• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권3호
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• pp.504-507
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• 2001

The partial 16S gene sequences of six filamentous cyanobacterial strains, Oscillatoria lmosa KCTC AG10168, Oscillatoria princeps KCTC AG10153, Oscillatoria sp. KCTC AG 10184, Phormidium tenue KCTC AG10158, Phormidium parchydematicum KCTC AG10164, and Lyngbya hieronymusii KCTC AG10199, which were isolated in the late summer at Daecheong Reservoirs, were determined and assigned their phylogenetic and taxonomic position among taxa of order Ocillatoriales whose partial 16S rRNA gene sequences aligned in this suty, were very heterogeneously clustered with other taxa. The two strains, Oscillatoria limosa KCTC AG10168 and O. princeps KCTC AG10153, formed a cluster with O. sancta PCC7515, which supported 64% of the bootstrap trees with high similarity (19-96.15%). Strain Oscillatoria sp. KCTC AG10184, that was known to produce a nasty substance, was closely related to the toxic Oscillatoria group. The study on morphological variation in various environments and toxin production will confirm the taxonomic status of these species. Phormidium tenus KCTC AG10158 and Phormidium parchydematicum KCTC AG10164 made a cluster with other oscillatorian species of Phormidium, Oscillatoria, and Leptolynbya, which supproted 100% of the bootstrap trees with a very high sequence smilarity (96.8-99.8%) in thsi study. The sequence analysis in this study also supported that taxa of oscillatoriales are not monophyletic. Some of the fractures, such as the presence or absence of sheath and cell shape, which were used to define them, would be inadequate and should be reconfirmed. We suggest that sequences of partial 16S rRNA gene fragments aligned in this study should be more useful than morphological features in the identification and reconfirmation of the taxonomic status of these oscillactorian cyanobacteria.

• 식물분류학회지
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• 제37권4호
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• pp.529-543
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• 2007

가야산, 금오산, 속리산에 분포하는 대마참나물[Tilingia tsusimensis (Yabe) Kitagawa]의 분류학적 위치에 대해 재검토하였다. 대마참나물은 삼출엽을 가져 참나물속이나 큰참나물속과 외부형태적으로 유사하나, 과실의 측륵과 배륵에 날개 대신 돌출된 늑선을 가지고 있고 이형의 흰색 꽃잎을 가지고 있어 이들 속들과 뚜렷이 구별되었다. 또한 악치가 퇴화되고 과피가 다층인 특징은 Angelica속과 유사성을 보이나, 분과의 측륵이 날개형이고 배면으로 심하게 압착된 Angelica속과 구별된다. ITS 염기서열은 대마참나물이 Angelica속에 포함되거나 Angelica속과 밀접히 유연관계가 깊은 자매군임을 지지해 주었으나 더많은 근연 분류군을 포함하여 다양한 접근이 이루어질 때까지는 Tilingia속에 포함시키는 것이 타당하게 보인다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제56권1호
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• pp.1-18
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• 2017

곤충의 온도발육모형은 해충의 발생예찰모형을 비롯한 개체군모형에서 기본이 되는 요소이다. 본고에서는 곤충의 온도의존적 비선형 발육모형에 대하여 고찰하였다. 모형의 종류를 크게 경험모형과 생물리적 모형으로 구분하였으며, 수식의 유사성 내지 기원에 대한 유연관계에 따라 세분하였다. 발육률 곡선의 형태적 묘사에 적합한 수식을 적용하는 경험모형은 Stinner-계열, Logan-계열, 수행모형, 그리고 베타 분포모형으로 세분화하여 고찰하였다. 촉매반응을 바탕으로 하고 있는 생물리적 모형은 Eyring-모형, SM-모형, SS-모형, SSI-모형으로 이어지는 단계통으로 분류하였다. 본 연구에 포함된 각 모형의 개발과정과 형태적합 특성에 대하여 기술하였다.

• 한국어류학회지
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• 제18권4호
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• pp.293-299
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• 2006

두툽상어 (Scyliorhinus torazame)부터 분리된 항산화 효소 Cu,Zn-superoxide dismutase (Cu,Zn-SOD 또는 SOD1)의 핵산 염기서열 및 추정 아미노산 서열을 대상으로 분자 계통학적 분석을 실시하였다. 종래 알려져 있는 척추동물의 Cu,Zn-SOD 서열들을 포함하여 neighbor-joining (NJ), maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) 및 Bayesian 분석 등을 포함한 다양한 계통 분석을 수행하였으며, 이를 통해 연골어류인 본 어종의 척추동물 분류군 내에서의 계통적 위치를 추정하고자 하였다. 다양한 분자 계통수로부터 얻어진 대부분의 consensus tree들에서 분석에 사용한 분류군들은 종래 알려진 분류학적 위치와 비교적 잘 일치하였고, 이중 두툽상어는 같은 연골어류종인 blue shark와 높은 유연관계를 나타내면서 보다 진화한 경골어류들과는 확연히 구분되는 분지를 형성하였다. 특히 핵산 염기서열을 바탕으로 한 neighbor-joining 분석에서 두툽상어는 경골어류와 양막동물에 비해 보다 원시형태의 척추동물 Cu,Zn-SOD 유전자의 한 형태를 보유하고 있는 것으로 나타났다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권4호
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• pp.503-507
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• 2016

The genus Spirometra belongs to the family Diphyllobothriidae and order Pseudophyllidea, and includes intestinal parasites of cats and dogs. In this study, a plerocercoid labeled as Spirometra mansonoides from the USA was examined for species identification and phylogenetic analysis using 2 complete mitochondrial genes, cytochrome c oxidase I (cox1) and NADH dehydrogenase subunit 3 (nad3). The cox1 sequences (1,566 bp) of the plerocercoid specimen (USA) showed 99.2% similarity to the reference sequences of the plerocercoid of Korean Spirometra decipiens (GenBank no. KJ599679), and 99.1% similarity in regard to nad3 (346 bp). Phylogenetic tree topologies generated using 4 analytical methods were identical and showed high confidence levels with bootstrap values of 1.00, 100%, 100%, and 100% for Bayesian inference (BI), maximum-likelihood (ML), neighbor-joining (NJ), and maximum parsimony (MP) methods, respectively. Representatives of Diphyllobothrium and Spirometra species formed a monophyletic group, and the sister-genera status between these species was well supported. Trapezoic proglottids in the posterior 1/5 region of an adult worm obtained from an experimentally infected cat were morphologically examined. The outer uterine loop of the uterus coiling characteristically consisted of 2 complete turns. The results clearly indicated that the examined Spirometra specimen from the USA matched to S. decipiens very well, and indicated possible presence of the life cycle of this species in this region.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제29권2호
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• pp.136-143
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• 2013

The collared scops owl that occurs in Korea is a protected species but its exact specific status has been questioned. To resolve the species status, a molecular phylogenetic analysis was conducted using two fragments of mitochondrial DNA, cytochrome b (cyt b, 891 bp) and NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2, 627 bp) genes. Phylogenetic trees of cyt b revealed that all Korean specimens formed a monophyletic group with Japanese scops owl Otus semitorques with very low sequence divergence (d=0.008). We obtained a similar ND2 tree as well (d=0.003); however, the genetic distance between Korean individuals and O. lempiji from GenBank (AJ004026-7, EU348987, and EU601036) was very high and sufficient enough to separate them as species (cyt b, d=0.118; ND2, d=0.113). We also found that Korean species showed high differentiation from O. bakkamoena (AJ004018-20 and EU601034; cyt b, d=0.106; ND2, d=0.113) and O. lettia (EU601109 and EU601033, cyt b, d=0.110; ND2, d=0.117) as well. Therefore, we suggest that the Korean collared scops owl should be designated as Otus semitorques.

• 식물분류학회지
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• 제44권2호
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• pp.111-118
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• 2014

엽록체 DNA atpF-H, psbA-trnH region을 마커로 활용하여 국내에 분포하는 소나무속 식물들 중 17분류군에 대한 분자계통학적 연구를 수행하여 한국산 소나무속의 계통학적 유연관계를 규명하고, 소나무속의 유연관계를 잘 나타낼 수 있는 분자마커를 찾아내고자 연구가 수행되었다. atpF-H, psbA-trnH region의 조합분석결과 한국산 소나무속은 100%의 BP로 지지되는 단계통군으로 확인되었으며, 소나무아속과 잣나무아속으로 명확히 구분되어졌다. 본 연구에서 이용된 두 개의 분자마커 중 psbA-trnH region이 atpF-H region보다 한국산 소나무속의 계통 및 유연관계를 규명하는데 다소 높은 해상력을 나타내었다.

• 식물분류학회지
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• 제47권1호
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• pp.46-50
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• 2017

백합속(Lilium)은 백합과에 속하는 식물로 북반구의 온대지역에 100 종 이상이 분포하는 비교적 큰 분류군이다. 최근 수행된 백합속 식물에 대한 연구들을 참조하여 한국산 Martagon절의 3종(하늘말나리, 말나리, 섬말나리)에 대한 분류학적 검토를 진행하고자 하였다. 백합속에서 가용한 염기서열 중 엽록체 유전체의 4개 부위 rbcL, matK, ndhF, atpB를 선정하여 계통수를 작성하였다. 그 결과, 한국산 Martagon절 3종은 단계통군인 것으로 나타났다. 그러나 이들은 한편 측계통군인 Sinomartagon절에 속하는 것이었다. 추가적으로, 형태형질과 계통수의 분지양상에 대해 비교 분석하였고 한국산 식물들에 대한 분류학적 유연관계를 논의하였다.

• 한국어류학회지
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• 제26권4호
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• pp.249-258
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• 2014

금강에서 채집된 Acheilognathus sp.의 분류학적 위치를 밝히기 위하여 이들의 형태적 및 유전학적 특성을 검토하고 속 내의 유사종인 줄납자루 및 큰줄납자루와 비교하였다. 이들은 많은 형태적인 특징에서 거의 비슷하였으나 수컷의 혼인색인 등지느러미와 뒷지느러미 가장자리에 붉은 띠가 있고, 배지느러미 가장자리에 흰 띠가 있으며, 최대 체장이 줄납자루보다 큰 점, 계수형질에서는 척추골수가 다소 많은 점과 새파수는 적은 점 등의 특징에서 A. sp.가 다른 두 종과 차이가 있었다. 계통 분석에 의하면 A. sp.는 큰줄납자루 및 A. cyanostigma와 단계통을 형성하였으며 줄납자루와는 Acheilognathus속 내의 다른 종들보다도 더 먼 관계를 가지고 있었다. 따라서 금강의 A. sp.는 줄납자루, 큰줄납자루 및 일본의 A. cyanostigma와 형태, 분포 및 유전적 특성에 의하여 구별되는 다른 종의 수준에 있다고 생각된다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제26권
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• pp.5.1-5.11
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• 2011

Objectives: In order to identify the possibility of slender bitterling (SB) (Acheilognathus yamatsutae) being used as a test species for estrogenic endocrine disrupting chemicals (EEDCs), we carried out the cloning and sequence characterization of the estrogen receptor (ER). Methods: The ER from a slender bitterling was obtained by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), 5'- and 3'-rapid amplification of cDNA ends (5'-RACE and 3'-RACE) and T-vector cloning. The expression of ER mRNA was also analyzed in six tissues (brain, liver, kidney, gill, gonad, and intestines) by real-time PCR. Results: We obtained an ER from the slender bitterling. The SB ER cDNA was 2189 base pairs (bp) in length and contained a 1707 bp open reading frame that encoded 568 amino acid residues. The SB ER amino acid sequence clustered in a monophyletic group with the $ER{\alpha}$ of other fish, and was more closely related to zebrafish $ER{\alpha}$(88% identity) than to the $ER{\alpha}$ of other fish. The SB ER cDNA was divided into A/B, C, D, E and F domains. The SB ER has conserved important sequences for ER functions, such as the DNA binding domain (D domain), which are consistent with those of other teleosts. Conclusions: The ER of the slender bitterling could provide basic information in toxicological studies of EEDCs in the slender bitterling.