• Proceedings of the Korea Crystallographic Association Conference
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• 2003.05a
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• pp.13-13
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• 2003

B-cell activating factor (BAFF) is a key regulator of B-lymphocyte development. Its biological role is mediated by the specific receptors BCMA, TACI, and BAFF-R. We have determined the crystal structure of BAFF-R extracellular domain bound to BAFF at a resolution of 3.3 ?. The cysteine-rich domain(CRD) of the BAFF-R extracellular domain adopts a b-hairpin structure and binds to the virus-like BAFF cage in a 1:1 molar ratio. The conserved DxL motif of BAFF-R is located on the tip of the b-turn, and plays an indispensable role in the binding of BAFF. The crystal structure shows that a unique dimeric contact occurs between the BAFF-R monomers in the virus-like cage complex. Both of the CRDs of TACI contain the DxL motifs and simultaneously interact with the BAFF dimer in the virus-like cage.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.04a
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• pp.47-50
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• 2002

단백질 모티프(motif)란 유사한 기능을 가진 여러 단백질 서열에서 공통적으로 발견되는 패턴으로서 단백질의 기능을 예측하는 단서로 활용된다. 현재 Prosite, Pfam 등의 데이터베이스에서 정규식(regular expression), 가중치 행렬(weighted matrix). 은닉 마코프 모델(hidden Markov model)의 형태로 4천여종 이상의 모티프가 등록되어 있다. 하지만, 이러한 데이터베이스는 모티프와 단백질간의 일대일 관계만을 저장하고 있기 때문에, 모티프 간의 연관성을 파악하기는 어렵다. 본 논문에서는 모티프 간의 연관 관계를 연관 규칙의 형태로 발견하는 데이터 마이닝 기법을 제시한다. 아울러 HITS 데이터베이스로부터 입수한 단백질-모티프 데이터베이스에 본 기법을 적용함으로써 상당히 높은 연관성을 갖는 모티프 집단이 실제로 존재한다는 것을 밝힌다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2003.05c
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• pp.1603-1606
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• 2003

음악에서 동기는 독립성을 지니는 최소 단위이며, 저작권 검사의 단위로 이용된다 따라서, 한 음악에서 약간의 변화를 가지고 반복되는 주제선율을 추출하거나, 다른 음악간의 유사도를 측정하는데 유사도 계산은 필요하다. 본 논문에서는 비교되는 동기의 선율정보를 음 길이와 음높이가 함께 고려되는 시계열 데이타로 변환하고, cosine measure를 이용하여 동기간의 유사도를 계산한다. 시계열 데이타에서 유사도 계산으로 사용되는 유클리드 거리함수 대신 cosine measure를 이용한 경우, 공간상의 거리 합대신 변화 방향이 반영됨으로써 비교되는 동기간의 유사도를 정확하게 계산한다. 본 논문에서 제안된 동기간의 유사도 계산은 내용 기반 음악 검색에서 색인으로 사용되는 주제선율을 추출하거나, 다른 음악의 동기간의 유사성을 비교하는데 이용될 수 있다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• v.32 no.10
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• pp.3614-3617
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• 2011

A density functional theory method with the local basis set was employed to perform slab calculations to study thiolate-induced surface reconstruction structures of butylthiolates (ButS) with c($4{\times}2$) superlattice of the Au(111) surface. The slab calculations indicate that the most stable adsorption structure is the ButS-Au (adatom)-SBut complex form, which is in good agreement with the reported experiments and theoretical results for thiolates with shorter alkyl chains. The cis form of ButS-Au (adatom)-SBut motifs is preferred by 0.11 eV with respect to the trans form, and by 0.15 eV over the mixed cis-trans configurations due to the steric hindrance between adjacent butyl groups. It appears that the motif of Au adatom on the Au(111) surface is favored even for butylthiolate.

• Animal cells and systems
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• v.6 no.4
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• pp.311-315
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• 2002

The RAD4 gene is essential for nucleotide excision repair in Saccharomyces cerevisiae. It has been known that the deduced amino acid sequence of Rad4 protein contains three DNA-dependent ATPase/helicase motifs. To determine the biochemical activities and functional role of RAD4 the Rad4 protein was expressed and purified. Immunoblot analysis showed a specific band of 21 kDa, which was well-matched with the size of open reading frame of the RAD4 gene. The purified Rad4 protein had no detectable helicase activity. However, the protein could interact with double stranded oligonucleotides, as judged by mobility shift assay. This result suggests that the Rad4 protein is a DNA binding protein.

• Journal of Life Science
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• v.17 no.11
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• pp.1587-1592
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• 2007

Locus control region (LCR) is a cia-acting element which regulates the transcription of genes in developmental stage and/or tissue-specific pattern. Typically, LCR consists of several DNase I hypersensitive sites (HSs), where the binding motifs for transcriptional activators are present. The binding of activators to the HSs recruits chromatin modifying complexes to the LCR, opening chromatin structure and modifying histones covalently through the locus. LCR forms close physical contact with target gene located at a distance by looping away intervening region. In addition, non-coding RNA is transcribed from LCR toward target genes in continuously acetylated active domain. These structural and functional features of LCR suggest that the LCR plays many roles in chromatin activation and transcriptional regulation.

• Journal of Fashion Business
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• v.15 no.6
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• pp.23-39
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• 2011

Scythian Earrings in the Black Sea region had completely degenerated, stifled by motifs and shapes of Greek origin, retaining its representational realism and its full emotional vitality. The purpose of this study is to review and research the symbolic meaning and classifying the types of the Scythian Earrings style through the tombs bequests. The Scythian Earrings were divided into the styles according to the shape, Earring with Ends Shaped like animal's Heads, Boat-Shaped Earrings, Bird-Shaped Pendants earrings, Earrings with a Disc and a Pendant, Earrings Shaped like the Figures, Earring with the drop Pendant, Spiral Earrings. Earrings based on the boat shape enjoyed a long popularity among the Scythians. As that form became elaborated and combined with the disk-pendent, it reflected native rather than Asian or Hellenic tastes. Although Scythian earrings were produced based on the shapes of Greece earrings, they recreated these as Scythian unique style. In particular, the animal motive and the decoration have various changes. The exquisite earrings attest to the elegant taste and splendid wealth of the upper classes.

• Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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• v.9 no.1
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• pp.594-598
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• 2005

복잡한 유전학적 네트워크 구조와 조직을 해석하여 인터넷 네트워크에서 상호연결 하는 '네트워크 모티프'를 연구한다. 다양하고 복잡한 유전학적 네트워크 구조의 설계 및 원리를 해석한 네트워크 모티프를 패턴으로 규정되어 있는 것들을 유전학적 네트워크에서 정보 네트워크(www)와의 동적으로 수행할 수 있는지 알고리즘을 통해 해석한다. 유전학적 네트워크에서 모티프들이 네트워크의 보편적인 class를 규정할 수 있는지 이론적으로 접근하여 인터넷 네트워크에 응용 및 해석하고 분석한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.274-276
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• 2005

유전자 발현은 많은 전자조절인자에 의해서 조절된다. 이러한 조절인자들은 각각 DNA 상에 존재하는 특정한 모티프에 결합하여 그 기능을 수행한다. 따라서 DNA 상의 특정한 서열 정보가 유전자 발현과 직접적으로 연관되어 있다고 생각할 수 있다. 본 논문에서는 두 가지 서로 다른 데이터들에 대한 관계를 알아보기 위하여 사용되는 방법인 Kernel CCA를 이용하여 DNA 상의 특정한 모티프와 유전자 발현 사이의 관계를 알아보았다. 이를 이용한 실험 결과, 유전자 발현과 밀접하게 관련되어 있는 모티프들을 발견할 수 있었고, 기존에 중요한 것으로 알려져 있는 모티프가 실제로도 유전자 발현에 밀접한 영향을 미친다는 것을 알 수 있었다.

• Genomics & Informatics
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• v.4 no.2
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• pp.87-93
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• 2006

With the rapid development of MS technologiesy, the demands for a more sophisticated MS interpretation algorithm haves grown as well. We have developed a new protein fingerprinting method using a binomial distribution, (fBIND). With the fBIND, we improved the performance accuracy of protein fingerprinting up to the maximum 49% (more than MOWSE) and 2% than(at a previous binomial distribution approach studied by of Wool et al.) as compared to the established algorithms. Moreover, we also suggest a the statistical approach to define the significance of transcription factors and motifs in the identified proteins based on the Gene Ontology (GO). Abbreviations: fBIND, fingerprinting using binomial distribution; GO, Gene Ontology; MS, Mass Spectrometry; PMF, peptide mass fingerprinting; nr, nonredundant; SGD, Saccharomyces Genome Database