• 한국해양바이오학회지
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• 제2권4호
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• pp.234-237
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• 2007

Calmodulin은 $Ca^{2+}$ 결합단백질로서 생체 내에서 $Ca^{2+}$ 의존적 기작을 통하여 다양한 생물학적 기능에 관여한다. 본 연구에서는 넙치 Paralichthys olivaceus의 cDNA library로부터 Calmodulin cDNA를 분리 동정하였다. 염기 서열 및 아미노산 서열을 분석한 결과, 넙치 Calmodulin cDNA는 782개의 nucleotides로 구성되어 있고, 4개의 잘 보존된 $Ca^{2+}$결합 motifs (EF-I, EF-II, EF-III, EF-IV)를 가지는 149개의 아미노산 잔기를 전사할 수 있는 open reading frame을 포함한다. 또한 번역된 아미노산 서열은 인간, 쥐, zebrafish, 개구리의 Calmodulin 아미노산 서열과 100% 동일성을 보이며 보라성게, 침팬지의 Calmodulin 아미노산 서열과 각각 97, 99%의 동일성을 보인다. 넙치 Calmodulin 전사체는 뇌와 장 조직에서 많은 양이 발현되었고, 신장, 아가미, 눈, 근육, 피부, 지느러미에서도 발현이 관찰되었다. 또한 넙치 Calmodulin 전사체는 수정 후 7일째의 발생 초기 단계 시료에서도 발현되어 수정 후 34일째까지 그 발현이 서서히 증가하였다. 이상의 결과들로부터 넙치 Calmodulin은 넙치의 발생 초기 단계에서 필요한 단백질로 생각되며 아마 항상성 유지에 중요한 역할을 할 것으로 예상된다.

• 한국전통조경학회지
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• 제34권2호
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• pp.45-54
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• 2016

조경설계에 있어 디자인 원리에 대한 정량적 연구는 설계가에게 매우 중요한 데이터로써 본 연구에서는 옥산서원의 경사지에 수평으로 올라가는 담장의 리듬을 디자인 원리로 분석하여 리듬에 대한 구체적인 비례와 수열을 분석해 내고, 이를 모티브화 한 다음 설계에 응용할 수 있는 설계방법론을 제시하였다. 옥산서원은 매우 가치있는 문화재로서 담장의 경사지리듬에서 비례와 척도를 사용하여 분석해 본 결과 매우 세심한 디자인 원리가 발견되었다. 휴먼스케일에 입각한 담장의 높이 척도와 경사의 정도에 따라 낮은 경사 쪽에 가중치를 주어 비대칭균형을 조성하는 비례의 원리가 분석되었다. 또한 담장의 리듬을 발생시키는 수평선과 면적의 리듬에서 미적인 수열이 도출되었고, 피보나치 수열과 황금비가 도출되었다. 이는 매우 체계적이고 정량적인 방법으로서 문화재의 미적원리를 분석해 낸 의의와 더불어, 분석된 리듬수열을 모티브로 활용하여 조경리듬설계에 적용한 사례를 제시하였다. 이는 조경리듬설계방법론에 대한 틀과 데이터의 역할을 할 수 있을 것이다.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제5권4호
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• pp.331-344
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• 2011

The well-conserved NBS domain of resistance (R) genes cloned from many plants allows the use of a PCR-based approach to isolate resistance gene analogs (RGAs). In this study, we isolated an RGA (CapRGC) from Capsicum annuum "CM334" using a PCR-based approach. This sequence encodes a protein with very high similarity to Rx genes, the Potato Virus X (PVX) R genes from potato. An evolutionary analysis of the CapRGC gene and its homologs retrieved by an extensive search of a Solanaceae database provided evidence that Rx-like genes (eight ESTs or genes that show very high similarity to Rx) appear to have diverged from R1 [an NBS-LRR R gene against late blight (Phytophthora infestans) from potato]-like genes. Structural comparison of the NBS domains of all the homologs in Solanaceae revealed that one novel motif, 14, is specific to the Rx-like genes, and also indicated that several other novel motifs are characteristic of the R1-like genes. Our results suggest that Rx-like genes are ancient but conserved. Furthermore, the novel conserved motifs can provide a basis for biochemical structural. function analysis and be used for degenerate primer design for the isolation of Rx-like sequences in other plant species. Comparative mapping study revealed that the position of CapRGC is syntenic to the locations of Rx and its homolog genes in the potato and tomato, but cosegregation analysis showed that CapRGC may not be the R gene against PVX in pepper. Our results confirm previous observations that the specificity of R genes is not conserved, while the structure and function of R genes are conserved. It appears that CapRGC may function as a resistance gene to another pathogen, such as the nematode to which the structure of CapRGC is most similar.

• 한국전자통신학회논문지
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• 제13권6호
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• pp.1397-1404
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• 2018

입체적 단백질 구조를 이용한 단백질의 분석은 3차원 데이타를 생성하기 위한 기술적인 어려움과 요구되는 높은 비용으로 인해 크게 발전하지 못하였다. 모티프(motif)는 단백질이나 유전자 염기서열의 단편(segment) 정보로 정의된다. 단순성 때문에 모티프는 다양한 분야에서 활발하고 폭넓게 응용되고 있다. 그러나 모티프 자체에 대한 포괄적인 이해와 연구는 미미하다. 이 논문이 가지는 중요성은 인공지능 기법을 활용하여 인간 단백질을 분석하는 방법으로 3가지 측면에서 찾아볼 수 있다. (1) 현재 단백질 데이타 뱅크 (PDB)에 저장된 모든 인간의 단백질 구조를, 이에 상응하는 효소위원회 (EC)의 데이타베이스와 단백질의 구조적 특성에 따른 분류 데이타베이스 (SCOP)를 연동하여, 단백질이 가지는 고유의 특성을 모티프를 응용한 새로운 방법으로 컴퓨터를 이용하여, 분석한 최초의 종합적이고 심층적인 인간 단백질의 분석법이다. (2) 본 연구는 모티프에 의해 생성된 새로운 단백질의 특성을 계층적 클러스터링을 이용하여 단백질이 가지는 고유한 특징을 패턴 분석법과 통계 그리고 단백질 기능 분석의 세 가지 범주로 단백질의 특성을 분석한다. (3) 임의로 생성된 모티프가 단백질 내에서 가지는 빈도에 대해 빅 데이타를 활용하여 모티프의 길이를 다양화시킴과 동시에 접촉 염기와 단백질의 기능을 다각도로 분석할 수 있는 임의 모티프 빈도 (RMF)를 이용한 단백질 분석 방법론을 제안한다.

• 생명과학회지
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• 제33권11호
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• pp.956-965
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• 2023

CCCH zinc finger 단백질은 세 개의 시스테인(cysteine, C) 아미노산과 한 개의 히스티딘(histidine, H) 아미노산으로 구성된 아연이온(Zn⁺)에 결합하는 손가락 구조의 zinc finger 모티프를 가졌으며, 식물에는 많은 수의 CCCH zinc finger 단백질 유전자가 존재한다. CCCH zinc finger 단백질은 2개의 CCCH zinc finger 모티프를 가지는 TZF와 그 외 나머지인 non-TZF로 구분이 되지만 지금까지의 CCCH zinc finger 단백질의 기능에 대한 연구는 주로 TZF, 특히 식물 특이적으로 존재하는 RR-TZF를 중심으로 이루어져 왔다. 그러나 최근 들어 non-TZF 유전자에 대한 연구도 활발히 진행되고 있다. Non-TZF는 생물 스트레스와 고염, 건조, 저온, 고온, 산화 스트레스 등 다양한 환경 스트레스 반응에 관여하는 것으로 알려졌다. Non-TZF는 다양한 방식으로 하위 유전자를 조절하여 식물의 스트레스 반응에 관여하는데, 세포질에 위치하며 RNA에 결합하여 RNA의 안정성을 조절하고 전사 후 단계에서 하위 유전자를 조절하거나 핵에 위치하고 전사 활성화 또는 전사 억제를 통해 전사인자로서 기능을 하기도 한다. 그러나 이러한 연구에도 불구하고 non-TZF를 통한 스트레스 신호전달 경로 및 상위 유전자, 하위 유전자는 거의 알려져 있지 않다. 따라서 CCCH zinc finger 유전자에 대한 이해를 넓히기 위해서는 TZF뿐만 아니라 non-TZF 유전자의 스트레스 반응에 관한 지속적이고도 집중적인 연구가 필요하다. 본 총설 논문에서는 지금까지 스트레스 반응 조절에 관여하는 것으로 밝혀진 non-TZF 유전자들과 그 유전자들의 분자적 기능을 서술하였다.

• Journal of Life Science
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• 제10권1호
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• pp.40-44
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• 2000

The SNF2/SW ATPase/helicase family comprises proteins form a variety of species with in vivo functions, such as transcriptional regulation, maintenance of chromosome stability during mitosis, and various types of DNA repair. Here, we reported the characterization of h게2+gene which was iolated by PCR amplification using the conserved domain of SNF2 motifs. Sequence analysis of PCR product showed striking evolutionary conservation among the SNF2 family of proteins. Two transcripts of 6.7 and 3.4 Lb were detected by Northern blot analysis. furthermore, the intensities of these two bands were increased by ultraviolet(UV) irradiation. These results indicate that the hrp2+ is a novel member of the SNF2 family of proteins and is one of the UV-inducible genes in S. pombe. To determine the level of transcripts of hrp2+ gene during cellular growth, Northern blot analysis were performed. This result indicates that the level of hrp2+transcript reached its maximum before cells entered the exponential growth phase. This suggests that hrp2+ gene is experssed mainly at the early stage of cell growth.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제8권5호
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• pp.471-477
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• 1998

Taq DNA polymerase from Thermus aquaticus is very useful in the polymerase chain reaction. Taq DNA polymerase is classified in the pol I family, represented by E. coli DNA polymerase I. The three-dimensional structural alignment of 3'-5'exonuclease domains from the pol I family DNA polymerases explains why Taq DNA polymerase does not carry out proofreading in polymerase chain reactions. Three sequence motifs, Exo I, II, and III, must exist to carry out 3'-5'exonuclease activity for proof- reading by a 3'-5'exonuclease reaction, but these are abolished in Taq DNA polymerase. The key catalytic module in 3'-5'exonuclease is two metal ions chelated by four active-site carboxylic amino acids. Taq DNA polymerase was mutagenized to construct the catalytic module in the active site. The circular dichroism technique supported the formation of the catalytic module, and the radioactive assay showed that the 3'-5'exonuclease activity doubled in the mutant Taq DNA polymerase.

• Molecules and Cells
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• 제28권3호
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• pp.195-200
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• 2009

Protein tyrosine kinases (PTKs) play a central role in the modulation of a wide variety of cellular events such as differentiation, proliferation and metabolism, and their unregulated activation can lead to various diseases including cancer and diabetes. PTKs represent a diverse family of proteins including both receptor tyrosine kinases (RTKs) and non-receptor tyrosine kinases (NRTKs). Due to the diversity and important cellular roles of PTKs, accurate classification methods are required to better understand and differentiate different PTKs. In addition, PTKs have become important targets for drugs, providing a further need to develop novel methods to accurately classify this set of important biological molecules. Here, we introduce a novel statistical model for the classification of PTKs that is based on their structural features. The approach allows for both the recognition of PTKs and the classification of RTKs into their subfamilies. This novel approach had an overall accuracy of 98.5% for the identification of PTKs, and 99.3% for the classification of RTKs.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권3호
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• pp.251-259
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• 2005

Atopy is a highly prevalent and serious health problem. The prevalence and severity of asthma and allergic diseases have increased over recent decades, particularly in industrialized nations. Early life infections may protect against the development of atopy and allergic diseases like asthma. The inverse relationship between the incidence of atopy and childhood infections has led to the 'hygiene hypothesis', which suggests that diminished exposure to childhood infections in modern society has led to decreased Th1-type responses. Th1 and Th2 responses are counter-regulatory. Reduced Th1 may lead to enhanced Th2-type inflammation, which is important in promoting asthma and allergic disease via up-regulation of IL-4, IL-5, and IL-13. It is now widely accepted that altered regulation of Th2 responses(and possibly the balance between Th1 and Th2 responses) is an important factor in the development of atopy. CpG DNA represent a novel class of drugs with substantial immunomodulatory properties. CpG DNA contain unmethylated motifs centered on the CpG dinucleotides, like bacterial DNA. These CpG DNA promote Th1 and regulatory type immune responses and suppress Th2 responses. In murine studies, CpG DNA are effective in prevention and treatment of asthma and allergic diseases. CpG DNA are just beginning to be tested in human asthma. While its precise mechanisms continue to be fully studied, CpG DNA offers considerable promise as a novel treatment for atopic inflammation. It may prove to be an important disease modifying therapy, or even curative therapeutic agent for asthma and allergic diseases.

• 복식문화연구
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• 제16권5호
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• pp.841-851
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• 2008

The purpose of the study was to examine the effect of motif categories and motif colors on evaluating sensory image of fashion materials with the gestalt theory as the background. The research was conducted on a quasi experimental basis, with subjects numbering 187 male and 207 female college students. Data were collected in the period from march 19th to march 31st, 2007. A set of fabric stimuli and semantic differential scales were developed. The stimuli were thirteen fabric species(each measuring 12 by 13cm). Variables included; (a) motif colour(white, grey, pink and blue) (b) motif categories(plain, paisley, flower, stripes and zebra effect). The semantic differential scale to measure sensory image of fabric stimuli included 23 sets of bi-polar adjectives. The data were analysed by factor analysis and ANOVA and the major finding were as follows. 1) Four sensory dimensions emerged of importance: salience, attractiveness, comfort and softness. 2) The motif category effected on the four sensory image dimensions while the motif colour effected on salience, comfort and softness sensory dimensions. 3) An interaction effect was founded between motif category and motif colour. 4) Motif category showed significant effects on the preference and liking of the fashion, however the motif colour did not show any significant effects on the preference and liking. As a whole the results supported the gestalt theory and the results can be used for the marketing strategy for developing fashion fabrics.