International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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제8권1호
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pp.33-41
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2004
The type of trichomes, their density and pattern of distribution on leaves of 16 genotypes of mulberry, belonging to both diploid and polyploid categories, were studied by scanning electron microscope. The present investigation was undertaken to find out the relationship of physical attributes, especially the density and trichome types with higher acceptability and better rearing performance by the silkworm Bombyx-mori L. Two types of trichomes glandular and non-glandular types were observed on both the leaf surfaces of all the mulberry genotypes studied. In general, greater densities of trichomes were observed on the abaxial surface than the adaxial surface of leaves in most of the genotypes. Distribution of glandular trichomes were more in abaxial surface and non-glandular trichomes were more in adaxial surface. Overall, distribution of glandular and non-glandular trichomes per unit area of leaf did not follow any regular pattern. When leaves of those genotypes were fed to silkworms, trichome density was found to be significantly negatively correlated with the survival of larvae i.e., effective rate of rearing, but trichome density did not influence the economic characters of rearing. As the distribution of glandular trichomes (GT) and non-glandular trichomes (NGT) did not follow any definite pattern, no relation could be established between the GT and NGT densities with silkworm rearing performance. However, the ratio of GT and NGT in a particular genotype influenced the rearing parameters, higher the ratios better the rearing performance. High GT and NGT ratio (>1.00) was found positively significant when correlated with economic parameters viz., larval weight, single cocoon weight and single shell weight. The study is useful in screening different mulberry genotypes for their better acceptability to silk-worm and higher rearing performance at the early stage of selection without actually conducting the rearing.
Objectives:Although polymorphisms of apolipoprotein E have been investigated in many neuropsychiatric disorders, results were controversial and even contradictory. The purpose of this study was to investigate the genotypes of apolipoprotein E in schizophrenia and healthy controls, and to compare them in two groups in terms of distribution of apolipoprotein E genotype and allele. Method:Using polymerase chain reaction and amplified refractory mutation system, apolipoprotein E genotypes were identified in 77 schizophrenics and 115 healthy control persons. Results:The results were as follows 1) When genotypes of apolipoprotein E were classified into ${\varepsilon}2/2$, ${\varepsilon}2/3$, ${\varepsilon}2/4$, ${\varepsilon}3/3$, ${\varepsilon}3/4$, ${\varepsilon}4/4$ according to phenotypes, there were no statistical differences in genotypes between two groups 2) In terms of allele frequency, there were also no statistical differences between two groups Conclusion:These results suggest that genotypes and alleles of apolipoprotein E seem to be unrelated to the pathogenesis of schizophrenia.
Hepatitis A virus (HAV) is a causative agent of triggering acute hepatitis which is transmitted by person-to-person contact and or fecal-oral route. In previous studies, most hepatitis A virus (HAV) isolates had been genotype IA in Korea. Recently, a small number of different genotypes were reported with an upsurge of acute hepatitis by HAV. Therefore, the distribution of HAV genotypes was investigated. RNA was extracted from anti-HAV IgM positive sera which were collected from February to August 2009, at a tertiary care hospital in eastern Jeonnam, Korea. Nested reverse transcription PCR and direct sequencing for VP1/P2A region of the HAV were performed. A total of 365 cases with suspected acute hepatitis were tested for anti-HAV IgM and positive results were obtained in 24 sera (9.0%), which were collected 2 to 15 days (median, 7 days) after the onset of symptoms. Of the 24 seropositive samples, 14 (58.3%) samples were positive for HAV RNA, among which 4 isolates (28.6%) were genotype IA and the other 10 (71.4%) were genotype IIIA. Both IA and IIIA genotypes were isolated from 5~6 neighboring administrative districts throughout the year without geographic or seasonal restrictions. HAV genotypes (IA and IIIA) were observed from the eastern Jeonnam for the studied.
When an observable is described by a single value, the statistic significance may be estimated by construction of null distribution using permutation and counting the portion of it that exceeds the observed value by chance. Genome-wide association study usually focuses on the association measure between a single or interacting genotypes with a single phenotype. However investigation of common genotypes associated simultaneously on multiple phenotypes may involve the observables that should be described with multiple numbers. Statistical significance for such an observable would involve null distribution in multiple dimensions. In this study, extension of the p-value estimation process using null distribution in one dimension has been sought that may be applicable to two dimensional case. Comparison of the position of points within the set of points they form has been proposed to use a positioning parameter inspired by the extension of the Kolmogorov-Smirnov statistic to two dimensions.
Bishguurmaa Renchindorj;Bo Kyeung Jung;Joowon Park
한국미생물·생명공학회지
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제50권3호
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pp.422-429
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2022
The hepatitis C virus (HCV) genome contains a positive-sense single-stranded RNA molecule, and it is classified into 8 genotypes and 87 subtypes. Globally, over 350,000 people die from liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma caused by HCV each year. Here, the genotype distribution of HCV was estimated in the population in Cheonan, Korea using Sanger sequencing. In addition, the correlation between HCV RNA level and genotype was assessed using real-time polymerase chain reaction (PCR); similarly, the correlation of HCV RNA level with isolation year (2007-2016) was determined using 463 consecutive serum samples obtained from patients at Dankook University Hospital, Cheonan, Korea. In 2007, genotype 1b (54.2%) was predominant, followed by genotypes 2a (41.7%), 1a (2.1%) and 3a (2.1%); whereas in 2016, the predominant genotype was 2a (49.0%), followed by genotypes 1b (46.9%), 3b (2%), and 4a (2%). Neither age nor sex was correlated with HCV genotype. Furthermore, the mean HCV RNA level decreased significantly from 2012 to 2016 (p < 0.05). However, no significant correlations between genotype and HCV RNA level were found. Overall, the findings revealed that genotypes 2a and 1b were the most common in Cheonan, and the prevalence of HCV genotype 1b tended to decrease over the past decade.
HCV는 single stranded RNA 바이러스로서 감염 시에는 만성간염 및 간경화 간암으로 진행될 수 있는 가능성이 높다. HCV는 6종의 주된 genotype과 그에 따른 많은 종류의 subtype이 보고되고 있으며, 세계 각 지역별로 그 분포는 매우 다양하다. 여러 가지 HCV genotype 중에서 1b 형에 감염되었을 경우 간경화나 간암으로 진행할 가능성이 높으며 치료효과도 떨어진다는 보고가 있어, 최근 HCV 환자의 치료에 있어서 HCV 바이러스 정량검사와 함께 HCV genotyping 검사의 임상적 활용이 높아지고 있다. 본 연구에서는 PCR-direct sequencing을 이용한 HCV genotyping 검사방법을 이용하여, 한국인 만성 HCV 간염환자에서 HCV genotype의 분포를 조사하였다. 검체로는 232명의 한국인 만성간염환자의 혈청을 사용하였으며, HCV 5'UTR 영역에서 선택한 2쌍의 primer로 nested PCR을 실시하였다. 증폭된 PCR산물 (215 bps)은 2% agrose gel로 전기영동을 하고 sequencing을 실시한 후 GeneBank의 BLAST 프로그램을 사용하여 HCV genotype을 분석하였다. HCV genotyping을 실시한 232명에서 5종류의 genotype, HCV 1b, 2a, 2b, 2c, 3a, 이 발견되었으며, HCV genotype 4, 5, 6 은 검출되지 않았다. 발견된 HCV genotype 중에서 HCV 1b의 검출률이 53.9%로 가장 높았고, 다음은 HCV 2a가 35.8%로 높게 나타나, 위 두 가지 HCV genotype을 합하면 거의 90%였다. 다음으로 HCV genotype 2b가 3.9%, 3a가 3.4% 그리고 2c가 3.0%의 순서로 검출되었다. 본 결과는 한국인 만성 HCV간염 환자의 치료 및 예후관리에 참고가 될 것으로 사료된다. 또한 PCR-direct sequencing을 이용한 HCV genotyping 검사는 간편하고 분명하게 결과를 판독할 수 있어 임상실험실에서 유용하게 사용될 수 있을 것으로 판단된다.
Raub, Sayyidi Hamzi Abdul;Isa, Nurismah Md.;Zailani, Hatta Ahmad;Omar, Baharudin;Abdullah, Mohamad Farouk;Amin, Wan Anna Mohd;Noor, Rushdan Md.;Ayub, Mukarramah Che;Abidin, Zainal;Kassim, Fauziah;Vicknesh, Visvalingam;Zakaria, Zubaidah;Kamaluddin, Muhammad Amir;Tan, Geok Chin;Syed Husain, Sharifah Noor Akmal
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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제15권2호
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pp.651-656
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2014
Background: Cervical cancer is the third commonest type of cancer among women in Malaysia. Our aim was to determine the distribution of human papilloma virus (HPV) genotypes in cervical cancer in our multi-ethnic population. Materials and Methods: This was a multicentre study with a total of 280 cases of cervical cancer from 4 referral centres in Malaysia, studied using real-time polymerase chain reaction (qPCR) detection of 12 high risk-HPV genotypes. Results: Overall HPV was detected in 92.5% of cases, in 95.9% of squamous cell carcinomas and 84.3%of adenocarcinomas. The five most prevalent high-risk HPV genotypes were HPV 16 (68.2%), 18 (40%), 58 (10.7%), 33 (10.4%) and 52 (10.4%). Multiple HPV infections were more prevalent (55.7%) than single HPV infections (36.8%). The percentage of HPV positive cases in Chinese, Malays and Indians were 95.5%, 91.9% and 80.0%, respectively. HPV 16 and 18 genotypes were the commonest in all ethnic groups. We found that the percentage of HPV 16 infection was significantly higher in Chinese (75.9%) compared to Malays (63.7%) and Indians (52.0%) (p<0.05), while HPV 18 was significantly higher in Malays (52.6%) compared to Chinese (25.0%) and Indians (28%) (p<0.05). Meanwhile, HPV 33 (17.9%) and 52 (15.2%) were also more commonly detected in the Chinese (p<0.05). Conclusions: This study showed that the distribution of HPV genotype in Malaysia is similar to other Asian countries. Importantly, we found that different ethnic groups in Malaysia have different HPV genotype infection rates, which is a point to consider during the implementation of HPV vaccination.
Background: Deletion types of genetic variants of glutathione S-transferase (GST) M1 and T1, the GSTM1 null and GSTT1 null which are risk factors for certain cancers, have been ubiquitously found in human populations but their worldwide distribution pattern is unclear. Materials and Methods: To perform a meta-analysis, a systematic search for the literature on GSTM1 and GSTT1 null genotypes was done to identify 63 reports for 81 human populations. Relationships between the GSTM1 and GSTT1 null genotype frequencies and the absolute latitude of 81 populations were tested by Spearman's rank correlation coefficient. Results: A significant positive correlation was detected between the GSTM1 null genotype frequency and the absolute latitude (r=0.28, p-value <0.05), whereas the GSTT1 null genotype frequency and absolute latitude showed a significant negative correlation (r= -0.41 p-value <0.01). There was no correlation between the frequencies of GSTM1 and GSTT1 null genotype in each population (r= -0.029, p-value=0.80). Conclusions: Latitudinal clines of the distribution of the GSTM1 and GSTT1 null genotypes may be attributed to the result of gene-environmental adaptation. No functional compensation between GSTM1 and GSTT1 was suggested by the lack of correlation between the null frequencies for GSTM1 and GSTT1.
Background: Hepatitis C virus (HCV) infection is an important cause of liver cancer in Thailand. The highest prevalence of anti-HCV positive among Thai blood donors is found in the northeastern region. The present analysis of the genotype distribution among anti-HCV positive northeastern-Thai blood donors was conducted to provide a base for the epidemiological pattern of HCV infection in this region. Materials and Methods: A total of 112 HCV seropositive healthy blood donors were randomly selected and tested for the presence of HCV-RNA by RT-PCR. HCV-RNA positive samples were genotyped by direct sequencing at core region genomes and confirmed by phylogenetic analysis. Results: HCV viremia was found in 94.6% (106/112) of HCV seropositive blood donors. There were 3 major genotypes distributed among this population. HCV genotype 3a was the most prevalent (71.7%) followed by genotypes 1a (7.5%), 1b (7.5%), 6i (3.8%), 6f (2.8%) and 6n (1.9%). Conclusions: HCV genotype 3a in asymptomatic infections in northeastern Thailand is significantly higher than other previous reports. Subgenotype 6 prevalence is less than in neighboring countries and distribution patterns differ. The findings are relevant as predictors for using interferon therapy in this population.
To determine the clinical usefulness of Immuno Blot test, 160 samples from the patients with chronic HCV infection were analyzed. And serotyping and line probe assay were performed to evaluate the distribution of hepatitis C virus genotypes in Korean isolates. In this group, as a result of genotyping type 1 band 2a, the serotype I and II were the most common source of HCV infection. There were no significant difference in response to the alpha-interferon HCV infection treatment with the subtype 1 b or 2a. And the serotypes of NS4 peptides were compared with the genotypes to evaluate their clinical usefulness. Among 49 cases studied for genotypes and serotype, genotype 1 b, 1 b/2b, 2a, 2a/2c and 2b were 51.0%, 2.0%, 34.6%, 8.1% and 4.0%, respectively. The serotypes I and II were 57.1% and 42.8%, respectively; they were matched with genotypes in 85.7% and seemed to be easy to perform. To monitor their performing progress or treatment response, serotype test was made before the genotype test. The Result showed that there was no significant difference in response to the alpha-interferon HCV infection treatment with the subtype 1 b or 2a in Korea.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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