• Title/Summary/Keyword: molecular computer

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DNA 컴퓨팅의 새로운 PCR 연산 (New PCR of DNA Computing)

  • 김정숙
    • 한국컴퓨터산업학회논문지
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    • 제2권10호
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    • pp.1349-1354
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    • 2001
  • 외판원 문제(Traveling Salesman Problem)는 주어진 n개의 도시들과 그 도시들 간의 거리비용이 주어졌을 때, 모든 도시들을 정확히 한번씩만 방문하면서 걸린 비용이 최소가 드는 경로를 찾는 문제이다. 따라서 최적해(optimal)를 구하는 것은 전형적인 NP-완전 문제 중의 하나로, 외판원 문제를 해결하려는 다양한 알고리즘들이 개발되고 있다. 특히 실제 생체 분자(bio-molecule)를 계산의 도구로 사용하는 새로운 계산 방법인 DNA 컴퓨팅은 DNA 분자가 잠재적으로 가지고 있는 막대한 병렬성을 이용해서 NP-완전 문제들을 해결하고자 하는 연구들이 많이 진행되고 있다. 그러나 아직 실제 생체 분자의 특성을 잘 반영하는 계산 모델이나 분자 생물학에서 사용하는 연산들이 많이 개발되지 않아 계산 효율이 비교적 좋지 않다. 따라서 본 논문에서는 외판원 문제를 해결하기 위한 DAN컴퓨팅의 새로운 중합 효소 연쇄 반응(Polymerase Chain Reaction, PCR) 연산을 개발하였다.

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LC/MS 데이터 분석의 새로운 접근 방법 - 피크 군집화와 조정 (A novel approach for analysis of LC/MS data - Peak Clustering and Fitting)

  • Han, Joon-Hee;Lee, Byung-Hwa
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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    • pp.296-306
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    • 2004
  • LC/MS를 이용하여 펩타이드 혹은 단백질 같은 물질을 분석하는 실험이 급격히 늘어남에 따라 LC/MS 데이터를 자동으로 처리하는 기술에 대한 요구가 커지고 있다. 이러한 LC/MS 데이터의 자동 분석 기술에 대한 연구는 현재 활발히 진행되어 왔고, 이를 직접 구현한 여러 상용 소프트웨어들이 개발되어 있는 상태이다. LC/MS 데이터는 noise 제거, background 데이터 제거, deconvolution 알고리즘을 적용한 분자량(molecular weight) 할당 등의 작업을 거쳐 분석하게 된다. 이러한 과정을 거쳐 얻어진 분자량에 대한 데이터가 올바른 값인지 검증하는 작업이 필요하다. 본 논문에서는 이러한 검증 작업과 관련하여 Peak Clustering and Fitting(이하 PC&F)에 대한 알고리즘을 제안한다. PC&F은 peak 데이터들이 지니고 있는 속성에 대한 Mahalanobis distance를 이용하여 peak 데이터를 각 retention time에 따라 clustering 분석을 하는 작업이다. 본 논문에서 제안하는 PC&F 알고리즘을 Microsoft Visual C++ 6.0 MFC 환경에서 직접 개발한 소프트웨어(PeakClusterFitLCMS)로 실험하였다. 실험결과 PC&F 작업을 통해 동일한 구성물질로부터 발생한 peak 데이터를 모아서 보다 신뢰할 수 있는 분자량을 구할 수 있었고, 구성물질에 의해 발생되지 않은 noise peak 데이터를 찾아 제거시킬 수 있음을 확인할 수 있었다.

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Hydrodynamic Modeling for Discharge Analysis in a Dielectric Medium with the Finite Element Method under Lightning Impulse

  • Lee, Ho-Young;Lee, Se-Hee
    • Journal of Electrical Engineering and Technology
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    • 제6권3호
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    • pp.397-401
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    • 2011
  • The response of lightning impulse voltage was explored in dielectric liquids employing hydrodynamic modeling with three charge carriers using the finite element method. To understand the physical behavior of discharge phenomena in dielectric liquids, the response of step voltage has been extensively studied recently using numerical techniques. That of lightning impulse voltage, however, has rarely been investigated in technical literature. Therefore, in this paper, we tested impulse response with a tip-sphere electrode which is explained in IEC standard #60897 in detail. Electric field-dependent molecular ionization is a common term for the breakdown process, so two ionization factors were tested and compared for selecting a suitable coefficient with the lightning impulse voltage. To stabilize our numerical setup, the artificial diffusion technique was adopted, and finer mesh segmentation was generated along with the axial axis. We found that the velocity from the numerical result agrees with that from the experimental result on lightning impulse breakdown testing in the literature.

신규 합성 청색재료를 사용한 백색 유기발광소자의 광학적$\cdot$전기적 특성평가 (Analysis of the Optical and Electrical Properties of a White OLEDs Using the newly Synthesized Blue Material)

  • 윤석범
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제10권1호
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    • pp.1-6
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    • 2005
  • 백색발광은 풀칼라, 백라이트 및 조명을 위한 전자발광 소자로의 응용에 매우 중요하다. 본 논문에서는 오렌지 발광을 내는 Rubrene 색소를 포함하는 청색 재료인 nitro-DPVT 박막을 사용한 단분자 유기 백색발광소자를 구현하였다. 제작된 소자의 기본적 구조는 ${\alpha}-NPD/nitro-DPVT/nitro-DPVT:Rubrene/BCP/Alq3.$이다. 알루미늄은 음극재료로 사용하였으며 양극 재료는 ITO를 사용하였다. 백색 발광 스펙트럼은 가시광선 전 영역에 걸쳐 나타났고 14V에서 발광된 빛의 C.I.E 색좌표는 (0.3347,0.3515)이다. 동작개시 전압은 2.5V이하에서 나타났고 양자효율은 $0.35\%$이었다.

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암 치료를 위한 면역반응의 체계적인 연구 (A Systems Approach to Immune Response for Cancer Treatment)

  • 이권순
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제13권3호
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    • pp.181-188
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    • 1992
  • This paper provides an overview of system analysis of immunology. The theoretical research in this area is aimed at an understanding of the precise manner by which the immune system controls Infec pious diseases, cancer, and AIDS. This can provide a systematic plan for immunological experimentation by means of an integrated program of immune system analysis, mathematical modeling and computer simulation. Biochemical reactions and cellular fission are naturally modeled as nonlinear dynamical processes to synthesize the human immune system! as well as the complete organism it is intended to protect. A foundation for the control of tumors is presented, based upon the formulation of a realistic, knowledge based mathematical model of the interaction between tumor cells and the immune system. Ordinary bilinear differential equations which are coupled by such nonlinear term as saturation are derived from the basic physical phenomena of cellular and molecular conservation. The parametric control variables relevant to the latest experimental data are also considered. The model consists of 12 states, each composed of first-order, nonlinear differential equations based on cellular kinetics and each of which can be modeled bilinearly. Finally, tumor control as an application of immunotherapy is analyzed from the basis established.

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수소화 처리에 의한 GaAs/AIGaAs 다중양자우물의 PL 연구 (Photoluminescence study in GaAs/AlGaAs multi-quantum well structure by hydrogen passivation)

  • 박세기;이천;정민
    • 한국전기전자재료학회:학술대회논문집
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    • 한국전기전자재료학회 1997년도 추계학술대회 논문집
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    • pp.468-472
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    • 1997
  • The effect of the surface state on the quantum efficiency of underlying GaAs/AlGaAs multi-quantum well(MQW) structures consisting of three GaAs quantum wells with different thickness, is studied by low temperature photoluminescence(PL). The structure was grown by molecular beam epitaxy(MBE) on (100) GaAs substrate. The thickness of three GaAs quantum wells was 3, 6 and 9 nm, respectively. The MQWs were placed apart from 50 nm AlGaAs edge-barriers including two inner-barriers with 15 nm in thickness. The samples used in this study were prepared with different growth temperatures. Particularly, the hydrogen passivation effect to the 9 nm quantum well located at near surface appeared much stronger than any others. Transition energy and optical gain related to the hydrogen passivation effects on the multi-quantum well structure was calculated by transfer matrix method.

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탄소 나노튜브 채널을 이용한 전계효과 이온-전송 소자 연구 (A Study of Carbon Nanotube Channel Field-Effect Devices)

  • 이준하;이흥주
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제7권2호
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    • pp.168-174
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    • 2006
  • 본 연구는 분자동력학 시뮬레이션을 이용하여 탄소 나노튜브를 이용한 전계효과 이온-전송 소자를 분석하였다. 외부 전기장에 의해 단전자 전계효과 트랜지스터 및 나노크기의 데이터 저장 장치로 활용될 수 있는 원리를 규명하였다. 외부 전기장이 증가할수록 칼륨 원자는 채널을 빠르게 통과하였다. 낮은 외부 전계에서는 나노채널의 열적 파동이 칼륨 원자의 터널링에 영향을 주게 됨을 해석하였다. 이로서 외부 전계의 강도에 따라 칼륨원자의 채널을 터널링하는 효과를 제어할 수 있는 메커니즘을 도출하였다.

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Results Of Mathematical Modeling Of Organizational And Technological Solutions Of Effective Use Of Available Resource Of Modern Roofs

  • Arutiunian, Iryna;Mishuk, Katerina;Dankevych, Natalia;Yukhymenko, Artem;Anin, Victor;Poltavets, Maryna;Sharapova, Tetiana
    • International Journal of Computer Science & Network Security
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    • 제21권1호
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    • pp.49-54
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    • 2021
  • Relative to the outer surface of the mastic coating, the reliability of the available waterproofing resource is determined by the ability to stabilize the structural characteristics in difficult climatic conditions. Organic components of mastic as a result of solar radiation, elevated temperatures and their alternating change, atmospheric oxidants, especially in industrial areas, have a tendency to self-polymerization and loss of low molecular weight components. This is the gradual loss of deformability and the transition to brittleness with its tendency to crack as the reasons for the gradual transition from normal to emergency operating condition.The presented mechanism of functioning of the coating surface indicates the expediency of increasing its components, able to stabilize the structure and prevent changes in deformability.Durability, hydrophobicity, water displacement, water absorption are accepted as estimating indicators. The main dependences of the influence of the lost additional components of mastic on the operational properties of the formed coating characterize the ability to provide successful resistance to environmental influences and longer stability. As a result, mastic acquires additional service life.

A novel tetrapeptide for the treatment of hair loss identified in ginseng berry: in silico characterization and molecular docking with TGF-β2

  • Sung-Gyu Lee;Sang Moon Kang;Hyun Kang
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제49권4호
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    • pp.316-324
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    • 2022
  • Hair loss causes psychological stress due to its effect on appearance. Therefore, the global market for hair loss treatment products is rapidly growing. The present study demonstrated that ginseng berry-derived and sequence-modified peptides promoted the proliferation rate of dermal papilla (DP) cells and keratinocytes, in addition to having antioxidant properties. Moreover, the potential role of these ginseng berry peptides as TGF-β2 antagonists was confirmed through in silico computer docking. In addition to promoting the growth of ,the ginseng berry-derived peptides also promoted the proliferation of keratinocytes experimental Particularly, an unmodified ginseng berry-derived peptide (GB-1) and two peptides with sequence modifications (GB-2 and GB-3) decreased ROS generation and exhibited a protective effect on damaged HaCaT keratinocytes. Computer-aided peptide discovery was conducted to identify the potential interactions of important proteins with transforming growth factor-beta 2 (TGF-β2), a key protein that plays a crucial role in the human hair growth cycle. Our results demonstrated that MAGH, an amino acid sequence present in herbal supplements and plant-based natural compounds, can inhibit TGF-β2.

하이브리드 데이터베이스 기반의 4단계 레이어 계층구조에서 메타규칙을 적용한 질의어 수행 모델에 관한 연구 (A Study of Query Processing Model to applied Meta Rule in 4-Level Layer based on Hybrid Databases)

  • 오염덕
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제14권6호
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    • pp.125-134
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    • 2009
  • 웹을 통한 생물 데이터 접근 방식은 많은 과학자들에게 대화식으로 서로 다른 형식의 생물 데이터베이스 내용을 검색할 뿐만 아니라, 한 데이터베이스에서 다른 분자생물 데이터베이스로의 연결을 위한 강력한 도구를 제공한다. 본 논문에서의 생물 개념 모델은 생물 데이터 제어를 위한 4가지 통합 레이어를 기반으로 각 생물 데이터 소스 간의 연관성에 따른 규칙 속성을 적용하고 데이터 소스 중에 관심 대상이 되는 개체를 표현하여 하이브리드 생물 데이터 모델을 구성하였다. 특정 사용자의 응용 서비스 요구가 발생하면 해당 생물 데이터베이스와 웹 서비스를 통한 데이터 소스로부터 정보를 획득한다. 본 논문에서는 통합 레이어를 기반으로 웹 데이터 소스 상에서 정보를 탐색하기 위해 메타 규칙을 적용한 질의어 처리 모형과 수행구조를 정형화하였다.