• 한국균학회지
• /
• 제48권3호
• /
• pp.217-228
• /
• 2020

본 연구에서는 경남 통영시의 한산도에서 서식하는 식물의 잎을 채취하여 내생균을 분리하였다. 분리한 균주는 배양특성과 포자등의 형태성특성 및 rDNA의 internal transcribed spacer 영역, small subunit 및 large subunit 영역, 그리고 translation elongation factor 1-α 영역의 DNA 염기서열을 분석하여 동정하였다. 연구결과 5종의 국내 미기록 내생균 균주를 확인하였으며, 확인된 종은 Arthrinium camelliae-sinensis, Beltraniella humicola, B. portoricensis, Microxiphium theae, Piceomphale pinicola이다. 확인된 미기록 균주의 형태적 특성 및 분자생물학적 계통분석의 결과에 대해 서술하였다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제44권1호
• /
• pp.29-34
• /
• 2006

The purpose of this study was to develop molecular identification method for medical mushrooms and their preparations based on the nucleotide sequences of nuclear large subunit (LSD) rDNA. Four specimens were collected of each of the three representative medicinal mushrooms used in Korea: Ganoderma Incidum, Coriolus versicolor, and Fomes fomentarius. Fungal material used in these experiments included two different mycelial cultures and two different fruiting bodies from wild or cultivated mushrooms. The genomic DNA of mushrooms were extracted and 3 nuclear LSU rDNA fragments were amplified: set 1 for the 1.1-kb DNA fragment in the upstream region, set 2 for the 1.2-kb fragment in the middle, and set 3 for the 1.3-kb fragment downstream. The amplified gene products of nuclear large subunit rDNA from 3 different mushrooms were cloned into E. coli vector and subjected to nucleotide sequence determination. The sequence thus determined revealed that the gene sequences of the same medicinal mushroom species were more than $99.48\%$ homologous, and the consensus sequences of 3 different medicinal mushrooms were more than $97.80\%$ homologous. Restriction analysis revealed no useful restriction sites for 6-bp recognition enzymes for distinguishing the 3 sequences from one another, but some distinctive restriction patterns were recognized by the 4-bp recognition enzymes AccII and HhaI. This analysis was also confirmed by PCR-RFLP experiments on medicinal mushrooms.

• 생명과학회지
• /
• 제23권10호
• /
• pp.1260-1266
• /
• 2013

본 연구에서는 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 ribosomal DNA (rDNA) cluster의 분석이 수행되었다. Small subunit (SSU)와 intergenic spacer 2 (IGS 2)는 부분적으로 염기서열이 결정되었고, internal transcribed spacer 1 (ITS 1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS 2), large subunit (LSU), intergenic spacer 1 (IGS 1), 5S는 완전하게 염기서열이 결정 되었다. 팽이버섯 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 rDNA cluster는 총 7,049 bp로 결정되었다. SSU은 1,796 bp, ITS1은 229 bp, 5.8S은 153 bp, ITS2는 223 bp, LSU은 3,348 bp, IGS1은 390 bp, IGS2은 900 bp로 염기서열이 분석되었다. 결정된 rDNA cluster의 총 7,049 bp 중에서 17 bp가 다름이 확인되었고, 각각 SSU (2 bp), ITS (3 bp), LSU (9 bp), IGS (3 bp)에서 차이를 확인하였다. ITS regions의 2차 구조 결과 5개의 stem-loop가 있음이 드러났다. 흥미롭게도, 이들 stem-loop 사이에서 stem-loop V에서 한 개의 상이한 염기가 다른 2차 구조를 나타냄을 확인하였다.

• ALGAE
• /
• 제22권2호
• /
• pp.57-67
• /
• 2007

We analyzed the nuclear-encoded large subunit ribosomal RNA gene (LSU rDNA) sequences of 19 dinoflagellates occurring in costal waters off Korea and reconstructed a phylogenetic tree containing 74 representative species from 37 distinct genera. Of these, the LSU rDNA sequences of Amylax triacantha (Jörgensen) Sournia, Gonyaulax verior Sournia (= Amylax diacantha Meunier), Gyrodinium fissum (Levander) Kofoid et Swezy, Katodinium glaucum (Lebour) Lebour III, Noctiluca scintillans (Macartney) Kofoid et Swezy, Oxyphysis oxytoxoides Kofoid, and Pyrophacus steinii (Schiller) Wall et Dale are reported for the first time. Our LSU rDNA tree consistently placed Oxyrrhis marina Dujardin and N. scintillans at the most primitive positions, giving rise to a strongly supported monophyletic group of typical dinoflagellate species belonging to the Dinophyceae. The phylogenetic relationships among the typical dinoflagellates, however, were not resolved in the higher taxonomic levels in general. Only genera at terminal branches were usually supported with high confidence. The Dinophysiales, represented by Dinophysis species and O. oxytoxoides, formed a strongly supported monophyletic assemblage. The Gymnodiniales and Peridiniales were recovered as polyphyletic groupings. Members of the Gonyaulacales were consistently grouped together, but lacked statistical support. Within this order, the Ceratiaceae and Goniodomataceae each formed a monophyletic group, but the Gonyaulacaceae was polyphyletic. The phylogenetic relationships of the Gonyaulacaceae were generally congruent with differences in the combinations of the apical pore complex, hypothecal organization and thecal formula.

• 한국균학회지
• /
• 제48권1호
• /
• pp.55-61
• /
• 2020

꼬마초롱이끼의 헛뿌리와 가는털깃털이끼의 잎에서 내생균을 분리하였다. 분리된 균주는 형태적 특성과 internal transcribed spacer, large subunit rDNA, Beta-tublin 영역 및 RNA polymerase II second largest subunit gene의 분자적 분석을 토대로 동정하였다. 연구 과정에서 2종의 국내 미기록종 내생균인 Cercophora thailandica와 Biscogniauxia petrensis를 확인하였다. 분리된 미기록종 내생균 균주의 형태적 특성 확인 및 계통 분석 결과에 대해 기술하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제5권4호
• /
• pp.194-199
• /
• 1995

A portion (7.4 kb) of ribosomal DNA tandem repeat unit from a genome of the mushroom T. matsutake has been cloned. A 1.75 kb EcoRI fragment was cloned first using S. cerevisiae 255 rRNA gene as a probe, and this was then used for further cloning. A chromosomal walking experiment was carried out and the upstream region of the 1.75 kb fragment was cloned using SmaI/BamHI enzyme, the size was estimated to be 5.2 kb in length. Part of the downstream region of the 1.75 kb fragment was also cloned using XbaI/BamHI enzymes. Restriction enzyme maps of three cloned DNA fragments were constructed. Northern hybridization, using total RNA of T. matsutake, and the restriction fragments of three cloned DNAs as probes, revealed that all four ribosomal RNA genes (large subunit[LSU], small subunit [SSU], 5.85 and 5S rRNA genes) are present in the cloned region. The gene organization of the rDNA are regarded as an intergenic spacer [IGS]2 (partial) - SSU rRNA - internal transcribed spacer [ITS]1 - 5.8S rRNA - ITS2 - LSU rRNA - IGS1 -5S rRNA - IG52 (partial).

• 한국균학회지
• /
• 제44권3호
• /
• pp.184-187
• /
• 2016

본 연구에서는 강원도 함백산에서 감자난초(Oreorchis patens)의 뿌리를 채집하여 내생균을 순수분리하였고, 분리된 균주의 형태학적 특징 및 분생포자 등을 관찰하였다. 또한 진균 특이적 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer rDNA 영역의 염기서열을 분석하고, primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역의 염기서열 분석하여 분자적으로 균을 동정하였다. 그 결과 Thelonectria veuillotiana, Phialocephala humicola 등의 2종의 국내 미기록 내생균을 동정하였고, 이를 보고하고자 한다.

• 한국균학회지
• /
• 제48권4호
• /
• pp.415-421
• /
• 2020

본 연구에서는 울릉도 및 여수에 서식하는 목본식물의 잎을 채취하고 내생균을 분리하였다. 분리된 균주는 배양 특성과 분생포자 등의 형태성 및 rDNA의 internal transcribed spacer 영역, large subunit 영역, 그리고 β-tubulin 영역의 DNA 염기서열을 분석하여 동정하였다. 연구 결과 국내 미기록 내생균 2종을 확인하였으며, 확인된 종은 Neofusicoccum mangiferae과 Thyronectria cucurbitula이다. 확인된 미기록종 균주의 형태적 특성 및 분자생물학적 계통분석의 결과에 대해 서술하였다.

• Mycobiology
• /
• 제39권3호
• /
• pp.226-229
• /
• 2011

An unrecorded Antrodia species was collected in South Korea and based on morphological characteristics, the species was identified as Antrodia sitchensis. To confirm its affinity within the polypores, the phylogenetic relationships of A. sitchensis and allied species were established using large subunit rDNA sequences.

• 한국균학회지
• /
• 제49권1호
• /
• pp.81-86
• /
• 2021

전남 여수 금오산의 청미래덩굴 잎과 경남 통영 한산도의 삼나무 침엽을 표면살균하여 내생균을 분리하였다. 분리된 균주는 internal transcribed spacer (ITS), large subunit rDNA (LSU), translation elongation factor 1-α DNA (TEF)의 염기서열을 이용한 계통분석 및 형태적 특성을 이용하여 동정하였다. 본 연구에서 Phyllosticta 속에 속하는 두 종의 국내 미기록종 내생균이 확인되었으며, 확인된 종은 Phyllosticta ericaum과 Phyllosticta philoprina이다. 두 종의 내생균 균주에 대해 형태적 특성 및 계통분석의 결과를 보고하고자 한다.