In vivo bioassays for biological medicines have been considered final resort to unequivocally assess the biological activities for them because there are some cases in which the biological activities obtained from in vivo bioassay and in vitro bioassay quite differ each other. The in vivo biological activity of EPO depends on its sialic acid contents which confer microheterogeneity-isoforms to this protein. We have devise a method which consists of a in vitro bioassay using BaF3 cell line and a capillary zone electrophoresis (CZE) for the measurement of the EPO isoform distribution. The biological activity of EPO obtained using in vitro bioassay with BaF3 cell line showed good correlation (C.V.(%) 7.34, 5.85, 8,16, 8.08, 8.8) to EPO content measured either spectrophotometric assay (A280 0.1 % =0.743) or radio immunoassay. The assay validation results of in vitro bioassay with 3 lot of in house EPO showed good results to EPO content measured either in vivo assay or radio immunoassay. and also showed good results the robustness of our method in terms of precision, accuracy, repeatability. The isoform distribution for EPO-BRP (1 : 1 mixture of epoetin-${\alpha}$ and epoetin-${\beta}$, European Pharmacopoeia) by CZE method resulted in isoform 2 through isoform 8. The major peaks in electrophoregram were composed of isoform 3 through 7. Our recombinant EPO (epoetin-${\alpha}$) having equivalent in vivo biological activity showed the isoform distribution of isoform 3 through 9. The major peaks consisted of isoform 4 through 8. The peak area of isoform 4 was always smaller than that of isoform 5. The preparations of recombinant epoetin-${\alpha}$ with lower in vivo biological activity than EPO-BRP showed the isoform 2 through 8 in their electrophoregrams whose major peaks consisted of the isoform 3 through 7. The peak area of isoform 4 was larger than that of isoform 5.
The lengths of thick and thin filaments in the sarcomeres of most vertebrate skeletal muscles are precisely regulated and are important structural parameters in understanding muscle contraction. Nebulin is a usually large protein that spans the whole length of thin filaments in the sarcomeres of skeletal muscles. In this paper we used SDS-PAGE and immunoblot to identify nebulin isoform proteins in muscle and non-muscle tissues. We prepared embryonic chicken tissues including skeletal muscle, cardiac muscle, smooth muscle, brain, liver to compare nebulin isoform proteins. The proteins were divided into soluble and insoluble fraction. As a result, we identified tissue specific expression of various nebulin isoform proteins in muscle and non-muscle tissues of chicken. Nebulin was detected in skeletal muscle of adult chicken about 500 kDa. Nebulett was expressed in cardiac muscle of embryonic and adult chicken about 107 kDa. A giant protein with molecular mass of about 380 kDa was identified in brain of non-muscle of chicken. This giant protein was detected in the soluble fraction of chicken embryo. The unequal distribution of the nebulin isoform proteins suggests tissue specific regulation of the isoform expression and indicates a functional specialization of the encoded isoform subtypes.
Seo, Jin-Won;Yang, Eun-Jeong;Kim, Se Hoon;Choi, In-Hong
BMB Reports
/
v.48
no.12
/
pp.696-701
/
2015
Toll-like receptor 3 (TLR3) recognizes viral double-stranded RNA. It stimulates pro-inflammatory cytokine and interferon production. Here we reported the expression of a novel isoform of TLR3 in human astrocyte cell lines whose message is generated by alternative splicing. The isoform represents the N-terminus of the protein. It lacks many of the leucine-rich repeat domains, the transmembrane domain, and the intracellular Toll/interleukin-1 receptor domain of TLR3. Type I interferons (interferon-α and interferon-β) induced the expression of this isoform. Exogenous overexpression of this isoform inhibited interferon regulatory factor 3, signal transducers and activators of transcription 1, and Inhibitor of kappa B α signaling following stimulation. This isoform of TLR3 also inhibited the production of chemokine interferon-γ-inducible protein 10. Our study clearly demonstrated that the expression of this isoform of TLR3 was a negative regulator of signaling pathways and that it was inducible by type I interferons. We also found that this isoform could modulate inflammation in the brain.
Proceedings of the Korea Contents Association Conference
/
2018.05a
/
pp.317-318
/
2018
유전자는 alternative splicing으로 환경에 맞는 전사체를 발현함으로써 생명체의 복잡성을 야기한다. 하지만 대부분의 유전자는 dominant한 isoform 하나만이 주로 발현되며 그 외는 극히 미약하게 발현을 한다. 정상 대비 암조직에서 dominant하게 발현되는 isoform은 암의 생성과 발달에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 이에 정상과 비교하여 암 특이적인 isoform, 즉 isoform switch가 일어나는 유전자를 찾기 위해 TCGA의 RNA-seq 데이터를 다운로드하여 isoform switch가 일어나는 유전자를 뽑았다. 12 조직에 대한 2,925 유전자는 기능분석을 통해 암과 밀접하게 연관되어 있음을 알 수 있었다.
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria의 감염으로 토마토 잎조직에 $\beta$-1, 3-Glucanases와 chitinases가 합성, 축적되었다. 그러나 접종되지 않은 건전한 잎에서는 위의 두 가지 가수분해 효소는 매우 낮은 수준으로 유지되었고, 이 두 가지 효소는 친화적 상호작용에서보다는 불친화적 상호작용에서 더욱 높은 수준으로 존재하였다. 이것은 $\beta$-1, 3-glucanases와 chitinases가 X. c. pv. vesicatoria의 생육에 대한 방어기작으로서 중요한 역할을 한다는 것을 시사해 주고 있다. Native PAGE 젤 상에서 $\beta$-1, 3-glucanases를 분리한 결과, 병징 발현이나 저항성 발현에 중요한 역할을 하는 것으로 생각되는 산성 isoform Ga 1과 염기성 isoform Gb 1의 isoform bands만 확인되었다. Isoelectric focusing을 이용하였을 때, 적어도 pI 6.4와 pI 8.6을 지닌 두 개의 $\beta$-1, 3-glucanases의 isoform을 확인할 수 있었고, 특히 불친화적 상호작용에서 더욱 뚜렷하게 유도되었다. 이것은 병 진전과정에서 X. c. pv. vesicatoria에 대해 저항성 발현에 관여한다는 것을 나타내고 있다. 산성 chitinase isoform인 Ca 1의 활성은 병원균의 감염이 진전되는 동안 감소하였다. 또한 다섯 개의 염기성 chitinase isoform이 감염된 토마토 잎 조직에서 발견되었는데, 특히 토마토의 방어기작에 관여하여 병원화적 균주 Bv5-4a에 감염된 잎에서만 유도, 축적되었다. Isoelectric focusing(IEF)을 이용한 후 적어도 2개의 산성과 4개의 염기성 chitinase isoform이 감염된 토마토 잎 추출액에서 확인되었다. Native PAGE 젤에서 isoform Cb 1에 해당되는 pI 9.5를 지닌 chitinase isoform은 오직 불친화적 상호작용에서만 확인되었다. 이온이 제거된 Triton X-100을 처리하여 renaturation 시킨 후에 SDS-PAGE 젤 상태에서 23 kDa과 26 kDa을 지닌 2개의 chitinase isoform을 확인하였다.
The isoform 1 of cyclodextrin glycosyltransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) from Paenibacillus sp. A11 was purified by a preparative gel electrophoresis. The importance of histidine, tryptophan, tyrosine, and carboxylic amino acids for isoform 1 activity is suggested by the modification of the isoform 1 with various group-specific reagents. Activity loss, when incubated with diethylpyrocarbonate (DEP), a histidine modifying reagent, could be protected by adding 25 mM methyl-$\beta$-cyclodextrin substrate prior to the modification. Inactivation kinetics of isoform 1 with DEP resulted in second-order rate constants ($k_{inactivation}$) of $29.5\;M^{-1}s^{-1}$. The specificity of the DEP-modified reaction for the histidine residue was shown by the correlation between the loss of isoform activity and the increase in the absorbance at 246 nm of N-carbethoxyhistidine. The number of histidines that were modified by DEP in the absence and presence of a protective substrate was estimated from the increase in the absorbance using a specific extinction coefficient of N-carbethoxyhistidine of $3,200\;M^{-1}cm^{-1}$. It was discovered that methyl-$\beta$-CD protected per mole of isoform 1, two histidine residues from the modification by DEP. To localize essential histidines, the native, the DEP-modified, and the protected forms of isoform 1 were digested by trypsin. The resulting peptides were separated by HPLC. The peptides of interest were those with $R_t$ 11.34 and 40.93 min. The molecular masses of the two peptides were 5,732 and 2,540 daltons, respectively. When the data from the peptide analysis were checked with the sequence of CGTase, then His-140 and His-327 were identified as essential histidines in the active site of isoform 1.
Cigarette smoking is the leading cause of the lung cancer. However, mechanism of action underlying the carcinogenesis in the lung still remains to be elucidated. The present study attempted to look into the carcinogenic potential of tobacco-specific nitrosamine, NNK (4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone) and the effects of protein kinase C (PKC) isoforms in an immortalized human epithelial cell model. Material and Method: Immortalized human epithelial cells were exposed with NNK and examined for its carcinogenic potential as measured by saturation density, soft-agar colony formation, and cell aggregation assay. The specific isoform of PKCs involved in the cellular transformation was analysed through western blot with monoclonal antibody and measured separately in cytosolic fraction and membrane fraction. Result: Human epithelial cells exposed with NNK showed prominent carcinogenic potential in saturation density, soft agar colony formation, and cell aggregation assay. PKC isoform analysis results are as follows: PKC- $\alpha$ showed significant translocation of protein levels from cytosolic fraction to membrane fraction, as analyzed by immunoblot. PKC- $\varepsilon$ showed a dose-dependent increase of translocation. PKC- λ was not affected by NNK treatment. Conclusion: The study demonstrated that there was a certain specificity in the patterns of isoform induction following chemical carcinogen exposure. Thus, it is suggested that identification of specific isoform be a clue to find target molecules in the carcinogenesis.
Kim, Yi Kyung;Cho, Young Sun;Lee, Sang Yoon;Nam, Yoon Kwon
Fisheries and Aquatic Sciences
/
v.17
no.4
/
pp.471-478
/
2014
Genomic organization, including the structural characteristics of 5'-flanking regions of two 65-kDa protein (WAP65) isoform genes associated with warm temperature acclimation, were characterized and their transcriptional responses to immune challenges were examined in the intestine, kidney and spleen of the mud loach (Misgurnus mizolepis; Cypriniformes). Both mud loach Wap65 isoform genes displayed a 10-exon structure that is common to most teleostean Wap65 genes. The two mud loach Wap65 isoforms were predicted to possess various stress- and immune-related transcription factor binding sites in their regulatory regions; however, the predicted motif profiles differed between the two isoforms, and the inflammation-related transcription factor binding motifs, such as NF-${\kappa}B$ and CREBP sites, were more highlighted in the Wap65-2 isoform than the Wap65-1 isoform. The results of qRT-PCR indicated that experimental immune challenges using Edwardsiella tarda, lipopolysaccharide or polyI:C induced the Wap65-2 isoform more than Wap65-1 isoform, although modulation patterns in response to these challenges were tissue- and stimulant-dependent. This study confirms that functional diversification between the two mud loach Wap65 isoforms (i.e., closer involvement of Wap65-2 in the acute phase of inflammation and innate immunity) occurs at the mRNA level in multiple tissues, and suggests that such differential modulation patterns between the two isoforms are related to the different transcription factor binding profiles in their regulatory regions.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
/
v.27
no.1
/
pp.225-243
/
2016
Thanks to recent advance of next generation sequencing techniques, RNA-seq enabled to have an unprecedented opportunity to identify transcript variants with isoform diversity and allelic imbalance (Anders et al., 2012) by different transcriptional rates. To date, it is well known that those features might be associated with the aberrant patterns of disease complexity such as tissue (Anders and Huber, 2010; Anders et al., 2012; Nariai et al., 2014) specific differential expression at isoform levels or tissue specific allelic imbalance in mal-functionality of disease processes, etc. Nevertheless, the knowledge of post-transcriptional modification and AI in transcriptomic and genomic areas has been little known in the traditional platforms due to the limitation of technology and insufficient resolution. We here stress the potential of isoform variability and allelic specific expression that are relevant to the abnormality of disease mechanisms in transcriptional genetic regulatory networks. In addition, we systematically review how robust Bayesian approaches in RNA-seq have been developed and utilized in this regard in the field.
The development of the alpha2 isoform of (Na,K)ATPase which is high affinity ouabain receptors was studied in the differentiating nonfusing muscle cell line BC3H-1. T he differentiation process of BC3H-1 cell line was confirmed by 2-dexy-D-[$^3$H] glucose uptake experiment and the quantity of the expression of ${\alpha}_2$ isoform was measured using a whole cell [$^3$H] ouabain-binding assay. Undifferentiated growing BC3H-1 cells, myoblasts, exhibited low levels of insulin-stimulated glucose uptake and [$^3$H] ouabain-binding sites. In contrast, differentiated BC3H-1 cells, myocytes, had a 5.6-fold increase in insulin-stimulated glucose uptake and 5-fold increase in [$^3$H] ouabain-binding sites. Scatchard analysis showed that myocytes developed more [$^3$H] ouabain-binding sites than myoblasts vath a dissociation constant (kd) of 6${\times}10^{-8}$M and capacity of 6.l${\times}10^{-5}$ sites/cell. Therefore. it seems that myoblasts express low levels of ${\alpha}_2$ subunit and probably the majority of ${\alpha}_1$ subunit, whereas myocytes express high levels of ${\alpha}_2$ isoform. The results indicate that the expression of ${\alpha}_2$ isoform is developmentally regulated during differentiation and that BC3H-1 culture system provides an excellent model for the study of differentiation and mechanism of (Na,K)ATPase action in muscle which requires electrical excitability.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.