• 제목/요약/키워드: helical groove

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NMR Study on Thermal Stability of the Double Helical Structures of d(CGAATTCG)2, d(CGTATACG)2 and their berenil complexes

  • Kim, Eun-Hee;Hong, Seok-Joo;Huh, Sung-Ho
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제8권2호
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    • pp.96-107
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    • 2004
  • We prepared two oligonucleotides containing same base pairing, but different base sequence in the middle region, d(CGAATTCG) and d(CGTATACG). NMR and UV absorbance data represented that such variation in base sequence could cause a significant difference in melting temperature and dynamics between d(CGAATTCG)$_2$ and d(CGTATACG)$_2$ duplexes, which are regarded to be associated with the stacked structure and the width of the minor groove of them. The latter showed poor stability compared to the former, because of poor stacking of bases. And berenil could bind to the minor groove of d(CGAATTCG)$_2$ which is relatively narrow, more strongly than d(CGTATACG)$_2$ and this gave rise to large improvement in thermal stability of the d(CGAATTCG)$_2$ duplex, compared to d(CGTATACG)$_2$.

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NMR Study on Binding Interactions of Cationic Porphyrin Derivatives with double helical $d(CGCGAATTCGCG)_2$

  • Huh, Sungho;Hong, Seokjoo
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제5권2호
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    • pp.118-129
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    • 2001
  • Binding interactions of cationic porphyrins, T4MPyP and TMAP with DNA oligomer d(CGCGAATTCGCG), were studied with NMR spectroscopy, W and CD spectroscopic method. Two porphyrins showed significant differences in NMR, UV and CD data upon binding to DNA. T4MPyP was considered to position more closely to DNA bases through partial intercalation as well as ionic intercalation between the positive charges of porphyrin and phosphate group of DNA at 5’-GC-3’steps. Contrast to this, TMAP was thought to bind to phosphate of DNA more or less outside of the groove.

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Foldback Intercoil DNA and the Mechanism of DNA Transposition

  • Kim, Byung-Dong
    • Genomics & Informatics
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    • 제12권3호
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    • pp.80-86
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    • 2014
  • Foldback intercoil (FBI) DNA is formed by the folding back at one point of a non-helical parallel track of double-stranded DNA at as sharp as $180^{\circ}$ and the intertwining of two double helixes within each other's major groove to form an intercoil with a diameter of 2.2 nm. FBI DNA has been suggested to mediate intra-molecular homologous recombination of a deletion and inversion. Inter-molecular homologous recombination, known as site-specific insertion, on the other hand, is mediated by the direct perpendicular approach of the FBI DNA tip, as the attP site, onto the target DNA, as the attB site. Transposition of DNA transposons involves the pairing of terminal inverted repeats and 5-7-bp tandem target duplication. FBI DNA configuration effectively explains simple as well as replicative transposition, along with the involvement of an enhancer element. The majority of diverse retrotransposable elements that employ a target site duplication mechanism is also suggested to follow the FBI DNA-mediated perpendicular insertion of the paired intercoil ends by non-homologous end-joining, together with gap filling. A genome-wide perspective of transposable elements in light of FBI DNA is discussed.

리기다소나무 (Pinus rigida Miller) 지재(枝材)의 압축이상재(壓縮異常材), 대응재(對應材) 및 측면재(側面材) 특성(特性)에 관한 주사전자현미경적(走査電子顯微鏡的)인 연구(硏究) (Scanning Electron Microscopic Studies on the Features of Compression Wood, Opposite Wood, and Side Wood in Branch of Pitch Pine(Pinus rigida Miller))

  • 엄영근;이필우
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제13권1호
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    • pp.3-18
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    • 1985
  • 한국(韓國)에서는 리기다소나무 (Pinus rigida Miller, pitch pine) 지재(枝材)의 해부학적(解剖學的)인 특성(特性)에 관한 연구(硏究)가 광학현미경적(光學顯微鏡的)인 방법(方法)을 통하여 이(李)에 의하여 1972년(年) 발표(發表)되었다. 본 연구(硏究)에서는 리기다소나무 지재(枝材)의 해부학적(解剖學的)인 특성(特性)에 관한 이(李)의 연구(硏究) 속보(續報)로써 압축이상재(壓縮異常材) (compression wood), 대응재(對應材) (opposite wood) 및 측면재(側面材) (side wood)의 횡단면(橫斷面)과 방사단면(放射斷面)상의 조직학적(組織學的) 특성(特性)을 주사전자현미경(走査電子顯微鏡)을 통하여 비교(比較) 연구(硏究)한 바 얻어진 결과(結果)를 요약(要約)하여 보면 다음과 같다. 1. 압축이상재(壓縮異常材)에 있어서 춘재(春材)로부터 추재(秋材)로의 가도관(假導管) 이행(移行)은 극점(極漸)이며 가도관(假導管)의 배열(排列) 및 크기 역시 거의 균일(均一)한 상태(狀態)를 나타내지만 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)에 있어서는 가도관(假導管)의 이행(移行)이 급(急)하며 가도관(假導管)의 배열(排列) 및 크기도 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管)보다 불균일(不均一)하다. 또한 대응재(對應材)의 연륜폭(年輪幅)은 압축이상재(壓縮異常材)나 측면재(側面材)의 연륜폭(年輪幅)보다 좁으며 측면재(側面材)의 횡단면(橫斷面)상 방사조직(放射組織)은 압축이상재(壓縮異常材) 및 대응재(對應材)의 방사조직(放射組織)보다 더 명확(明確)하다. 2. 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管) 특히 춘재(春材) 가도관(假導管)이 둥근 경향(傾向)을 나타내는데 반하여 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)의 가도관(假導管)은 다소 모난 모양을 나타낸다. 그리고 세포간극(細胞間隙) (intercellular space), 나선강(螺旋腔) (helical cavity) 및 나선형(螺旋型) (spiral check)이 압축이상재(壓縮異常材)의 춘재(春材) 및 추재(秋材)에 모두 존재하는데 반하여 대응재(對應材)에 있어서는 춘재(春材) 및 추재(秋材) 모두에 존재(存在)하지 않는다. 3. 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)에 있어서 추재(秋材) 가도관(假導管)의 막(膜) 두께가 춘재(春材) 가도관(假導管)의 것보다는 더욱 크지만 압축이상재(壓縮異常材)의 추재(秋材) 가도관(假導管)은 그 막(膜)의 두께가 춘재(春材) 가도관(假導管)의 것과 비슷하여 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)의 가도관(假導管)과는 달리 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管)에는 2차막(次膜)의 $S_3$ 층(層)이 존재(存在)하지 않는다. 4. 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)의 가도관(假導管)과는 달리 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管)은 종종 그 선단부(先端部)가 굴곡(屈曲)되어 있으며 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管)에 존재(存在)하는 유연막공(有緣膜孔)은 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)의 것과는 달리 세포막(細胞膜) 내표면(內表面)의 나선상(螺旋狀) (groove)에 존재(存在)한다. 5. 대응재(對應材) 및 측면재(側面材)의 가도관(假導管)의 방사막(放射膜)에 존재(存在)하는 유연막공(有緣膜孔)은 난형(卵形)이지만 압축이상재(壓縮異常材)의 가도관(假導管)의 유연막공(有緣膜孔)은 약간 변형(變形)된 난형(卵形)을 나타낸다. 6. 측면재(側面材)의 춘재(春材)에 있어서 소형(小形) 분야막공구(分野膜孔口)는 둥근 삼각형(三角形)을 나타내며 대형(大形) 분야막공구(分野膜孔口)는 2개의 소형(小形) 분야막공구(分野膜孔口)가 합병(合倂)되어 창상(窓狀)을 나타낸다. 그러나, 대응재(對應材)의 춘재(春材)에 있어서 소형(小形) 분야막공구(分野膜孔口)는 직립(直立)의 난형(卵形)을 그리고 대형(大形) 분야막공구(分野膜孔口)는 평복(平伏)의 난형(卵形)을 나타내며 압축이상재(壓縮異常材)의 분야막공구(分野膜孔口)는 가도관측(假導管側)의 막공연(膜孔緣)으로 인하여 춘재(春材)의 것이 양편 볼록렌즈형(形)을, 추재(秋材)의 것이 슬릿 (slit)형(形)을 나타낸다.

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유동 해석을 통한 마그네슘 합금의 마찰교반용접 분석 연구 (Analysis of Friction Stir Welding Process of Mg alloy by Computational Fluid Dynamics)

  • 김무선;선승주;김정석
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제18권12호
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    • pp.679-684
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    • 2017
  • 마찰 교반 용접(Friction Stir Welding)은 금속 소재 대상으로 용접 툴과 용접 재료의 마찰열을 이용하여 재료 융점 이하의 온도에서 접합하는 용접 기법이다. 이번 연구에서는 금속 접합시 쓰이는 마찰 교반 용접 기법을 활용하여 마그네슘 합금(AZ31)을 용접할 때, 용접시 발생하는 용접 대상인 마그네슘 합금의 온도 및 속도 변화에 대해 유동 해석 기법을 활용하여 분석하였다. 분석을 위해 유동 해석 툴인 플루언트를 활용하여 모델링 및 해석을 진행하였다. 먼저 용접 소재는 온도에 따라 변하는 고점도 뉴턴 유체로 가정하였으며, 나선형 홈이 있는 용접 툴의 회전에 의한 회전 유동 발생을 모사하기 위해 회전 영역과 정지 영역으로 구분하여 모사하였다. 용접 툴과 용접 재료 사이의 인터페이스는 마찰 및 미끄러짐 경계조건을 부여하여 용접 툴로의 열전달 효과를 고려하였다. 위의 유동 해석 모델링을 통한 과도 해석 결과로부터 시간의 변화에 따른 용접 소재의 속도와 온도 특성을 파악할 수 있었다.