accuracy of determination for the 1100-2500nm range was found using smoothed absorbance data and 10 PLS factors. The standard error of prediction for independent validation set of samples was 0.382, correlation coefficient 0.854 and the variation coefficient 7.63%. It has been found that SCC determination by NIR milk spectra was indirect and based on the related changes in milk composition. From the spectral changes, we learned that when mastitis occurred, the most significant factors that simultaneously influenced milk spectra were alteration of milk proteins and changes in ionic concentration of milk. It was consistent with the results we obtained further when applied 2DCOS. Two-dimensional correlation analysis of NIR milk spectra was done to assess the changes in milk composition, which occur when somatic cell count (SCC) levels vary. The synchronous correlation map revealed that when SCC increases, protein levels increase while water and lactose levels decrease. Results from the analysis of the asynchronous plot indicated that changes in water and fat absorptions occur before other milk components. In addition, the technique was used to assess the changes in milk during a period when SCC levels do not vary appreciably. Results indicated that milk components are in equilibrium and no appreciable change in a given component was seen with respect to another. This was found in both healthy and mastitic animals. However, milk components were found to vary with SCC content regardless of the range considered. This important finding demonstrates that 2-D correlation analysis may be used to track even subtle changes in milk composition in individual cows. To find out the right threshold for SCC when used for mastitis diagnosis at cow level, classification of milk samples was performed using soft independent modeling of class analogy (SIMCA) and different spectral data pretreatment. Two levels of SCC - 200 000 cells/$m\ell$ and 300 000 cells/$m\ell$, respectively, were set up and compared as thresholds to discriminate between healthy and mastitic cows. The best detection accuracy was found with 200 000 cells/$m\ell$ as threshold for mastitis and smoothed absorbance data: - 98% of the milk samples in the calibration set and 87% of the samples in the independent test set were correctly classified. When the spectral information was studied it was found that the successful mastitis diagnosis was based on reviling the spectral changes related to the corresponding changes in milk composition. NIRS combined with different ways of spectral data ruining can provide faster and nondestructive alternative to current methods for mastitis diagnosis and a new inside into disease understanding at molecular level.

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TWINSPAN과 DCCA에 의한 금강(金剛)소나무 및 춘양목(春陽木)소나무 군집(群集)과 환경(環境)의 상관관계(相關關係) 분석(分析) (An Analysis of Vegetation-Environment Relationships of Pinus densiflora for. erecta and Chunyang-type of Pinus densiflora Communities by TWINSPAN and DCCA)

  • 송호경;김성덕;장규관
    • 한국산림과학회지
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    • 제84권2호
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    • pp.266-274
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    • 1995
  • 본(本) 연구(硏究)는 금강소나무와 춘양목(春陽木)소나무의 삼림(森林) 식생(植生)과 환경요인(環境要因)과의 관계(關係)를 구명(究明)하기 위하여 62개(個)의 조사구(調査區)를 설치(設置)하여 식생(植生) 조사(調査)를 실시하였으며, TWINSPAN과 DCCA 방법(方法)을 사용(使用)하여 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. 금강소나무 군집(群集)에서 중요치(重要値)가 높은 종(種)은 금강소나무, 신갈나무, 굴참나무, 생강나무, 물푸레나무, 개옻나무 등의 순(順)이고, 춘양목소나무 군집(群集)에서 중요치(重要値)가 높은 종(種)은 소나무, 굴참나무, 신갈나무, 쇠물푸레나무, 쪽동백나무, 졸참나무 등의 순(順)이다. 소나무의 삼림군집(森林群集)은 Quercus variabilis-Styrax obassia, Quercus variabilis, Quercus variabilis, Quercus mongolica, Quercus mongolica의 4그룹으로 나누어진다. 금강(金剛)소나무 군집(群集)이 춘양목(春陽木)소나무 군집(群集)보다 pH, 전질소(全窒素), 유기물함량(有機物含量), $K^+$, $Ca^{{+}+}$, $Mg^{{+}+}$, cation exchange capacity에서 양호하였으며, 춘양목(春陽木)소나무 군집(群集)은 유효인산(有效燐酸)에서만 양호(良好)하였다. 소나무 군집(群集)에서 군집(群集)과 환경요인(環境要因)들과의 관계(關係)로 보면 신갈나무 군집(群集)은 해발고(海拔高)가 높고, 전질소(全窒素), 유기물함량(有機物含量), C.E.C. 등(等)의 양료(養料)가 많은 곳에 주로 분포(分布)하고 있는데, 굴참나무 군집(群集)은 이와 반대로 해발고(海拔高)가 낮고, 전질소(全窒素), 유기물함량(有機物含量), C.E.C. 등(等)의 양료(養料)가 적은 곳에 주로 분포(分布)하고 있다. 굴참나무 -쪽동백 군집(群集)과 굴참나무-신갈나무 군집(群集)은 신갈나무와 굴참나무 군집(群集)의 중간(中間) 부분(部分)에 주로 분포(分布)하고 있다.

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