• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.163-169
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• 2017

복숭아 수확시기에 낙과한 토양에서 Lactobacillus sp. D4와 D5 균주를 분리하였다. 분리한 Lactobacillus sp. D4와 D5 균주를 동정하기 위하여 형태학적 동정, 생화학적 동정 및 16S rRNA 유전자서열 분석을 수행하였다. 16S rRNA 유전자서열 분석 결과 Lactobacillus sp. D4는 Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ATCC $14917^T$과 Lactobacillus pentosus ATCC $40997^T$에 각각 99.05%, 98.98% 일치하였으며, Lactobacillus sp. D5는 Lactobacillus pentosus ATCC $40997^T$, Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ATCC $14917^T$에 각각 98.71%, 98.64% 일치하였다. Lactobacillus sp. D4와 D5 균주는 당 이용성 비교에서 Lactobacillus plantarum ATCC $14917^T$과 Lactobacillus pentosus ATCC $8041^T$에 비교하여 다른 결과를 나타내었다. 정확한 동정을 위하여 VITEK MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) 분석, multiplex PCR, random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR을 수행하였다. 이러한 결과에 근거하여 Lactobacillus sp. D4와 D5 균주는 Lactobacillus plantarum으로 동정되었다.

• 대한본초학회지
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• 제25권4호
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• pp.55-59
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• 2010

본 연구에서는 연자육의 항산화 활성을 평가하기 위해 EtOAC 분획물과 열수 추출물을 이용하여 DPPH, Hydroxyl 라디칼 소거활성과 $Fe^{2+}$ 킬레이팅 활성을 측정하였다. 또한 산화적 DNA 손상억제 효과는 ${\phi}X$-174 RF I plasmid DNA cleavage assay를 통해 평가하였다. EtOAC 분획물은 $200{\mu}g/m{\ell}$에서 DPPH, Hydroxyl 라디칼 소거활성과 $Fe^{2+}$ 킬레이팅 활성이 각각 96.54%, 55.27%, 66.17%의 활성이 나타났으며, 열추 추출물에서는 각각 21.25%, 15.72%, 30.52%로 열수 추출물에 비해 EtOAC 분획물의 항산화 활성이 높은 것으로 나타났다. 또한 ${\phi}X$-174 RF I plasmid DNA cleavage assay에서 EtOAC 추출물은 $200{\mu}g/m{\ell}$에서 76%의 높은 억제 효과가 나타난 반면, 열수 추출물은 6%의 낮은 DNA 산화적 손상억제 효과를 나타내었다. 각 추출물의 총 페놀 함량을 조사한 결과 열수 추출물에 비해 EtOAC 분획물이 높은 것으로 나타났다. 항산화 활성과 DNA 산화적 손상억제 효과가 높은 EtOAC 분획물을 GC/MS에 의해 분석한 결과, Benzeneethanol, 3-methyl-Benzoic acid, 4-ethyl-Phenol, 2,4-bis(1,1-dimethylethyl)Phenol 등 페놀성 화합물이 다수 동정되었다. 본 연구결과에 의해 연자육은 항산화 및 암 예방적 소재로써의 새로운 기능성 식품소재로서 충분한 가능성이 있다고 판단된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권3호
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• pp.201-206
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• 2009

돼지 원산지 추적 및 브랜드육 식별을 위한 MS marker set를 확립하기 위해 EU의 EID+DNA DNA Tracing 연구 project, 국제동물유전학회 및 Roslin 연구소 등에서 제안한 돼지의 다형성 분석에 사용되는 MS marker 중 17종을 선발하여 다형성지수, F-통계량, 동일개체 출현확률 및 친자감별확률 등을 MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP 및 API-CALC 프로그램 등을 연계적으로 활용하여 추정하였다. 다형성지수 추정치를 1차 선발요인으로 하고, 각 MS marker의 PCR 결과물의 크기 및 분석 비용의 경제성을 추가로 감안하여 최종 13종의 MS marker (SW936, SW951, SW787, S00090, S0026, SW122, SW857, S0005, SW72, S0155, S0225, SW24 and SW632)와 성감별을 위한 2개의 성감별 primer로 조합된 하나의 Multiplexing PCR 시스템을 확립하였다. 이를 이용해 돼지 사육환경을 무작위 교배집단(PI), 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정하여 동일개체 출현확률을 분석한 결과 $2.47\times10^{-18}$, $6.39\times10^{-13}$ 그리고 $1.08\times10^{-8}$로 나타나 브랜드 식별 및 원산지 추적에 적합할 것으로 사료된다.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권1호
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• pp.63-69
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• 1997

Erythropoietin(EPO)은 적혈구 모세포의 분화와 성장을 중재하는 당단백질이며 담배 식물체에서 재조합 사람 EPO를 생산하기 위해 CaMV 35S promoter를 갖는 발현 vector인 pBI$\Delta$GUS121, pBD$\Delta$ GUS121, pPEV-1을 이용하여 5.4kb의 EPO genomic DNA를 cloning 하였고 Agrobacterium tumefaciens에 의한 형질전환에 의해 Nicotiana tabacum (var. Xanthi)으로 도입되었다. Kanamycin을 포함하는 MS 배지에서 각각의 construct에 대하여 10 km 저항성 식물체들이 얻어졌다. 형질전환된 식물체의 게놈에 EPO genomic DNA의 정확한 결합은 polymerase chain reaction에 의해 332bP의 DNA 조각에 의해 확인되었으며 Northern blot 결과 1.8 kb의 전사체들이 식물체 잎에서 발현 축적되는 것이 확인되었다. Promoter의 수나 5'-UTS 서열에 의한 mRNA 양에는 변화가 없었지만 식물체 게놈에 결합된 위치 및 copy number에 의해 mRNA 수준에 영향을 주는 것으로 밝혀졌다. EPO 항체를 이용한 Western blot 결과 식물체에서 발현된 EPO 단백질의 크기는 동물세포에서 발현된 37kDa 보다 작은 30 kDa 이었다. 이는 식물체에서 modification(glycosylation) system은 동물세포에서와는 다르다는 것을 보여준다.

• BMB Reports
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• 제55권11호
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• pp.553-558
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• 2022

Hepatocellular carcinoma (HCC) is dangerous cancer that often evades early detection because it is asymptomatic and an effective detection method is lacking. For people with chronic liver inflammation who are at high risk of developing HCC, a sensitive detection method for HCC is needed. In a meta-analysis of The Cancer Genome Atlas pan-cancer methylation database, we identified a CpG island in the USP44 promoter that is methylated specifically in HCC. We developed methylation-sensitive high-resolution melting (MS-HRM) analysis to measure the methylation levels of the USP promoter in cell-free DNA isolated from patients. Our MS-HRM assay correctly identified 40% of patients with early-stage HCC, whereas the α-fetoprotein test, which is currently used to detect HCC, correctly identified only 25% of early-stage HCC patients. These results demonstrate that USP44 MS-HRM analysis is suitable for HCC surveillance.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제45권6호
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• pp.529-535
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• 2007

최근 DNA microarray, 2-D gel, MS/MS 등 다양한 high-throughput 기술의 발달에 힘입어 생명체의 복잡한 대사특성을 종합적으로 분석하려는 시도가 이루어지고 있으며, 이를 시스템 생물학이라 칭하고 있다. 특히 근래에 들어 고유가 등 산업환경의 변화에 따라 미생물의 대사특성을 개량하여 다양한 화학물질들을 생물학적으로 생산하려는 연구가 최근 많은 관심을 얻고 있으며, 이를 위하여 다양한 시스템 생물학 혹은 시스템 생물공학 연구가 수행되어져 왔다. 본 총설에서는 시스템 생물공학 연구에 대한 소개 및 사용되는 여러 연구전략들을 소개하고, 이러한 시스템 생물공학 연구들이 실제 대사산물 생산균주의 개량에 어떻게 적용되었는지 살펴보고자 한다.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2005년도 총회 및 춘계학술발표회
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• pp.28-30
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• 2005

Because of high population diversity in soil microbial communities, it is difficult to accurately assess the capability of biodegradation of toxicant by microbes in soil and sediment. Identifying biodegradative microorganisms is an important step in designing and analyzing soil bioremediation. To remove non-important noise information, it is necessary to selectively enrich genomes of biodegradative microorganisms fromnon-biodegradative populations. For this purpose, a stable isotope probing (SIP) technique was applied in selectively harvesting the genomes of biphenyl-utilizing bacteria from soil microbial communities. Since many biphenyl-using microorganisms are responsible for aerobic PCB degradation In soil and sediments, biphenyl-utilizing bacteria were chosen as the target organisms. In soil microcosms, 13C-biphenyl was added as a selective carbon source for biphenyl users, According to $13C-CO_2$ analysis by GC-MS, 13C-biphenyl mineralization was detected after a 7-day of incubation. The heavy portion of DNA(13C-DNA) was separated from the light portion of DNA (12C-DNA) using equilibrium density gradient ultracentrifuge. Bacterial community structure in the 13C-DNAsample was analyzed by t-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) method. The t-RFLP result demonstates that the use of SIP efficiently and selectively enriched the genomes of biphenyl degrading bacteria from non-degradative microbes. Furthermore, the bacterial diversity of biphenyl degrading populations was small enough for environmental genomes tools (metagenomics and DNA microarrays) to be used to detect functional (biphenyl degradation) genes from soil microbial communities, which may provide a significant progress in assessing microbial capability of PCB bioremediation in soil and groundwater.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제37권2호
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• pp.46-54
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• 2022

당살초(Gymnema sylvestre)는 다이어트와 당뇨에 효과가 있다고 알려지면서 미국, 일본, 인도에서 다양한 제품들이 판매, 유통되고 있다. 하지만 권장용량이 불분명하고 안전성이 입증되지 않았다. 따라서 식품에서 당살초를 확인할 수 있는 분석법 개발이 필요하다. 이 연구에서는 LC-ESI-MS/MS와 KASP 마커를 이용해 식품 속에서 당살초를 확인할 수 있는 분석법을 마련하였다. LC-ESI-MS/MS에서는 negative 이온화 모드에서 gymnemic acid 와 deacylgymnemic acid를 동시 분석법을 최적화 하였으며 고체시료와 액체시료에 대한 유효성 검증 마쳤다. 또한 염기서열 분석을 통해서 ITS2와 matK에서 당살초 특이적인 SNP를 찾아 KASP 마커를 제작하였다. 제작한 2개의 KASP 마커는 당살초와 결합해 FAM 형광 양성을 나타내며 당살초 원물에서 이러한 양상을 확인하였다. 인터넷을 통해 구매한 21개의 당살초 함유 식품 및 건강기능식품에 대해 적용성 검토를 진행하였다. LC-ESI-MS/MS에서 gymnemic acid 와 deacylgymnemic acid의 비율 차이는 있지만 21개의 제품 모두에서 지표성분이 검출되었다. KASP 분석에서는 9개의 제품에서 FAM 양성이 나타났으며 분석이 되지 않은 제품들은 추출물인 것으로 밝혀졌다. 이 연구는 LC-ESI-MS/MS와 KASP를 이중 시스템으로 당살초를 분석한 첫 번째 연구이며, 2개의 분석법이 식품에서 당살초 판별에 적용되는 것을 확인하였다.

• BMB Reports
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• 제29권2호
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• pp.122-126
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• 1996

A series of oligonucleotides were synthesized by automatic DNA synthesizer. The purity of crude products was checked and their molecular weights determined by matrix assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDI-MS) with an accuracy of better than 0.05% deviation even without using an internal standard. This mass determining technology in combination with partial digestion of oligonucleotides by 5'- and 3'-exonuclease provides a straightforward and simple method to obtain sequence information of oligonucleotides. The extension of this technology to the sequencing of modified oligonucleotides and genomic DNA and RNA might become possible.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제2권1호
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• pp.33-40
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• 1998

The cross peak intensities versus mixing times of 2D NOESY spectrum for a corepressor L-trp were simulated for the case of a ligand exchanging between free (AX) and bound (A'X') forms in protein/DNA complex. The direct NOE (I(AX)) of the free ligand exhibited a small positive intensity indicative of the strong dominant influence of the bound ligand. The exchange-mediated NOE peak (I(AX')) was very sensitive to corepressor exchange. However, both diagonal (I(A'A')) and direct NOE (I(A'X')) intensities of the bound ligand were not affected much at initial stage. Both peaks were severely influenced by exchange at mixing times of greater than 100 ms. In conclusion, since the NOE intensity is a function of exchange rate, the exchange effect should be considered to properly extract accurate distance information for bound ligand in the presence of conformational exchange.