• 공업화학
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• 제10권3호
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• pp.456-460
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• 1999

Stockmayer 분자 모델을 도입하여 선형분자인 CO분자를 쌍극자 분자로 단순화하여 CO 기체의 YHB 동경분포함수 (radial distribution function)를 컴퓨터로 계산하였다. 얻어진 CO 분자의 YHB 동경분포함수의 신뢰도는 여러 온도에서의 밀도 변화에 따른 CO 기체의 압력을 계산하여 조사하였다. 계산된 압력들은 문헌에 알려진 CO기체의 압력과 잘 일치하였으며 계산에 사용된 온도는 273, 298, 373 K, 그리고 조사한 밀도의 범위는 최대 약 $0.013/{\AA}^3$ (최대 압력 = 1000 atm)까지이다. 계산된 압력들이 문헌에 나타난 실험치와 잘 일치하는 것으로 나타났으므로 구해진 YHB 동정분포함수는 CO 분자의 압력과 같은 밀도변화에 민감한 각종 물리 화학적 평형 양들을 신뢰성있게 계산 및 예측할 수 있을 것으로 기대된다. 또한 이 연구에서 CO 기체의 dipole-dipole 상호작용은 약 2.5 분자직경까지 효과적으로 작용하는 것으로 나타났다.

• 대한의생명과학회지
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• 제28권2호
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• pp.109-119
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• 2022

Histone proteins can be modified by the addition of acetyl group or methyl group to specific amino acids. The modifications have different distribution patterns in chromatin. Recently, histone modifications are studied based on ChIP-seq data, which requires reasonable analysis of sequencing data depending on their distribution patterns. Here we have analyzed histone H3K27ac and H3K27me3 ChIP-seq data and it showed that the H3K27ac is enriched at narrow regions while H3K27me3 distributes broadly. To properly analyze the ChIP-seq data, we called peaks for H3K27ac and H3K27me3 using MACS2 (narrow option and broad option) and SICER methods, and compared propriety of the peaks using signal-to-background ratio. As results, H3K27ac-enriched regions were well identified by both methods while H3K27me3 peaks were properly identified by SICER, which indicates that peak calling method is more critical for histone modifications distributed broadly. When ChIP-seq data were compared in different sequencing depth (15, 30, 60, 120 M), high sequencing depth caused high false-positive rate in H3K27ac peak calling, but it reflected more properly the broad distribution pattern of H3K27me3. These results suggest that sequencing depth affects peak calling from ChIP-seq data and high sequencing depth is required for H3K27me3. Taken together, peak calling tool and sequencing depth should be chosen depending on the distribution pattern of histone modification in ChIP-seq analysis.

• Genomics & Informatics
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• 제4권2호
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• pp.87-93
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• 2006

With the rapid development of MS technologiesy, the demands for a more sophisticated MS interpretation algorithm haves grown as well. We have developed a new protein fingerprinting method using a binomial distribution, (fBIND). With the fBIND, we improved the performance accuracy of protein fingerprinting up to the maximum 49% (more than MOWSE) and 2% than(at a previous binomial distribution approach studied by of Wool et al.) as compared to the established algorithms. Moreover, we also suggest a the statistical approach to define the significance of transcription factors and motifs in the identified proteins based on the Gene Ontology (GO). Abbreviations: fBIND, fingerprinting using binomial distribution; GO, Gene Ontology; MS, Mass Spectrometry; PMF, peptide mass fingerprinting; nr, nonredundant; SGD, Saccharomyces Genome Database

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권7호
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• pp.939-945
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• 2003

Seventeen Chinese indigenous pig breeds and three introduced pig breeds had been carried out by means of vertical polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). According to the results, eight serum protein loci were highly polymorphic except Pi-2 and Cp. The polymorphism information content (PIC) of Hpx was the highest (0.5268), while that of Cp was the lowest (0.0257). The population genetic variation index showed that about 84% genetic variation existed in the population, and the rest of 16% distributed between the populations. The genetic variation of Yimeng black pig and Duroc were the highest and the lowest, respectively. The genetic variation of Chinese indigenous pig breeds was much more than that of exotic groups. Genetic distance results showed that Chinese indigenous pig breeds were classified into four groups with the three introduced pig breeds clustered into another group. The results also supported the geographic distribution of Chinese indigenous pig breeds in certain extent.

• 분석과학
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• 제12권4호
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• pp.306-311
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• 1999

몇 가지 용해조건에 따른 견 단백절의 조성 변화를 SDS-polyacrylamide 전기영동법, Gel Permeation Chromatography(GPC)법 및 유리아미노산 분석을 통하여 연구하였다. 분자량의 변화에 있어 염산을 이용한 가수분해법의 경우, SDS-PAGE 방법으로는 분자량의 분포를 확인할 수 없었다. 그러나 2N-HCl, 1N-HCl, 0.5N-HCl (3시간 $110^{\circ}C$)와 중성염($CaCl_2$) 및 중성염-효소로 가수분해시킨 견 피브로인 단백질의 평균 분자량 분포는 GPC법에 의하여 각각 Mw 800, 1,500, 3,700과 46,800, 12,500으로 확인되었다. 또한 용해 조건에 의한 유리아미노산 함량은 염산의 농도가 높을수록, 효소를 사용함으로써 유리아미노산의 조성이 증가함을 알 수 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권4호
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• pp.359-364
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• 2018

The taxonomy of Spirometra species has been controversial despite the medical and veterinary importance. Currently, only a few Spirometra species are considered valid species in the genus Spirometra. In the present study, the distribution of Spirometra species obtained from animals in Korea were identified by molecular analysis of the mitochondrial cytochrome c oxidase I (cox1) gene. A total of 28 Spirometra species specimens were analyzed. These were all collected between 1973 and 2008 in the Republic of Korea. Mitochondrial cox1 sequences were examined for a total of 28 specimens comprising 14 S. decipiens and 14 S. ranarum. The difference in partial cox1 sequences (316 bp) between S. erinaceieuropaei (KJ599680) and S. ranarum (this study) was 9.3%, while that between S. decipiens (KJ599679) and S. ranarum (this study) was 2.2%. Genetic analyses identified 2 Spirometra species in animals such as cat, leopard cat, dog, duck and snake in Korea as S. decipiens and S. ranarum. S. decipiens and S. ranarum were present in Gyeongnam Province (P), Jeonnam P, Gangwon P, Chungbuk P, and Seoul. S. decipiens was found in tadpoles, snakes, ducks, cats, leopard cats and dogs, while S. ranarum was found in cats and dogs. The ratio of S. decipiens:S. ranarum calculated from the molecular data was 14:14 (or 1:1). These results indicate that S. decipiens and S. ranarum are sympatrically distributed in Korea.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제30권4호
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• pp.917-923
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• 2009

The maize lipoxgyenase-1 is a non-traditional dual positional specific enzyme and the reaction proceeds via enzyme-initiated catalysis. Bioinformatic analysis indicated that the maize lipoxygenase-1 is structurally more similar to soybean LOX1 than pea LOXN2 in that it has an additional external loop (residues 318-351) in the carboxy-terminal catalytic domain. We analyzed the dependence of product distribution on concentration of linoleic acid and monitored the formation of hydroperoxyoctadecadienoic acid as a function of enzyme concentration. Product distribution was strongly influenced by substrate concentration, such that kinetically-controlled regioisomers were enriched and thermodynamically-controlled regioisomers were depleted at high substrate concentration. Kinetic studies indicated that the formation of hydroperoxyoctadecadienoic acid saturated rapidly in an enzyme concentration-dependent manner, which implied that reactivation by reoxidation of inactive Fe(II) failed to occur. Our results support the previously proposed enzyme-initiated catalytic mechanism of the maize lipoxgyenase-1 and reveals that a substrate molecule serves as a hydrogen atom donor in its enzyme-initiated catalysis.

• 폴리머
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• 제36권4호
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• pp.513-518
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• 2012

열적으로 안정한 탄화수소계 액상 파라핀인 YK-D130을 분산매로 사용하여 ${\omega}$-amino carboxylic acid와 adipic aicd로부터 폴리아미드 12(PA12) 올리고머(oPA1)를 제조하였으며 이들을 통상의 벌크중합으로 제조되는 비슷한 분자량의 폴리아미드 올리고머(oPA2)로 합성하여 분자량과 기타 특성을 비교하였다. 색도 분석 결과 oPA1이 더 밝은 백색을 나타냈고, GPC 결과로부터 oPA1가 더 좁은 분자량 분포를 보였다. 나아가 oPA1과 oPA2를 hard segment로 하고 poly(tetramethylene glycol)(PTMG)을 soft segment로 하는 탄성의 poly(ether-block-amide)(PEBA)를 합성하였다. 합성된 PEBA의 분자량과 기계적 성질 등을 비교 분석하였다.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제34권4호
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• pp.857-865
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• 2017

본 연구는 폴리에틸렌 중합에 이용되는 Ziegler-Natta 촉매와는 다른 Indene및 Cyclopent adien을 기반으로 하는 다양한 메탈로센 촉매를 사용하여 폴리에틸렌 왁스를 중합하고 중합한 폴리에틸렌 왁스의 특성에 대해 분석하고 평가 하였다. 폴리에틸렌 왁스 중합은 각 다른 구조의 리간드를 포함하는 메탈로센 촉매에 대하여 중합온도, 연쇄이동제로 사용되는 수소와 에틸렌가스의 비율을 조정하여 다양한 조건하에서 중합을 시도 하였으며 그에 따른 분자량과 분자량 분포, 촉매 수율을 비교 분석하였다. 결과적으로 본 연구를 통하여 저분자량을 가지며 좁은 분자량 분포를 가지기에 적합한 메탈로센 촉매의 구조를 제안하였으며 이상적인 폴리에틸렌 왁스를 중합 할 수 있었다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제49권3호
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• pp.361-366
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• 2011

몬테칼로 시뮬레이션 방법을 사용하여 유기화합물의 열역학적 물성을 예측하는 새로운 분자 시뮬레이션 소프트웨어를 개발하였다. 분자 구조, 분자간 포텐셜 에너지 함수와 엄밀한 통계역학적 원리로부터 많은 분자들을 포함한 계의 거동에 대한 확률 분포를 구하고 거시적인 계의 열역학적 물성을 계산한다. 본 연구에서 개발된 소프트웨어 cheMC는 윈도우즈 플랫폼에 기반하여 사용자 접근성이 좋고, 가시화 도구 및 차트 생성 기능 등 직관적인 인터페이스로 시뮬레이션 관리가 쉽다. 분자 시뮬레이션은 기존의 상태 방정식을 사용한 열역학 물성 연구를 보완하고, 향후 그 역할이 점점 더 커질 것으로 기대된다.