We observed the structure of phenylalanine ammonia-lyase gene (PAL) which is one of the best studied plant defense-related genes responding to pathogen infection by producing suberin, lignin, and phytoalexins. In tomato, at least 5 different genetic loci have been identified by genomic southern blot hybridization and nucleotide sequence analyses of partially cloned gene fragments (Lee et al. 1992). However, our results suggest that two other isoforms designated as PAL X1 and PAL X2 are located on the chromosome in tomato plant. Furthermore, the preliminary results obtained from southern blot hybridization analyses of subcloned fragment digested with several restriction endonuclease indicated that PAL X1 and PAL X2 clones contain at least two copies of PAL gene and partial nucleotide sequence analyses of each subcloned fragment with the same primer taken from known nucleotide sequence of PAL5 gene indicated that they are located side by side on the same chromosome.
Haihua Xing;Ruobing Han;Qianghui Wang;Zihui Sun;Heping Li
Animal Bioscience
/
v.37
no.8
/
pp.1367-1376
/
2024
Objective: Parathyroid hormone like hormone (PTHLH), as an essential factor for bone growth, is involved in a variety of physiological processes. The aim of this study was to explore the role of PTHLH gene in the growth of antlers. Methods: The coding sequence (CDS) of PTHLH gene cDNA was obtained by cloning in sika deer (Cervus nippon), and the bioinformatics was analyzed. The quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) was used to analyze the differences expression of PTHLH mRNA in different tissues of the antler tip at different growth periods (early period, EP; middle period, MP; late period, LP). Results: The CDS of PTHLH gene was 534 bp in length and encoded 177 amino acids. Predictive analysis results revealed that the PTHLH protein was a hydrophilic protein without transmembrane structure, with its secondary structure consisting mainly of random coil. The PTHLH protein of sika deer had the identity of 98.31%, 96.82%, 96.05%, and 94.92% with Cervus canadensis, Bos mutus, Oryx dammah and Budorcas taxicolor, which were highly conserved among the artiodactyls. The qRT-PCR results showed that PTHLH mRNA had a unique spatio-temporal expression pattern in antlers. In the dermis, precartilage, and cartilage tissues, the expression of PTHLH mRNA was extremely significantly higher in MP than in EP, LP (p<0.01). In the mesenchyme tissue, the expression of PTHLH mRNA in MP was significantly higher than that of EP (p<0.05), but extremely significantly lower than that of LP (p<0.01). The expression of PTHLH mRNA in antler tip tissues at all growth periods had approximately the same trend, that is, from distal to basal, it was first downregulated from the dermis to the mesenchyme and then continuously up-regulated to the cartilage tissue. Conclusion: PTHLH gene may promote the rapid growth of antler mainly through its extensive regulatory effect on the antler tip tissue.
We investigated the genetic structure of Korean and Japanese ayu Plecoglossus altivelis populations by examining 669 individuals from 14 populations using three microsatellite loci. Genetic variation did not differ significantly among the populations examined in terms of allelic number and heterozygosity. Korean populations were genetically close to each other, implying that persistent gene flow has occurred in these populations. This suggests that eastern populations in Korea form a single large population and all of the Korean populations are distinct from the Japanese populations. Pairwise population $F_{ST}$ estimates, principal component analyses, and a neighbor-joining tree showed that genetic separation between the southern and pooled eastern coast populations was probably influenced by restricted gene flow. Hierarchical analysis of molecular variance (AMOVA) revealed a weak but significant genetic structure among three ayu groups (eastern and southern coasts of Korea and the Japan coast), and no genetic variation within groups. The estimated genetic population structure and potential applications of microsatellite markers may aid in the proper management of ayu populations.
Kim, Yuhyun;Lee, Jeounghee;Kim, Hanna;Jung, Jongwoo
Animal Systematics, Evolution and Diversity
/
v.32
no.2
/
pp.105-111
/
2016
The genetic structure of marine animals that inhabit the seashore is affected by numerous factors. Of these, gene flow and natural selection during recruitment have strong influences on the genetic structure of seashore-dwelling species that have larval periods. Relative contributions of these two factors to the genetic structure of marine species would be determined mainly by the duration of larval stage. The relationship between larval period and genetic structure of population has been rarely studied in Korea. In this study, genetic variations of cytochrome oxidase subunit I (COI) were analyzed in two dominant species on rocky shore habitats in the Korean peninsula: periwinkle Littorina brevicula and acorn barnacle Fistulobalanus albicostatus. Both species are not strongly structured and may have experienced recent population expansion. Unlike periwinkle, however, barnacle populations have considerable genetic variation, and show a bimodal pattern of mismatch distribution. These results suggest that barnacle populations are more affected by local adaptation rather than gene flow via larval migration. The bimodal patterns of barnacle populations observed in mismatch distribution plots imply that they may have experienced secondary contact. Further studies on seashore-dwelling species are expected to be useful in understanding the evolution of the coastal ecosystem around Korean waters.
Alfalfa mosaic virus (AMV), an economically important pathogen, is present worldwide with a very wide host range. This work reports for the first time the infection of Vinca minor and Wisteria sinensis with AMV using RNA sequencing and reverse transcription polymerase chain reaction confirmation. De novo assembly and annotating of contigs revealed that RNA1, RNA2, and RNA3 genomic fragments consist of 3,690, 2,636, and 2,057 nucleotides (nt) for IR-VM and 3,690, 2,594, and 2,057 nt for IR-WS. RNA1 and RNA3 segments of IR-VM and IR-WS closely resembled those of the Chinese isolate HZ, with 99.23-99.26% and 98.04-98.09% nt identity, respectively. Their RNA2 resembled that of Canadian isolate CaM and American isolate OH-2-2017, with 97.96-98.07% nt identity. The P2 gene revealed more nucleotide diversity compared with other genes. Genes in the AMV genome were under dominant negative selection during evolution, and the P1 and coat protein (CP) proteins were subject to the strongest and weakest purifying selection, respectively. In the population genetic analysis based on the CP gene sequences, all 107 AMV isolates fell into two main clades (A, B) and isolates of clade A were further divided into three groups with significant subpopulation differentiation. The results indicated moderate genetic variation within and no clear geographic or genetic structure between the studied populations, implying moderate gene flow can play an important role in differentiation and distribution of genetic diversity among populations. Several factors have shaped the genetic structure and diversity of AMV: selection, recombination/reassortment, gene flow, and random processes such as founder effects.
Proceedings of the Korean Society of Crop Science Conference
/
2022.10a
/
pp.212-212
/
2022
Soluble starch synthase (SS) IV-2 is one of the starch synthase gene family members and responsible for starch chain elongation interacting with other rice eating and cooking quality controlling genes (e.g., AGPlar and PUL). SSIV-2 is mainly expressed in leaves, especially at grain-filling stage and its alleles can significantly affect rice quality. Here, we investigated the genetic diversity and population structure analyses of SSIV-2 gene by using 374 rice accessions. This rice set was grouped into 320 cultivated bred (subsequently classified into temperate japonica, indica, tropical japonica, aus, aromatic and admixture) and 54 wild rice. Haplotyping of cultivated rice accessions provided a total of 7 haplotypes, and only three haplotypes are functional indicating four substituted SNPs in two exons of chromosome 5: T/A and G/T in exon 4, and C/G and G/A in exon 13. Including the wild, a highest diverse group (0.0041), nucleotide diversity analysis showed temperate japonica (0.0001) had a lowest diversity value indicating the origin information of this gene evolution. Higher and positive Tajima5s D value of indica (1.9755) indicate a selective signature under balancing selection while temperate japonica (-0.9018) was in lowest Tajima's D value due to a recent selective sweep by positive selection. We found the most diverse genetic components of the wild in PCA but shared in some portion with other cultivated groups. Fixation index (FST-values) and phylogenetic analysis indicate a closer relationship of the wild with indica (FST=0.256) than to its association to both of temperate japonica (FST=0.589). Structure analysis shows a clear separation of cultivated subpopulations at every K value, but genetic components were admixed within the wild illustrating the same genetic background with japonica and indica in some proportion.
The full-length cDNA of grass carp (Ctenopharyngodon idellus) and silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) uncoupling protein 2 (UCP2) was obtained from liver. The grass carp UCP2 cDNA was determined to be 1152 bp in length with an open reading frame that encodes 310 amino acids. Five introns (Intron 3, 4, 5, 6 and 7) in the translated region, and partial sequence of Intron 2 in the untranslated region of grass carp UCP2 gene were also obtained. Gene structure comparison between grass carp and mammalian (human and mouse) UCP2 gene shows that, the UCP2 gene structure of grass carp is much similar to that of human and mouse. Partial UCP2 cDNA sequences of bighead carp (Aristichthys nobilis) and mud carp (Cirrhinus molitorella), were further determined. Together with the common carp (Cyprinus carpio) UCP2 sequence from GenBank (AJ243486), multiple alignment result shows that the nucleotide and amino acid sequences of the UCP2 gene, were highly conserved among the five major Chinese carps that belong to four subfamilies. Using beta-actin as control, the ratio UCP2/beta-actin mRNA (%) was determined to be $149.4{\pm}15.6$ (common carp), $127.4{\pm}22.1$ (mud carp), $96.7{\pm}12.7$ (silver carp), $94.1{\pm}26.8$ (bighead carp) and $63.7{\pm}16.2$ (grass carp). The relative liver UCP2 expression of the five major Chinese carps, shows a close relationship with their food habit: benthos and detrituseating fish (common carp and mud carp) > planktivorious fish (silver carp and bighead carp) > herbivorious fish (grass carp). We suggest that liver UCP2 might be important for Chinese carps to detoxify cyanotoxins and bacteria in debris and plankton food.
A portion of mitochondria1 COI gene (438 bp) was sequenced from the sampls of Plutella xylostella from four localities in Korea to investigate the population genetic structure and characteristics by measuring the magnitude of genetic diversity and the degree of gene flow among populations. Thirteen haplotypes ranging in nucleotide divergence 0.3% to 1.4%, were obtained from 21 individuals. The nucleotide divergence was similar to the other related studies, but haplotype diversity was substantially higher (mean h = 0.81). The genetic distance among geographically remote Cheju Island population and the two Kimhae populations, distant 1 lkm to each other, was not statistically significant (p<0.05). Instead, a substantial or high female gene flow was detected (Nm = 2-30). One Hawaiian haplotype of the diamondback moth obtained through GenBank search also was genetically similar to the ones obtained from this study. Collectively, the genetic population structure of the diamondback moth in Korea can be characterized into two aspects. First, the diamondback moths in Korea possesses overall moderate genetic divergence based on a high number of haplotypes. Second, a high haplotype diversity within each population due to the long distance dispersal with a substantial dispersal power and the resultant genetic similarity among geographic populations is characteristic.
Techniques used for the regulation of gene expression facilitate studies of gene function and treatment of diseases via gene therapy. Many tools have been developed for the regulation of gene expression in mammalian cells. The Lac operon system induced with isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) is one of the employed inducible systems. IPTG mimics the molecular structure of allolactose and has a strong affinity for the corresponding repressor. IPTG is known to rapidly penetrate into mammalian cells and exhibits low toxicity. In the present study, we developed a new inducible expression system that could regulate the expression of genes in mammalian cells using IPTG. Here we confirm that unlike other vector systems based on the Lac operon, this expression system allows regulation of gene expression with lactose in the mammalian cells upon transfection. The co-treatment with IPTG and lactose could improve the regulatory efficiency of the specific target gene expression. The regulation of gene expression with lactose has several benefits. Lactose is safe in humans as compared to other chemical substances and is easily available, making this technique very cost-effective.
A gene coding for ${\beta}$-xylosidase from thermophilic xylanolytic Bacillus sp. KK-1 was cloned into Escherichia coli using plasmid pBR322. Recombinant plasmid DNAs were isloated from E. coli clones which were capable of hydrolyzing 4-methylumbelliferyl-${\beta}$-D xylopyranoside. Restriction analysis showed the DNAs to share a common insert DNA. Xylo-oligosaccharides, including xylotriose, xylotetraose, xylopentaose, and xylobiose were hydrolyzed to form xylose as an end product by cell-free extracts of the E. coli clones, confirming that the cloned gene from strain KK-1 is ${\beta}$-xylosidase gene. The ${\beta}$-xylosidase gene of strain KK-1 designated as xylB was completely sequenced. The xylB gene consisted of an open reading frame of 1,602 nucleotides encoding a polypeptide of 533 amino acid residues, and a TGA stop codon. The 3' flanking region contained one stem-loop structure which may be involved in transcriptional termination. The deduced amino acid sequence of the KK-1 ${\beta}$-xylosidase was highly homologous to the ${\beta}$-xylosidases of Bacillus subtilis and Bacillus pumilus, but it showed no similarity to a thermostable ${\beta}$-xylosidase from Bacillus stearothermophilus.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.