• Genomics & Informatics
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• 제16권4호
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• pp.26.1-26.12
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• 2018

Shigella spp. constitutes some of the key pathogens responsible for the global burden of diarrhoeal disease. With over 164 million reported cases per annum, shigellosis accounts for 1.1 million deaths each year. Majority of these cases occur among the children of the developing nations and the emergence of multi-drug resistance Shigella strains in clinical isolates demands the development of better/new drugs against this pathogen. The genome of Shigella flexneri was extensively analyzed and found 4,362 proteins among which the functions of 674 proteins, termed as hypothetical proteins (HPs) had not been previously elucidated. Amino acid sequences of all these 674 HPs were studied and the functions of a total of 39 HPs have been assigned with high level of confidence. Here we have utilized a combination of the latest versions of databases to assign the precise function of HPs for which no experimental information is available. These HPs were found to belong to various classes of proteins such as enzymes, binding proteins, signal transducers, lipoprotein, transporters, virulence and other proteins. Evaluation of the performance of the various computational tools conducted using receiver operating characteristic curve analysis and a resoundingly high average accuracy of 93.6% were obtained. Our comprehensive analysis will help to gain greater understanding for the development of many novel potential therapeutic interventions to defeat Shigella infection.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제27권2호
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• pp.193-200
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• 2019

Ceramide metabolism is known to be an essential etiology for various diseases, such as atopic dermatitis and Gaucher disease. Glucosylceramide synthase (GCS) is a key enzyme for the synthesis of glucosylceramide (GlcCer), which is a main ceramide metabolism pathway in mammalian cells. In this article, we developed a liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) method to determine GCS activity using synthetic non-natural sphingolipid C8-ceramide as a substrate. The reaction products, C8-GlcCer for GCS, could be separated on a C18 column by reverse-phase high-performance liquid chromatography (HPLC). Quantification was conducted using the multiple reaction monitoring (MRM) mode to monitor the precursor-to-product ion transitions of m/z $588.6{\rightarrow}264.4$ for C8-GlcCer at positive ionization mode. The calibration curve was established over the range of 0.625-160 ng/mL, and the correlation coefficient was larger than 0.999. This method was successfully applied to detect GCS in the human hepatocellular carcinoma cell line (HepG2 cells) and mouse peripheral blood mononuclear cells. We also evaluated the inhibition degree of a known GCS inhibitor 1-phenyl-2-decanoylamino-3-morpholino-1-propanol (PDMP) on GCS enzymatic activity and proved that this method could be successfully applied to GCS inhibitor screening of preventive and therapeutic drugs for ceramide metabolism diseases, such as atopic dermatitis and Gaucher disease.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제57권5호
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• pp.405-410
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• 2004

배 경 : 현재 moxifloxacin은 기존의 quinolone 제제들에 비하여 항결핵효과가 크다고 알려지면서 다제내성 결핵에 많이 사용되어 왔지만 moxifloxacin과 기존의 quinolone간의 교차내성에 대한 보고가 없는 상황에서 기존의 quinolone에 내성인 균주에 대한 moxifloxacin의 효과를 예측하기 어려웠다. 이에 본 연구를 통하여 moxifloxacin과 ofloxacin간의 교차내성을 알아봄으로써 ofloxacin 내성 균주에 대한 moxifloxacin의 항 결핵 효과를 알아보고자 하였다. 방 법 : 2003년 3월부터 2004년 3월까지 폐결핵 치료를 위해서 국립마산병원에 방문 또는 입원하였던 환자들의 객담에서 분리된 M. tuberculosis isolate에 대한 약물감수성 검사상 ofloxacin에 대한 본원 임상 검사실의 내성기준 농도인 $2.5{\mu}g/m{\ell}$의 농도에 내성을 보인 균주 37개와 감성을 보인 균주 16개를 대상으로 하여 ofloxacin 및 moxifloxacin 각각에 대한 MIC를 비례법을 이용하여 조사하였다. 결 과 : Ofloxaicn 감성균주들에 대한 $MIC_{50}$과 $MIC_{90}$은 ofloxacin에서 모두 $1.25{\mu}g/m{\ell}$, moxifloxacin에서는 각각 $0.31{\mu}g/m{\ell}$과 $0.63{\mu}g/m{\ell}$였다. ofloxacin 내성균주들에 대한 $MIC_{50}$은 ofloxacin에서 $10{\mu}g/m{\ell}$ 이상, moxifloxacin에서 $5{\mu}g/m{\ell}$였으며 $MIC_{90}$은 ofloxacin과 moxifloxacin 모두에서 $10{\mu}g/m{\ell}$이상의 값을 보였다. 약물 농도 $2.5{\mu}g/m{\ell}$을 기준으로 한 moxifloxacin의 ofloxacin에 대한 교차 내성률은 67.6%로 나타났다. 결 론 : moxifloxacin은 $10{\mu}g/m{\ell}$의 농도에서 ofloxacin 내성균주의 82.4%(28/34)에서 항결핵 효과가 있었으나 ofloxacin 내성을 포함하는 다제내성 결핵환자에게 사용하기 위해서 좀 더 많은 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제14권3호
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• pp.402-413
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• 2001

Food safety is a term broadly applied to food quality that may adversely affect human health. These include zoonotic diseases and acute and chronic effects of ingesting natural and human-made xenobiotics. There are two major areas of concern over the presence of residues of antibiotics in animal-derived foodstuffs with regard to human health. The first is allergic reactions. Some antibiotics, such as penicillins can evoke allergic reactions even though small amounts of them are ingested or exposed by parenteral routes. The second is development of antibiotic resistance in gut bacteria of human. Recently multi-resistant pneumococcal, glycopeptide-resistant enterococci and gram negative bacteria with extended-spectrum $\beta$-lactamases have spread all over the world, and are now a serious therapeutic problem in human. Although it is evident that drugs are required in the efficient production of meat, milk and eggs, their indiscriminate use should never be substituted for hygienic management of farm. Drug should be used only when they are required. In addition to veterinary drugs, environmental contaminants that were contaminated in feed, water and air can make residues in animal products. Mycotoxins, heavy metals, pesticides, herbicides and other chemicals derived from industries can be harmful both to animal and human health. Most of organic contaminants, such as dioxin, PCBs and DDT, and metals are persistent in environment and biological organisms and can be accumulated in fat and hard tissues. Some of them are suspected to have endocrine disrupting, carcinogenic, teratogenic, immunodepressive and nervous effects. The governmental agencies concerned make efforts to prevent residue problems; approval of drugs including withdrawal times of each preparation of drugs, establishment of tolerances, guidelines regarding drug use and sanitation enforcement of livestock products. National residue program is conducted to audit the status of the chemical residues in foods. Recently HACCP has been introduced to promote food safety from farm to table by reducing hazardous biological, chemical and physical factors. Animal Production Food Safety Program, Quality Assurance Programs, Food Animal Residue Avoidance Databank are para- or non-governmental activities ensuring food safety. This topic will cover classification and usage or sources of chemical residues, their adverse effects, and chemical residue status of some countries. Issues are expanded to residue detection methodologies, toxicological and pharmacokinetic backgrounds of MRL and withdrawal time establishments, and the importance of non-governmental activities with regard to reducing chemical residues in food.

• 생명과학회지
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• 제17권9호통권89호
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• pp.1278-1283
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• 2007

시중에서 사용되고 있는 일반 소독제를 대상으로 하여 병원 미생물의 내성 빈도를 검토한 결과는 약 30%였다. 그 중에서 푸드세프 (산화제 중 할로겐 계 소독약)와 동인테고 (양성 계면 활성제) 및 Iodo 175 (양성 계면 활성제)는 병원 미생물에 대해 낮은 감수성을 나타냈었을 뿐 아니라, 시험에 사용된 다른 소독제에 비하여 높은 내성 빈도를 나타내었다. 소독제 내성 균주를 사용해서 항생제 내성을 MIC test와 paper disc 방법으로 확인한 결과 30%의 내성 빈도를 나타내었다. 다른 항생제에 비해 aminoglycoside 계의 항생제인 gentamycin, kanamycin, streptomycin에서 높은 내성 빈도를 나타냄을 확인할 수 있었다. 본 연구실에서 제주도 손바닥 선인장으로부터 추출${\cdot}$분획한 MBT-01108 물질을 소독제와 항생제에 내성을 획득한 내성균에 상용했을 경우 내성이 생기지 않을 뿐 아니라, 내성균이 자라지 못하였다. 또한 현재 문제시되고 있는 다제 내성균인 MRSA, R-Pseudomonas aeruginosa, VRE, E. coli O157에 사용했을 경우에도 마찬가지의 결과를 얻을 수 있었다. 이상에서 살펴 본 바와 같이 손바닥 선인장에서 추출 ${\cdot}$ 분획한 MBT-01108 물질은 기존의 항생제와는 다른 기작으로 작용을 할 것으로 생각되고, 신규 항균 활성 물질의 약제 개발에 그 유용성이 매우 클 것으로 기대되며 여러 가지 항균성 생활 제품의 개발에도 유용할 것으로 기대된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권8호
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• pp.3447-3450
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• 2015

Objective: To explore the sensitivity of gastric cancer cells to chemotherapy drugs in elderly patients and its correlation with cyclooxygenase-2 (COX-2) expression in cancer tissue. Materials and Methods: Forty-three elderly patients with gastric cancer (observation group) and 31 young patients with gastrointestinal tumors (control group) who were all diagnosed by pathology and underwent surgery in the 89th Hospital of Chinese People's Liberation Army were selected. Drug sensitivity testing of tumor cells in primary culture was carried out in both groups using a methyl thiazolyl tetrazolium (MTT) method, and the expression of COX-2 and the factors related to multi-drug resistance (MDR) in cancer tissue were assessed by immunohistochemistry. Results: The inhibition rates (IR) of vincristine (VCR), 5-fluorouracil (5-FU), oxaliplatin (L-OHP), mitomycin (MMC) and epirubicin (eADM) on tumor cells in the observation group were dramatically lower than in the control group, with statistical significance (P<0.05 or P<0.01). The positive rates of COX-2, glutathione s-transferase-${\pi}$ (GST-${\pi}$) and P glycoprotein (P-gp) expression in cancer tissue in the observation group were all higher than in control group (P<0.05), while that of DNA topoisomerase $II{\alpha}$ ($TopoII{\alpha}$) expression lower than in the control group (P<0.01). In the observation group, COX-2 expression in cancer tissue had a significantly-positive correlation with GST-${\pi}$ and P-gp (r=0.855, P=0.000; r=0.240, P=0.026), but a negative correlation with $TopoII{\alpha}$ (r=-0.328, P=0.002). In the control group, COX-2 expression in cancer tissue was only correlated with P-gp positively (r=0.320, P=0.011). Bivariate correlation analysis displayed that COX-2 expression in cancer tissue in the observation group had a significantly-negative correlation with the IRs of 5-FU, L-OHP, paclitaxel (PTX) and eADM in tumor cells (r=-0.723, P=0.000; r=-0.570, P=0.000; r=-0.919, P=0.000; r=-0.781, P=0.000), but with hydroxycamptothecine (HCPT), VCR and 5-FU in the control group (r=-0.915, P=0.000; r=-0.890, P=0.000; r=-0.949, P=0.000). Conclusions: Gastric cancer cells in elderly patients feature stronger MDR, which may be related to high COX-2 expression.

• 환경생물
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• 제26권3호
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• pp.240-246
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• 2008

한강유역 4개 정점으로부터 46주의 Enterococcus 속 세균을 분리하였으며 이 세균은 E. faecium 15주, E. casseliflavus 26주, E. facecalis 1주 및 E. hirae 4주로 이루어져 있었다. Streptomycin의 경우 조사대상 균주 40주 중 45주의 세균이 내성을 나타내었으며 tetracycline과 quinupristin/dalfopristin의 경우 각각 21주 및 19주의 세균이 내성을 나타내었다. 한편 gentamicin과 vancomycin의 경우에는 각각 15주 및 2주의 세균이 내성을 나타내었다. 분리된 Enterococcus 속 세균 46주 중 39주가 2가지 이상의 항생제에 대하여 내성을 나타내었으며, 이 세균 중 10주는 5가지 이상의 항생제에 매하여 모두 내성을 가지는 것으로 조사되었다. 특히 정점 C인 안양천에서 분리된 균주는 8가지의 항생제에 대하여 모두 내성을 나타내었다. 조사 정점이 한강 하류로 내려갈수록 다제 내성 균주가 분리되는 빈도수가 증가하는 추세를 나타내었다. 디스크확산법으로 항생제 내성 세균의 MIC값을 측정한 결과 streptomycin에 최대 4,096 ${\mu}g$ mL$^{-1}$의 MIC를 나타낸 균주가 16주이었으며 gentamicin의 경우에도 최대 MIC가 2,048 ${\mu}g$ mL$^{-1}$을 나타낸 균주가 17주이었다. 한편 vancomycin에 대하여는 최대 512 ${\mu}g$ mL$^{-1}$의 MIC값을 나타내는 균주가 1주이 었으며, quinupristin/dalfopristin과 tetracycline에 대하여는 각각 64 ${\mu}g$ mL$^{-1}$의 농도에 내성을 가진 균주가 각각 2주와 33주이었다. 분리한 세균의 vancomycin 및 quinupristin/dalfopristin에 대한 MIC값을 임상에서 분리한 세균의 MIC간과 축산농가에서 분리한 세균의 MIC값을 상호 비교하였을 때 한강 수계에서 분리된 이들 항생제에 대하여 내성을 나타내는 세균은 축산 폐수로부터 유래된 것으로 유추되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권4호
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• pp.714-722
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• 1998

연구배경: Rifampicin은 항결핵 단기요법의 근간이 되는 약제로 rifampicin 내성용 다제내성의 지표이기도 하다. rpoB유전자는 rifampicin이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA polymerase의 $\beta$-subunit을 coding하는 유전자이며 rifampicin내성 결핵균의 약 96%에서 돌연변이가 관찰된다. 그러므로 rifampicin내성결핵을 빠르게 진단할 수 있는 유용한 방법을 확인하기 위하여 PCR-line probe법과 PCR-SSCP법을 이용하여 다음의 연구를 시행하였다. 방 법: 대한 결핵연구원의 약제감수성검사상 rifampicin 내성인 결핵균주 33예와 감수성인 결핵균주 12예를 대상으로 하였다. 각각 배양균 집락에서 DNA를 분리한 후, PCR-line probe법과 PCR-SSCP법을 이용하여 rifampicin 내성 여부를 단일맹검적으로 검사하였고, 이를 약제감수성검사 결과와 비교하였다. 결 과: PCR-line probe법으로는 내성균주 33예중 27예(81.8%)에서 rpoB 유전자의 돌연변이를 확인할 수 있었고, 감수성균주 12예는 모두 rpoB 유전자의 돌연변이는 없었다. PCR-SSCP 법으로는 내성균주 33예중 23예(69.7%)에서 rpoB 유전자의 돌연변이를 확인할 수 있었고, 감수성균주 12예는 모두 rpoB 유전자의 돌연변이는 없었다. Rifampicin내성균주에서 rpoB 유전자 돌연변이 검출율의 PCR-line probe 법과 PCR-SSCP법간의 차이는 없었다 (p=0.25). 결 론: PCR-line probe법은 PCR-SSCP법과 더불어 rifampicin 내성을 조기에 진단할 수 있는 좋은 방법으로 사료되며, 전통적인 약제감수성검사 결과를 기다릴 수 없는 국한된 환자에게 유용한 진단법으로 생각된다.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제17권1호
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• pp.19-24
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• 2013

목적: 장구균은 원내 감염의 중요한 세균으로 최근 그 빈도가 많아지며, 항생제 내성을 갖는 경우도 증가하면서 활발한 연구가 이루어지고 있다. 하지만 소아의 지역사회 획득 요로감염의 원인으로서 장구균에 대한 연구는 소수에 불과하여 이에 저자들은 부산 경남 지역에서 발생하는 장구균에 의한 지역사회 획득 요로감염의 임상적 특징과 항생제 감수성 등을 조사하고자 하였다. 방법: 20010년 1월부터 2013년 1월까지 첫 번째 요로감염으로 부산대학교 어린이병원에 입원 하였던 18세 미만의 환자 중 장구균과 대장균이 배양된 환자를 대상으로 하여 의무 기록을 후향적으로 분석하였다. 의무 기록을 통해 환자의 성별, 진단 시 연령, 기저 신 질환, 최근 항생제 복용력, 영상 검사의 결과, 세균의 항생제 감수성, 처음 사용한 항생제에 대한 반응 유무 등을 조사하였다. 결과: 2010년 1월부터 2013년 1월까지 첫 번째 요로감염이 확인되어 치료한 환자는 201명으로 이 중 대장균은 154명(76.6%)에서 분리되었고, 장구균은 11명(5.5%)에서 분리되었으며 배양된 장구균은 모두 Enterococcus feacalis였다. 장구균이 배양된 집단에서 배뇨방광요도조영술 검사를 시행한 7명 중 4명(57.1%)에서 방광요관역류가 발견되었고, 이들 모두 DMSA 신스캔에서 신 반흔을 보였으며 현재까지 3명의 환자가 방광요관역류에 대한 비뇨기과적 교정 시술을 시행 받았다. 대장균이 배양된 집단에서는 121명의 환자에서 배뇨방광요도조영술 검사가 시행되어 23명이 방광요관역류로 진단되었고, 현재까지 11명이 비뇨기과적 교정술을 시행 받았다. 대장균에 의한 요로감염 환자들과 비교하였을 때 장구균 요로감염 환자에서 방광요관역류와 수술적 교정술의 빈도가 통계학적으로 의미 있게 높았다. 분리된 장구균의 항생제 감수성 검사에서 ampicillin, vancomycin, linezolid에 대해서는 100% 감수성을 보였으며 tetracycline에 대해서는 100% 내성을 보였고 Trimethoprim/sulfamethoxazole에는 71.4%, quinolone계열인 ciprofloxacin에는 20% 내성을 나타냈다. 결론: 부산 경남 지역의 지역사회 획득 장구균 요로감염은 흔하지 않지만, 근본적인 요로계의 이상을 동반할 가능성이 높으므로 환자에 대한 영상학적 평가가 이루어져야 할 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제44권6호
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• pp.1245-1255
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• 1997

연구배경 : 결핵균의 rpoB 유전자는 Rifampicim이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA polymerase의 $\beta$-subunit을 encoding하는 유전자이다. 최근 PCR-SSCP 등의 다양한 방법을 이용하여 rpoB 유전자의 돌연변이를 발견함으로써 결핵균 다제약제내성의 지표인 Rifampicin 내성을 조기에 진단할 수 있는 방법에 대한 여러 보고가 있다. 그러나 대부분 배양된 검체를 대상으로 하였고 객담등의 임상검체를 직접 대상으로 한 연구는 별로 없었다. 본 연구는 직접 임상검체를 대상으로 결균의 rpoB유전자 PCR-SSCP를 시행함으로써 rifampicin 내성을 신속히 진단할 수 있는지 알아보았다. 대상 및 방법 : 1996년 6월부터 8월까지 아산재단 서울중앙병원에서 항산성도말검사 양성인 75검체를 대상으로 하였다. 이종 결핵균의 IS6110분절을 이용한 중합효소 연쇄반웅이 양성이고 RFP 감수성검사 결과가 확인된 43검체를 대상으로 하였다. Bead beater법으로 DNA를 추출하여 heminested PCR을 시행하였고 MDE gel을 이용하여 SSCP를 시행하였다. 이 검체즐은 배양 즉시 대한결핵협회에 감수성검사를 의뢰하여 PCR-SSCP 결과와 rifampicin 감수성검사 결과를 비교하였다. 결 과 : 75검체중 55예(73%)에서 IS6110분절에 대한 PCR 양성이었다. 이중에서 RFP에 대한 강수성결과가 확인된 43예를 대상으로 하였다. 29예는 표준균주인 H37Rv와 동일한 전기영동상의 이동성을 보였고, 14예는 다른 이동성을 보여 주었다. 동일한 이동성을 보인 29예 모두 감수성검사상 RFP감수성으로 판명되었고, 다른 이동성을 보인 14예 모두 RFP 내성으로 판명되었다. 즉 기존의 전통적인 RFP 감수성검사 결과와 직접임상검체에서 rpoB 유전자를 이용한 PCR-SSCP분석은 100% 일치하였다. 결 론 : 임상검체에서 직접 rpoB 유전자의 heminested PCR을 이용한 SSCP 법은 Rifampicin내성을 신속히 진단할 수 있는 방법으로 기대된다.