Cholangiocarcinoma (CCA) is the bile duct cancer which constitutes one of the important public health problems in Thailand with high mortality rate, especially in the Opisthorchis viverrini (a parasite risk factor for CCA) endemic area of the northeastern region of the country. This study aimed to identify potential biomarkers from the plasma peptidome by CCA patients. Peptides were isolated using 10 kDa cut-off filter column and the flow-through was then used as a peptidome for LC-MS/MS analysis. A total of 209 peptides were obtained. Among these, 15 peptides were concerned with signaling pathways and 12 related to metabolic, regulatory, and biosynthesis of secondary metabolite pathways. Five exclusive peptides were identified as potential biomarkers, i.e. ETS domain-containing transcription factor ERF (P50548), KIAA0220 (Q92617), phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit beta isoform isoform 1 (P42338), LP2209 (Q6XYC0), and casein kinase II subunit alpha (P19784). Three of these biomarkers are signaling related molecules. A combination of these biomarkers for CCA diagnosis is proposed.
The metabolic profile of triprolidine, 2-[1-(4-methylphenyl)-3-(1-pyrrolidinyl-1-propenyl)] pyridine, was determined in rat urine and bile. The free fractions of urinary and biliary extracts were obtained without hydrolysis, and the conjugated fractions of extracts were obtained with enzyme hydrolysis using ${\beta}-glucuronidase$ from Escherichia coli. The mixture of N-methyl-N-trimethylsilyltrifluoroacetamide/trimethylsilyl chloride (100 : 1, v/v) was used to derivatize the extracts and then analyzed by gas chromatography/mass spectrometry. Hydroxymethyltriprolidine, hydroxytriprolidine, triprolidine carboxylic acid, dihydroxytriprolidine 1, dihydroxytriprolidine 2, oxotriprolidine carboxylic acid and unchanged triprolidine were detected in rat urine and bile, which were obtained after oral treatment with triprolidine hydrochloride. The maximum urinary excretion rate of triprolidine and hydroxymethyltriprolidine which were extracted from free fraction was at 1 to 2 hours after drug administration. Hydroxymethyltriprolidine was detected in conjugated fraction, and the maximum urinary excretion rate of that metabolite was at 2 to 3 hours in rat. In rat bile analysis, triprolidine was detected only in free fraction and its biliary excretion rate showed the maximum within 30 minutes after drug administration and decreased continuously thereafter. The excretion percentage of triprolidine and hydroxymethyltriprolidine to the initial dose of the parent drug in bile and urine of rats were all low.
Lee, Jae-Sung;Kwak, Jieun;Yoon, Mi-Ra;Lee, Jeom-Sig;Hay, Fiona R.
Proceedings of the Korean Society of Crop Science Conference
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2017.06a
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pp.31-31
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2017
Understanding the mechanism(s) to overcome or prevent seed ageing deterioration during storage is of fundamental interest to seed physiologists. Vitamin E (tocols) is known as a key metabolite to efficiently scavenge lipid peroxy radicals which cause membrane breakdown resulting in seed ageing. However, in rice research this hypothesis has been tested for very few lines only without considering intraspecific variation in genomic structure. Here, we present a correlation study between tocols and seed longevity using a diverse rice panel. Seeds of 20 rice accessions held in the International Rice Genebank at the International Rice Research Institute, representing aus, indica, temperate japonica and tropical japonica subpopulations, were used for tocols analysis (quantification of ${\alpha}$-, ${\beta}$-, ${\gamma}$-, ${\delta}$-tocopherol/tocotrienol by ultra performance liquid chromatography) and storage experiments at $45^{\circ}C$ and 10.9% seed moisture content (sample taken for germination testing every 3 days up to 60 days). To examine interactions between DNA sequences and phenotype, the 700k high-density single-nucleotide polymorphism marker data-set was utilized. Both seed longevity (time for viability to fall to 50%; $p_{50}$) and tocols content varied across subpopulations due to heterogeneity in the genetic architecture. Among eight types of tocol homologues, ${\alpha}$-tocopherol and ${\gamma}$-tocotrienol were significantly correlated with $p_{50}$ (negatively and positively, respectively). While temperate japonica varieties were most abundant in ${\alpha}$-tocopherol, indica varieties recorded 1.3 to 1.7-fold higher ${\gamma}$-tocotrienol than those of other subpopulations. It was highlighted that specific ratio of tocol homologues rather than total tocols content plays an important role in the seed longevity mechanism.
Ling, Kuo Huang;Peng, Fu Chuo;Chen, Bai Jiun;Wang, Yu;Lee, Gene Hsiang
Korean Journal of Pharmacognosy
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v.17
no.2
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pp.153-160
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1986
We have isolated two new metabolites of territrem, designated as territrem $A'\;(TRA';\;C_{28}H_{30}O_{10})$ and $B'\;(TRB';\; C_{29}H_{34}O_{10})$ from chloroform extract of rice culture of Aspergillus terreus 23-1, using the same isolation procedure as that for territrem A, B and C(TRA, TRB, TRC). The present isolation procedure gave about 5 mg of TRA' and 10 mg of TRB' from 4 kg of rice culture per batch. Analysis of the high resolution mass spectrum showed that the molecular composition of TRA' and TRB' are $C_{28}H_{30}O_{10}$ and $C_{29}H_{34}O_{10}$ respectively, Some results of physicochemical properties were presented in this paper. Single crystal X-ray diffractometry of TRB' showed that the three dimensional structure of TRB' has not changed significantly from that of $TRB\;(C_{29}H_{34}O_9)$, except for the insertion of one oxygen atom into TRB to make additional pyran in the E-ring. It is also suggested that the aromatic moiety of TRA' is similar to that of $TRA\;(C_{28}H_{30}O_9)$ and the rest non-aromatic portions resemble to those of TRB'. The tremorgenic activity, lethality and inhibitory effect on acetylcholine esterase of TRA' and TRB' are greatly reduced comparing to that of TRA and TRB.
A screening study of the acute toxicity of organic arsenics such as arsenobetaine and arsenocholine, a product of arsenic methylation metabolite, and inorganic arsenic was carried out to examine hematological and serum biochemical parameters in cynomolgus monkeys(Macaca fascicularis). We found soft and liquid feces, and vomiting in all treated groups with inorganic and organic arsenics. The monkeys in inorganic arsenic-treated group showed a significant increase in vomiting frequency compared with those in three organic arsenics-treated groups. These results suggest that inorganic arsenic might be more toxic than three other organic arsenics tested. The monkeys in inorganic arsenic-treated group showed a decrease in platelet and an increase in monocyte on day 4 and the monkeys in arsenocholine-treated group showed an increase in reticulocyte percentage on day 8. The monkeys in inorganic-treated group also showed decreases in AST and ALT values and the monkeys in arsenobetaine-treated group showed a decrease in AST value and an increase in T-CHO value. However, these hematological and biochemical changes were within the physiological ranges, showing that the single dose of inorganic and organic arsenics did not affect at least hematological and serum biochemical parameters. The present study of toxicity with single dose of arsenics provides valuable indicators for longer term study of toxicity of repeated doses of arsenics in primates.
Choi, Ki-Young;Park, Duck Hwan;Seong, Eun-Soo;Lee, Sang Woo;Hang, Jin;Yi, Li Wan;Kim, Jong-Hwa;Na, Jong-Kuk
Journal of Plant Biotechnology
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v.46
no.4
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pp.274-281
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2019
Pistacia chinensis Bunge has not only been used as a medicinal plant to treat various illnesses but its young shoots and leaves have also been used as vegetables. In addition, P. chinensis is used as a rootstock for Pistacia vera (pistachio). Here, the transcriptome of P. chinensis was sequenced to enrich genetic resources and identify secondary metabolite biosynthetic pathways using Illumina RNA-seq methods. De novo assembly resulted in 18,524 unigenes with an average length of 873 bp from 19 million RNA-seq reads. A Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) annotation tool assigned KO (KEGG orthology) numbers to 6,553 (36.2%) unigenes, among which 4,061 unigenes were mapped into 391 different metabolic pathways. For terpenoid backbone and carotenoid biosynthesis pathways, 44 and 22 unigenes encode enzymes corresponding to 30 and 16 entries, respectively. Twenty-two unigenes encode proteins for 16 entries of the carotenoid biosynthesis pathway. As for the phenylpropanoid and flavonoid biosynthesis pathways, 63 and 24 unigenes were homologous to 17 and 14 entry proteins, respectively. Mining of simple sequence repeat identified 2,599 simple sequence repeats from P. chinensis unigenes. The results of the present study provide a valuable resource for in-depth studies on comparative and functional genomics to unravel the underlying mechanisms of the medicinal properties of Pistacia L.
Essential oil yields and chemical compositions from 5 populations of Chamaecyparis obtusa with several environmental factors were investigated through essential oil extracted distillation apparatus and metabolite profiling by GC-MS analysis. Among the populations, content of essential oil at Gokseong was significantly higher than other populations. To compare the several environmental factors affecting on chemical composition and essential oil yields from C. obtuse at Gokseong, the environmental factors (soil condition, temperature, humidity, and moisture content) were measured during 1 year. The essential oils at Goksung based on humidity on March, July, and November was significantly different from other months. The essential oils at Goksung based on temperature on July and August was significantly different from other months. The essential oils at Goksung based on the moisture content on September were significantly different from other months. The percentage of T-N, OM, and yield of oil at Gokseong were significantly different on from other populations. The main constituents of C. obtusa at all populations were ${\alpha}$-pinene, ${\beta}$-pinene, ${\alpha}$-terpinene, ${\gamma}$-terpinene, terpinene-4-ol, isobonyl acetate, terpinyl acetate, and cedar acetate. Specially, Essential oil compositions (%) of ${\alpha}$-terpinene and cedar acetate were higher at Gokseong than at other populations. The chemical compositions of essential oils were variable depend on populations and environmental conditions. Therefore, this study might be used as fundamental research on study for selection of high productive terpenoids and for understanding about biosynthesis of essential oils in C. obtusa.
Three sheep fitted with cannulas in the rumen and the caecum were used in a $3{\times}3$ Latin square design to study the changes in ruminal and caecal microbial populations and their metabolite composition with ammoniated rice straw feeding. The 3 diets contained either 80% untreated rice straw (UTS) or ammoniated rice straw (ATS) and 20% formula feed. These were a control diet (C), a urea supplemented diet (U) containing urea at 1.1% and an ammoniated rice straw diet (AT). Data were analyzed by analysis of variance and means separated by the Student Neumann Kuel's multiple comparison. AT feeding increased ruminal bacterial counts, in particular cellulolytic bacterial counts (p < 0.05) which were 1.8, 2.4 and 7.0 (${\times}10^6/ml$ ruminal fluid) for C, U and AT, respectively. There was an increasing tendency (p < 0.10) in ruminal fungal population with U; values were 2.0, 5.2, 3.1 (${\times}10^3/ml$ ruminal fluid) for C, U and AT, respectively. Ruminal protozoa counts were not significantly (p > 0.05) altered with diets. Caecal total viable bacterial count with AT was about thrice the value with C. Total VFA concentration in the rumen was significantly increased (p < 0.025) (7.7 mmol/dl for C and 8.2 mmol/dl for AT) and correspondingly, pH lowered when AT was fed. Sheep on AT tended to produce less acetate and more butyrate in the rumen without significance (p > 0.05). Similar to the rumen, total VFA concentrations of 4.4, 3.8 and 5.2 mmol/dl were detected, respectively, for C, U and AT. Caecal ammonia-nitrogen concentrations were about six-fold of that in the rumen, though there were no differences (p > 0.05) among treatments.
Ayari, I;Arnaud, MJ;Mani, A;Pavanello, S;Saguem, S
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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v.16
no.8
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pp.3559-3563
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2015
The aim of the present study was to evaluate the relative contribution of CYP1A2 isoforms (-3860 G/A, -2467T/delT and -163C/A) in control subjects and breast cancer patients to the metabolism of caffeine in human liver. Restriction fragment length polymorphism analysis of PCR-amplified Fragments (PCR-RFLP) was used for the genotyping of CYP1A2 SNPs and HPLC allowed the phenotyping through the measurement of CYP1A2 activity using the 17X + 13X + 37X/137X urinary metabolite ratio (CMR) and plasma caffeine half life (T1/2). The CYP1A2 -3860A genotype was associated with a decreased risk of breast cancer. In contrast, distributions of the CYP1A2 -2467T/delT or -2467delT/delT and -163A/C or A/A genotypes among breast cancer patients and controls were similar. When the genotype and phenotype relationship was measured by comparing the mean CMR ratios and caffeine half life within the genotype groups between subjects and breast cancer patients, there were no significant differences except for -3860 A, most of them being homozygous for the -3860 G/G SNP and had a significant higher mean CMR ratio and half life than those with -3860 G/A (P=0.02). The results of this preliminary study show a significant association between CP1A2 -3860 G variant and CYP1A2 phenotype which must be confirmed by further large-size case-control studies.
Objectives : The purpose of this study was to investigate the anti-cancer effects of 18α-Glycyrrhetinic acid (18α-GA), a hydrolyzed metabolite of glycyrrhizin, in AGS human gastric adenocarcinoma cells. Methods : We used human gastric adenocarcinoma cell line, AGS cells. We examined cell death by MTT assay and caspase 3 and 9 assay with 18α-GA. To examine the inhibitory effects of 18α-GA, sub-G1 analysis was done the AGS cells after 24 hours with 18α-GA. Also, to investigate the inhibitory mechanisms of 18α-GA, mitogen-activated protein kinase pathways and reactive oxygen species (ROS) generation were examined. Results : 1. 18α-GA inhibited the growth of AGS cells in a dose-dependent fashion. 2. Sub-G1 fractions were significantly and dose-dependently increased by 18α-GA. 3. 18α-GA increased the caspase 3 and 9 activities in AGS cells. 4. 18α-GA inhibited proliferation of AGS cells via the modulation of c‑Jun N‑terminal kinase (JNK) signaling pathways, which results in the induction of apoptosis. 5. 18α-GA enhanced ROS accumulation in AGS cells. Conclusions : Our findings provide insight into unraveling the effects of 18α-GA in human gastric adenocarcinoma cells and developing therapeutic agents against gastric cancer.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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